197 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4160 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_4160  SoxH protein-like  100 
 
 		 312 aa  642    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.671969  normal  0.539982 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1231  beta-lactamase domain protein  72.04 
 
 		 318 aa  449  1e-125  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0606732 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1656  Rhodanese domain protein  51.86 
 
 		 438 aa  310  2e-83  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.613289  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2858  beta-lactamase domain protein  36.39 
 
 		 337 aa  208  1e-52  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1700  Beta-lactamase-like  35.29 
 
 		 382 aa  179  4e-44  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1880  Beta-lactamase-like  34.39 
 
 		 367 aa  175  9e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000360179  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0225  SoxH protein-like  35.09 
 
 		 378 aa  170  2e-41  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.986095  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2531  beta-lactamase domain protein  33.92 
 
 		 312 aa  161  1e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0080  beta-lactamase domain protein  32.48 
 
 		 319 aa  152  8e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0911  beta-lactamase domain protein  31.07 
 
 		 330 aa  137  2e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.289048  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0543  beta-lactamase domain protein  33.94 
 
 		 305 aa  129  6e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0255834  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0582  beta-lactamase domain protein  33.82 
 
 		 321 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2257  metallo-beta-lactamase family protein  33.2 
 
 		 323 aa  122  8e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.36851 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1041  beta lactamase precursor  32.06 
 
 		 318 aa  121  9.999999999999999e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.215964  normal  0.327704 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0150  beta-lactamase domain-containing protein  29.97 
 
 		 332 aa  115  7.999999999999999e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1597  beta-lactamase domain protein  32.52 
 
 		 318 aa  112  6e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.789295  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1940  beta-lactamase domain-containing protein  29.71 
 
 		 319 aa  112  9e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.386829  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1512  Beta-lactamase-like  29.96 
 
 		 298 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000011498  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1673  beta-lactamase domain protein  31.36 
 
 		 318 aa  111  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2278  Beta-lactamase-like  31.38 
 
 		 318 aa  110  4.0000000000000004e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1871  Beta-lactamase-like  26.22 
 
 		 309 aa  106  4e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1819  metallo-beta-lactamase family protein  30.56 
 
 		 333 aa  104  2e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0555  beta-lactamase domain protein  28.24 
 
 		 316 aa  103  3e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000575755  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2189  hypothetical protein  27.24 
 
 		 323 aa  100  5e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.887609  normal  0.357247 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0095  beta-lactamase domain-containing protein  30.96 
 
 		 315 aa  99.4  7e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.631738  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2427  beta lactamase precursor  30.28 
 
 		 287 aa  97.8  2e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.662224  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3516  beta-lactamase domain-containing protein  30.32 
 
 		 299 aa  97.8  2e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0323096  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3167  beta-lactamase domain protein  28.43 
 
 		 302 aa  94.4  2e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1782  beta-lactamase domain-containing protein  30.14 
 
 		 315 aa  94.7  2e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.378951 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3350  metallo-beta-lactamase family protein  26.97 
 
 		 342 aa  91.7  1e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4534  beta-lactamase-like  28.76 
 
 		 319 aa  90.5  3e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000147099  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1621  Beta-lactamase-like  27.71 
 
 		 334 aa  90.5  4e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.683443  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01746  hypothetical protein  27.42 
 
 		 319 aa  89.4  7e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.286797  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3948  beta-lactamase domain-containing protein  26.78 
 
 		 352 aa  89  9e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.288018  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2765  beta-lactamase domain protein  29.88 
 
 		 304 aa  88.2  1e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00567584  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0471  beta-lactamase domain protein  27.65 
 
 		 346 aa  87.4  3e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5952  putative metallo-beta-lactamase family protein  27.01 
 
 		 308 aa  87.4  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.229311 
 
 
-
 
NC_003296  RS04774  hypothetical protein  29.1 
 
 		 335 aa  85.5  9e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05663  hypothetical protein  29.1 
 
 		 335 aa  85.5  9e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2589  hypothetical protein  28.83 
 
 		 364 aa  85.1  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0926452  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5976  beta-lactamase domain protein  27.05 
 
 		 315 aa  85.5  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.133077  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5751  beta-lactamase domain-containing protein  26.69 
 
 		 321 aa  84.7  0.000000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0502881 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0922  beta-lactamase-like  27.18 
 
 		 318 aa  84.3  0.000000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0809  beta-lactamase domain-containing protein  31.85 
 
 		 318 aa  84.3  0.000000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.951581  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1247  beta-lactamase domain-containing protein  29.03 
 
 		 364 aa  82.8  0.000000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.352248  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0338  beta-lactamase-like protein  27.04 
 
 		 319 aa  81.6  0.00000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.549324 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0580  beta-lactamase domain-containing protein  26.89 
 
 		 321 aa  81.3  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4660  beta-lactamase domain protein  27.06 
 
 		 319 aa  81.3  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.413221  normal  0.152436 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4528  beta-lactamase domain protein  27.06 
 
 		 319 aa  81.3  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.256187  normal  0.560628 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1030  beta-lactamase domain protein  31.12 
 
 		 312 aa  80.5  0.00000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.932178  normal  0.324338 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1965  beta-lactamase domain-containing protein  26.43 
 
 		 320 aa  80.9  0.00000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.995598  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0298  metallo-beta-lactamase family protein  26.22 
 
 		 349 aa  80.5  0.00000000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0185877  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3399  hypothetical protein  26.8 
 
 		 327 aa  80.1  0.00000000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0521141 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4299  beta-lactamase domain-containing protein  26.38 
 
 		 321 aa  80.1  0.00000000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7214  beta-lactamase domain protein  25.11 
 
 		 319 aa  79.7  0.00000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.223112  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4217  Beta-lactamase-like  26 
 
 		 319 aa  79.3  0.00000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0427  hypothetical protein  25.11 
 
 		 319 aa  79.3  0.00000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000673109  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4197  beta-lactamase domain-containing protein  25.11 
 
 		 339 aa  79.3  0.00000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.216632  normal  0.10176 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1394  metallo-beta-lactamase family protein  26.92 
 
 		 318 aa  79.3  0.00000000000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4051  beta-lactamase domain-containing protein  24.47 
 
 		 319 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00000219811  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0292  beta-lactamase domain protein  26.29 
 
 		 319 aa  79  0.0000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.540358  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4551  beta-lactamase domain-containing protein  25.42 
 
 		 332 aa  78.6  0.0000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4039  Beta-lactamase-like  27.27 
 
 		 337 aa  78.2  0.0000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2305  beta-lactamase-like protein  25.62 
 
 		 314 aa  77.8  0.0000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0142167 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6284  beta-lactamase domain-containing protein  31.4 
 
 		 312 aa  77.8  0.0000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0941559  normal  0.0655244 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3721  beta-lactamase domain-containing protein  25.11 
 
 		 339 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.383554 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4303  beta-lactamase domain-containing protein  24.68 
 
 		 319 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.491104 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1934  beta-lactamase domain-containing protein  26.64 
 
 		 347 aa  76.3  0.0000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1961  beta-lactamase domain-containing protein  27.2 
 
 		 309 aa  75.9  0.0000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.141309  normal  0.452196 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0890  beta-lactamase-like  28.57 
 
 		 317 aa  75.5  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.434485  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2819  beta-lactamase domain protein  29.03 
 
 		 342 aa  74.7  0.000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4063  beta-lactamase-like  24.26 
 
 		 319 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.528155  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4303  beta-lactamase domain-containing protein  24.26 
 
 		 336 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.71602  normal  0.690743 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3215  beta-lactamase domain-containing protein  24.26 
 
 		 319 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.906038  normal  0.814855 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1902  beta-lactamase domain-containing protein  27.9 
 
 		 287 aa  74.7  0.000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.392348  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4537  beta-lactamase domain protein  28.57 
 
 		 314 aa  73.9  0.000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.630097  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3770  beta-lactamase domain-containing protein  26.04 
 
 		 312 aa  73.9  0.000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2500  beta-lactamase domain protein  29.8 
 
 		 315 aa  73.9  0.000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.397877 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1711  Beta-lactamase-like  23.83 
 
 		 319 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2106  beta-lactamase domain protein  29.8 
 
 		 315 aa  73.6  0.000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.105061  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0505  beta-lactamase domain protein  20.83 
 
 		 310 aa  73.9  0.000000000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1240  beta-lactamase domain protein  31.09 
 
 		 313 aa  73.6  0.000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0886366 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9074  2-keto-4-pentenoate hydratase/2-oxohepta-3-ene-1 7-dioic acid hydratase (catechol pathway)-like protein  29.34 
 
 		 637 aa  73.6  0.000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0906  Beta-lactamase-like  27.08 
 
 		 316 aa  73.2  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.681093  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4662  beta-lactamase domain protein  30.15 
 
 		 313 aa  72  0.00000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2363  beta-lactamase domain-containing protein  28.51 
 
 		 351 aa  72  0.00000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0849  beta-lactamase domain protein  24.89 
 
 		 321 aa  71.2  0.00000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0185105  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1017  beta-lactamase-like  26.67 
 
 		 316 aa  71.6  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.751913  normal  0.383116 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0565  putative metallo-beta-lactamase family protein  26.58 
 
 		 318 aa  71.6  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.612107  normal  0.757777 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1870  beta-lactamase domain-containing protein  25.37 
 
 		 591 aa  71.2  0.00000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1197  beta-lactamase domain protein  25.81 
 
 		 317 aa  70.9  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1300  beta-lactamase domain-containing protein  26.51 
 
 		 264 aa  70.9  0.00000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.862456  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2060  metallo-beta-lactamase family protein  26.5 
 
 		 318 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1026  Beta-lactamase-like  27.4 
 
 		 312 aa  70.9  0.00000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1103  putative hydrolase  25.68 
 
 		 312 aa  70.9  0.00000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0197828  normal  0.352936 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3232  metallo-beta-lactamase family protein  26.5 
 
 		 318 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0353  beta-lactamase-like  23.9 
 
 		 309 aa  70.9  0.00000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.586247  normal  0.377188 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3217  metallo-beta-lactamase family protein  26.5 
 
 		 318 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1925  metallo-beta-lactamase family protein  26.5 
 
 		 318 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0966006  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3115  hypothetical protein  26.15 
 
 		 351 aa  70.5  0.00000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>