More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4257 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008687  Pden_4257  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  100 
 
 
481 aa  984    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2704  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  64.24 
 
 
487 aa  621  1e-177  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.299034 
 
 
-
 
NC_004310  BR0349  xanthine dehydrogenase, putative  60.67 
 
 
492 aa  560  1e-158  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0365  xanthine dehydrogenase, small subunit  60.46 
 
 
492 aa  557  1e-157  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.528905  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0451  xanthine dehydrogenase small subunit  57.53 
 
 
496 aa  555  1e-157  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.608502  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2833  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  59.49 
 
 
492 aa  555  1e-157  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3133  xanthine dehydrogenase, small subunit  58.35 
 
 
488 aa  553  1e-156  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.207802  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4620  xanthine dehydrogenase small subunit  58.19 
 
 
493 aa  549  1e-155  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.678377  normal  0.546493 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2861  xanthine dehydrogenase, small subunit  59.67 
 
 
488 aa  535  1e-151  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0406506  normal  0.82137 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3320  xanthine dehydrogenase  57.64 
 
 
490 aa  536  1e-151  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.151633  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4499  xanthine dehydrogenase small subunit  58.02 
 
 
496 aa  534  1e-150  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.999061  normal  0.0980927 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0860  xanthine dehydrogenase, small subunit  46.33 
 
 
504 aa  433  1e-120  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.588743  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0226  xanthine dehydrogenase, small subunit  51.14 
 
 
497 aa  427  1e-118  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.183423  normal  0.106399 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3660  xanthine dehydrogenase, N-terminal subunit  45.7 
 
 
484 aa  408  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.807153  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2751  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  46.33 
 
 
479 aa  408  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0433722  normal  0.51663 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3720  xanthine dehydrogenase, small subunit  47.65 
 
 
493 aa  399  9.999999999999999e-111  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1797  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  46.2 
 
 
484 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.014868  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3948  hypothetical protein  47.94 
 
 
485 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.804932  normal  0.121566 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4278  xanthine dehydrogenase, XdhA subunit  44.3 
 
 
484 aa  398  1e-109  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.513605  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1590  xanthine dehydrogenase, small subunit  44.09 
 
 
484 aa  395  1e-109  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.597851 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1815  ferredoxin:molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding:[2Fe-2S]-binding:CO dehydrogenase flavoprotein, C-terminal  44.79 
 
 
484 aa  395  1e-108  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.522719  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2425  ferredoxin:molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding:(2Fe-2S)-binding:CO dehydrogenase flavoprotein, C-terminal  45.67 
 
 
500 aa  394  1e-108  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0771886  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2958  putative xanthine dehydrogenase  46.64 
 
 
483 aa  393  1e-108  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0528227 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2422  xanthine dehydrogenase, small subunit  44.15 
 
 
505 aa  395  1e-108  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3604  xanthine dehydrogenase, small subunit  43.67 
 
 
484 aa  395  1e-108  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.703198  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3554  xanthine dehydrogenase, small subunit  47.17 
 
 
485 aa  390  1e-107  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0728  xanthine dehydrogenase, small subunit  44.51 
 
 
527 aa  390  1e-107  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.461227 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3842  xanthine dehydrogenase, small subunit  43.88 
 
 
484 aa  392  1e-107  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.977655  normal  0.775119 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2552  xanthine dehydrogenase, small subunit  44.38 
 
 
526 aa  387  1e-106  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.865646 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2095  putative xanthine dehydrogenase (subunit A) oxidoreductase protein  44.74 
 
 
516 aa  387  1e-106  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3924  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  44.87 
 
 
516 aa  387  1e-106  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.249552 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3237  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  46.76 
 
 
485 aa  386  1e-106  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.492862  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0893  molybdopterin dehydrogenase FAD-binding  44.44 
 
 
498 aa  387  1e-106  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.366411  normal  0.919592 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0499  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  45.01 
 
 
467 aa  387  1e-106  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.258857 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0711  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  44.96 
 
 
520 aa  387  1e-106  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0804  xanthine dehydrogenase, small subunit  44.6 
 
 
523 aa  384  1e-105  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0348  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  43.51 
 
 
528 aa  383  1e-105  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0658875  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1922  xanthine dehydrogenase, small subunit  44.42 
 
 
504 aa  383  1e-105  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.501378 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0832  2Fe-2S ferredoxin, iron-sulfur binding site  43.51 
 
 
528 aa  383  1e-105  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0793  xanthine dehydrogenase, small subunit  43 
 
 
507 aa  379  1e-104  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.229921 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0713  xanthine dehydrogenase, small subunit  46.02 
 
 
512 aa  380  1e-104  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2246  xanthine dehydrogenase, small subunit  44.01 
 
 
504 aa  380  1e-104  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3809  xanthine dehydrogenase  47.89 
 
 
484 aa  381  1e-104  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44710  xanthine dehydrogenase  47.48 
 
 
484 aa  382  1e-104  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0199275 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3886  putative xanthine dehydrogenase  43.42 
 
 
507 aa  377  1e-103  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4864  xanthine dehydrogenase, iron-sulfur binding subunit  42.18 
 
 
494 aa  375  1e-102  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0950  xanthine dehydrogenase, subunit A  43.71 
 
 
543 aa  372  1e-102  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.368271 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2424  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  40.98 
 
 
480 aa  373  1e-102  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3907  xanthine dehydrogenase, small subunit  42.19 
 
 
542 aa  369  1e-101  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02515  putative xanthine dehydrogenase, XdhA subunit  40.04 
 
 
480 aa  372  1e-101  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22290  xanthine dehydrogenase, small subunit  45.01 
 
 
496 aa  369  1e-101  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3041  xanthine dehydrogenase, small subunit  45.49 
 
 
515 aa  367  1e-100  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0266852 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0937  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  46.12 
 
 
486 aa  368  1e-100  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5910  xanthine dehydrogenase, small subunit  42.07 
 
 
537 aa  359  8e-98  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2042  xanthine dehydrogenase, N-terminal subunit  45.21 
 
 
505 aa  357  2.9999999999999997e-97  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0871  xanthine dehydrogenase, N-terminal subunit  45.21 
 
 
505 aa  357  2.9999999999999997e-97  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.222869  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3215  xanthine dehydrogenase  45.21 
 
 
505 aa  356  3.9999999999999996e-97  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.413066  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3160  xanthine dehydrogenase, small subunit  45.21 
 
 
505 aa  356  3.9999999999999996e-97  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3199  xanthine dehydrogenase family protein, iron-sulfur-binding/FAD-binding subunit  45.21 
 
 
505 aa  356  3.9999999999999996e-97  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.188115  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1339  xanthine dehydrogenase, small subunit  45.15 
 
 
501 aa  355  7.999999999999999e-97  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.00017372  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2699  xanthine dehydrogenase small subunit  41.46 
 
 
499 aa  354  2e-96  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1905  xanthine dehydrogenase, N-terminal subunit  45.01 
 
 
505 aa  353  2.9999999999999997e-96  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.259352  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2705  xanthine dehydrogenase, N-terminal subunit  45.01 
 
 
505 aa  353  2.9999999999999997e-96  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1408  xanthine dehydrogenase, N-terminal subunit  44.79 
 
 
592 aa  352  8.999999999999999e-96  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.332531  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1035  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  41.19 
 
 
506 aa  344  2.9999999999999997e-93  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.22588  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1155  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  43.69 
 
 
518 aa  343  2.9999999999999997e-93  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.874334  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3102  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  42.65 
 
 
507 aa  342  8e-93  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.238239  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2300  xanthine dehydrogenase small subunit  42.67 
 
 
476 aa  342  8e-93  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.289203  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2448  xanthine dehydrogenase, small subunit  42.86 
 
 
507 aa  342  9e-93  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1130  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  43.27 
 
 
507 aa  341  2e-92  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.16283  normal  0.329933 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3460  xanthine dehydrogenase, small subunit  40.8 
 
 
530 aa  338  1.9999999999999998e-91  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.266307 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_5002  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  41.84 
 
 
512 aa  329  7e-89  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1140  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  37.2 
 
 
552 aa  321  1.9999999999999998e-86  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.578898  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0799  putative xanthine dehydrogenase (subunit A) oxidoreductase protein  41.24 
 
 
515 aa  321  1.9999999999999998e-86  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1481  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  37 
 
 
571 aa  308  1.0000000000000001e-82  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0612404 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1789  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  44.47 
 
 
484 aa  304  2.0000000000000002e-81  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3759  xanthine dehydrogenase small subunit  40.13 
 
 
467 aa  300  4e-80  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1453  molybdopterin dehydrogenase FAD-binding protein  37.77 
 
 
461 aa  291  2e-77  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1788  xanthine dehydrogenase, small subunit  39.19 
 
 
467 aa  289  7e-77  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.350368  normal  0.377628 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2603  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  39.29 
 
 
468 aa  283  4.0000000000000003e-75  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0259  molybdopterin dehydrogenase FAD-binding  35.2 
 
 
514 aa  272  1e-71  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1636  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  38.49 
 
 
490 aa  253  6e-66  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6765  (2Fe-2S)-binding domain protein  32.27 
 
 
470 aa  240  2.9999999999999997e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0433  molybdopterin dehydrogenase FAD-binding protein  31.56 
 
 
450 aa  214  1.9999999999999998e-54  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.649108  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05613  Xanthine dehydrogenase (EC 1.17.1.4)(Purine hydroxylase I) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q12553]  50.32 
 
 
1363 aa  150  4e-35  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.542014  normal  0.0769199 
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_15968  predicted protein  50 
 
 
1387 aa  142  9.999999999999999e-33  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1423  xanthine dehydrogenase subunit XdhB  35.23 
 
 
295 aa  139  1e-31  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1959  xanthine dehydrogenase subunit XdhB  34.87 
 
 
294 aa  138  2e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.233255 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1738  molybdopterin dehydrogenase FAD-binding  29.93 
 
 
305 aa  132  2.0000000000000002e-29  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2413  molybdopterin dehydrogenase FAD-binding  31.87 
 
 
276 aa  131  3e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1735  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  40.88 
 
 
157 aa  128  2.0000000000000002e-28  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1570  (2Fe-2S)-binding domain protein  48.61 
 
 
157 aa  127  3e-28  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.939905  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3192  xanthine dehydrogenase subunit XdhB  30.88 
 
 
292 aa  126  8.000000000000001e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0194  (2Fe-2S)-binding domain protein  42.41 
 
 
154 aa  126  8.000000000000001e-28  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02700  xanthine dehydrogenase, FAD-binding subunit  30.88 
 
 
292 aa  126  1e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0825  molybdopterin dehydrogenase FAD-binding protein  30.88 
 
 
292 aa  126  1e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3596  ferredoxin:(2Fe-2S)-binding  46.21 
 
 
158 aa  126  1e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0591004  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0841  xanthine dehydrogenase subunit XdhB  30.88 
 
 
292 aa  126  1e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02662  hypothetical protein  30.88 
 
 
292 aa  126  1e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3027  xanthine dehydrogenase subunit XdhB  30.88 
 
 
292 aa  126  1e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>