67 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4700 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008688  Pden_4700  cytochrome c, class II  100 
 
 		 151 aa  304  3e-82  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.311415  normal  0.313773 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0474  cytochrome c'  57.6 
 
 		 149 aa  125  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2126  cytochrome c, class II  57.6 
 
 		 149 aa  124  4.0000000000000003e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2396  cytochrome c, class II  52.67 
 
 		 149 aa  119  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  hitchhiker  0.00865436  normal  0.433653 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1427  cytochrome c, class II  37.75 
 
 		 153 aa  81.3  0.000000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.466816  normal  0.0348813 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2785  cytochrome c-554  37.75 
 
 		 153 aa  80.5  0.000000000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.336484  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2868  cytochrome c  45.53 
 
 		 159 aa  79.7  0.00000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3537  cytochrome c prime  32.86 
 
 		 150 aa  76.3  0.0000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0147332 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1043  cytochrome c, class II  39.74 
 
 		 153 aa  75.1  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2544  cytochrome c, class II  36.07 
 
 		 159 aa  74.3  0.0000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3420  cytochrome c'  32.89 
 
 		 149 aa  71.2  0.000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2738  cytochrome c, class II  34.87 
 
 		 149 aa  71.2  0.000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000239572  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2229  cytochrome c, class II  38.46 
 
 		 156 aa  71.2  0.000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3090  cytochrome c prime  32.24 
 
 		 149 aa  69.7  0.00000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000689857  normal  0.0144373 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1223  cytochrome c, class II  32.24 
 
 		 149 aa  69.7  0.00000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000308946  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1300  cytochrome c prime  32.89 
 
 		 149 aa  69.3  0.00000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000000571925  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1989  cytochrome c, class II  36.89 
 
 		 155 aa  68.9  0.00000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.13994  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1267  cytochrome c class II  32.24 
 
 		 149 aa  68.6  0.00000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000308815  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2695  cytochrome c class II  32.54 
 
 		 146 aa  67.8  0.00000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.618119  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1205  cytochrome c, class II  31.58 
 
 		 149 aa  65.5  0.0000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000342907  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2910  cytochrome c, class II  30.26 
 
 		 149 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.963403  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1135  cytochrome c, class II  31.58 
 
 		 149 aa  65.5  0.0000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000323618  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1134  cytochrome c, class II  31.58 
 
 		 149 aa  65.5  0.0000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000245313  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02251  cytochrome c  33.33 
 
 		 170 aa  63.2  0.000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.536111  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0901  cytochrome c, class II  32.45 
 
 		 147 aa  62.4  0.000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.502133 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1062  cytochrome c class II  31.25 
 
 		 153 aa  62.4  0.000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.251364  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0600  cytochrome c, class II  33.8 
 
 		 150 aa  61.2  0.000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0291  cytochrome c, class II  32.14 
 
 		 153 aa  60.8  0.000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000294803 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1266  cytochrome c prime  30.83 
 
 		 153 aa  60.8  0.000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00355907 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1075  cytochrome c, class II  33.33 
 
 		 153 aa  60.8  0.000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000870281  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2799  cytochrome c'  30.87 
 
 		 159 aa  59.7  0.00000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.340153  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0286  cytochrome c prime  32.14 
 
 		 153 aa  59.7  0.00000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0933227  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0216  cytochrome c, class II  32.12 
 
 		 151 aa  58.9  0.00000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.322979 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1340  cytochrome c prime  29.73 
 
 		 150 aa  59.3  0.00000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000194758 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1236  cytochrome C-556  31.85 
 
 		 157 aa  58.5  0.00000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0462  cytochrome c'  29.66 
 
 		 155 aa  58.2  0.00000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3135  cytochrome c prime  29.84 
 
 		 172 aa  58.2  0.00000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1171  cytochrome c, class II  30.47 
 
 		 153 aa  56.6  0.0000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1123  cytochrome c prime  30.7 
 
 		 155 aa  56.2  0.0000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000239105  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0590  cytochrome c class II  30.37 
 
 		 148 aa  56.6  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0972  cytochrome c prime  30.08 
 
 		 146 aa  55.8  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49090  Cytochrome C, class II  31.93 
 
 		 151 aa  55.5  0.0000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.472535  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0404  cytochrome c prime  30.43 
 
 		 136 aa  55.1  0.0000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4420  cytochrome c, class II  31.45 
 
 		 154 aa  53.9  0.0000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0408  cytochrome c, class II  32.22 
 
 		 148 aa  53.1  0.000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0156942 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1296  Cytochrome c556-like protein  36.51 
 
 		 154 aa  52  0.000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.618676  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0269  cytochrome c, class II  30.37 
 
 		 151 aa  51.6  0.000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1325  cytochrome c, class II  30.32 
 
 		 151 aa  50.8  0.000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1277  cytochrome c, class II  28.47 
 
 		 151 aa  50.8  0.000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.593485  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3283  cytochrome c, class II  36 
 
 		 152 aa  50.1  0.00001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00438456  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2744  cytochrome c, class II  27.34 
 
 		 149 aa  50.1  0.00001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0112  cytochrome c prime  29.41 
 
 		 144 aa  47.8  0.00005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.277441 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1106  cytochrome c, class II  28.17 
 
 		 152 aa  45.8  0.0002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00108735  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0850  cytochrome c prime  30.3 
 
 		 146 aa  45.4  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.990375 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07030  putative cytochrome c'  27.27 
 
 		 152 aa  44.7  0.0005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0451  cytochrome c556-like protein  28.81 
 
 		 148 aa  43.9  0.0007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.870649  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5606  cytochrome c, class II  31.3 
 
 		 149 aa  43.9  0.0008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.325565 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0327  cytochrome c, class II  30.99 
 
 		 153 aa  43.1  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.781322  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1163  cytochrome c, class II  28.17 
 
 		 149 aa  43.5  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.678207  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2557  cytochrome c prime  29.13 
 
 		 146 aa  42.7  0.002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.524451  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0644  putative lipoprotein  25.66 
 
 		 152 aa  42.7  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.773212  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1785  cytochrome c prime  33.03 
 
 		 151 aa  42.4  0.003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.849922  normal  0.0128632 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0107  cytochrome c prime  31.33 
 
 		 150 aa  42  0.003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1625  cytochrome c, class II  28.95 
 
 		 149 aa  41.6  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.574438  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0474  cytochrome c, class II  27.1 
 
 		 150 aa  41.2  0.005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.731529  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1614  cytochrome c, class II  28.45 
 
 		 149 aa  40.8  0.006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.290263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4122  hypothetical protein  25.48 
 
 		 169 aa  41.2  0.006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.22167  normal  0.119493 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>