More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3917 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_3941  xanthine permease  66.73 
 
 
495 aa  664    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0162348  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1277  uracil-xanthine permease  67.34 
 
 
496 aa  649    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0599203  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3917  uracil-xanthine permease  100 
 
 
493 aa  966    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.51079  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2911  uracil-xanthine permease  65.3 
 
 
494 aa  621  1e-177  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.295839  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1141  xanthine permease  67.98 
 
 
490 aa  619  1e-176  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2107  xanthine permease  62.93 
 
 
495 aa  613  9.999999999999999e-175  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.439445  normal  0.198609 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1034  xanthine permease  62.04 
 
 
495 aa  597  1e-169  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.581901  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1113  uracil-xanthine permease  62.04 
 
 
495 aa  594  1e-168  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0781  putative permease transmembrane protein  58.24 
 
 
533 aa  543  1e-153  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.654089  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1307  xanthine permease  63.81 
 
 
499 aa  535  1e-151  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.225701  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3292  uracil-xanthine permease  59.3 
 
 
463 aa  483  1e-135  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.967032  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0883  uracil-xanthine permease  54.16 
 
 
468 aa  481  1e-134  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244227  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2047  purine permease  57.76 
 
 
465 aa  473  1e-132  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.679547  normal  0.900156 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2258  xanthine permease  54.73 
 
 
469 aa  471  1.0000000000000001e-131  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2436  xanthine/uracil permease  53.44 
 
 
482 aa  469  1.0000000000000001e-131  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.120352  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2010  xanthine permease  54.36 
 
 
466 aa  469  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0376042  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1935  xanthine permease  54.12 
 
 
469 aa  466  9.999999999999999e-131  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.39014  normal  0.0274682 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1691  xanthine permease  53.94 
 
 
466 aa  466  9.999999999999999e-131  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0626617 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1127  xanthine permease  54.77 
 
 
465 aa  466  9.999999999999999e-131  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.28309  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1340  xanthine permease  55.58 
 
 
466 aa  466  9.999999999999999e-131  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.000141627  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5248  xanthine permease  58.71 
 
 
466 aa  461  9.999999999999999e-129  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0121197 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5937  xanthine/uracil transporter  54.23 
 
 
458 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0247365  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0683  xanthine/uracil permease family protein  56.14 
 
 
457 aa  461  9.999999999999999e-129  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.355729  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0691  xanthine permease  54.49 
 
 
458 aa  458  9.999999999999999e-129  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.298309  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2630  xanthine permease  54.23 
 
 
457 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1996  uracil-xanthine permease  54.43 
 
 
458 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0659686  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2606  uracil-xanthine permease  54.43 
 
 
458 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.779678  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3255  xanthine permease  55.05 
 
 
469 aa  456  1e-127  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2118  putative xanthine permease transmembrane protein  54.82 
 
 
468 aa  457  1e-127  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.261398  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0863  xanthine permease  55.51 
 
 
479 aa  456  1e-127  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0858  xanthine permease  55.51 
 
 
457 aa  457  1e-127  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1021  putative permease protein  55.51 
 
 
457 aa  457  1e-127  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0317497  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2653  uracil-xanthine permease  54.23 
 
 
458 aa  457  1e-127  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.139978  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2526  xanthine permease  54.02 
 
 
458 aa  456  1e-127  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.10385 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0711  xanthine/uracil - cation symporter  54.79 
 
 
469 aa  442  1e-123  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02720  predicted transporter  51.23 
 
 
482 aa  441  9.999999999999999e-123  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.553016  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0805  xanthine permease  51.23 
 
 
482 aa  441  9.999999999999999e-123  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.568005  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0821  xanthine permease  51.23 
 
 
482 aa  441  9.999999999999999e-123  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0481  xanthine permease  53.61 
 
 
471 aa  441  9.999999999999999e-123  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0273217 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3047  putative xanthine permease  51.23 
 
 
482 aa  441  9.999999999999999e-123  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3020  putative xanthine permease  51.23 
 
 
525 aa  439  9.999999999999999e-123  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02683  hypothetical protein  51.23 
 
 
482 aa  441  9.999999999999999e-123  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.673646  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3213  putative xanthine permease  51.23 
 
 
482 aa  441  9.999999999999999e-123  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4177  putative xanthine permease  51.02 
 
 
525 aa  436  1e-121  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3072  xanthine/uracil permease  52.05 
 
 
463 aa  419  1e-116  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.362165  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3140  xanthine permease  47.93 
 
 
457 aa  418  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2478  uracil-xanthine permease  48.34 
 
 
431 aa  405  1e-111  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000102506  decreased coverage  0.00126456 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4001  uracil-xanthine permease  45.92 
 
 
463 aa  404  1e-111  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.787039  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4071  xanthine permease  50 
 
 
475 aa  400  9.999999999999999e-111  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4183  xanthine permease  50 
 
 
475 aa  400  9.999999999999999e-111  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.118543  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2917  xanthine permease  45.44 
 
 
449 aa  372  1e-102  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0266  xanthine permease  43.76 
 
 
489 aa  368  1e-100  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44950  putative transporter  45.34 
 
 
455 aa  368  1e-100  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3824  putative transporter  45.13 
 
 
455 aa  365  1e-99  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.208531  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1491  uracil-xanthine permease  41.6 
 
 
440 aa  361  1e-98  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.994687  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1698  xanthine permease  41.81 
 
 
440 aa  361  2e-98  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1738  xanthine permease  41.81 
 
 
440 aa  361  2e-98  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00633397  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1476  xanthine permease  41.6 
 
 
440 aa  359  5e-98  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00182519  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1448  xanthine permease  41.6 
 
 
440 aa  359  5e-98  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.868046  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1449  xanthine permease  41.6 
 
 
440 aa  359  5e-98  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000505037  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1592  xanthine permease  41.6 
 
 
440 aa  359  5e-98  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1662  xanthine permease  41.6 
 
 
440 aa  359  5e-98  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.80713 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1627  xanthine permease  41.18 
 
 
440 aa  359  6e-98  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000543313  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3718  xanthine permease  41.39 
 
 
440 aa  359  7e-98  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.46094  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1701  xanthine/uracil permease  44.17 
 
 
452 aa  355  6.999999999999999e-97  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.226413  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6205  xanthine permease  45.53 
 
 
463 aa  355  1e-96  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.140148 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2840  uracil-xanthine permease  43.21 
 
 
458 aa  353  2.9999999999999997e-96  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4290  xanthine/uracil permease family protein  45.38 
 
 
451 aa  352  8e-96  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1578  uracil-xanthine permease  45.38 
 
 
451 aa  352  1e-95  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3854  xanthine permease  45.57 
 
 
451 aa  352  1e-95  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00662261  normal  0.542415 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3616  xanthine permease  45.15 
 
 
451 aa  351  2e-95  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.267738  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1670  xanthine permease  41.31 
 
 
460 aa  351  2e-95  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1303  uracil-xanthine permease  41.05 
 
 
440 aa  350  4e-95  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2729  xanthine/uracil permease  41.48 
 
 
446 aa  349  8e-95  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.562669  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0249  xanthine permease  42.02 
 
 
487 aa  344  2e-93  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2057  xanthine permease  43.1 
 
 
444 aa  343  5e-93  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0614609  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0633  xanthine/uracil transporter  41.07 
 
 
457 aa  342  5.999999999999999e-93  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.757735  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7137  xanthine permease  41.14 
 
 
446 aa  335  1e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.946612 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0261  xanthine permease  41.16 
 
 
825 aa  333  4e-90  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0163  uracil-xanthine permease  40.26 
 
 
503 aa  330  2e-89  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2599  uracil-xanthine permease  43.82 
 
 
459 aa  330  4e-89  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.765117  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0795  xanthine permease  39.71 
 
 
505 aa  329  6e-89  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.868998  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5275  uracil-xanthine permease  42.42 
 
 
633 aa  328  9e-89  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08240  uracil-xanthine permease  42.42 
 
 
566 aa  328  1.0000000000000001e-88  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2965  xanthine permease  43.51 
 
 
640 aa  328  2.0000000000000001e-88  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.276589  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3263  xanthine permease  40.83 
 
 
501 aa  327  3e-88  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.480223  normal  0.169511 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4643  xanthine/uracil permease family protein  39.43 
 
 
505 aa  323  5e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.422723 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1871  xanthine/uracil permease  38.75 
 
 
506 aa  323  6e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.168569  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4505  uracil-xanthine permease  39.43 
 
 
505 aa  322  9.000000000000001e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.552965  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3606  xanthine permease  40.21 
 
 
457 aa  320  3e-86  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.556926  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03150  uracil-xanthine permease  38.89 
 
 
647 aa  320  5e-86  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4637  xanthine permease  39.43 
 
 
505 aa  319  6e-86  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3080  xanthine/uracil permease  41.61 
 
 
449 aa  317  3e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.230022  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3428  uracil-xanthine permease  40.98 
 
 
500 aa  316  6e-85  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0436  uracil-xanthine permease  38.1 
 
 
422 aa  315  9.999999999999999e-85  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0447  uracil-xanthine permease  38.1 
 
 
422 aa  315  9.999999999999999e-85  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.218584  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4854  xanthine permease  38.85 
 
 
497 aa  314  1.9999999999999998e-84  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0967  uracil-xanthine permease  39.09 
 
 
496 aa  314  1.9999999999999998e-84  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2388  xanthine permease  42.44 
 
 
435 aa  314  2.9999999999999996e-84  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2224  putative transporter  37.76 
 
 
509 aa  311  1e-83  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>