More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3933 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3933  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 337 aa  676    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1567  AraC family transcriptional regulator  67.63 
 
 		 337 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.226821  normal  0.377129 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2922  transcriptional regulator  67.63 
 
 		 337 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1100  AraC family transcriptional regulator  67.31 
 
 		 334 aa  451  1.0000000000000001e-126  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0397278 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1270  transcriptional regulator  62.26 
 
 		 334 aa  437  1e-121  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.314543  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2444  transcriptional regulator  63.78 
 
 		 331 aa  424  1e-118  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0668048  hitchhiker  0.000772272 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1525  HTH-type transcriptional regulator  60.24 
 
 		 339 aa  410  1e-113  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.199497 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3997  transcriptional regulator  53.23 
 
 		 316 aa  325  6e-88  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.564896  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0987  transcriptional regulator  50 
 
 		 375 aa  318  7.999999999999999e-86  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0465  transcriptional regulator, AraC family  48.03 
 
 		 367 aa  311  6.999999999999999e-84  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4708  helix-turn-helix, AraC type:ThiJ/PfpI  46.71 
 
 		 367 aa  309  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5236  transcriptional regulator  48.03 
 
 		 367 aa  308  5.9999999999999995e-83  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.59007  normal  0.0230056 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0298  AraC family transcriptional regulator  48.03 
 
 		 368 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000218642 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0318  AraC family transcriptional regulator  48.03 
 
 		 368 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.120478 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0323  AraC family transcriptional regulator  48.03 
 
 		 368 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4910  AraC family transcriptional regulator  47.7 
 
 		 368 aa  305  5.0000000000000004e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00942326 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71070  AraC family transcriptional regulator  46.44 
 
 		 367 aa  302  6.000000000000001e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6166  putative transcriptional regulator  46.44 
 
 		 367 aa  301  8.000000000000001e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165565  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0490  transcriptional regulator  46.56 
 
 		 364 aa  301  9e-81  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1319  AraC family transcriptional regulator  46.65 
 
 		 332 aa  299  4e-80  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2488  AraC family transcriptional regulator  49.04 
 
 		 344 aa  299  6e-80  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4021  AraC family transcriptional regulator  45.09 
 
 		 353 aa  298  9e-80  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.322888  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1865  AraC family transcriptional regulator  46.33 
 
 		 332 aa  298  1e-79  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3394  transcriptional regulator, AraC family  48.04 
 
 		 334 aa  295  6e-79  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3990  transcriptional regulator, AraC family  46.44 
 
 		 344 aa  294  1e-78  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4030  transcriptional regulator, AraC family  45.73 
 
 		 343 aa  291  8e-78  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.364388 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2664  AraC family transcriptional regulator  43.95 
 
 		 368 aa  291  2e-77  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0165303  normal  0.567946 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2406  transcriptional regulator, AraC family  45.51 
 
 		 339 aa  290  2e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0277312 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2152  transcriptional regulator, AraC family  45.51 
 
 		 340 aa  290  3e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.49496 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3735  helix-turn-helix domain-containing protein  45.82 
 
 		 343 aa  290  3e-77  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.43988 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1794  AraC family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 338 aa  286  2.9999999999999996e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.112719  hitchhiker  0.00342809 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2590  transcriptional regulator AraC family  44.73 
 
 		 337 aa  281  1e-74  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1950  transcriptional regulator  46.79 
 
 		 341 aa  274  1.0000000000000001e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1687  AraC family transcriptional regulator  44.37 
 
 		 345 aa  271  9e-72  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0447832  normal  0.915417 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001535  transcriptional regulator AraC family  43.51 
 
 		 318 aa  271  1e-71  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6176  putative transcriptional regulator  44.12 
 
 		 336 aa  270  2e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71170  AraC family transcriptional regulator  44.12 
 
 		 336 aa  271  2e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5229  transcriptional regulator  43.46 
 
 		 314 aa  261  8.999999999999999e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.35662  normal  0.0289181 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2367  AraC family transcriptional regulator  45.78 
 
 		 311 aa  259  7e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.923255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2915  helix-turn-helix, AraC type:ThiJ/PfpI  43.13 
 
 		 325 aa  258  8e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.904255  normal  0.163293 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4823  transcriptional regulator  46.65 
 
 		 338 aa  258  1e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0711  AraC family transcriptional regulator  47.23 
 
 		 341 aa  256  4e-67  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1980  AraC family transcriptional regulator  47.23 
 
 		 341 aa  256  4e-67  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.433985  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0469  AraC family transcriptional regulator  47.23 
 
 		 369 aa  256  5e-67  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1007  AraC family transcriptional regulator  47.23 
 
 		 365 aa  256  5e-67  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.809611  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0739  AraC family transcriptional regulator  47.23 
 
 		 365 aa  256  5e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4061  AraC family transcriptional regulator  41.69 
 
 		 401 aa  255  6e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.135508  normal  0.429541 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4498  AraC family transcriptional regulator  46.25 
 
 		 340 aa  255  7e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02029  transcriptional regulator transcription regulator protein  45.28 
 
 		 343 aa  255  8e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.130887 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2126  AraC family transcriptional regulator  42.41 
 
 		 361 aa  255  8e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2105  AraC family transcriptional regulator  47.56 
 
 		 421 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5023  AraC family transcriptional regulator  46.25 
 
 		 341 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0570  transcriptional regulator  45.65 
 
 		 371 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0848  AraC family transcriptional regulator  42.41 
 
 		 361 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5199  AraC family transcriptional regulator  45.65 
 
 		 341 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5086  AraC family transcriptional regulator  46.25 
 
 		 371 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.754601 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3282  AraC family transcriptional regulator  46.25 
 
 		 371 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0988  AraC family transcriptional regulator  43.32 
 
 		 314 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1960  AraC family transcriptional regulator  43.32 
 
 		 314 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0489  AraC family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 336 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0759  AraC family transcriptional regulator  43.32 
 
 		 314 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1850  AraC family transcriptional regulator  42.72 
 
 		 314 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.999636  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0692  AraC family transcriptional regulator  43.32 
 
 		 314 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3545  AraC family transcriptional regulator  46.25 
 
 		 341 aa  253  3e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1586  transcriptional regulator  45.6 
 
 		 333 aa  253  3e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3304  AraC family transcriptional regulator  46.25 
 
 		 338 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.176571  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1869  AraC family transcriptional regulator  46.58 
 
 		 341 aa  252  5.000000000000001e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0827  AraC family transcriptional regulator  46.91 
 
 		 365 aa  252  6e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5062  transcriptional regulator, AraC family  45.6 
 
 		 331 aa  252  7e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.652687  normal  0.0215007 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5064  AraC family transcriptional regulator  42.39 
 
 		 314 aa  249  5e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3203  transcriptional regulator  40.73 
 
 		 343 aa  249  5e-65  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.123314  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3303  AraC family transcriptional regulator  42.39 
 
 		 314 aa  249  5e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4511  transcriptional regulator, AraC family  43.37 
 
 		 341 aa  249  6e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.88084  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0498  transcriptional regulator  40.52 
 
 		 316 aa  249  6e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1111  AraC family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 339 aa  249  6e-65  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000893396  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5220  AraC family transcriptional regulator  42.39 
 
 		 314 aa  248  8e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.974611 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1140  AraC family transcriptional regulator  42.99 
 
 		 322 aa  248  1e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0567003 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3578  AraC family transcriptional regulator  42.07 
 
 		 314 aa  247  2e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.54425 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4893  AraC family transcriptional regulator  43.38 
 
 		 340 aa  247  2e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3277  AraC family transcriptional regulator  40.06 
 
 		 339 aa  246  3e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2253  AraC family transcriptional regulator  40.19 
 
 		 321 aa  246  4e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1528  transcriptional regulator  41.01 
 
 		 335 aa  246  4.9999999999999997e-64  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.755279  normal  0.310325 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0305  AraC family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 319 aa  246  6e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00276318 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0325  AraC family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 315 aa  246  6e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.416285 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3942  AraC family transcriptional regulator  40.81 
 
 		 336 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.466068  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0599  transcriptional regulator  42.07 
 
 		 326 aa  243  3e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.703076 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4999  AraC family transcriptional regulator  41.42 
 
 		 314 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.258482  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4903  AraC family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 315 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.208419 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4474  AraC family transcriptional regulator  41.42 
 
 		 314 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0829  transcriptional regulator  42.3 
 
 		 317 aa  242  6e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.351289 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3287  AraC family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 331 aa  242  7.999999999999999e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.242748  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0329  AraC family transcriptional regulator  42.43 
 
 		 314 aa  241  9e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2238  AraC family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 330 aa  239  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.390455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2064  AraC family transcriptional regulator  42.9 
 
 		 335 aa  239  6.999999999999999e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.405224  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3665  AraC family transcriptional regulator  42.36 
 
 		 401 aa  238  9e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.747363  normal  0.253179 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3487  AraC family transcriptional regulator  43.09 
 
 		 332 aa  238  1e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.1866 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5693  transcriptional regulator, AraC family  40.13 
 
 		 336 aa  238  1e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.114959 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2234  AraC family transcriptional regulator  40.42 
 
 		 335 aa  236  3e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.498713 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0457  transcriptional regulator  42.77 
 
 		 332 aa  236  4e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.99008  normal  0.0292699 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6285  AraC family transcriptional regulator  40.73 
 
 		 337 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.716439 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>