More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4353 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008687  Pden_4353  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  100 
 
 
692 aa  1403    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0475  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  43.81 
 
 
680 aa  502  1e-141  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3601  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  40.26 
 
 
682 aa  479  1e-134  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8320  hydantoin utilization protein  40.47 
 
 
676 aa  476  1e-133  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1967  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  38.97 
 
 
683 aa  469  9.999999999999999e-131  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.471219  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3091  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  40.87 
 
 
681 aa  460  9.999999999999999e-129  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.435048  normal  0.0725739 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2410  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  42.05 
 
 
658 aa  460  9.999999999999999e-129  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3493  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  40.14 
 
 
681 aa  446  1.0000000000000001e-124  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.875843  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2860  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  40.12 
 
 
684 aa  444  1e-123  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6536  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  39.83 
 
 
678 aa  441  9.999999999999999e-123  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.234426 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3568  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  40.52 
 
 
701 aa  441  9.999999999999999e-123  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1696  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  37.55 
 
 
684 aa  439  1e-121  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1559  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  37.12 
 
 
680 aa  433  1e-120  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.63787  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8176  hydantoin utilization protein  37.77 
 
 
681 aa  433  1e-120  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1577  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  38.37 
 
 
739 aa  433  1e-120  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4581  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  37.77 
 
 
690 aa  432  1e-119  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3957  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  38.86 
 
 
674 aa  429  1e-119  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9148  hydantoin utilization protein  37.52 
 
 
687 aa  431  1e-119  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4193  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  38.49 
 
 
765 aa  426  1e-118  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0176  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  38.08 
 
 
682 aa  422  1e-116  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5966  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  36.55 
 
 
694 aa  422  1e-116  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.858122  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5632  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  36.55 
 
 
698 aa  417  9.999999999999999e-116  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0796839 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9128  hydantoin utilization protein  36.92 
 
 
680 aa  413  1e-114  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1245  Hydantoinase/oxoprolinase  39.08 
 
 
679 aa  414  1e-114  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.529227  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3641  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  37.54 
 
 
676 aa  414  1e-114  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2130  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  38.45 
 
 
687 aa  411  1e-113  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6260  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  36.49 
 
 
691 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00292738  normal  0.765217 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2447  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.4 
 
 
683 aa  405  1e-111  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4143  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  36.57 
 
 
702 aa  400  9.999999999999999e-111  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1519  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  37.13 
 
 
690 aa  402  9.999999999999999e-111  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4047  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  38.8 
 
 
676 aa  400  9.999999999999999e-111  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0166577  decreased coverage  0.00142198 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0377  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.39 
 
 
676 aa  400  9.999999999999999e-111  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3664  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  36.81 
 
 
691 aa  396  1e-109  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00438442 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1719  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  37.02 
 
 
688 aa  397  1e-109  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2368  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  37.37 
 
 
680 aa  397  1e-109  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.773275  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3811  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.98 
 
 
693 aa  395  1e-108  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0144893 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5988  N-methylhydantoinase A (Hydantoin utilization protein A)  36.93 
 
 
685 aa  395  1e-108  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.553202  normal  0.148202 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6595  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  36.85 
 
 
674 aa  391  1e-107  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2083  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  38.15 
 
 
712 aa  392  1e-107  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.359641  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2039  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.77 
 
 
707 aa  390  1e-107  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4697  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  37.29 
 
 
692 aa  390  1e-107  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.599265  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3115  Hydantoinase/oxoprolinase  37.86 
 
 
686 aa  387  1e-106  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0498  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  37.02 
 
 
704 aa  387  1e-106  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.530751  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3649  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  37.54 
 
 
721 aa  386  1e-106  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.495656  normal  0.769943 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0560  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  37.06 
 
 
657 aa  387  1e-106  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.341867  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0124  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  36.23 
 
 
690 aa  385  1e-105  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.256267  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5474  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.31 
 
 
692 aa  385  1e-105  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3103  N-methylhydantoinase A/acetone carboxylase, beta subunit  35.89 
 
 
660 aa  384  1e-105  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.133099  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4428  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  37.17 
 
 
690 aa  383  1e-105  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3765  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  37.32 
 
 
690 aa  385  1e-105  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.32896  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2209  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  37.66 
 
 
690 aa  383  1e-105  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.454656  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1980  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  39.08 
 
 
693 aa  384  1e-105  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6272  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  36.87 
 
 
687 aa  382  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.106273 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4085  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  36.01 
 
 
706 aa  381  1e-104  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.170701 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0803  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  37.72 
 
 
684 aa  382  1e-104  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.148951  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2412  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  39.26 
 
 
662 aa  380  1e-104  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0201127  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6263  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  37.3 
 
 
673 aa  377  1e-103  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2299  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.86 
 
 
694 aa  376  1e-103  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.375878  normal  0.208319 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4408  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.78 
 
 
711 aa  377  1e-103  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.401653 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5220  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.53 
 
 
680 aa  378  1e-103  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.46382  normal  0.858688 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3416  Hydantoinase/oxoprolinase  37.29 
 
 
698 aa  377  1e-103  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0371  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.69 
 
 
707 aa  376  1e-103  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3515  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.22 
 
 
694 aa  374  1e-102  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.113195  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2260  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.07 
 
 
694 aa  374  1e-102  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8488  Hydantoinase/oxoprolinase  35.65 
 
 
682 aa  374  1e-102  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.593385  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2413  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.99 
 
 
694 aa  373  1e-102  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1063  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  36.15 
 
 
663 aa  374  1e-102  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.39661  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2226  5-oxoprolinase  36.65 
 
 
680 aa  370  1e-101  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.460045  normal  0.133433 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4925  Hydantoin utilization protein A  35.01 
 
 
694 aa  372  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.153977 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0790  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.52 
 
 
679 aa  370  1e-101  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.745628 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0398  hydantoinase/oxoprolinase  37.43 
 
 
1277 aa  370  1e-101  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5342  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  36.27 
 
 
699 aa  363  5.0000000000000005e-99  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1876  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.92 
 
 
690 aa  363  7.0000000000000005e-99  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1913  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  36.51 
 
 
684 aa  362  1e-98  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0388506 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2497  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.73 
 
 
719 aa  361  2e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20940  N-methylhydantoinase A/acetone carboxylase, beta subunit  34.94 
 
 
706 aa  358  9.999999999999999e-98  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.796393  normal  0.0791884 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4028  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.67 
 
 
711 aa  358  1.9999999999999998e-97  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2632  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  36.01 
 
 
701 aa  358  2.9999999999999997e-97  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.502801 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2647  hydantoinase/oxoprolinase  35.27 
 
 
678 aa  357  2.9999999999999997e-97  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0079  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.9 
 
 
687 aa  357  3.9999999999999996e-97  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0038  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  37.43 
 
 
661 aa  355  1e-96  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4226  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.06 
 
 
690 aa  354  2.9999999999999997e-96  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0691  hydantoin utilization protein A  37.88 
 
 
689 aa  353  4e-96  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.167885  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5834  hydantoin utilization protein  35.4 
 
 
687 aa  353  7e-96  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.302011  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1935  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.67 
 
 
690 aa  352  8.999999999999999e-96  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0321  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  36.47 
 
 
652 aa  352  1e-95  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0413  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.42 
 
 
648 aa  351  3e-95  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.96856  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0425  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.81 
 
 
647 aa  350  4e-95  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2644  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.73 
 
 
651 aa  350  4e-95  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1104  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.86 
 
 
712 aa  350  7e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.140171 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1496  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.89 
 
 
706 aa  347  4e-94  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0678775  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5648  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  37.16 
 
 
697 aa  347  6e-94  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2208  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  37.16 
 
 
688 aa  345  1e-93  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.170446  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2293  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  36.97 
 
 
672 aa  345  2e-93  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.278366 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1125  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.57 
 
 
714 aa  345  2e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.875999  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4325  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  36.99 
 
 
691 aa  345  2e-93  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.79538  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0640  putative N-methylhydantoinase A  36.87 
 
 
672 aa  344  2.9999999999999997e-93  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.221754  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5622  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.5 
 
 
706 aa  344  2.9999999999999997e-93  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.49803 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1060  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.86 
 
 
684 aa  344  2.9999999999999997e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01100  hypothetical 5-oxoprolinase (Eurofung)  35.16 
 
 
1355 aa  344  4e-93  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.0381114 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>