More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4311 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_4311  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 303 aa  597  1e-170  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  44.18 
 
 		 306 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  44.44 
 
 		 299 aa  219  3.9999999999999997e-56  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1344  transcriptional regulator, LysR family  42.66 
 
 		 296 aa  216  4e-55  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00247694  normal  0.0669225 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3230  regulatory protein, LysR  39.1 
 
 		 298 aa  209  7e-53  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.796191 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  37.85 
 
 		 307 aa  208  9e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 296 aa  207  2e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  39.51 
 
 		 303 aa  206  3e-52  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 298 aa  204  1e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 303 aa  202  5e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0583  transcriptional regulator, LysR family  42.31 
 
 		 319 aa  201  9.999999999999999e-51  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  36.73 
 
 		 302 aa  201  1.9999999999999998e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 298 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3124  LysR family transcriptional regulator  42.51 
 
 		 298 aa  200  3e-50  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 300 aa  200  3e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  38.89 
 
 		 305 aa  200  3e-50  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3854  LysR family transcriptional regulator  42.51 
 
 		 298 aa  200  3e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0549  LysR family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 322 aa  200  3e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.308435  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 298 aa  199  5e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  40.22 
 
 		 294 aa  199  5e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 303 aa  199  5e-50  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 303 aa  199  6e-50  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0137  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 302 aa  199  6e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 301 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 302 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 301 aa  197  3e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3576  carbonate dehydratase  35.79 
 
 		 309 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3684  transcriptional regulator, LysR family  37.59 
 
 		 312 aa  196  5.000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 298 aa  195  7e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 298 aa  195  7e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3657  LysR family transcriptional regulator  40.42 
 
 		 342 aa  195  9e-49  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  39.48 
 
 		 313 aa  195  1e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  39.48 
 
 		 294 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0065  transcription regulator protein  36.9 
 
 		 312 aa  194  2e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 295 aa  194  2e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 299 aa  193  2e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2449  transcriptional regulator, LysR family  39.51 
 
 		 300 aa  194  2e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00856544  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3324  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 299 aa  192  4e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0124664  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4420  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 367 aa  193  4e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0287989 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0305  transcriptional regulator, LysR family  38.41 
 
 		 367 aa  193  4e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  37.76 
 
 		 298 aa  192  5e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0831  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 296 aa  192  6e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0517  LysR family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 307 aa  192  7e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.419389  normal  0.852765 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3361  transcriptional regulator, LysR family  36.9 
 
 		 312 aa  192  8e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.955701  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1682  putative transcriptional regulator  38.08 
 
 		 308 aa  192  8e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177927  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0031  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 362 aa  190  2e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 304 aa  190  2e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1187  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 301 aa  191  2e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0579  transcriptional regulator, LysR family  41.96 
 
 		 319 aa  189  2.9999999999999997e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2204  transcriptional regulator, LysR family  39.02 
 
 		 295 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0659043  normal  0.113765 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3371  LysR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 334 aa  189  4e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.871101  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4247  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 297 aa  189  4e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6482  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 349 aa  189  4e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.833038 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 301 aa  189  4e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3128  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 349 aa  189  5e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.677462  normal  0.0859375 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5354  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 334 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  34.83 
 
 		 300 aa  189  5.999999999999999e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4916  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 334 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 298 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 299 aa  189  7e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4701  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 334 aa  189  7e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.186388  normal  0.461264 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5232  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 334 aa  189  7e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.275923  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3147  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 349 aa  188  8e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.315246 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2518  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 349 aa  188  8e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3131  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 349 aa  188  8e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.154836  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 304 aa  188  9e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3012  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 334 aa  188  9e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0225148  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0098  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 297 aa  187  1e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.48838  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3186  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 349 aa  187  1e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.651713  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4475  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 301 aa  188  1e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3069  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 349 aa  187  1e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2347  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 351 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.890874  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0138  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 351 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0342  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 351 aa  187  2e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2270  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 351 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.520231  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0124  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 351 aa  187  2e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0145  transcriptional regulator  36.68 
 
 		 351 aa  187  2e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0153  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 351 aa  187  2e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2811  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 351 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1129  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 298 aa  186  4e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.81 
 
 		 299 aa  186  5e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 295 aa  186  5e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1975  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 299 aa  185  6e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0760524  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0583  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 299 aa  185  6e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.824085  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0677  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 299 aa  186  6e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0293  LysR family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 334 aa  185  6e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2575  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 298 aa  185  7e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.402222 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2450  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 305 aa  185  8e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2218  LysR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 298 aa  185  8e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.42945 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0765  LysR, substrate-binding  35.37 
 
 		 299 aa  185  8e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.960601  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 297 aa  185  9e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 289 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1970  LysR family transcriptional regulator  40.15 
 
 		 399 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2108  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 334 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0847237  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 301 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  38.62 
 
 		 302 aa  183  3e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0187  LysR family transcriptional regulator  38.79 
 
 		 325 aa  183  3e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.129634 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 305 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2289  transcriptional regulator, LysR family  37.02 
 
 		 353 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>