237 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4070 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_4070  hypothetical protein  100 
 
 		 504 aa  1007    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.73657 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2620  hypothetical protein  40.97 
 
 		 498 aa  295  1e-78  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.27226  normal  0.225065 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0441  hypothetical protein  40.21 
 
 		 527 aa  294  2e-78  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.870826  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1980  hypothetical protein  39.73 
 
 		 515 aa  294  3e-78  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.981976 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1629  hypothetical protein  40.5 
 
 		 518 aa  294  3e-78  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.158753  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2414  hypothetical protein  35.58 
 
 		 507 aa  293  5e-78  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2124  hypothetical protein  41.11 
 
 		 491 aa  290  4e-77  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2054  hypothetical protein  35.85 
 
 		 518 aa  290  5.0000000000000004e-77  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0154477  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2101  hypothetical protein  35.85 
 
 		 519 aa  290  5.0000000000000004e-77  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.399402  normal  1 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4558  hypothetical protein  35.85 
 
 		 519 aa  290  5.0000000000000004e-77  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2272  hypothetical protein  35.85 
 
 		 519 aa  290  5.0000000000000004e-77  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.86353  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2284  protein of unknown function DUF195  35.85 
 
 		 519 aa  290  5.0000000000000004e-77  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0239912  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00561  hypothetical protein  40.63 
 
 		 510 aa  288  1e-76  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001928  DNA recombination protein RmuC  41.16 
 
 		 510 aa  288  1e-76  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2104  hypothetical protein  35.85 
 
 		 518 aa  288  2e-76  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.607769  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2041  hypothetical protein  36.25 
 
 		 537 aa  286  4e-76  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1864  hypothetical protein  36.03 
 
 		 521 aa  286  8e-76  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.940274  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2110  hypothetical protein  36.03 
 
 		 521 aa  285  9e-76  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.664501  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2235  hypothetical protein  36.03 
 
 		 521 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0248668  normal  0.25441 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0083  hypothetical protein  39.15 
 
 		 453 aa  285  1.0000000000000001e-75  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.884602 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2346  hypothetical protein  38.4 
 
 		 522 aa  283  5.000000000000001e-75  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2528  hypothetical protein  37.1 
 
 		 498 aa  281  2e-74  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2040  hypothetical protein  37.12 
 
 		 548 aa  281  2e-74  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.706062  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2433  hypothetical protein  40.69 
 
 		 513 aa  281  2e-74  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2995  DNA recombination protein RumC  39.63 
 
 		 506 aa  280  4e-74  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1614  hypothetical protein  37.86 
 
 		 494 aa  276  9e-73  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0228591  normal  0.73372 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1623  putative alpha helix chain  38.83 
 
 		 462 aa  275  2.0000000000000002e-72  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.577151  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01951  RmuC  36.9 
 
 		 429 aa  274  3e-72  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.537829  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1894  hypothetical protein  35.68 
 
 		 520 aa  269  1e-70  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4248  protein of unknown function DUF195  39.57 
 
 		 518 aa  267  4e-70  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.474867  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4057  hypothetical protein  38.24 
 
 		 520 aa  265  2e-69  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0133  hypothetical protein  40.11 
 
 		 424 aa  264  3e-69  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000273434  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0145  protein of unknown function DUF195  40.48 
 
 		 420 aa  262  8e-69  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00000549267  normal  0.154744 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4296  DNA recombination protein RmuC  40.88 
 
 		 476 aa  261  1e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4177  DNA recombination protein RmuC  40.88 
 
 		 476 aa  261  1e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.608265  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4356  DNA recombination protein RmuC  40.88 
 
 		 476 aa  261  1e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.881162  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4200  DNA recombination protein RmuC  40.88 
 
 		 476 aa  261  1e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4249  DNA recombination protein RmuC  40.88 
 
 		 476 aa  261  2e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3961  DNA recombination protein RmuC  40.7 
 
 		 485 aa  261  2e-68  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0880517 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1321  hypothetical protein  36.61 
 
 		 427 aa  261  3e-68  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4304  DNA recombination protein RmuC  39.78 
 
 		 475 aa  260  4e-68  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4215  DNA recombination protein RmuC  40.06 
 
 		 475 aa  260  5.0000000000000005e-68  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00178154 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4176  DNA recombination protein RmuC  40.06 
 
 		 475 aa  260  5.0000000000000005e-68  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0130671 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4147  protein of unknown function DUF195  39.78 
 
 		 475 aa  259  6e-68  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4353  DNA recombination protein RmuC  39.78 
 
 		 475 aa  259  6e-68  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5273  DNA recombination protein RmuC  39.78 
 
 		 475 aa  259  6e-68  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.244142  normal  0.243215 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4056  DNA recombination protein RmuC  39.78 
 
 		 475 aa  259  6e-68  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03725  predicted recombination limiting protein  39.78 
 
 		 475 aa  259  7e-68  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03674  hypothetical protein  39.78 
 
 		 475 aa  259  7e-68  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0614  hypothetical protein  38.81 
 
 		 640 aa  258  1e-67  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0286081 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2890  hypothetical protein  37.17 
 
 		 437 aa  258  2e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.18912  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3666  hypothetical protein  40.18 
 
 		 492 aa  257  3e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000475221  normal  0.0538787 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0068  hypothetical protein  33.97 
 
 		 457 aa  256  6e-67  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.243757  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1724  hypothetical protein  39.19 
 
 		 492 aa  255  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0000410334  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0247  hypothetical protein  36.09 
 
 		 515 aa  254  2.0000000000000002e-66  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.131005 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3764  protein of unknown function DUF195  37.41 
 
 		 501 aa  253  4.0000000000000004e-66  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3916  protein of unknown function DUF195  38.86 
 
 		 513 aa  253  4.0000000000000004e-66  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.705842  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4351  RmuC domain-containing protein family  38.86 
 
 		 491 aa  253  5.000000000000001e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00339657  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51000  hypothetical protein  35.8 
 
 		 453 aa  253  7e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000148678  hitchhiker  0.000000161097 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1659  hypothetical protein  36.62 
 
 		 492 aa  252  1e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000440717  decreased coverage  0.00162326 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2954  hypothetical protein  39.59 
 
 		 500 aa  252  1e-65  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.652449  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0270  RmuC domain-containing protein  37.97 
 
 		 501 aa  250  4e-65  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.557179  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3642  RmuC domain-containing protein  37.97 
 
 		 501 aa  250  4e-65  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3946  hypothetical protein  37.97 
 
 		 501 aa  250  4e-65  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.737654  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0237  hypothetical protein  34.83 
 
 		 626 aa  249  8e-65  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0705649  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0646  hypothetical protein  35.38 
 
 		 480 aa  249  1e-64  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.932654  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1291  hypothetical protein  34.75 
 
 		 495 aa  248  2e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000719972  normal  0.7676 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4026  hypothetical protein  36.49 
 
 		 495 aa  246  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000512387  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1249  hypothetical protein  36.43 
 
 		 495 aa  246  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0088018  normal  0.121564 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1694  hypothetical protein  34.28 
 
 		 495 aa  245  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.141195  normal  0.657549 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1422  protein of unknown function DUF195  38.05 
 
 		 428 aa  246  9.999999999999999e-64  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12808  DNA recombination protein RmuC  32.25 
 
 		 470 aa  244  3e-63  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3332  hypothetical protein  37.97 
 
 		 491 aa  244  3e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0000142299  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0018  RmuC domain-containing protein  35.1 
 
 		 494 aa  242  1e-62  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0015  protein of unknown function DUF195  36.48 
 
 		 448 aa  241  2e-62  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.567486  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0447  hypothetical protein  35.88 
 
 		 437 aa  237  4e-61  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0432711  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1053  hypothetical protein  38.72 
 
 		 437 aa  237  4e-61  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2033  RmuC domain-containing protein  33.97 
 
 		 530 aa  234  3e-60  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1370  protein of unknown function DUF195  38.32 
 
 		 430 aa  233  6e-60  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1481  protein of unknown function DUF195  36.86 
 
 		 435 aa  233  7.000000000000001e-60  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0981784  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0577  RmuC family protein  32.08 
 
 		 397 aa  229  7e-59  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.585058  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0140  hypothetical protein  33.92 
 
 		 407 aa  225  2e-57  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1035  protein of unknown function DUF195  35.36 
 
 		 612 aa  214  1.9999999999999998e-54  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000597215  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1094  hypothetical protein  33.8 
 
 		 428 aa  208  2e-52  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.437038  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0751  RmuC domain-containing protein  34.43 
 
 		 510 aa  207  3e-52  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1087  hypothetical protein  33.79 
 
 		 630 aa  207  5e-52  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1614  DNA recombination protein rmuC  31.84 
 
 		 535 aa  206  7e-52  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2422  hypothetical protein  31.13 
 
 		 639 aa  204  3e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0986  hypothetical protein  35.51 
 
 		 403 aa  203  6e-51  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0412766  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2898  hypothetical protein  33.95 
 
 		 504 aa  195  2e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0033  RmuC domain-containing protein  33.6 
 
 		 432 aa  192  1e-47  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0125  RmuC domain-containing protein  30.26 
 
 		 408 aa  186  7e-46  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.63126  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1026  RmuC family protein  31.03 
 
 		 435 aa  180  4.999999999999999e-44  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000225596  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1860  hypothetical protein  35.09 
 
 		 448 aa  179  1e-43  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1406  hypothetical protein  29.81 
 
 		 459 aa  175  1.9999999999999998e-42  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0324522 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2055  hypothetical protein  35.95 
 
 		 451 aa  172  1e-41  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.655381  normal  0.223767 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0571  hypothetical protein  31.25 
 
 		 503 aa  170  6e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1288  hypothetical protein  30.54 
 
 		 554 aa  164  3e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.624866  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0053  protein of unknown function DUF195  31.44 
 
 		 531 aa  163  6e-39  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.783995  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1920  hypothetical protein  31.75 
 
 		 525 aa  162  9e-39  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0785962  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>