More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4604 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008688  Pden_4604  regulatory proteins, IclR  100 
 
 		 251 aa  508  1e-143  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5128  transcriptional regulator, IclR family  76.61 
 
 		 251 aa  393  1e-108  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3670  IclR family transcriptional regulator  50 
 
 		 267 aa  246  2e-64  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.461825  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1714  regulatory protein, IclR  44.21 
 
 		 249 aa  195  7e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.872796  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1885  IclR family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 249 aa  181  9.000000000000001e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.216873 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1156  transcriptional regulator, IclR family  40.64 
 
 		 256 aa  168  8e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0417534  hitchhiker  0.00000481305 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3829  transcriptional regulator, IclR family  40.16 
 
 		 264 aa  165  8e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.602522  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1180  IclR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 267 aa  163  2.0000000000000002e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000000000286827  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1912  IclR family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 283 aa  158  7e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0417  IclR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 268 aa  151  1e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.116242 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0375  IclR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 254 aa  150  2e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.665673 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16320  Transcriptional regulator IclR  34.4 
 
 		 255 aa  148  8e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  7.446e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2531  transcriptional regulator, IclR family  36.95 
 
 		 259 aa  147  1.0000000000000001e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0514  IclR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 260 aa  143  2e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000101936  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0656  transcriptional regulator, IclR family  35.08 
 
 		 260 aa  143  2e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000253097  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0669  transcriptional regulator, IclR family  34.68 
 
 		 260 aa  142  5e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.4595400000000001e-34 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4386  transcriptional regulator, IclR family  36.73 
 
 		 257 aa  142  5e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  4.7103e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3027  IclR family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 260 aa  141  8e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000289902  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3109  IclR family transcriptional regulator  38.86 
 
 		 257 aa  140  9.999999999999999e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1178  IclR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 262 aa  140  9.999999999999999e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00493645  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1911  transcriptional regulator, IclR family  31.05 
 
 		 256 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03890  DNA-binding transcriptional repressor  32.66 
 
 		 274 aa  139  3e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3979  transcriptional regulator, IclR family  32.66 
 
 		 274 aa  139  3e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4471  transcriptional repressor IclR  32.66 
 
 		 274 aa  139  3e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.215784  normal  0.0860899 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4562  transcriptional repressor IclR  32.66 
 
 		 274 aa  139  3e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1855  transcriptional regulator, IclR family  36.84 
 
 		 280 aa  139  3e-32  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03850  hypothetical protein  32.66 
 
 		 274 aa  139  3e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4012  transcriptional repressor IclR  32.66 
 
 		 274 aa  139  3e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.992009  normal  0.0359052 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5488  transcriptional repressor IclR  32.66 
 
 		 274 aa  139  3e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.901357  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4254  transcriptional repressor IclR  32.66 
 
 		 274 aa  139  3e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.084393  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3102  transcriptional regulator, IclR family  34.16 
 
 		 260 aa  139  6e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2373  transcriptional regulator, IclR family  32 
 
 		 261 aa  138  7e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3644  regulatory protein, IclR  34.98 
 
 		 260 aa  137  1e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000806492  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5403  transcriptional regulator, IclR family  38.4 
 
 		 290 aa  137  1e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.681342  normal  0.436291 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2309  transcriptional regulator, IclR family  31.67 
 
 		 253 aa  137  2e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0668  transcriptional regulator, IclR family  29.64 
 
 		 257 aa  136  3.0000000000000003e-31  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000062061  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2833  IclR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 260 aa  135  5e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000013624  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0367  transcriptional repressor IclR  31.85 
 
 		 280 aa  134  9.999999999999999e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.504781  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0297  transcriptional repressor IclR  31.85 
 
 		 280 aa  134  9.999999999999999e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0438568  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3924  transcriptional repressor IclR  31.85 
 
 		 280 aa  134  9.999999999999999e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1825  transcriptional regulator, IclR family  36.55 
 
 		 266 aa  134  9.999999999999999e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.191409  normal  0.0157827 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4491  transcriptional repressor IclR  33.87 
 
 		 276 aa  134  1.9999999999999998e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.880691  normal  0.328338 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0759  IclR family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 261 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.46118e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2008  transcriptional regulator IclR  33.88 
 
 		 260 aa  132  6.999999999999999e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1780  IclR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 272 aa  130  1.0000000000000001e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2387  transcriptional regulator, IclR family  34.15 
 
 		 257 aa  131  1.0000000000000001e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0157724  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0368  transcriptional repressor IclR  32.8 
 
 		 277 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4524  transcriptional repressor IclR  31.05 
 
 		 274 aa  130  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4597  transcriptional repressor IclR  31.05 
 
 		 274 aa  130  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3952  transcriptional repressor IclR  32.51 
 
 		 277 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.398782  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0221  transcriptional repressor IclR  31.45 
 
 		 275 aa  130  2.0000000000000002e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0850662 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4434  transcriptional repressor IclR  31.05 
 
 		 274 aa  130  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2294  transcriptional regulator, IclR family  33.2 
 
 		 265 aa  130  2.0000000000000002e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4521  transcriptional repressor IclR  31.05 
 
 		 274 aa  130  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.693212  normal  0.182303 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4399  transcriptional repressor IclR  31.05 
 
 		 274 aa  130  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.241135  normal  0.788445 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0453  transcriptional repressor IclR  32.53 
 
 		 277 aa  129  3e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0122119  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3776  transcriptional repressor IclR  32.1 
 
 		 276 aa  129  3e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1161  transcriptional regulator, IclR family  30.65 
 
 		 267 aa  129  5.0000000000000004e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0013559 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2397  regulatory protein, IclR  31.87 
 
 		 263 aa  126  3e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.162621  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3702  transcriptional regulator, IclR family  30.45 
 
 		 252 aa  126  3e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.8457  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0370  IclR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 265 aa  126  4.0000000000000003e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.470614  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0443  transcriptional regulator, TrmB  33.18 
 
 		 254 aa  125  5e-28  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.915404  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2056  transcriptional regulator KdgR  32.11 
 
 		 263 aa  125  5e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000211216  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01798  predicted DNA-binding transcriptional regulator  32.11 
 
 		 263 aa  125  7e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.440803  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2095  transcriptional regulator KdgR  32.11 
 
 		 263 aa  125  7e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000995956  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1360  transcriptional regulator KdgR  32.11 
 
 		 263 aa  125  7e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000169219  normal  0.0136372 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01786  hypothetical protein  32.11 
 
 		 263 aa  125  7e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.633166  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1918  transcriptional regulator KdgR  32.11 
 
 		 263 aa  125  7e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000201259  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2559  transcriptional regulator KdgR  32.11 
 
 		 263 aa  125  7e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000361362  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1805  IclR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 263 aa  125  7e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.954449  normal  0.233357 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2308  transcriptional regulator, IclR family  31.4 
 
 		 255 aa  125  8.000000000000001e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3590  IclR family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 267 aa  125  9e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3307  IclR family transcriptional regulator  33.74 
 
 		 269 aa  124  1e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0849  regulatory proteins, IclR  35.51 
 
 		 276 aa  124  2e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5822  IclR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 294 aa  123  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4346  regulatory protein, IclR  33.33 
 
 		 263 aa  124  2e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.361524  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0779  transcriptional regulator IclR  28.74 
 
 		 278 aa  123  3e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3261  IclR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 284 aa  122  5e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2055  transcriptional regulator, IclR family  31.47 
 
 		 263 aa  122  5e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0903474  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3333  transcriptional regulator, IclR family  34.93 
 
 		 252 aa  122  6e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.950577  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2527  transcriptional regulator, IclR family  31.97 
 
 		 265 aa  122  6e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00648168  normal  0.235147 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1407  transcriptional regulator, IclR family  30.12 
 
 		 257 aa  121  9e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2240  regulatory protein, IclR  33.2 
 
 		 262 aa  121  9.999999999999999e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1949  transcriptional regulator, IclR family  31.47 
 
 		 263 aa  120  1.9999999999999998e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00482853  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3853  IclR family transcriptional regulator  33.48 
 
 		 263 aa  119  3e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.532852  hitchhiker  0.00959131 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0458  regulatory protein, IclR  34.06 
 
 		 252 aa  119  3e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0309456 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000924  transcriptional regulator KdgR KDG operon repressor  28.05 
 
 		 265 aa  119  3.9999999999999996e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5569  IclR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 319 aa  119  3.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.197648  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1885  transcriptional regulator, IclR family  31.08 
 
 		 263 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0160572  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0457  transcriptional regulator IclR  32.64 
 
 		 295 aa  119  3.9999999999999996e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3922  regulatory proteins, IclR  34.8 
 
 		 279 aa  119  3.9999999999999996e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.959177  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2370  IclR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 268 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2043  transcriptional regulator KdgR  31.6 
 
 		 263 aa  119  4.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.374419  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1624  transcriptional regulator, IclR family  30.64 
 
 		 275 aa  119  4.9999999999999996e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2177  transcriptional regulator, IclR family  31.47 
 
 		 263 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00508287  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2873  transcriptional regulator, IclR family  29.72 
 
 		 257 aa  119  4.9999999999999996e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0130818 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1473  transcriptional regulator KdgR  31.6 
 
 		 263 aa  119  4.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0115946  normal  0.370857 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1981  transcriptional regulator KdgR  31.6 
 
 		 263 aa  119  4.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.364283  normal  0.0913734 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1289  transcriptional regulator KdgR  31.6 
 
 		 263 aa  119  4.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000107384  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1985  transcriptional regulator KdgR  31.6 
 
 		 263 aa  119  4.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.364862  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>