More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4142 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_4142  RNA-binding S4 domain-containing protein  100 
 
 		 457 aa  878    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.101102 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2266  pseudouridine synthase  64.79 
 
 		 508 aa  362  9e-99  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0326251  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1927  pseudouridine synthase, Rsu  73.53 
 
 		 422 aa  355  1e-96  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.975227  normal  0.86306 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2231  RNA-binding S4 domain-containing protein  73.39 
 
 		 466 aa  352  5.9999999999999994e-96  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00234161  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0940  RNA-binding S4 domain-containing protein  71.24 
 
 		 489 aa  351  2e-95  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.811015  normal  0.643203 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2790  RNA pseudouridine synthase  71.31 
 
 		 322 aa  344  2e-93  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.525633  normal  0.683012 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1217  pseudouridine synthase, Rsu  66.26 
 
 		 296 aa  326  5e-88  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.970304 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1356  RNA-binding S4 domain protein  56.93 
 
 		 736 aa  303  4.0000000000000003e-81  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.284872  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0477  RNA-binding S4 domain protein  59.04 
 
 		 689 aa  303  5.000000000000001e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.53583  normal  0.544761 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1273  pseudouridine synthase Rsu  62.23 
 
 		 795 aa  303  5.000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.897048 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0910  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  59.34 
 
 		 704 aa  302  1e-80  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.237604  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1701  putative pseudouridine synthase, Rsu  58.57 
 
 		 690 aa  299  6e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.305016  normal  0.35374 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0652  pseudouridine synthase, Rsu  61.11 
 
 		 293 aa  299  9e-80  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0843984  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2550  pseudouridine synthase, Rsu  58.92 
 
 		 680 aa  296  5e-79  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0219746  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3171  pseudouridine synthase, Rsu  57.32 
 
 		 687 aa  294  2e-78  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.601748  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6055  RNA-binding S4 domain-containing protein  58.68 
 
 		 609 aa  291  1e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.228541  normal  0.392617 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3036  RNA-binding S4 domain-containing protein  56.67 
 
 		 576 aa  291  1e-77  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.246075  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6591  RNA-binding S4 domain protein  60.17 
 
 		 576 aa  290  3e-77  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.351846  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0618  pseudouridine synthase, Rsu  55.68 
 
 		 372 aa  290  3e-77  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0879771 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0069  RNA-binding S4 domain-containing protein  57.26 
 
 		 601 aa  290  4e-77  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.394363  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0907  pseudouridine synthase Rsu  58.8 
 
 		 743 aa  289  7e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0206  RNA pseudouridylate synthase family protein  56.85 
 
 		 598 aa  286  4e-76  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1171  pseudouridine synthase Rsu  59.26 
 
 		 784 aa  286  4e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.312711 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4321  RNA-binding S4 domain protein  55.78 
 
 		 577 aa  286  5.999999999999999e-76  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0568238  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0416  pseudouridine synthase  54.73 
 
 		 576 aa  286  5.999999999999999e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.561279 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3094  RNA-binding S4 domain-containing protein  58.58 
 
 		 620 aa  286  7e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.703122 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0644  RNA-binding S4 domain-containing protein  55.92 
 
 		 327 aa  285  9e-76  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0185  RNA pseudouridylate synthase family protein  56.43 
 
 		 598 aa  285  1.0000000000000001e-75  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1210  RNA pseudouridine synthase  53.66 
 
 		 499 aa  284  3.0000000000000004e-75  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.125933  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3861  RNA-binding S4 domain-containing protein  56.67 
 
 		 669 aa  281  1e-74  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.227341 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4170  RNA-binding S4 domain protein  56.25 
 
 		 674 aa  281  2e-74  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2376  RNA-binding S4 domain-containing protein  56.28 
 
 		 528 aa  279  9e-74  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  decreased coverage  0.000179936  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0428  pseudouridine synthase, Rsu  57.51 
 
 		 466 aa  278  1e-73  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2874  RNA-binding S4 domain protein  57.63 
 
 		 676 aa  278  1e-73  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0536834 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1478  RNA-binding S4 domain-containing protein  57.08 
 
 		 247 aa  268  1e-70  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.367389  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2009  RNA-binding S4 domain protein  56.6 
 
 		 264 aa  258  2e-67  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.113163  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4639  RNA-binding S4 domain-containing protein  40.29 
 
 		 501 aa  255  1.0000000000000001e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2705  pseudouridine synthase  53.07 
 
 		 286 aa  241  2e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0707065  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1058  pseudouridine synthase, Rsu  48.66 
 
 		 285 aa  214  2.9999999999999995e-54  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.042394  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1297  pseudouridine synthase, Rsu  47.6 
 
 		 270 aa  207  3e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.445377  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2001  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  46.15 
 
 		 686 aa  174  3.9999999999999995e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.850732  normal  0.19762 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2873  pseudouridine synthase  41.8 
 
 		 736 aa  171  2e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0689  pseudouridine synthase  42.98 
 
 		 253 aa  169  8e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3863  pseudouridine synthase, Rsu  36.01 
 
 		 680 aa  169  9e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.695211  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  40.93 
 
 		 271 aa  167  4e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1089  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.73 
 
 		 290 aa  165  2.0000000000000002e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.164298  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23110  hypothetical protein  37.74 
 
 		 386 aa  164  3e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000760883 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1951  hypothetical protein  39.43 
 
 		 386 aa  163  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0106658  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1230  pseudouridine synthase  42.79 
 
 		 587 aa  163  5.0000000000000005e-39  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0560095  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1142  pseudouridine synthase  42.67 
 
 		 309 aa  162  1e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1296  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.53 
 
 		 249 aa  162  1e-38  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.531864  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1912  RNA pseudouridylate synthase family protein  38.43 
 
 		 513 aa  161  2e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.402665  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1737  RNA pseudouridine synthase family protein  38.43 
 
 		 554 aa  161  2e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0207122  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.52 
 
 		 615 aa  161  3e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4141  pseudouridine synthase  38.38 
 
 		 554 aa  161  3e-38  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.244372  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0178  RNA pseudouridine synthase family protein  38.43 
 
 		 554 aa  161  3e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00491144  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0988  RNA pseudouridine synthase family protein  38.43 
 
 		 554 aa  161  3e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1510  RNA pseudouridine synthase family protein  38.43 
 
 		 554 aa  161  3e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1038  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.41 
 
 		 332 aa  160  3e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.716965 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1732  pseudouridine synthase  38.62 
 
 		 597 aa  160  4e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1759  RNA pseudouridine synthase family protein  38.43 
 
 		 554 aa  160  4e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.282053  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2567  RNA pseudouridylate synthase family protein  40.54 
 
 		 502 aa  160  6e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00446007  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1096  pseudouridine synthase  42.33 
 
 		 417 aa  160  6e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1379  pseudouridine synthase, Rsu  37.92 
 
 		 572 aa  160  6e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1867  pseudouridine synthase  40 
 
 		 527 aa  159  1e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.919575  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4638  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.43 
 
 		 588 aa  159  1e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.386925  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4592  pseudouridine synthase  41.94 
 
 		 624 aa  159  1e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.667434  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2034  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.52 
 
 		 631 aa  159  1e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.209025 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1419  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.92 
 
 		 572 aa  159  1e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0617825 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1473  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.29 
 
 		 586 aa  158  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.780813  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2823  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.21 
 
 		 633 aa  158  2e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1016  pseudouridine synthase, Rsu  38.29 
 
 		 586 aa  158  2e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.718536  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1758  pseudouridine synthase  38.04 
 
 		 554 aa  158  2e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.324653  normal  0.0138956 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  43.17 
 
 		 274 aa  158  2e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1497  pseudouridine synthase, Rsu  38.29 
 
 		 586 aa  158  2e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1064  RNA pseudouridylate synthase family protein  40.54 
 
 		 380 aa  157  3e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1228  pseudouridine synthase, Rsu  42.67 
 
 		 317 aa  157  3e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000379641  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  39.69 
 
 		 556 aa  157  3e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3411  pseudouridine synthase  40.25 
 
 		 255 aa  157  5.0000000000000005e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0743  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.67 
 
 		 325 aa  156  7e-37  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.405122  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2039  23S rRNA pseudouridylate synthase B  42.92 
 
 		 344 aa  156  8e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1286  hypothetical protein  39.42 
 
 		 598 aa  155  1e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0722025  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1629  pseudouridine synthase  37.65 
 
 		 626 aa  155  1e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621954 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1929  23S rRNA pseudouridylate synthase B  45 
 
 		 289 aa  155  1e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2613  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.06 
 
 		 544 aa  155  1e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0609714  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1114  pseudouridine synthase  39 
 
 		 594 aa  154  2e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.692137  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2169  23S rRNA pseudouridylate synthase B  44.09 
 
 		 301 aa  154  2.9999999999999998e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.310222  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02283  pseudouridine synthase (makes pseudouridine2605 in 23 S RNA)  43.5 
 
 		 298 aa  154  2.9999999999999998e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.268189  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1722  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.16 
 
 		 398 aa  154  2.9999999999999998e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.950771  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2309  23S rRNA pseudouridylate synthase B  42.49 
 
 		 344 aa  154  4e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1396  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.3 
 
 		 239 aa  154  4e-36  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.131517  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1402  hypothetical protein  43.64 
 
 		 248 aa  153  5.9999999999999996e-36  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0309  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.53 
 
 		 255 aa  153  5.9999999999999996e-36  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1594  hypothetical protein  43.64 
 
 		 248 aa  153  7e-36  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1928  23S rRNA pseudouridylate synthase B  43.58 
 
 		 318 aa  153  7e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.521525  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1207  pseudouridine synthase  39 
 
 		 594 aa  152  8.999999999999999e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.948896  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  42.86 
 
 		 251 aa  152  1e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1467  23S rRNA pseudouridylate synthase B  43.64 
 
 		 290 aa  152  1e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1872  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  32.7 
 
 		 383 aa  152  1e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1901  23S rRNA pseudouridylate synthase B  43.64 
 
 		 290 aa  152  1e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000316134 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>