250 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4095 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_4095  phage integrase family protein  100 
 
 		 335 aa  691    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2419  phage integrase family protein  36.45 
 
 		 307 aa  167  2e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.342392 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1328  phage integrase  33.84 
 
 		 333 aa  154  2.9999999999999998e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.478819  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1375  phage integrase family protein  33.33 
 
 		 336 aa  151  1e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.182465 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3588  phage integrase  40.85 
 
 		 197 aa  113  5e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.385994 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6744  putative phage integrase  29.41 
 
 		 382 aa  106  7e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.15121  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2418  phage integrase family protein  32.39 
 
 		 230 aa  103  4e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.349655 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4150  phage integrase family protein  28.8 
 
 		 326 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0489444 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1931  hypothetical protein  29.35 
 
 		 388 aa  96.3  7e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00772625  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2857  phage integrase  26.15 
 
 		 359 aa  96.3  8e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4057  site-specific recombinase, phage integrase family  31.78 
 
 		 325 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.251442  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0988  integrase family protein  29.1 
 
 		 370 aa  94  4e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.934972 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2865  phage integrase  28.78 
 
 		 370 aa  93.6  4e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.520837  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6147  Integrase  25.33 
 
 		 344 aa  89.4  7e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.236662  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6293  integrase family protein  27.08 
 
 		 344 aa  89.4  7e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2257  phage integrase family site specific recombinase  26.34 
 
 		 342 aa  87.8  2e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000231464  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1790  phage integrase family protein  27.43 
 
 		 361 aa  88.2  2e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0999654  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2929  integrase family protein  29.79 
 
 		 351 aa  87.4  3e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2653  integrase family protein  28.9 
 
 		 421 aa  87.4  3e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.534879  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3623  putative integrase  28.34 
 
 		 373 aa  85.5  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.238631  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0966  phage integrase family site specific recombinase  26.13 
 
 		 341 aa  84.7  0.000000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.832131  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0995  phage integrase family protein  27.52 
 
 		 324 aa  84.3  0.000000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0268254  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0812  integrase family protein  30.15 
 
 		 385 aa  82.8  0.000000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.427445  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3879  integrase family protein  26.48 
 
 		 349 aa  82.4  0.00000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2771  phage-related integrase  26.53 
 
 		 311 aa  80.1  0.00000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.256547  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1951  phage-related integrase  26.01 
 
 		 343 aa  80.1  0.00000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.242299  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3294  phage integrase family protein  25.9 
 
 		 360 aa  79  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.550021  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2290  phage-related integrase  27.18 
 
 		 346 aa  78.2  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.306481  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0970  integrase family protein  25.23 
 
 		 367 aa  77.4  0.0000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.605472  normal  0.569329 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1150  phage integrase family site specific recombinase  26.77 
 
 		 341 aa  77.4  0.0000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000198353  hitchhiker  0.0000000000000625111 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2301  integrase protein  25.93 
 
 		 329 aa  77.4  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.054386  hitchhiker  1.04073e-17 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2817  site-specific recombinase, phage integrase family  26.49 
 
 		 359 aa  76.3  0.0000000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000101654  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2475  integrase family protein  26.62 
 
 		 345 aa  75.5  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1692  phage integrase  27.27 
 
 		 348 aa  74.7  0.000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.50677 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3728  phage integrase family protein  26.69 
 
 		 342 aa  75.1  0.000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.315534  normal  0.558522 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2519  integrase family protein  29.27 
 
 		 346 aa  72.4  0.00000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2946  integrase  25.99 
 
 		 312 aa  71.6  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00837646  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1662  integrase/recombinase  24.42 
 
 		 348 aa  71.2  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0125485  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3344  phage integrase family protein  28.01 
 
 		 360 aa  70.9  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.563509  normal  0.0469601 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0395  phage integrase family protein  25.85 
 
 		 397 aa  69.7  0.00000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.887583 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0831  phage integrase family protein  25.71 
 
 		 362 aa  69.7  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0275  phage integrase  27.38 
 
 		 359 aa  68.9  0.0000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0362718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0140  phage integrase family protein  27.03 
 
 		 375 aa  68.9  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.42287  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3585  phage integrase  24.15 
 
 		 411 aa  67.8  0.0000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.597607 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1016  phage integrase family protein  24.44 
 
 		 338 aa  66.6  0.0000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.676383 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0877  phage integrase family protein  28.19 
 
 		 356 aa  66.6  0.0000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3384  phage integrase family protein  27.32 
 
 		 338 aa  66.2  0.0000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000032973  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2889  lambda integrase  28.19 
 
 		 356 aa  65.5  0.000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00939202  normal  0.0727877 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0800  phage integrase family protein  27.75 
 
 		 356 aa  65.1  0.000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.501928  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2846  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  27.65 
 
 		 344 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0361729 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1177  integrase family protein  24.31 
 
 		 383 aa  65.1  0.000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.28411  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0886  phage-related integrase  23.34 
 
 		 349 aa  64.7  0.000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.280114  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0617  phage integrase  25 
 
 		 383 aa  64.3  0.000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.342043  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4875  integrase family protein  24.86 
 
 		 368 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.446933  hitchhiker  0.00171454 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3509  integrase family protein  26.25 
 
 		 338 aa  64.3  0.000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.167819  hitchhiker  0.00517521 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2783  phage integrase family protein  25.28 
 
 		 367 aa  63.5  0.000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00148084  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1129  site-specific recombinase, phage integrase family  23.13 
 
 		 339 aa  63.2  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  5.3601e-24 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7358  integrase family protein  26.69 
 
 		 344 aa  63.2  0.000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.210613  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2832  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  27.99 
 
 		 344 aa  62.8  0.000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.206304  normal  0.330128 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1076  integrase  25.62 
 
 		 250 aa  63.2  0.000000007  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0619  phage integrase family protein  26.13 
 
 		 389 aa  62.8  0.000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1927  integrase family protein  25 
 
 		 350 aa  62.8  0.000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4726  integrase family protein  25.5 
 
 		 404 aa  62.4  0.00000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.981437  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0325  phage integrase  25.85 
 
 		 389 aa  62.4  0.00000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.701127  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1344  integrase family protein  22.99 
 
 		 292 aa  62.4  0.00000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000678444  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1584  phage integrase family protein  23.74 
 
 		 376 aa  62.4  0.00000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4384  integrase family protein  25.61 
 
 		 479 aa  60.5  0.00000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.666381  normal  0.543633 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3721  phage integrase family protein  23.38 
 
 		 376 aa  60.5  0.00000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4399  integrase family protein  23.38 
 
 		 376 aa  60.5  0.00000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.685705  normal  0.0426652 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3213  integrase family protein  26.24 
 
 		 388 aa  59.3  0.00000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0044  phage integrase family site specific recombinase  22.83 
 
 		 376 aa  58.5  0.0000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.374231  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3599  integrase family protein  26.71 
 
 		 180 aa  59.3  0.0000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.616601  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0894  phage-related integrase  26.55 
 
 		 339 aa  58.9  0.0000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3201  integrase family protein  25.8 
 
 		 351 aa  58.5  0.0000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.689071 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0969  integrase family protein  24.92 
 
 		 426 aa  58.9  0.0000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.686349  normal  0.45689 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0826  phage integrase family protein  24.47 
 
 		 294 aa  58.9  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.132238  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1474  phage integrase family site specific recombinase  30.22 
 
 		 164 aa  57.8  0.0000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1185  phage-related integrase  27.08 
 
 		 339 aa  58.5  0.0000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1212  integrase family protein  26.91 
 
 		 339 aa  58.2  0.0000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.225164  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2644  phage integrase family protein  26.84 
 
 		 335 aa  58.2  0.0000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00120469  normal  1 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5393  integrase family protein  26.28 
 
 		 304 aa  58.2  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011733  PCC7424_5613  hypothetical protein  23.65 
 
 		 273 aa  57.8  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2854  integrase family protein  26.24 
 
 		 351 aa  57.8  0.0000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.820272 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0046  Phage integrase  26.09 
 
 		 251 aa  57.8  0.0000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.380307  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3110  putative phage integrase  25.49 
 
 		 350 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000337156  decreased coverage  0.0000174724 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2250  phage integrase family site specific recombinase  25.18 
 
 		 338 aa  57.8  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  6.150880000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00705  hypothetical protein  36.36 
 
 		 304 aa  57.8  0.0000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000850407  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0376  integrase family protein  26.55 
 
 		 339 aa  57  0.0000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4009  prophage LambdaBa04, site-specific recombinase, phage integrase family  26.38 
 
 		 180 aa  57  0.0000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1407  integrase family protein  27.27 
 
 		 374 aa  57  0.0000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0609363  normal  0.0878514 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1340  phage-related integrase  26.18 
 
 		 339 aa  57  0.0000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1379  phage integrase  26.82 
 
 		 359 aa  57  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000565692 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2029  phage integrase  26.82 
 
 		 359 aa  57  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.188872  normal  0.0993134 
 
 
-
 
NC_011734  PCC7424_5625  integrase family protein  24.38 
 
 		 273 aa  57  0.0000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3048  integrase family protein  27.35 
 
 		 374 aa  56.6  0.0000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0847  integrase family protein  27.78 
 
 		 374 aa  56.6  0.0000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.136673  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0429  phage-related integrase  25.27 
 
 		 339 aa  56.6  0.0000006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1456  integrase family protein  24.38 
 
 		 337 aa  56.6  0.0000007  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.699839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1432  integrase  27.37 
 
 		 359 aa  56.2  0.0000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00370653  normal  0.301971 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3565  phage integrase family protein  24.69 
 
 		 402 aa  56.2  0.0000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000473566  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>