More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3801 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008687  Pden_3801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
314 aa  612  9.999999999999999e-175  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.207674 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.37 
 
 
313 aa  435  1e-121  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0709141  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1197  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.05 
 
 
313 aa  437  1e-121  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1224  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  68.05 
 
 
313 aa  421  1e-117  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4024  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.73 
 
 
313 aa  423  1e-117  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.932563 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5256  putative ABC transporter (permease protein)  62.94 
 
 
313 aa  416  9.999999999999999e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.173409  normal  0.132635 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2003  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.29 
 
 
315 aa  387  1e-107  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.872908 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0401  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.66 
 
 
313 aa  372  1e-102  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2209  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.34 
 
 
313 aa  367  1e-100  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.459958  normal  0.0393248 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4367  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.91 
 
 
313 aa  364  1e-99  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.380096  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3926  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.55 
 
 
313 aa  362  3e-99  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.18831  normal  0.0133436 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.59 
 
 
313 aa  362  4e-99  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5121  putative ABC transporter permease protein  58.05 
 
 
298 aa  358  5e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.31259  normal  0.407731 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0980  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  55.81 
 
 
313 aa  348  6e-95  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0910692  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5089  branched-chain amino acid ABC transporter membrane protein  58.06 
 
 
311 aa  347  2e-94  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.242511  normal  0.40775 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1836  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.63 
 
 
313 aa  335  3.9999999999999995e-91  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.589529  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1555  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.45 
 
 
311 aa  334  1e-90  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.893749  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1866  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.45 
 
 
311 aa  330  3e-89  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.153142  normal  0.0602666 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1498  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  49.35 
 
 
308 aa  305  8.000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.241637  normal  0.263961 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.24 
 
 
313 aa  291  1e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000789572  normal  0.0157107 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2985  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.56 
 
 
313 aa  288  7e-77  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.348462  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0933  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.28 
 
 
313 aa  286  2e-76  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5762  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.6 
 
 
313 aa  285  5e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.0000799384  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0627  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.18 
 
 
306 aa  283  2.0000000000000002e-75  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.579769  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5088  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  47.92 
 
 
313 aa  281  1e-74  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.11 
 
 
334 aa  279  4e-74  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000955673 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0657  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.65 
 
 
313 aa  276  3e-73  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.18227  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.17 
 
 
318 aa  274  1.0000000000000001e-72  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.823001  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2685  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.31 
 
 
315 aa  273  4.0000000000000004e-72  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.0000049983  normal  0.670386 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1215  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.44 
 
 
313 aa  272  5.000000000000001e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.9 
 
 
306 aa  272  6e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.14841  normal  0.0482429 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0982  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  44.27 
 
 
306 aa  271  8.000000000000001e-72  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2499  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.39 
 
 
334 aa  271  8.000000000000001e-72  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0750217 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00798  predicted peptide transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  44.27 
 
 
306 aa  271  9e-72  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.472093  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2811  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.27 
 
 
306 aa  271  9e-72  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.473558  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00815  hypothetical protein  44.27 
 
 
306 aa  271  9e-72  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.558182  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0856  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  44.27 
 
 
306 aa  271  9e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.27 
 
 
306 aa  271  9e-72  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0889  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  44.27 
 
 
306 aa  271  9e-72  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.952014  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0902  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  44.27 
 
 
306 aa  271  9e-72  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0984  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.79 
 
 
313 aa  271  1e-71  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.422815  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.62 
 
 
334 aa  271  1e-71  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.17389  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3325  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.1 
 
 
317 aa  271  1e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.650589  normal  0.092891 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.68 
 
 
306 aa  270  2e-71  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1001  glutathione ABC transporter permease  44.59 
 
 
306 aa  269  4e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0918  inner membrane ABC transporter permease protein YddR  44.59 
 
 
306 aa  269  4e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.145156  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0891  glutathione ABC transporter, permease protein  44.59 
 
 
306 aa  269  4e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.976092  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3004  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.31 
 
 
306 aa  269  5e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1381  transmembrane ABC transporter protein  44.73 
 
 
307 aa  268  7e-71  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.796345  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2517  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  43.95 
 
 
306 aa  268  7e-71  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.503163  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0951  glutathione ABC transporter permease  44.27 
 
 
306 aa  268  8.999999999999999e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.258662  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0980  glutathione ABC transporter permease  44.27 
 
 
306 aa  268  8.999999999999999e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1092  peptide ABC transporter, permease protein, putative  44.27 
 
 
314 aa  268  1e-70  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0010  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.68 
 
 
308 aa  268  1e-70  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3891  ABC di/oligopeptide transporter, inner membrane subunit  44.87 
 
 
317 aa  268  1e-70  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1325  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.27 
 
 
311 aa  268  1e-70  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.642024 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4148  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.87 
 
 
317 aa  267  2e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.627017 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1320  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.31 
 
 
307 aa  267  2e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.525141  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2973  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.63 
 
 
306 aa  266  2.9999999999999995e-70  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.628351  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.31 
 
 
306 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.428379  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1492  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.27 
 
 
306 aa  266  4e-70  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1353  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.82 
 
 
334 aa  266  4e-70  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.99 
 
 
306 aa  266  4e-70  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.740963 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1254  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.99 
 
 
307 aa  266  5e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.237541  normal  0.589028 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2849  ABC transporter permease protein  42.31 
 
 
313 aa  265  7e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.585703  normal  0.643564 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0837  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  43.31 
 
 
306 aa  265  1e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.039737  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1552  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.95 
 
 
306 aa  264  2e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3436  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.03 
 
 
315 aa  264  2e-69  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.24032  normal  0.535319 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4164  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.63 
 
 
306 aa  262  4.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.191651  hitchhiker  0.00741174 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3352  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.63 
 
 
306 aa  262  4.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.17239  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0859  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.64 
 
 
333 aa  262  6e-69  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000322853  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0138  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.31 
 
 
306 aa  262  6e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.535733 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1925  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  42.99 
 
 
306 aa  261  8e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.730701  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4340  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.22 
 
 
313 aa  261  8e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.465915  normal  0.951896 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4224  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.99 
 
 
306 aa  261  8.999999999999999e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.913097  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1114  dipeptide ABC transporter, permease protein, putative  42.68 
 
 
327 aa  261  1e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0959  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.81 
 
 
311 aa  260  2e-68  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1766  putative glutathione ABC transporter, permease protein  42.68 
 
 
306 aa  260  2e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.341358  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4455  opine ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  44.59 
 
 
313 aa  260  2e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000539356 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1851  ABC transport permease  42.68 
 
 
306 aa  260  2e-68  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1866  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  43.63 
 
 
306 aa  260  2e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.555152  normal  0.486498 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5358  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  39.48 
 
 
315 aa  259  4e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5082  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.59 
 
 
314 aa  259  5.0000000000000005e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0845824 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3774  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.83 
 
 
320 aa  259  5.0000000000000005e-68  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.542684  normal  0.67395 
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4049  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.41 
 
 
313 aa  259  6e-68  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.13 
 
 
306 aa  259  6e-68  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3572  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.99 
 
 
306 aa  258  6e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.6122  normal  0.137292 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4053  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.99 
 
 
306 aa  259  6e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.221048  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0323  ABC transporter permease protein  42.36 
 
 
306 aa  258  7e-68  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4233  oligopeptide transport, system permease  44.55 
 
 
306 aa  257  1e-67  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4245  oligopeptide ABC transporter, permease  44.55 
 
 
306 aa  257  1e-67  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5350  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  40.11 
 
 
359 aa  257  1e-67  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.63 
 
 
306 aa  258  1e-67  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0976  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  42.04 
 
 
306 aa  257  2e-67  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00545821  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1357  putative glutathione ABC transporter, permease protein  42.04 
 
 
306 aa  257  2e-67  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.255381  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4610  oligopeptide ABC transporter, permease protein  44.55 
 
 
306 aa  257  2e-67  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0240  putative glutathione ABC transporter, permease protein  42.04 
 
 
306 aa  257  2e-67  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1670  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.6 
 
 
335 aa  257  2e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.851486 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0400  putative glutathione ABC transporter, permease protein  42.04 
 
 
306 aa  257  2e-67  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.668867  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2404  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.04 
 
 
308 aa  256  3e-67  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000311261  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>