More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3953 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3953  tryptophanyl-tRNA synthetase  100 
 
 		 339 aa  700    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0672671  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0466  tryptophanyl-tRNA synthetase  73.73 
 
 		 347 aa  525  1e-148  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.21086 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1808  tryptophanyl-tRNA synthetase  73.43 
 
 		 357 aa  523  1e-147  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0455  tryptophanyl-tRNA synthetase  73.43 
 
 		 357 aa  523  1e-147  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.396107  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2836  tryptophanyl-tRNA synthetase  71.73 
 
 		 341 aa  521  1e-147  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0141096  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0443  tryptophanyl-tRNA synthetase  70.66 
 
 		 342 aa  504  1e-141  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0894  tryptophanyl-tRNA synthetase  68.34 
 
 		 341 aa  480  1e-134  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.188606 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0338  tryptophanyl-tRNA synthetase  64.72 
 
 		 353 aa  459  9.999999999999999e-129  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0294  tryptophanyl-tRNA synthetase  64.72 
 
 		 353 aa  459  9.999999999999999e-129  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.496301 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0370  tryptophanyl-tRNA synthetase  63.85 
 
 		 353 aa  454  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5332  tryptophanyl-tRNA synthetase  63.85 
 
 		 354 aa  450  1e-125  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0907404  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3608  tryptophanyl-tRNA synthetase  65.45 
 
 		 335 aa  448  1e-125  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3413  tryptophanyl-tRNA synthetase  63.48 
 
 		 347 aa  431  1e-120  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.644909 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4409  tryptophanyl-tRNA synthetase  62.03 
 
 		 347 aa  431  1e-119  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0142  tryptophanyl-tRNA synthetase  60.28 
 
 		 355 aa  430  1e-119  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0136  tryptophanyl-tRNA synthetase  60.28 
 
 		 355 aa  430  1e-119  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0748713  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3085  tryptophanyl-tRNA synthetase  62.39 
 
 		 345 aa  429  1e-119  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.14662  normal  0.424246 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2568  tryptophanyl-tRNA synthetase  61.4 
 
 		 344 aa  427  1e-118  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.184984 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3535  tryptophanyl-tRNA synthetase  61.82 
 
 		 332 aa  425  1e-118  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.7039  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0249  tryptophanyl-tRNA synthetase  61.08 
 
 		 348 aa  426  1e-118  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0230616  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0155  tryptophanyl-tRNA synthetase  58.87 
 
 		 355 aa  425  1e-118  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0216  tryptophanyl-tRNA synthetase  60.51 
 
 		 347 aa  421  1e-117  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0583  tryptophanyl-tRNA synthetase  60.17 
 
 		 350 aa  422  1e-117  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0109318  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0012  tryptophanyl-tRNA synthetase  60.51 
 
 		 347 aa  418  1e-116  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0108214  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0012  tryptophanyl-tRNA synthetase  61.7 
 
 		 344 aa  418  1e-116  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.00178071  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0034  tryptophanyl-tRNA synthetase  60.45 
 
 		 354 aa  417  9.999999999999999e-116  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.282627  hitchhiker  0.0000206811 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0459  tryptophanyl-tRNA synthetase  59.54 
 
 		 349 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0459  tryptophanyl-tRNA synthetase  59.37 
 
 		 350 aa  415  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.860654  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4035  tryptophanyl-tRNA synthetase  59.77 
 
 		 355 aa  416  9.999999999999999e-116  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3024  tryptophanyl-tRNA synthetase  61.45 
 
 		 345 aa  411  1e-114  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0360  tryptophanyl-tRNA synthetase  61.11 
 
 		 344 aa  412  1e-114  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.629227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0038  tryptophanyl-tRNA synthetase  59.48 
 
 		 350 aa  408  1e-113  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.344371 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0427  tryptophanyl-tRNA synthetase  57.91 
 
 		 354 aa  408  1e-113  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.522536  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1167  tryptophanyl-tRNA synthetase  57.06 
 
 		 356 aa  409  1e-113  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1020  tryptophanyl-tRNA synthetase  62.95 
 
 		 333 aa  405  1.0000000000000001e-112  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0588  tryptophanyl-tRNA synthetase  58.16 
 
 		 339 aa  403  1e-111  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.115132  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0082  tryptophanyl-tRNA synthetase  58.91 
 
 		 331 aa  396  1e-109  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.141856  normal  0.0206333 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3827  tryptophanyl-tRNA synthetase  60.26 
 
 		 331 aa  393  1e-108  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0534777 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0026  tryptophanyl-tRNA synthetase  58.36 
 
 		 354 aa  392  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.606354  normal  0.463115 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0038  tryptophanyl-tRNA synthetase  58.64 
 
 		 354 aa  391  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0701529  normal  0.176582 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2013  tryptophanyl-tRNA synthetase  60.12 
 
 		 332 aa  389  1e-107  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0126369 
 
 
-
 
NC_002978  WD0801  tryptophanyl-tRNA synthetase  48.78 
 
 		 332 aa  324  2e-87  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.154827  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1037  tryptophanyl-tRNA synthetase  49.4 
 
 		 337 aa  317  2e-85  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1308  tryptophanyl-tRNA synthetase  48.05 
 
 		 355 aa  315  9.999999999999999e-85  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.917887  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0351  tryptophanyl-tRNA synthetase  46.85 
 
 		 336 aa  312  5.999999999999999e-84  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0275  tryptophanyl-tRNA synthetase  50.16 
 
 		 330 aa  310  2.9999999999999997e-83  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1610  tryptophanyl-tRNA synthetase  48.06 
 
 		 328 aa  310  2.9999999999999997e-83  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07850  tryptophanyl-tRNA synthetase  49.7 
 
 		 331 aa  309  5.9999999999999995e-83  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.939153  normal  0.972735 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2121  tryptophanyl-tRNA synthetase  49.7 
 
 		 336 aa  308  8e-83  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0128322 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4238  tryptophanyl-tRNA synthetase  47.13 
 
 		 337 aa  308  1.0000000000000001e-82  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.121944  hitchhiker  0.0000708237 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2993  tryptophanyl-tRNA synthetase  46.36 
 
 		 335 aa  305  8.000000000000001e-82  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0321948  normal  0.72788 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_18651  tryptophanyl-tRNA synthetase  47.75 
 
 		 337 aa  303  2.0000000000000002e-81  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.8826 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06541  tryptophanyl-tRNA synthetase  45.18 
 
 		 337 aa  301  8.000000000000001e-81  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.80652  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2351  tryptophanyl-tRNA synthetase  51.27 
 
 		 327 aa  301  2e-80  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.548637  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4693  tryptophanyl-tRNA synthetase  44.61 
 
 		 339 aa  300  2e-80  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06541  tryptophanyl-tRNA synthetase  44.74 
 
 		 338 aa  300  3e-80  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2075  tryptophanyl-tRNA synthetase  46.25 
 
 		 336 aa  297  1e-79  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.00113563  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0598  tryptophanyl-tRNA synthetase  45.05 
 
 		 338 aa  298  1e-79  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.698787  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06241  tryptophanyl-tRNA synthetase  45.05 
 
 		 338 aa  297  1e-79  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.682409  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2051  tryptophanyl-tRNA synthetase  46.25 
 
 		 336 aa  297  1e-79  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10521  tryptophanyl-tRNA synthetase  45.54 
 
 		 337 aa  297  2e-79  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.167395  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0034  tryptophanyl-tRNA synthetase  44.58 
 
 		 337 aa  296  3e-79  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.852523  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1411  tryptophanyl-tRNA synthetase  44.55 
 
 		 336 aa  296  5e-79  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000050643  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1259  tryptophanyl-tRNA synthetase  46.29 
 
 		 329 aa  294  1e-78  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1099  tryptophanyl-tRNA synthetase  46.29 
 
 		 329 aa  294  1e-78  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.185301  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1081  tryptophanyl-tRNA synthetase  47.15 
 
 		 329 aa  294  1e-78  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1188  tryptophanyl-tRNA synthetase  46.29 
 
 		 329 aa  294  1e-78  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4110  tryptophanyl-tRNA synthetase  45.99 
 
 		 329 aa  294  2e-78  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1336  tryptophanyl-tRNA synthetase  46.29 
 
 		 329 aa  293  3e-78  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00399628  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1297  tryptophanyl-tRNA synthetase  46.29 
 
 		 329 aa  293  3e-78  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0220  tryptophanyl-tRNA synthetase  46.65 
 
 		 328 aa  293  3e-78  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1075  tryptophanyl-tRNA synthetase  46.29 
 
 		 329 aa  293  3e-78  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.29191  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1232  tryptophanyl-tRNA synthetase  46.29 
 
 		 329 aa  293  3e-78  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0894  tryptophanyl-tRNA synthetase  45.78 
 
 		 329 aa  293  3e-78  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06631  tryptophanyl-tRNA synthetase  44.58 
 
 		 347 aa  292  5e-78  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0754  tryptophanyl-tRNA synthetase  45.67 
 
 		 328 aa  292  5e-78  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0938  tryptophanyl-tRNA synthetase  48.34 
 
 		 337 aa  291  8e-78  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.468666  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4670  tryptophanyl-tRNA synthetase  47.01 
 
 		 335 aa  290  2e-77  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.406133  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0383  tryptophanyl-tRNA synthetase  45.12 
 
 		 332 aa  290  2e-77  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0221  tryptophanyl-tRNA synthetase  44.51 
 
 		 332 aa  290  3e-77  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.023184 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1704  tryptophanyl-tRNA synthetase  45.76 
 
 		 327 aa  289  4e-77  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1087  tryptophanyl-tRNA synthetase  45.1 
 
 		 329 aa  288  6e-77  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0214657  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0344  tryptophanyl-tRNA synthetase  43.9 
 
 		 334 aa  288  8e-77  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_19560  predicted protein  45.03 
 
 		 342 aa  288  1e-76  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.387855  normal  0.373209 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3690  tryptophanyl-tRNA synthetase  44.51 
 
 		 332 aa  287  2e-76  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0269  tryptophanyl-tRNA synthetase  44.51 
 
 		 332 aa  286  4e-76  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00577656  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0255  tryptophanyl-tRNA synthetase  44.51 
 
 		 332 aa  286  4e-76  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0294  tryptophanyl-tRNA synthetase  44.51 
 
 		 332 aa  285  7e-76  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3886  tryptophanyl-tRNA synthetase  44.51 
 
 		 332 aa  285  7e-76  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.410954 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3698  tryptophanyl-tRNA synthetase  44.51 
 
 		 332 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1037  tryptophanyl-tRNA synthetase  45.37 
 
 		 339 aa  282  7.000000000000001e-75  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.502429 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0177  tryptophanyl-tRNA synthetase  43.29 
 
 		 333 aa  281  9e-75  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.595175  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0266  tryptophanyl-tRNA synthetase  43.6 
 
 		 334 aa  280  2e-74  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.456262  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0658  tryptophanyl-tRNA synthetase  43.33 
 
 		 337 aa  280  2e-74  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2020  tryptophanyl-tRNA synthetase  44.54 
 
 		 336 aa  280  2e-74  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000713321  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4599  tryptophanyl-tRNA synthetase  43.9 
 
 		 334 aa  280  3e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.763088  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3877  tryptophanyl-tRNA synthetase  42.99 
 
 		 334 aa  280  4e-74  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4054  tryptophanyl-tRNA synthetase  43.29 
 
 		 334 aa  279  5e-74  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.158316  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1010  tryptophanyl-tRNA synthetase  44.97 
 
 		 351 aa  278  9e-74  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3797  tryptophanyl-tRNA synthetase  43.6 
 
 		 334 aa  278  1e-73  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0456101 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>