More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3948 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3948  small multidrug resistance protein  100 
 
 		 106 aa  203  7e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3825  small multidrug resistance protein  67.62 
 
 		 106 aa  139  9.999999999999999e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3008  small multidrug resistance protein  64.15 
 
 		 106 aa  134  4e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3611  small multidrug resistance protein  65.38 
 
 		 106 aa  130  6.999999999999999e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.417891 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1392  small multidrug resistance protein  64.42 
 
 		 106 aa  127  6e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0685  small multidrug resistance protein  62.5 
 
 		 105 aa  126  8.000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3404  putative transporter  61.32 
 
 		 107 aa  126  9.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.649616  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6417  small multidrug resistance protein  62.5 
 
 		 106 aa  126  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1397  small multidrug resistance protein  62.5 
 
 		 106 aa  125  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0118337 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1672  small multidrug resistance protein  62.5 
 
 		 106 aa  125  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.737958  normal  0.915426 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0853  small multidrug resistance protein  59.62 
 
 		 105 aa  125  2.0000000000000002e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2158  small multidrug resistance protein  61.54 
 
 		 104 aa  122  1e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40170  putative transporter  60.38 
 
 		 107 aa  122  2e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2650  small multidrug resistance protein  56.86 
 
 		 105 aa  114  3e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3671  quaternary ammonium compound-resistance protein SugE  59.62 
 
 		 104 aa  113  1.0000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3817  small multidrug resistance protein  59.62 
 
 		 153 aa  113  1.0000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.113303  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2515  small multidrug resistance protein  53.85 
 
 		 105 aa  112  2.0000000000000002e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.686448  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1634  small multidrug resistance protein  52.38 
 
 		 105 aa  111  3e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0656851 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5065  small multidrug resistance protein  57.69 
 
 		 105 aa  112  3e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.929302  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0707  sugE protein  51.43 
 
 		 106 aa  110  6e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.411222  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2945  small multidrug resistance protein  56.73 
 
 		 104 aa  110  6e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.46208  normal  0.904124 
 
 
-
 
NC_004310  BR0780  sugE protein  52.88 
 
 		 105 aa  110  7.000000000000001e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.243642  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1666  small multidrug resistance protein  55.77 
 
 		 104 aa  110  7.000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0202268  normal  0.0201318 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4202  small multidrug resistance protein  53.33 
 
 		 105 aa  109  1.0000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.545062 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0773  sugE protein  52.88 
 
 		 105 aa  108  3e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.757365  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0982  small multidrug resistance protein  50.48 
 
 		 105 aa  108  3e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.900184  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3146  small multidrug resistance protein  55.77 
 
 		 104 aa  107  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.169458  normal  0.0263424 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4019  small multidrug resistance protein  54.81 
 
 		 105 aa  107  5e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1701  small multidrug resistance protein  54.81 
 
 		 105 aa  107  6e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.218727 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3013  small multidrug resistance protein  50 
 
 		 106 aa  106  9.000000000000001e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1256  small multidrug resistance protein  53.85 
 
 		 105 aa  106  1e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00359766 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3713  small multidrug resistance protein  50 
 
 		 106 aa  105  2e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.314785  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1298  small multidrug resistance protein  52.88 
 
 		 105 aa  104  4e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0616  small multidrug resistance protein  48.08 
 
 		 105 aa  104  4e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.88639  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1313  small multidrug resistance protein  49.06 
 
 		 106 aa  103  7e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.177322 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3903  small multidrug resistance protein  52.38 
 
 		 112 aa  103  8e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1856  putative transporter  51.46 
 
 		 104 aa  103  9e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.101547  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1502  small multidrug resistance protein  50.96 
 
 		 109 aa  102  1e-21  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3646  small multidrug resistance protein  50.96 
 
 		 104 aa  103  1e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2052  small multidrug resistance protein  50.94 
 
 		 106 aa  103  1e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.712643 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2235  small multidrug resistance protein  50.96 
 
 		 106 aa  102  1e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5609  small multidrug resistance protein  51.92 
 
 		 134 aa  102  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.329891  normal  0.920553 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3247  small multidrug efflux pump  49.06 
 
 		 106 aa  103  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.848781  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2446  small multidrug resistance protein  51.92 
 
 		 105 aa  102  2e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0796  small multidrug resistance protein  48.54 
 
 		 107 aa  102  2e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0085  quaternary ammonium compound-resistance protein SugE1  51.92 
 
 		 146 aa  102  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.161559 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0730  small multidrug resistance protein  48.54 
 
 		 107 aa  102  2e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0090  quaternary ammonium compound-resistance protein SugE2  51.92 
 
 		 146 aa  102  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.259737  normal  0.0421305 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2198  small multidrug resistance protein  50.96 
 
 		 106 aa  101  3e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1398  small multidrug resistance protein  47.12 
 
 		 106 aa  101  3e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2320  small multidrug resistance protein  50.96 
 
 		 106 aa  101  3e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.303478  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21770  DMT family permease  51.92 
 
 		 104 aa  101  3e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.932562  normal  0.189308 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2305  small multidrug resistance protein  51.92 
 
 		 106 aa  101  4e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1670  small multidrug resistance protein  51.92 
 
 		 106 aa  101  4e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.35207  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2282  small multidrug resistance protein  51.92 
 
 		 106 aa  101  4e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.597092  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3403  small multidrug resistance protein  47.52 
 
 		 105 aa  101  4e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0337  quaternary ammonium compound-resistance protein SugE  50.96 
 
 		 105 aa  100  5e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000205037 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1878  small multidrug resistance protein  50.96 
 
 		 104 aa  100  6e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.337942  normal  0.058805 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0420  small multidrug resistance protein  53.47 
 
 		 104 aa  100  7e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1773  DMT superfamily multidrug efflux pump  53.47 
 
 		 104 aa  100  7e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.251074  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2478  small multidrug resistance protein  54.9 
 
 		 104 aa  99.8  1e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2336  small multidrug resistance protein  51.92 
 
 		 104 aa  99.4  1e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.155364  normal  0.542758 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5837  quaternary ammonium compound-resistance protein sugE  46.6 
 
 		 108 aa  99.4  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.509861  normal  0.761993 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0996  small multidrug resistance protein  50 
 
 		 106 aa  98.6  2e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.762024  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2080  small multidrug resistance protein  50 
 
 		 104 aa  99  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.235888  normal  0.293882 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2526  small multidrug resistance protein  54.9 
 
 		 104 aa  99  2e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.158974  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1759  small multidrug resistance protein  50.96 
 
 		 106 aa  99  2e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.548136  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1950  small multidrug resistance protein  47.12 
 
 		 105 aa  98.2  3e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.498297  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0777  sugE protein  50.96 
 
 		 106 aa  98.2  4e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.590294  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1870  sugE protein  50.96 
 
 		 106 aa  98.2  4e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.437905  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1399  suppresses groEL, may be chaperone  50.96 
 
 		 106 aa  98.2  4e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0373  sugE protein  50.96 
 
 		 106 aa  98.2  4e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1249  SMR family multidrug efflux pump  50.96 
 
 		 106 aa  98.2  4e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1257  SMR family multidrug efflux pump  50.96 
 
 		 106 aa  98.2  4e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.303472  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1090  sugE protein  50.96 
 
 		 106 aa  98.2  4e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1965  small multidrug resistance protein  50 
 
 		 104 aa  97.8  5e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0763  small multidrug resistance protein  47.12 
 
 		 110 aa  97.8  5e-20  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1679  small multidrug resistance protein  52.88 
 
 		 104 aa  97.8  5e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.627389  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3842  small multidrug resistance protein  48.08 
 
 		 155 aa  97.4  6e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0283  SugE protein  53.85 
 
 		 107 aa  97.1  7e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2659  small multidrug resistance protein  48.08 
 
 		 130 aa  97.1  8e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.188052  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4732  small multidrug resistance protein  48.57 
 
 		 107 aa  97.1  8e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00175948 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4620  quaternary ammonium compound-resistance protein SugE  48.08 
 
 		 105 aa  97.1  8e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0974286 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04020  multidrug efflux system protein  48.08 
 
 		 105 aa  96.7  9e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3862  quaternary ammonium compound-resistance protein SugE  48.08 
 
 		 105 aa  96.7  9e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.131807 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03982  hypothetical protein  48.08 
 
 		 105 aa  96.7  9e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4708  quaternary ammonium compound-resistance protein SugE  48.08 
 
 		 105 aa  96.7  9e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4681  quaternary ammonium compound-resistance protein SugE  48.08 
 
 		 105 aa  96.7  9e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5667  quaternary ammonium compound-resistance protein SugE  48.08 
 
 		 105 aa  96.7  9e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0511297 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0600  small multidrug resistance protein  50.98 
 
 		 103 aa  96.7  9e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4392  quaternary ammonium compound-resistance protein SugE  48.08 
 
 		 105 aa  96.7  9e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1027  sugE protein  48.08 
 
 		 106 aa  96.7  1e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2170  small multidrug resistance protein  48.11 
 
 		 106 aa  96.3  1e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1141  small multidrug resistance protein  47.12 
 
 		 105 aa  95.9  2e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.564702  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04008  SugE  48.08 
 
 		 104 aa  95.1  2e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2731  small multidrug resistance protein  51.96 
 
 		 108 aa  95.5  2e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00000850052  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1276  small multidrug resistance protein  51.96 
 
 		 107 aa  95.1  3e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0361679  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2320  small multidrug resistance protein  48.57 
 
 		 106 aa  94.4  5e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.489873  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0979  small multidrug resistance protein  49.04 
 
 		 107 aa  94  6e-19  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0415  small multidrug resistance protein  48.6 
 
 		 108 aa  94  6e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000179992 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>