More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4143 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008687  Pden_4143  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  100 
 
 
149 aa  297  4e-80  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0816552 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1218  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  65.03 
 
 
142 aa  182  1.0000000000000001e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0205  cytidine and deoxycytidylate deaminase family protein  60.96 
 
 
157 aa  176  1e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0184  cytidine and deoxycytidylate deaminase family protein  60.96 
 
 
204 aa  176  1e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.436956  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0521  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  62.94 
 
 
145 aa  175  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.430095 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3095  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  61.64 
 
 
147 aa  175  2e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.786655  normal  0.970184 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0476  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  61.54 
 
 
145 aa  172  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.679753  normal  0.578248 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3035  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  59.86 
 
 
173 aa  171  1.9999999999999998e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0645  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  66.15 
 
 
164 aa  171  2.9999999999999996e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0911  cytidine and deoxycytidylate deaminase  61.54 
 
 
149 aa  171  3.9999999999999995e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.312122  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1926  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  71.32 
 
 
144 aa  170  5e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.512826  normal  0.748539 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0223  tRNA-adenosine deaminase  60.84 
 
 
151 aa  167  4e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0415  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  58.78 
 
 
149 aa  166  1e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.605346 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4179  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  65.89 
 
 
147 aa  164  5e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.450326  normal  0.560351 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2551  cytidine/deoxycytidylate deaminase, zinc-binding region  56.38 
 
 
148 aa  164  5e-40  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.107388  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3870  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  65.89 
 
 
147 aa  163  5.9999999999999996e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0619986 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4326  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  65.12 
 
 
147 aa  162  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.688995  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0908  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  56.38 
 
 
148 aa  162  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.464954  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2749  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  62.24 
 
 
155 aa  161  2.0000000000000002e-39  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.58237 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0427  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  63.28 
 
 
171 aa  162  2.0000000000000002e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1476  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  59.54 
 
 
151 aa  159  1e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3172  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  55.7 
 
 
148 aa  159  2e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0411701  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3230  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  63.08 
 
 
146 aa  157  3e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00262263 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6056  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  63.57 
 
 
158 aa  157  5e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0183859  normal  0.29725 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1272  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  55.7 
 
 
148 aa  157  6e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.658036 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0072  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  67.44 
 
 
162 aa  156  7e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2789  hypothetical protein  71.43 
 
 
151 aa  156  1e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.769709  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6592  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  62.02 
 
 
158 aa  155  2e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.103435  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1211  cytidine and deoxycytidylate deaminase zinc-binding protein  51.75 
 
 
148 aa  154  3e-37  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0208856  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4636  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  59.72 
 
 
146 aa  154  4e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0941  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  70.47 
 
 
150 aa  152  1e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.180946  normal  0.53419 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1700  tRNA-adenosine deaminase  53.69 
 
 
148 aa  152  1e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.448042  normal  0.760302 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1355  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  58.14 
 
 
148 aa  150  5e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.939679  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1170  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  61.72 
 
 
148 aa  149  1e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.358945 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0650  tRNA-adenosine deaminase  58.14 
 
 
159 aa  147  6e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1908  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  60.71 
 
 
151 aa  146  8e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2267  hypothetical protein  70.47 
 
 
150 aa  145  2.0000000000000003e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0504375  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0025  tRNA-adenosine deaminase  53.69 
 
 
150 aa  145  2.0000000000000003e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00000596631  hitchhiker  0.00000110312 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2230  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  71.68 
 
 
114 aa  144  4.0000000000000006e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.000174043  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0014  tRNA-adenosine deaminase  44.06 
 
 
158 aa  138  1.9999999999999998e-32  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000574394  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2323  tRNA-adenosine deaminase  57.36 
 
 
150 aa  135  2e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.034799 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2704  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  46.85 
 
 
154 aa  135  2e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3399  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  46.85 
 
 
154 aa  135  2e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.837271  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0777  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  46.98 
 
 
155 aa  134  4e-31  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2493  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  49.65 
 
 
158 aa  133  8e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2012  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  55.2 
 
 
178 aa  133  9e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.168679  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1609  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  51.01 
 
 
165 aa  133  9e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0448042  normal  0.295189 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0619  tRNA-adenosine deaminase  54.33 
 
 
174 aa  132  1.9999999999999998e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.0703101 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0367  cytosine/adenosine deaminase  41.22 
 
 
160 aa  130  6e-30  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000211246 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1680  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  53.15 
 
 
142 aa  129  2.0000000000000002e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0174432  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0009  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  45.64 
 
 
148 aa  128  3e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000143091  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1986  tRNA-adenosine deaminase  48.95 
 
 
152 aa  127  4.0000000000000003e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.365375  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4941  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  47.97 
 
 
168 aa  127  4.0000000000000003e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3540  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  42.95 
 
 
162 aa  127  4.0000000000000003e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00955446 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0608  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  42.28 
 
 
154 aa  127  4.0000000000000003e-29  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.740984  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0498  cytosine deaminase, putative  45.64 
 
 
153 aa  127  5.0000000000000004e-29  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.490204 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1416  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  46.15 
 
 
152 aa  127  5.0000000000000004e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0624  tRNA-adenosine deaminase  40.27 
 
 
153 aa  127  5.0000000000000004e-29  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0469  cytidine and deoxycytidylate deaminase family protein  46.15 
 
 
135 aa  125  3e-28  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0542  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  44.83 
 
 
152 aa  124  3e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.600523  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2509  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  46.98 
 
 
154 aa  124  4.0000000000000003e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0557203  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0031  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  43.75 
 
 
148 aa  124  4.0000000000000003e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000369042  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0449  cytidine and deoxycytidylate deaminase family protein  47.66 
 
 
140 aa  124  4.0000000000000003e-28  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2788  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  47.3 
 
 
158 aa  124  5e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0654304  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2018  tRNA-adenosine deaminase  48.95 
 
 
144 aa  123  9e-28  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3440  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  42.07 
 
 
152 aa  123  1e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0280  tRNA-adenosine deaminase  49.66 
 
 
176 aa  122  1e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0037  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  43.36 
 
 
143 aa  122  1e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3619  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  44.76 
 
 
166 aa  122  2e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0289  zinc-binding domain-containing protein  49.26 
 
 
137 aa  121  3e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0573  cytidine/deoxycytidylate deaminase, zinc-binding region  46.32 
 
 
139 aa  121  3e-27  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2142  tRNA-adenosine deaminase  45.45 
 
 
147 aa  121  3e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0190  cytosine deaminase, putative  40.27 
 
 
153 aa  121  3e-27  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.559355  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2031  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  53.15 
 
 
195 aa  121  3e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1846  tRNA-adenosine deaminase  44.44 
 
 
177 aa  121  4e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.916039  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0017  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  44.97 
 
 
151 aa  120  5e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.484063  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9319  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  50 
 
 
154 aa  120  5e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.91468  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2035  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  45.95 
 
 
231 aa  120  7e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0981147 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0037  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  41.96 
 
 
143 aa  119  9e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2502  tRNA-adenosine deaminase  44.76 
 
 
161 aa  119  9.999999999999999e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000000211119  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3763  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  49.65 
 
 
150 aa  119  9.999999999999999e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.253802  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3417  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  48.25 
 
 
158 aa  119  9.999999999999999e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0018  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  44.44 
 
 
160 aa  119  9.999999999999999e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000222669  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0668  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  41.61 
 
 
156 aa  119  9.999999999999999e-27  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2778  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  44.06 
 
 
165 aa  119  9.999999999999999e-27  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2131  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  44.76 
 
 
151 aa  118  1.9999999999999998e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000198227  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0277  tRNA-adenosine deaminase  48.95 
 
 
143 aa  118  1.9999999999999998e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.681033  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1603  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  46.15 
 
 
161 aa  118  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0633824  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0471  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  48.46 
 
 
154 aa  119  1.9999999999999998e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0738  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  45.39 
 
 
150 aa  118  3e-26  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1317  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  48.95 
 
 
175 aa  118  3e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0325  tRNA-adenosine deaminase  43.17 
 
 
170 aa  117  3.9999999999999996e-26  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.00296157  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3536  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  50 
 
 
152 aa  117  3.9999999999999996e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1942  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  39.86 
 
 
152 aa  117  4.9999999999999996e-26  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0232  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  44.76 
 
 
157 aa  117  6e-26  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.0819594  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0357  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  48.63 
 
 
154 aa  117  7e-26  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0483  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  48.25 
 
 
176 aa  116  7.999999999999999e-26  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.705581 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0839  tRNA-adenosine deaminase  45.14 
 
 
151 aa  115  9.999999999999999e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0017  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  44.06 
 
 
164 aa  116  9.999999999999999e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0616301  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0143  putative cytidine/deoxycytidylate deaminase  39.86 
 
 
155 aa  115  1.9999999999999998e-25  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>