More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4305 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_4305  Triose-phosphate isomerase  100 
 
 		 247 aa  492  9.999999999999999e-139  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0343  Triose-phosphate isomerase  76.64 
 
 		 245 aa  373  1e-102  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1947  triosephosphate isomerase  75.82 
 
 		 245 aa  368  1e-101  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0598  Triose-phosphate isomerase  75.82 
 
 		 245 aa  367  1e-100  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.441113  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0764  triosephosphate isomerase  68.57 
 
 		 246 aa  325  6e-88  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.641907 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3166  Triose-phosphate isomerase  64.63 
 
 		 250 aa  320  9.999999999999999e-87  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.136531  normal  0.155629 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1733  triosephosphate isomerase  67.89 
 
 		 248 aa  317  9e-86  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0214124  normal  0.405156 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1835  triosephosphate isomerase  62.18 
 
 		 250 aa  294  9e-79  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.83515  normal  0.420949 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3233  Triose-phosphate isomerase  61.13 
 
 		 258 aa  288  5.0000000000000004e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2795  triosephosphate isomerase  60 
 
 		 261 aa  287  1e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2471  triosephosphate isomerase  60.56 
 
 		 257 aa  286  2e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0885036  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2078  triosephosphate isomerase  63.93 
 
 		 247 aa  286  2.9999999999999996e-76  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1736  triosephosphate isomerase  58.54 
 
 		 250 aa  285  5e-76  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2826  triosephosphate isomerase  59.2 
 
 		 257 aa  284  8e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.14857  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5400  Triose-phosphate isomerase  60.89 
 
 		 253 aa  281  5.000000000000001e-75  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.344896 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5571  triosephosphate isomerase  61.2 
 
 		 253 aa  278  5e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4480  triosephosphate isomerase  57.74 
 
 		 251 aa  270  2e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.135113  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2051  triosephosphate isomerase  56.97 
 
 		 254 aa  263  2e-69  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1067  triosephosphate isomerase  55.38 
 
 		 256 aa  261  6.999999999999999e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.331655  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2031  triosephosphate isomerase  58.66 
 
 		 256 aa  259  3e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2230  triosephosphate isomerase  58.33 
 
 		 256 aa  259  3e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0528  triosephosphate isomerase  57.44 
 
 		 254 aa  259  3e-68  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1138  triosephosphate isomerase  56.56 
 
 		 254 aa  257  2e-67  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1097  triosephosphate isomerase  56.56 
 
 		 254 aa  257  2e-67  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1636  triosephosphate isomerase  57.77 
 
 		 254 aa  256  2e-67  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3104  Triose-phosphate isomerase  56.68 
 
 		 253 aa  253  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.275124  normal  0.622943 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1834  triosephosphate isomerase  55.73 
 
 		 256 aa  251  7e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.113682  normal  0.0103278 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1236  Triose-phosphate isomerase  58.44 
 
 		 253 aa  251  7e-66  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5129  Triose-phosphate isomerase  55.65 
 
 		 254 aa  248  5e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.246161 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4666  Triose-phosphate isomerase  55.65 
 
 		 254 aa  248  5e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1889  triosephosphate isomerase  60.08 
 
 		 252 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.193197  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5206  Triose-phosphate isomerase  54.39 
 
 		 254 aa  242  3.9999999999999997e-63  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4380  Triose-phosphate isomerase  53.14 
 
 		 254 aa  239  2e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2350  triosephosphate isomerase  57.83 
 
 		 250 aa  239  4e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2769  Triose-phosphate isomerase  55.69 
 
 		 262 aa  237  1e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.216684  hitchhiker  0.00002221 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1405  triosephosphate isomerase  57.32 
 
 		 256 aa  236  3e-61  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.194664  hitchhiker  0.0000346461 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1450  Triose-phosphate isomerase  51.93 
 
 		 252 aa  226  2e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.10934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0508  Triose-phosphate isomerase  51.87 
 
 		 263 aa  224  9e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.584203 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1972  triosephosphate isomerase  48.98 
 
 		 250 aa  216  2e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0120273 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0154  Triose-phosphate isomerase  47.56 
 
 		 247 aa  205  6e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.831794  normal  0.0612145 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1172  triosephosphate isomerase  51.43 
 
 		 248 aa  204  1e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.162207  normal  0.323144 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1621  triosephosphate isomerase  46.61 
 
 		 255 aa  202  4e-51  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0703383  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0542  triosephosphate isomerase  46.61 
 
 		 271 aa  202  5e-51  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2019  triosephosphate isomerase  51.38 
 
 		 256 aa  202  5e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0717  triosephosphate isomerase  47.13 
 
 		 251 aa  201  9e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.119458 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2989  Triose-phosphate isomerase  46.96 
 
 		 250 aa  201  9e-51  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.292891  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1885  triosephosphate isomerase  45.45 
 
 		 255 aa  201  9.999999999999999e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000744734  normal  0.534473 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1568  triosephosphate isomerase  41.57 
 
 		 254 aa  201  9.999999999999999e-51  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.384591  normal  0.243152 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3268  triosephosphate isomerase  47.13 
 
 		 257 aa  200  1.9999999999999998e-50  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0193189 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1852  triosephosphate isomerase  44.72 
 
 		 249 aa  200  1.9999999999999998e-50  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4716  triosephosphate isomerase  48.15 
 
 		 251 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1670  triosephosphate isomerase  44.18 
 
 		 251 aa  196  2.0000000000000003e-49  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.895843  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5608  triosephosphate isomerase  42.06 
 
 		 254 aa  196  3e-49  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4715  triosephosphate isomerase  47.74 
 
 		 251 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.151784  hitchhiker  0.00871946 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4581  triosephosphate isomerase  47.74 
 
 		 251 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.299699  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0775  triosephosphate isomerase  47.15 
 
 		 251 aa  195  5.000000000000001e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000354266  normal  0.0202698 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2275  triosephosphate isomerase  47.7 
 
 		 251 aa  195  6e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000308196  normal  0.102184 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3825  Triose-phosphate isomerase  44.75 
 
 		 256 aa  195  7e-49  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0712505  normal  0.267182 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1574  triosephosphate isomerase  42.39 
 
 		 249 aa  195  7e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0183532  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1615  triosephosphate isomerase  45.8 
 
 		 255 aa  195  7e-49  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1639  triosephosphate isomerase  47.7 
 
 		 251 aa  194  8.000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000000200734  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2251  triosephosphate isomerase  47.7 
 
 		 251 aa  194  8.000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000102764  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0925  triosephosphate isomerase  47.48 
 
 		 245 aa  194  9e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0737109  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1499  Triose-phosphate isomerase  48.15 
 
 		 248 aa  194  1e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0165539 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1893  triosephosphate isomerase  45.9 
 
 		 248 aa  194  1e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0274896  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2833  triosephosphate isomerase  47.3 
 
 		 251 aa  194  2e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.091999  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5468  triosephosphate isomerase  48.99 
 
 		 251 aa  193  2e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.50496  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2011  triosephosphate isomerase  47.35 
 
 		 259 aa  193  2e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000187443  normal  0.448479 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2216  triosephosphate isomerase  45.49 
 
 		 248 aa  193  2e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.596842 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1401  triosephosphate isomerase  48.98 
 
 		 251 aa  193  2e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0615206  normal  0.829458 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0959  triosephosphate isomerase  45.99 
 
 		 245 aa  193  3e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.138148  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1767  triosephosphate isomerase  46.53 
 
 		 249 aa  192  3e-48  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.91306  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1532  triosephosphate isomerase  48.39 
 
 		 253 aa  192  4e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.743336  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62830  triosephosphate isomerase  48.99 
 
 		 251 aa  192  4e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0151  Triose-phosphate isomerase  45.53 
 
 		 252 aa  192  5e-48  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2064  triosephosphate isomerase  45.12 
 
 		 248 aa  191  1e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0168982  normal  0.648241 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1026  triosephosphate isomerase  48.12 
 
 		 251 aa  191  1e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00133267  normal  0.306303 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0103  triosephosphate isomerase  44.53 
 
 		 256 aa  191  1e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3808  triosephosphate isomerase  45.45 
 
 		 255 aa  189  2e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.102844  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0870  triosephosphate isomerase  47.74 
 
 		 250 aa  190  2e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.695096  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1740  triosephosphate isomerase  46.12 
 
 		 245 aa  189  2.9999999999999997e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5579  triosephosphate isomerase  47.28 
 
 		 251 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000123744  normal  0.0751441 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0497  triosephosphate isomerase  42.63 
 
 		 252 aa  189  2.9999999999999997e-47  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1261  triosephosphate isomerase  46.99 
 
 		 251 aa  189  2.9999999999999997e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.168128 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3216  triosephosphate isomerase  46.72 
 
 		 258 aa  189  4e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00012954  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01285  triosephosphate isomerase  46.06 
 
 		 251 aa  189  4e-47  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.300976  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4494  triosephosphate isomerase  46.09 
 
 		 251 aa  188  7e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.321001  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1341  triosephosphate isomerase  45.85 
 
 		 259 aa  188  7e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000463974  normal  0.0307092 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1476  triosephosphate isomerase  45.53 
 
 		 249 aa  188  8e-47  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1410  Triose-phosphate isomerase  45.2 
 
 		 251 aa  187  1e-46  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0908  triosephosphate isomerase  41.46 
 
 		 250 aa  187  1e-46  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.842553  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4066  Triose-phosphate isomerase  43.55 
 
 		 255 aa  187  2e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4150  triosephosphate isomerase  43.55 
 
 		 255 aa  187  2e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4399  triosephosphate isomerase  43.55 
 
 		 255 aa  187  2e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03753  hypothetical protein  43.55 
 
 		 255 aa  187  2e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4359  triosephosphate isomerase  43.55 
 
 		 255 aa  187  2e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.626096 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0154  triosephosphate isomerase  44.67 
 
 		 255 aa  187  2e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4099  triosephosphate isomerase  43.55 
 
 		 255 aa  187  2e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0986  triosephosphate isomerase  41.87 
 
 		 260 aa  186  2e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000192621  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2289  triosephosphate isomerase  46.86 
 
 		 251 aa  187  2e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000000785898  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>