More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3713 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_0796  cobyric acid synthase  69.44 
 
 		 481 aa  635    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2453  cobyric acid synthase  69.44 
 
 		 481 aa  635    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.094745 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3713  cobyric acid synthase CobQ  100 
 
 		 477 aa  938    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.202059 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2937  cobyric acid synthase  66.67 
 
 		 481 aa  627  1e-178  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0505975  hitchhiker  0.00124265 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0384  cobyric acid synthase  69.02 
 
 		 481 aa  614  9.999999999999999e-175  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.541429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3745  cobyric acid synthase  64.93 
 
 		 493 aa  580  1e-164  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0646477  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1989  cobyric acid synthase  65.34 
 
 		 482 aa  578  1e-164  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.56437  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0789  cobyric acid synthase  65.55 
 
 		 494 aa  565  1e-160  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00846074  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2427  cobyric acid synthase CobQ  65.48 
 
 		 485 aa  565  1e-160  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.603844 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5262  cobyric acid synthase CobQ  64.95 
 
 		 488 aa  565  1e-160  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.841841 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0736  cobyric acid synthase  66.39 
 
 		 494 aa  566  1e-160  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.953548  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5723  cobyric acid synthase CobQ  65.83 
 
 		 484 aa  562  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.501504  normal  0.497712 
 
 
-
 
NC_004310  BR1311  cobyric acid synthase  62.5 
 
 		 483 aa  561  1.0000000000000001e-159  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.306129  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1471  cobyric acid synthase CobQ  64.38 
 
 		 480 aa  564  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000129857 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0634  cobyric acid synthase  65.55 
 
 		 495 aa  564  1.0000000000000001e-159  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0946562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1872  cobyric acid synthase  61.8 
 
 		 483 aa  558  1e-158  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1274  cobyric acid synthase  62.29 
 
 		 506 aa  557  1e-157  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.929502  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4723  cobyric acid synthase CobQ  65.07 
 
 		 500 aa  554  1e-156  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.376659  normal  0.401883 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3272  cobyric acid synthase CobQ  59.92 
 
 		 480 aa  550  1e-155  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00599844 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5190  cobyric acid synthase CobQ  64.24 
 
 		 500 aa  545  1e-154  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.424958 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2141  cobyric acid synthase CobQ  64.08 
 
 		 489 aa  546  1e-154  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.829477  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4734  cobyric acid synthase  59.13 
 
 		 485 aa  539  9.999999999999999e-153  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2381  cobyric acid synthase  60.81 
 
 		 488 aa  540  9.999999999999999e-153  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.62958  decreased coverage  0.00269559 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2617  cobyric acid synthase  60.54 
 
 		 486 aa  536  1e-151  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2137  cobyric acid synthase  59.75 
 
 		 484 aa  530  1e-149  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.281937  normal  0.137961 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3549  cobyric acid synthase  57.29 
 
 		 516 aa  521  1e-147  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1765  cobyric acid synthase  59.87 
 
 		 484 aa  518  1e-146  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.504033  normal  0.0308945 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0387  cobyric acid synthase CobQ  57.11 
 
 		 488 aa  520  1e-146  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.449296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1656  cobyric acid synthase CobQ  61.75 
 
 		 492 aa  518  1.0000000000000001e-145  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.422917  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2918  cobyric acid synthase  57.29 
 
 		 525 aa  516  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.182709 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2096  cobyric acid synthase  60.71 
 
 		 486 aa  518  1.0000000000000001e-145  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3138  cobyric acid synthase  60.16 
 
 		 492 aa  513  1e-144  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.95176 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3381  cobyric acid synthase  60.08 
 
 		 496 aa  514  1e-144  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3285  cobyric acid synthase  56.91 
 
 		 525 aa  512  1e-144  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.485856  normal  0.893315 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2756  cobyric acid synthase  59.67 
 
 		 485 aa  514  1e-144  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.476578  normal  0.637576 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2386  cobyric acid synthase  55.76 
 
 		 524 aa  511  1e-143  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0323  cobyric acid synthase  58.28 
 
 		 491 aa  507  9.999999999999999e-143  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2571  cobyric acid synthase  59.87 
 
 		 484 aa  504  1e-141  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4257  cobyric acid synthase  55.88 
 
 		 524 aa  501  1e-140  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.650213 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3550  cobyric acid synthase  56.12 
 
 		 513 aa  491  9.999999999999999e-139  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.831986  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3778  cobyric acid synthase  60.12 
 
 		 488 aa  490  1e-137  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.221434 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3563  cobyric acid synthase  58.24 
 
 		 484 aa  462  1e-129  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.637799  normal  0.320704 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1456  cobyric acid synthase CobQ  54.23 
 
 		 495 aa  462  1e-129  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.727464  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1755  cobyric acid synthase  55.28 
 
 		 483 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.438055  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1236  cobyric acid synthase  52.59 
 
 		 484 aa  455  1e-127  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.170511  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4113  cobyric acid synthase  53.96 
 
 		 490 aa  456  1e-127  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3564  cobyric acid synthase  55.23 
 
 		 520 aa  455  1.0000000000000001e-126  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0326183  normal  0.13415 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47690  cobyric acid synthase  53.12 
 
 		 490 aa  451  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00733771  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0144  cobyric acid synthase  50.83 
 
 		 487 aa  449  1e-125  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1276  cobyric acid synthase  51.76 
 
 		 484 aa  451  1e-125  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.651231  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0666  cobyric acid synthase  50.1 
 
 		 484 aa  447  1.0000000000000001e-124  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3127  adenosylcobyric acid synthase (glutamine-hydrolysing)  50 
 
 		 500 aa  445  1.0000000000000001e-124  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1677  cobyric acid synthase  50.72 
 
 		 484 aa  443  1e-123  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2390  cobyric acid synthase  55.93 
 
 		 495 aa  442  1e-123  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0066766 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000116  cobyric acid synthase  48.23 
 
 		 485 aa  443  1e-123  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0240  cobyric acid synthase  50.1 
 
 		 485 aa  442  1e-123  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0103  cobyric acid synthase  50.1 
 
 		 483 aa  442  1e-123  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05724  cobyric acid synthase  49.16 
 
 		 475 aa  444  1e-123  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33080  cobyric acid synthase  53.72 
 
 		 485 aa  438  9.999999999999999e-123  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0282392  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4042  cobyric acid synthase  50.31 
 
 		 484 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2198  cobyric acid synthase  53.67 
 
 		 481 aa  440  9.999999999999999e-123  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.170201 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2157  cobyric acid synthase  50.42 
 
 		 485 aa  438  9.999999999999999e-123  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.711251  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3492  cobyric acid synthase  53.07 
 
 		 504 aa  437  1e-121  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0279  cobyric acid synthase  48.78 
 
 		 489 aa  435  1e-121  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2812  adenosylcobyric acid synthase (glutamine-hydrolysing)  54.15 
 
 		 510 aa  437  1e-121  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.632391  normal  0.768305 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2778  cobyric acid synthase  54.23 
 
 		 505 aa  432  1e-120  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.475019  normal  0.720274 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2656  cobyric acid synthase  52.71 
 
 		 498 aa  434  1e-120  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.74347  normal  0.607627 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3730  cobyric acid synthase  51.68 
 
 		 511 aa  431  1e-119  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1005  cobyric acid synthase  52.58 
 
 		 486 aa  431  1e-119  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0783  cobyric acid synthase  48.05 
 
 		 495 aa  430  1e-119  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2203  cobyric acid synthase  51.55 
 
 		 484 aa  426  1e-118  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0873321  normal  0.914907 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3678  cobyric acid synthase CobQ  48.37 
 
 		 500 aa  424  1e-117  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0664782  normal  0.329019 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1039  cobyric acid synthase  53.88 
 
 		 545 aa  422  1e-117  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.999214  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1135  cobyric acid synthase CobQ  47.52 
 
 		 534 aa  422  1e-117  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1045  cobyric acid synthase  53.88 
 
 		 535 aa  422  1e-117  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0697  cobyric acid synthase  53.88 
 
 		 512 aa  421  1e-116  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.342942  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3676  cobyric acid synthase  49.47 
 
 		 486 aa  422  1e-116  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0301884  normal  0.0393979 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2971  cobyric acid synthase  53.88 
 
 		 523 aa  421  1e-116  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.106945  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1628  cobyric acid synthase  53.88 
 
 		 529 aa  421  1e-116  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.115512  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4081  cobyric acid synthase  47.07 
 
 		 527 aa  419  1e-116  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.495861 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1200  cobyric acid synthase  53.78 
 
 		 585 aa  420  1e-116  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0717  cobyric acid synthase  49.29 
 
 		 534 aa  421  1e-116  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2316  cobyric acid synthase  53.88 
 
 		 531 aa  421  1e-116  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  decreased coverage  0.0037254  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3539  cobyric acid synthase CobQ  46.6 
 
 		 776 aa  415  9.999999999999999e-116  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.714834  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1713  cobyric acid synthase  48.84 
 
 		 486 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1646  cobyric acid synthase  50.62 
 
 		 488 aa  418  9.999999999999999e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00574559 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0844  cobyric acid synthase  52.65 
 
 		 520 aa  415  9.999999999999999e-116  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0848  cobyric acid synthase  51.11 
 
 		 501 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3361  cobyric acid synthase  48.8 
 
 		 560 aa  412  1e-114  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5777  cobyric acid synthase  51.42 
 
 		 511 aa  414  1e-114  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.259752 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1014  cobyric acid synthase  48.32 
 
 		 565 aa  414  1e-114  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.727995 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1835  cobyric acid synthase  51.61 
 
 		 511 aa  414  1e-114  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3605  cobyric acid synthase CobQ  46.51 
 
 		 772 aa  414  1e-114  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2958  cobyric acid synthase  48.71 
 
 		 534 aa  412  1e-114  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2446  cobyric acid synthase  51.61 
 
 		 511 aa  414  1e-114  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0899233  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2451  cobyric acid synthase  51.6 
 
 		 504 aa  412  1e-114  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0760496  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1002  cobyric acid synthase  48.32 
 
 		 556 aa  409  1e-113  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0980  cobyric acid synthase  48.32 
 
 		 526 aa  410  1e-113  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3377  cobyric acid synthase  46.26 
 
 		 536 aa  410  1e-113  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1038  cobyric acid synthase  48.51 
 
 		 510 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>