160 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4059 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008687  Pden_4059  endonuclease/exonuclease/phosphatase  100 
 
 
260 aa  519  1e-146  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.67832 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1324  endonuclease/exonuclease/phosphatase  38.96 
 
 
285 aa  151  8.999999999999999e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0807274  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1059  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  41.05 
 
 
285 aa  149  4e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0432754  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0997  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  40.61 
 
 
285 aa  148  8e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0420  endonuclease/exonuclease/phosphatase  40.08 
 
 
236 aa  143  3e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5868  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  40.69 
 
 
271 aa  139  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.432007  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6773  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  39.91 
 
 
271 aa  138  7e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.67063  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0692  endonuclease/exonuclease/phosphatase  39.83 
 
 
245 aa  135  8e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.221154  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0870  endonuclease/exonuclease/phosphatase  38.33 
 
 
287 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.282627  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2877  hypothetical protein  41.42 
 
 
277 aa  126  4.0000000000000003e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.375079  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0003  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  37.66 
 
 
299 aa  124  1e-27  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0846  endonuclease/exonuclease/phosphatase  38.79 
 
 
292 aa  123  3e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0472  hypothetical protein  37.55 
 
 
240 aa  117  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2124  endonuclease/exonuclease/phosphatase  37.55 
 
 
240 aa  117  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.908976 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2394  endonuclease/exonuclease/phosphatase  37.99 
 
 
240 aa  115  7.999999999999999e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0672115  normal  0.448912 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2325  endonuclease/exonuclease/phosphatase  35.81 
 
 
231 aa  115  1.0000000000000001e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.415298 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1916  endonuclease/exonuclease/phosphatase  38.77 
 
 
230 aa  108  9.000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01462  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.17 
 
 
233 aa  101  1e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4697  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  35.32 
 
 
328 aa  94.7  1e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2520  endonuclease/exonuclease/phosphatase  34.33 
 
 
232 aa  94.4  2e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4328  endonuclease/exonuclease/phosphatase  35.32 
 
 
328 aa  94  2e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.215897  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0239  endonuclease/exonuclease/phosphatase  33.33 
 
 
258 aa  93.6  3e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.577245  normal  0.289646 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4045  endonuclease/exonuclease/phosphatase  33.88 
 
 
242 aa  93.2  4e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2132  endonuclease/exonuclease/phosphatase  36.28 
 
 
226 aa  92.4  7e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6314  endonuclease/exonuclease/phosphatase  36.96 
 
 
269 aa  89  7e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0901897 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5588  endonuclease/exonuclease/phosphatase  36.96 
 
 
269 aa  88.6  9e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.15644  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5411  endonuclease/exonuclease/phosphatase  36.48 
 
 
250 aa  87.8  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.746518 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1188  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  32.67 
 
 
837 aa  87.8  2e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6090  endonuclease/exonuclease/phosphatase  37.39 
 
 
258 aa  87.8  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.18128  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1328  endonuclease/exonuclease/phosphatase  37.39 
 
 
263 aa  87.4  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.42531  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6501  endonuclease/exonuclease/phosphatase  37.39 
 
 
263 aa  87.4  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.126817  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2363  endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.97 
 
 
255 aa  86.7  3e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4845  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  34.66 
 
 
283 aa  86.3  5e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.346949  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0383  endonuclease/exonuclease/phosphatase  32.37 
 
 
266 aa  86.3  5e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2670  endonuclease/exonuclease/phosphatase  34.58 
 
 
260 aa  85.5  7e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.246537  normal  0.0515035 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5493  endonuclease/exonuclease/phosphatase  36.96 
 
 
278 aa  85.5  8e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.306278  hitchhiker  0.00234729 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1524  endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.25 
 
 
228 aa  84  0.000000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0791  endonuclease/exonuclease/phosphatase  34 
 
 
808 aa  83.6  0.000000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.548418  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3204  endonuclease/exonuclease/phosphatase  33.19 
 
 
259 aa  83.2  0.000000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5423  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  33.33 
 
 
242 aa  82.8  0.000000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.313531  hitchhiker  0.0062358 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0201  endonuclease/exonuclease/phosphatase  35.54 
 
 
264 aa  81.6  0.00000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2772  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  33.61 
 
 
261 aa  80.9  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.472556  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2865  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  33.61 
 
 
261 aa  80.9  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0496  endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.31 
 
 
246 aa  77.4  0.0000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2679  endonuclease/exonuclease/phosphatase  33.19 
 
 
282 aa  77  0.0000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5127  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.61 
 
 
242 aa  76.3  0.0000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.336729  normal  0.0539363 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2727  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.54 
 
 
246 aa  76.3  0.0000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.216689  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1514  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.71 
 
 
246 aa  74.7  0.000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.126297 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5005  hypothetical protein  27.45 
 
 
245 aa  73.2  0.000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0445  endonuclease / exonuclease / phosphatase family protein  29.71 
 
 
251 aa  71.6  0.00000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.625659 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1473  hypothetical protein  32.2 
 
 
273 aa  70.1  0.00000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.257293  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3253  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.11 
 
 
253 aa  69.3  0.00000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.378001  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1880  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  34.12 
 
 
338 aa  69.3  0.00000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.850381  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1972  metal-dependent hydrolase  34.62 
 
 
338 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3731  endonuclease/exonuclease/phosphatase  26.09 
 
 
243 aa  67.8  0.0000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1140  endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.46 
 
 
231 aa  67.4  0.0000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0408  putative endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  35.04 
 
 
1153 aa  66.2  0.0000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.352854  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0900  endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.18 
 
 
257 aa  64.3  0.000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.987325  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4120  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.76 
 
 
250 aa  64.3  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0080  hypothetical protein  27.31 
 
 
302 aa  63.5  0.000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0086  endonuclease/exonuclease/phosphatase  27.31 
 
 
257 aa  62.4  0.000000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0607  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.49 
 
 
253 aa  62.4  0.000000007  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0048  hypothetical protein  33.94 
 
 
256 aa  60.8  0.00000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00965819  normal  0.1661 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4022  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.06 
 
 
271 aa  60.5  0.00000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1158  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  26.95 
 
 
255 aa  60.5  0.00000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.426304  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5307  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.02 
 
 
244 aa  59.7  0.00000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21370  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.69 
 
 
281 aa  59.7  0.00000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1028  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  26.95 
 
 
255 aa  59.7  0.00000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2380  endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.23 
 
 
251 aa  59.3  0.00000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.835809 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1327  endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.44 
 
 
245 aa  58.9  0.00000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.51669  hitchhiker  0.00270426 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2799  endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.85 
 
 
244 aa  58.2  0.0000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0876  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  28.24 
 
 
252 aa  57.8  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0848  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  28.24 
 
 
252 aa  57.8  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3642  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.8 
 
 
249 aa  57.8  0.0000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.748827  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0908  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  28.24 
 
 
252 aa  57.8  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0916506  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0940  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  28.24 
 
 
252 aa  57.8  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00426171  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0961  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  28.24 
 
 
252 aa  57.8  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2216  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.1 
 
 
243 aa  57  0.0000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0194229  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1343  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  33.33 
 
 
279 aa  57  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.591358  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5036  aminoacyl-tRNA hydrolase  28.9 
 
 
265 aa  56.2  0.0000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0185176 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0381  endonuclease/exonuclease/phosphatase  26.75 
 
 
251 aa  56.2  0.0000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.853038  normal  0.111284 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2238  endonuclease/exonuclease/phosphatase  25.79 
 
 
251 aa  55.8  0.0000007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00757  predicted DNase  26.73 
 
 
253 aa  55.1  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0359  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.08 
 
 
248 aa  55.1  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0344  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.08 
 
 
248 aa  55.1  0.000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0844  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  26.73 
 
 
253 aa  55.1  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2853  endonuclease/exonuclease/phosphatase  26.73 
 
 
253 aa  55.1  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00512011 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00774  hypothetical protein  26.73 
 
 
253 aa  55.1  0.000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2852  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  26.73 
 
 
253 aa  53.9  0.000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.350943  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0013  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.82 
 
 
242 aa  54.7  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.914403  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4026  endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.17 
 
 
265 aa  54.7  0.000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2562  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  26.73 
 
 
253 aa  54.3  0.000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0938  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  26.73 
 
 
253 aa  54.3  0.000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2393  endonuclease/exonuclease/phosphatase  27.2 
 
 
277 aa  54.7  0.000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3049  endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.1 
 
 
271 aa  53.9  0.000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.687036  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0813  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  26.73 
 
 
253 aa  53.9  0.000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0192282  normal  0.85473 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0469  hypothetical protein  28 
 
 
248 aa  53.5  0.000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.744864  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3930  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.58 
 
 
247 aa  53.5  0.000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0720293 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0534  hypothetical protein  26.78 
 
 
257 aa  53.9  0.000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0854  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  26.73 
 
 
253 aa  53.5  0.000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>