More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3970 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008687  Pden_3970  SufS subfamily cysteine desulfurase  100 
 
 
403 aa  825  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.615432  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2356  SufS subfamily cysteine desulfurase  72.52 
 
 
406 aa  617  1e-176  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2088  SufS subfamily cysteine desulfurase  72.77 
 
 
406 aa  619  1e-176  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.519115 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0431  putative selenocysteine lyase  72.52 
 
 
406 aa  617  1e-175  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1249  cysteine desulfurase  68.81 
 
 
406 aa  602  1e-171  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.491768  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1623  cysteine desulfurase  69.55 
 
 
406 aa  597  1e-169  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0344832 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2355  SufS subfamily cysteine desulfurase  67.57 
 
 
407 aa  589  1e-167  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.331891  normal  0.378457 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1465  SufS subfamily cysteine desulfurase  61.39 
 
 
413 aa  513  1e-144  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.204095  normal  0.0534707 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2103  cysteine desulfurase, SufS subfamily  58.42 
 
 
413 aa  499  1e-140  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.105912 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1896  cysteine desulfurase, SufS subfamily  57.92 
 
 
413 aa  497  1e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00682669 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5928  cysteine desulfurase  58.91 
 
 
413 aa  494  1e-138  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0934  aminotransferase, class V  58.02 
 
 
414 aa  490  1e-137  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.603819  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1778  SufS subfamily cysteine desulfurase  58.06 
 
 
413 aa  491  1e-137  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.169204  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2252  SufS subfamily cysteine desulfurase  57.32 
 
 
414 aa  488  1e-137  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.766677  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0928  aminotransferase, class V  57.53 
 
 
414 aa  487  1e-136  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.870705  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1661  cysteine desulphurases, SufS  56.3 
 
 
414 aa  484  1e-136  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.278494  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2440  aminotransferase  58.52 
 
 
416 aa  484  1e-136  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2837  SufS subfamily cysteine desulfurase  56.05 
 
 
415 aa  484  1e-135  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00234776  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3969  cysteine desulfurase  56.3 
 
 
415 aa  479  1e-134  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0413583  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2990  SufS subfamily cysteine desulfurase  55.8 
 
 
428 aa  475  1e-133  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.398941  normal  0.104458 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2459  SufS subfamily cysteine desulfurase  55.8 
 
 
415 aa  476  1e-133  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.117109  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2325  SufS subfamily cysteine desulfurase  55.31 
 
 
414 aa  472  1e-132  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.553712  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2745  cysteine desulfurase, SufS subfamily  55.06 
 
 
415 aa  469  1e-131  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0087  SufS subfamily cysteine desulfurase  56.44 
 
 
420 aa  467  1e-130  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.595541  normal  0.828259 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5106  SufS subfamily cysteine desulfurase  55.67 
 
 
413 aa  462  1e-129  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0201229 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3259  SufS subfamily cysteine desulfurase  54.95 
 
 
414 aa  459  1e-128  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.797453  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0698  SufS subfamily cysteine desulfurase  54.81 
 
 
414 aa  459  1e-128  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13787  normal  0.199911 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3980  SufS subfamily cysteine desulfurase  53.56 
 
 
418 aa  451  1e-126  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.970806 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5845  cysteine desulfurase, SufS subfamily  54.43 
 
 
413 aa  453  1e-126  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.187018  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4348  cysteine desulfurase, SufS subfamily  53.56 
 
 
418 aa  451  1e-126  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0101  SufS subfamily cysteine desulfurase  54.7 
 
 
414 aa  452  1e-126  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.724967 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4460  cysteine desulfurase, SufS subfamily  54.43 
 
 
426 aa  449  1e-125  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.572328  normal  0.26876 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4466  SufS subfamily cysteine desulfurase  53.58 
 
 
419 aa  439  1e-122  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.523936 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3281  cysteine desulfurase, SufS subfamily  52.48 
 
 
429 aa  431  1e-120  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.30955  normal  0.0478783 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0813  cysteine desulfurase SufS  49.88 
 
 
414 aa  427  1e-118  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0265605  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0989  selenocysteine lyase  52.36 
 
 
414 aa  425  1e-118  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1319  SufS subfamily cysteine desulfurase  52.85 
 
 
413 aa  424  1e-117  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0340803  normal  0.349427 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2593  SufS subfamily cysteine desulfurase  52.23 
 
 
408 aa  422  1e-117  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.266337  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2570  cysteine desulfurase  51.49 
 
 
422 aa  424  1e-117  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0536  SufS subfamily cysteine desulfurase  50.75 
 
 
416 aa  411  1e-113  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0728  SufS subfamily cysteine desulfurase  51.86 
 
 
421 aa  399  1e-110  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.88575  normal  0.887973 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0846  SufS subfamily cysteine desulfurase  51.24 
 
 
429 aa  394  1e-108  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.411085  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2269  SufS subfamily cysteine desulfurase  49.88 
 
 
414 aa  391  1e-107  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.216373  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0896  cysteine desulfurase, SufS subfamily  50.5 
 
 
429 aa  390  1e-107  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.825531  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2487  cysteine desulphurases, SufS  47.64 
 
 
420 aa  390  1e-107  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0892  cysteine desulfurase, SufS subfamily  50.25 
 
 
429 aa  389  1e-107  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0997  cysteine desulfurase, SufS subfamily  49 
 
 
418 aa  390  1e-107  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.537591  normal  0.129667 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4272  SufS subfamily cysteine desulfurase  48.88 
 
 
451 aa  381  1e-104  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3154  SufS subfamily cysteine desulfurase  47.78 
 
 
417 aa  380  1e-104  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1896  cysteine desulfurase, SufS subfamily  50 
 
 
427 aa  379  1e-104  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1505  bifunctional cysteine desulfurase/selenocysteine lyase  49.26 
 
 
406 aa  381  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  3.04018e-08 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1969  bifunctional cysteine desulfurase/selenocysteine lyase  49.26 
 
 
406 aa  380  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0908482  hitchhiker  7.37026e-08 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1798  bifunctional cysteine desulfurase/selenocysteine lyase  49.26 
 
 
406 aa  381  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0228411  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1863  SufS subfamily cysteine desulfurase  50.99 
 
 
416 aa  380  1e-104  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1470  bifunctional cysteine desulfurase/selenocysteine lyase  49.26 
 
 
406 aa  380  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.244975  normal  0.102192 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1486  bifunctional cysteine desulfurase/selenocysteine lyase  49.26 
 
 
406 aa  381  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.199299  hitchhiker  7.97081e-10 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1512  cysteine desulfurase SufS  46.87 
 
 
405 aa  375  1e-103  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1516  bifunctional cysteine desulfurase/selenocysteine lyase  48.52 
 
 
406 aa  375  1e-103  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000472284  hitchhiker  6.02764e-07 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0726  SufS subfamily cysteine desulfurase  45.27 
 
 
416 aa  376  1e-103  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1445  cysteine desulfurase  46.87 
 
 
405 aa  375  1e-103  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0906  SufS subfamily cysteine desulfurase  48.27 
 
 
425 aa  377  1e-103  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.601083 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0166  cysteine desulfurase, SufS subfamily  46.21 
 
 
412 aa  376  1e-103  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  3.85676e-08  unclonable  1.52095e-15 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0409  SufS subfamily cysteine desulfurase  47.16 
 
 
412 aa  378  1e-103  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0815  selenocysteine lyase  45.52 
 
 
416 aa  377  1e-103  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.643683  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1962  cysteine desulfurase, SufS subfamily  48.52 
 
 
406 aa  374  1e-102  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00108569  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2025  cysteine desulfurase, SufS subfamily  48.49 
 
 
418 aa  375  1e-102  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2394  bifunctional cysteine desulfurase/selenocysteine lyase  48.28 
 
 
406 aa  373  1e-102  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0201879  hitchhiker  5.7861e-05 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1178  SufS subfamily cysteine desulfurase  43.56 
 
 
404 aa  374  1e-102  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.99383  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1881  bifunctional cysteine desulfurase/selenocysteine lyase  48.28 
 
 
406 aa  372  1e-102  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000647321  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01976  cysteine desulfurase  46.27 
 
 
414 aa  372  1e-102  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.315198  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1764  bifunctional cysteine desulfurase/selenocysteine lyase  48.03 
 
 
406 aa  370  1e-101  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000868369  hitchhiker  2.89207e-05 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1896  bifunctional cysteine desulfurase/selenocysteine lyase  47.78 
 
 
406 aa  370  1e-101  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  5.54851e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1761  bifunctional cysteine desulfurase/selenocysteine lyase  48.28 
 
 
406 aa  371  1e-101  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00014755  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0193  cysteine desulfurase, SufS subfamily  45.59 
 
 
408 aa  369  1e-101  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.70976  normal  0.651856 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1951  bifunctional cysteine desulfurase/selenocysteine lyase  48.03 
 
 
406 aa  370  1e-101  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00128399  unclonable  1.07568e-08 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01649  selenocysteine lyase  48.28 
 
 
406 aa  371  1e-101  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000238093  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01639  hypothetical protein  48.28 
 
 
406 aa  371  1e-101  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000164024  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2267  cysteine desulfurase, SufS subfamily  47.8 
 
 
418 aa  370  1e-101  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.53875 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0166  cysteine desulfurase  47.15 
 
 
408 aa  370  1e-101  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3037  cysteine desulfurase, SufS subfamily  45.52 
 
 
404 aa  366  1e-100  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0138624 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2446  cysteine desulfurase SufS subfamily  45.67 
 
 
429 aa  365  1e-100  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.929195  normal  0.0353595 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1505  cysteine desulfurases, SufS subfamily protein  43.53 
 
 
425 aa  365  1e-100  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0740826  normal  0.129164 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5983  SufS subfamily cysteine desulfurase  47.47 
 
 
419 aa  367  1e-100  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.593517  normal  0.0658023 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1696  cysteine desulfurase, SufS subfamily  47.64 
 
 
417 aa  365  1e-100  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0582  SufS subfamily cysteine desulfurase  45.36 
 
 
404 aa  364  1e-99  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0897789  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1138  SufS subfamily cysteine desulfurase  47.2 
 
 
411 aa  365  1e-99  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.730169  normal  0.0524008 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5780  cysteine desulfurase, SufS subfamily  42.33 
 
 
408 aa  363  2e-99  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.649929  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1851  bifunctional cysteine desulfurase/selenocysteine lyase  46.06 
 
 
406 aa  362  9e-99  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00184689  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3442  cysteine desulfurase, SufS subfamily  44.8 
 
 
420 aa  361  1e-98  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  hitchhiker  2.91669e-06 
 
 
-
 
NC_002950  PG0735  aminotransferase, class V  43.92 
 
 
404 aa  360  2e-98  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1684  SufS subfamily cysteine desulfurase  45.2 
 
 
444 aa  360  2e-98  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3352  cysteine desulfurase, SufS subfamily  43.94 
 
 
415 aa  360  3e-98  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.143815 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2183  SufS subfamily cysteine desulfurase  45.07 
 
 
406 aa  360  3e-98  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000179204  hitchhiker  2.83455e-05 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0958  cysteine desulfurase, SufS subfamily  45.95 
 
 
412 aa  360  3e-98  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2590  bifunctional cysteine desulfurase/selenocysteine lyase  45.81 
 
 
406 aa  360  3e-98  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04465  selenocysteine lyase  43.32 
 
 
412 aa  359  4e-98  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0699  SufS subfamily cysteine desulfurase  47.03 
 
 
419 aa  359  5e-98  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3312  cysteine desulfurase, SufS subfamily  47.99 
 
 
415 aa  359  5e-98  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0757647 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0306  SufS subfamily cysteine desulfurase  45.68 
 
 
414 aa  359  5e-98  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0801844 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1745  bifunctional cysteine desulfurase/selenocysteine lyase  46.19 
 
 
406 aa  359  6e-98  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  3.1207e-06  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>