153 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4016 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_4016  hypothetical protein  100 
 
 		 296 aa  590  1e-168  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2252  hypothetical protein  44.75 
 
 		 299 aa  259  3e-68  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.272487  normal  0.629804 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3389  hypothetical protein  45.36 
 
 		 299 aa  256  3e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3907  hypothetical protein  45.36 
 
 		 299 aa  255  8e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2127  hypothetical protein  48.79 
 
 		 298 aa  254  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.446173 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4128  hypothetical protein  44.44 
 
 		 299 aa  253  3e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.903788  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4598  hypothetical protein  45.49 
 
 		 299 aa  251  7e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0395716  normal  0.546384 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1290  hypothetical protein  45.49 
 
 		 299 aa  250  2e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1404  protein of unknown function UPF0187  47.64 
 
 		 306 aa  249  6e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.453282  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0834  hypothetical protein  46.49 
 
 		 304 aa  238  1e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.725312  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3456  protein of unknown function UPF0187  42.57 
 
 		 307 aa  235  6e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0228488  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2950  hypothetical protein  40.59 
 
 		 307 aa  224  2e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.345922  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3860  protein of unknown function UPF0187  42.19 
 
 		 305 aa  218  7.999999999999999e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0101759  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0440  protein of unknown function UPF0187  44.15 
 
 		 306 aa  217  2e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0400  protein of unknown function UPF0187  44.83 
 
 		 306 aa  217  2e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.733482  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0368  hypothetical protein  44.83 
 
 		 306 aa  216  4e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4544  hypothetical protein  41.64 
 
 		 321 aa  214  1.9999999999999998e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0214885  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1446  hypothetical protein  37.01 
 
 		 308 aa  210  3e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3933  hypothetical protein  38.69 
 
 		 309 aa  209  4e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.195059  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1229  hypothetical protein  36.81 
 
 		 308 aa  206  3e-52  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0092  hypothetical protein  37.79 
 
 		 300 aa  200  3e-50  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2014  hypothetical protein  36.97 
 
 		 304 aa  200  3e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00931147  normal  0.0815668 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1069  hypothetical protein  39.2 
 
 		 308 aa  200  3e-50  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.686021  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3033  hypothetical protein  39.07 
 
 		 310 aa  197  1.0000000000000001e-49  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3226  hypothetical protein  37.62 
 
 		 314 aa  192  5e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2133  hypothetical protein  36.62 
 
 		 304 aa  192  7e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.337926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3922  hypothetical protein  38.74 
 
 		 303 aa  191  9e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.314293  normal  0.0751799 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01477  conserved inner membrane protein  36.62 
 
 		 304 aa  190  2e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1261  hypothetical protein  35.35 
 
 		 308 aa  190  2e-47  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.551182  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01488  hypothetical protein  36.62 
 
 		 304 aa  190  2e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1602  hypothetical protein  37.69 
 
 		 321 aa  190  2e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.738962  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1720  hypothetical protein  37.69 
 
 		 321 aa  190  2e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.219104  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2138  hypothetical protein  36.62 
 
 		 304 aa  190  2e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2126  protein of unknown function UPF0187  36.62 
 
 		 304 aa  190  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0815429  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1652  hypothetical protein  36.62 
 
 		 304 aa  190  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.066565  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1689  hypothetical protein  37.31 
 
 		 321 aa  189  7e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00204582  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5376  hypothetical protein  37.07 
 
 		 315 aa  189  7e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.310342  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2042  hypothetical protein  40.94 
 
 		 303 aa  187  1e-46  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.660228  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3128  hypothetical protein  36.52 
 
 		 305 aa  187  2e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5036  protein of unknown function UPF0187  34.67 
 
 		 305 aa  186  3e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.198687 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5346  hypothetical protein  37.92 
 
 		 303 aa  185  1.0000000000000001e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00567307  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3788  hypothetical protein  35.62 
 
 		 306 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.476035  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4580  hypothetical protein  35.62 
 
 		 306 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0477154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5725  hypothetical protein  35.62 
 
 		 306 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.890183  normal  0.38929 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0121  protein of unknown function UPF0187  35.12 
 
 		 303 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1264  hypothetical protein  35.18 
 
 		 306 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.021109  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4007  hypothetical protein  35.29 
 
 		 306 aa  178  8e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3926  hypothetical protein  38.4 
 
 		 305 aa  178  8e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.74386  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4469  hypothetical protein  34.65 
 
 		 306 aa  177  2e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.476961  normal  0.842377 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5726  protein of unknown function UPF0187  32.65 
 
 		 303 aa  176  3e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.124746  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0613  protein of unknown function UPF0187  36.05 
 
 		 312 aa  174  9.999999999999999e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1423  hypothetical protein  34.32 
 
 		 302 aa  170  2e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0021  protein of unknown function UPF0187  34.92 
 
 		 318 aa  170  2e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4064  hypothetical protein  33.66 
 
 		 306 aa  169  4e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1255  hypothetical protein  34.77 
 
 		 302 aa  168  1e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.288403  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2578  hypothetical protein  34.77 
 
 		 302 aa  168  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.468115  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0228  hypothetical protein  34.77 
 
 		 302 aa  168  1e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0500  hypothetical protein  34.77 
 
 		 302 aa  168  1e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1417  hypothetical protein  34.77 
 
 		 302 aa  168  1e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.285233  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1335  hypothetical protein  34.77 
 
 		 302 aa  168  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1070  hypothetical protein  34.77 
 
 		 302 aa  168  1e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.55174  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2476  hypothetical protein  36.75 
 
 		 306 aa  167  2e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.759422 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0016  protein of unknown function UPF0187  34.93 
 
 		 315 aa  167  2e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.742789  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7068  hypothetical protein  32.88 
 
 		 306 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.85763  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6970  hypothetical protein  33.22 
 
 		 306 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.780234 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1420  hypothetical protein  32.54 
 
 		 306 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6409  hypothetical protein  32.54 
 
 		 306 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.621107  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1022  protein of unknown function UPF0187  36.4 
 
 		 308 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.88279 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3475  hypothetical protein  35.96 
 
 		 308 aa  160  2e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5402  hypothetical protein  32.75 
 
 		 306 aa  160  2e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.145488  normal  0.0274711 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5683  hypothetical protein  32.64 
 
 		 306 aa  159  4e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.326794 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6441  hypothetical protein  32.64 
 
 		 306 aa  159  4e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.549137 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2184  hypothetical protein  34.65 
 
 		 306 aa  156  4e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0159481 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3414  hypothetical protein  34.9 
 
 		 306 aa  155  6e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3838  hypothetical protein  31.25 
 
 		 303 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.294262  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1996  protein of unknown function UPF0187  32.23 
 
 		 306 aa  149  5e-35  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.16551  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1301  hypothetical protein  29.82 
 
 		 300 aa  139  7.999999999999999e-32  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0943303  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5502  hypothetical protein  32.79 
 
 		 295 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0608  protein of unknown function UPF0187  29.31 
 
 		 321 aa  131  1.0000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.638552 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31760  hypothetical protein  32.53 
 
 		 306 aa  130  3e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5054  hypothetical protein  31.95 
 
 		 295 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.399703  normal  0.838168 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3495  hypothetical protein  27.05 
 
 		 310 aa  129  8.000000000000001e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0922  hypothetical protein  30.31 
 
 		 307 aa  128  1.0000000000000001e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3207  hypothetical protein  27.74 
 
 		 310 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2785  hypothetical protein  33.47 
 
 		 300 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3315  hypothetical protein  30.11 
 
 		 318 aa  126  4.0000000000000003e-28  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.386659 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3117  protein of unknown function UPF0187  29.54 
 
 		 315 aa  125  1e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3402  hypothetical protein  32.13 
 
 		 296 aa  125  1e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.408916 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1250  protein of unknown function UPF0187  26.58 
 
 		 305 aa  124  2e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00000295826  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3670  protein of unknown function UPF0187  28.83 
 
 		 309 aa  124  2e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0828  hypothetical protein  33.88 
 
 		 323 aa  123  3e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00926098 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0221  protein of unknown function UPF0187  29.14 
 
 		 314 aa  122  7e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0218  protein of unknown function UPF0187  29.14 
 
 		 314 aa  122  7e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.920117  normal  0.0106107 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0078  protein of unknown function UPF0187  29.62 
 
 		 291 aa  121  9.999999999999999e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.323458  hitchhiker  0.00334919 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0854  hypothetical protein  33.33 
 
 		 297 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.358766 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1456  protein of unknown function UPF0187  28.67 
 
 		 309 aa  121  9.999999999999999e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.205773  normal  0.5655 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2577  hypothetical protein  28.57 
 
 		 306 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.652411 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4358  hypothetical protein  34.5 
 
 		 307 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.750707  normal  0.330007 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0869  hypothetical protein  34.06 
 
 		 295 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02585  hypothetical protein  30.31 
 
 		 286 aa  119  7.999999999999999e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>