68 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4145 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008687  Pden_4145  protein of unknown function DUF395, YeeE/YedE  100 
 
 
349 aa  671    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.689999  normal  0.855844 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3923  hypothetical protein  71.97 
 
 
348 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.554926 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2813  hypothetical protein  43.8 
 
 
362 aa  244  1.9999999999999999e-63  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.106511 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3665  YeeE/YedE family membrane protein  38.17 
 
 
352 aa  213  3.9999999999999995e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.318075  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4968  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  38.82 
 
 
400 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0151  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  36.98 
 
 
345 aa  189  5e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4379  hypothetical protein  35.63 
 
 
400 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.204255  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2872  hypothetical protein  36.72 
 
 
357 aa  181  2e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.418737  normal  0.0458182 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4263  protein of unknown function DUF395, YeeE/YedE  37.9 
 
 
400 aa  176  4e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.409839  normal  0.672808 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4152  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  35.91 
 
 
347 aa  164  3e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0839918  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2696  protein of unknown function DUF395, YeeE/YedE  34.44 
 
 
360 aa  159  5e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4041  YeeE/YedE  34.9 
 
 
367 aa  155  7e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1528  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  38.05 
 
 
368 aa  155  1e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0739  hypothetical protein  33.43 
 
 
371 aa  144  2e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.359729  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0811  protein of unknown function DUF395, YeeE/YedE  30.26 
 
 
373 aa  137  2e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.865482  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3776  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  35.08 
 
 
373 aa  135  9e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2671  hypothetical protein  31.95 
 
 
371 aa  135  9.999999999999999e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00350575  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1987  protein of unknown function DUF395, YeeE/YedE  34.4 
 
 
374 aa  134  3e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.442641  normal  0.351489 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4381  hypothetical protein  36.26 
 
 
351 aa  134  3e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1028  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  30.7 
 
 
373 aa  132  9e-30  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4970  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  34.81 
 
 
351 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.317851  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1667  protein of unknown function DUF395, YeeE/YedE  30.87 
 
 
423 aa  129  1.0000000000000001e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.432658  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1941  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  30.58 
 
 
371 aa  127  3e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.368246 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2201  transmembrane protein  29.81 
 
 
420 aa  127  3e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000866574 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0799  YeeE/YedE  31.18 
 
 
373 aa  126  6e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.236196  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1268  protein of unknown function DUF395, YeeE/YedE  32.28 
 
 
368 aa  124  2e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1097  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  33.76 
 
 
355 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.661012 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0688  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  31.94 
 
 
371 aa  120  3.9999999999999996e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.277778  normal  0.312102 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0777  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  33.33 
 
 
368 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.226768  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0732  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  31.94 
 
 
371 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.90241  normal  0.157208 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4161  protein of unknown function DUF395, YeeE/YedE  32.31 
 
 
360 aa  117  3e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.521985 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4955  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  33.12 
 
 
370 aa  109  8.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.363072  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1287  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  31.7 
 
 
364 aa  107  2e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0226086  normal  0.298807 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0571  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  28.77 
 
 
423 aa  103  3e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.484751  normal  0.560137 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3774  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  29.03 
 
 
374 aa  99.8  6e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4366  hypothetical protein  33.54 
 
 
363 aa  99.4  8e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3909  hypothetical protein  29.25 
 
 
353 aa  99  1e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.192183 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1485  putative transmembrane protein  35.05 
 
 
374 aa  97.4  3e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.552146 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4250  protein of unknown function DUF395, YeeE/YedE  32.7 
 
 
363 aa  94.7  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.778498  normal  0.233136 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3126  YeeE/YedE  28.3 
 
 
361 aa  94  3e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2224  hypothetical protein  28.18 
 
 
421 aa  90.1  5e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00550  predicted transporter component  27.83 
 
 
385 aa  82.8  0.000000000000007  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3681  putative membrane protein of unknown function with YeeE/YedE motives  28.4 
 
 
366 aa  82.4  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.241689  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2101  inner membrane protein YeeE  26.71 
 
 
344 aa  77  0.0000000000005  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0511  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  27.84 
 
 
330 aa  73.6  0.000000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000413537  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2440  putative transmembrane protein  31.8 
 
 
373 aa  72  0.00000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.746191  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2119  hypothetical protein  24.56 
 
 
359 aa  70.9  0.00000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0187465  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2082  hypothetical protein  24.56 
 
 
359 aa  70.9  0.00000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.000000100553  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04720  YeeE/YedE family protein (DUF395)  26.63 
 
 
359 aa  70.1  0.00000000006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1627  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  24.92 
 
 
352 aa  65.5  0.000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.275433 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2151  YeeE/YedE family membrane protein  24.62 
 
 
352 aa  65.1  0.000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2946  membrane protein, YeeE/YedE family  24.92 
 
 
352 aa  64.7  0.000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000897604 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1260  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  31.75 
 
 
402 aa  65.1  0.000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01916  predicted inner membrane protein  24.62 
 
 
352 aa  64.3  0.000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01902  hypothetical protein  24.62 
 
 
352 aa  64.3  0.000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1966  protein of unknown function DUF395, YeeE/YedE  31.39 
 
 
421 aa  63.2  0.000000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.629772  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2304  YeeE/YedE family membrane protein  24.62 
 
 
349 aa  62.8  0.000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1047  YeeE/YedE family membrane protein  24.62 
 
 
352 aa  62.8  0.000000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.588627  normal  0.12651 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1644  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  23.97 
 
 
334 aa  58.5  0.0000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_22780  YeeE/YedE family protein (DUF395)  26.92 
 
 
375 aa  58.5  0.0000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1823  transporter component  21.08 
 
 
343 aa  49.3  0.0001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  decreased coverage  0.00974172  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1691  hypothetical protein  25 
 
 
386 aa  46.6  0.0006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.187562 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0829  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  28.07 
 
 
409 aa  46.2  0.0009  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.100315  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0063  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  30.08 
 
 
471 aa  44.7  0.002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3453  protein of unknown function DUF395, YeeE/YedE  30.51 
 
 
371 aa  44.7  0.002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0372  protein of unknown function DUF395, YeeE/YedE  27.78 
 
 
415 aa  45.1  0.002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0719  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  30.23 
 
 
183 aa  43.9  0.005  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1170  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  26.84 
 
 
368 aa  43.1  0.007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.100634  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>