More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3620 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008687  Pden_3620  adenine phosphoribosyltransferase  100 
 
 
187 aa  367  1e-101  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2325  adenine phosphoribosyltransferase  73.71 
 
 
179 aa  273  9e-73  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.915682  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0625  adenine phosphoribosyltransferase  76 
 
 
178 aa  271  6e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2074  adenine phosphoribosyltransferase  77.59 
 
 
179 aa  270  9e-72  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0485  adenine phosphoribosyltransferase  77.01 
 
 
178 aa  269  2e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.994648  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1836  adenine phosphoribosyltransferase  76.44 
 
 
178 aa  268  2.9999999999999997e-71  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.820901  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3212  adenine phosphoribosyltransferase  74.29 
 
 
179 aa  265  2.9999999999999995e-70  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.699753  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2310  adenine phosphoribosyltransferase  62.79 
 
 
179 aa  218  3.9999999999999997e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0575  adenine phosphoribosyltransferase  62.36 
 
 
181 aa  217  8.999999999999998e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.641386  hitchhiker  0.00758657 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0600  adenine phosphoribosyltransferase  62.36 
 
 
181 aa  216  1e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.102638  normal  0.0226618 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0611  adenine phosphoribosyltransferase  62.36 
 
 
181 aa  216  1e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.112864 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4387  adenine phosphoribosyltransferase  61.31 
 
 
199 aa  216  2e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0100341 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2163  adenine phosphoribosyltransferase  63.1 
 
 
181 aa  215  4e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2246  adenine phosphoribosyltransferase  61.63 
 
 
175 aa  213  9.999999999999999e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.111495  normal  0.31564 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3039  adenine phosphoribosyltransferase  62.5 
 
 
180 aa  213  1.9999999999999998e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.350672  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2775  adenine phosphoribosyltransferase  62.5 
 
 
181 aa  213  1.9999999999999998e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.781756  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3506  adenine phosphoribosyltransferase  58.76 
 
 
181 aa  210  7.999999999999999e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.660561  normal  0.0396544 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7279  adenine phosphoribosyltransferase  62.01 
 
 
181 aa  210  7.999999999999999e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0158728  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0743  adenine phosphoribosyltransferase  60.47 
 
 
175 aa  210  1e-53  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.0465531 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0159  adenine phosphoribosyltransferase  59.88 
 
 
179 aa  209  2e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.577979  normal  0.21366 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6008  adenine phosphoribosyltransferase  61.45 
 
 
181 aa  208  4e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.937813  hitchhiker  0.00561119 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4990  adenine phosphoribosyltransferase  57.14 
 
 
181 aa  207  9e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2613  adenine phosphoribosyltransferase  60.71 
 
 
179 aa  206  2e-52  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.666832 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2146  adenine phosphoribosyltransferase  57.07 
 
 
186 aa  205  3e-52  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3237  adenine phosphoribosyltransferase  60.71 
 
 
179 aa  204  6e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.97458  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4212  adenine phosphoribosyltransferase  59.52 
 
 
181 aa  204  8e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2270  adenine phosphoribosyltransferase  57.74 
 
 
180 aa  203  1e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.739798  normal  0.613668 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4317  adenine phosphoribosyltransferase  58.93 
 
 
181 aa  202  2e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.867387 
 
 
-
 
NC_004310  BR1540  adenine phosphoribosyltransferase  61.85 
 
 
186 aa  198  3e-50  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.44123  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1489  adenine phosphoribosyltransferase  61.85 
 
 
181 aa  199  3e-50  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.610841  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1626  adenine phosphoribosyltransferase  60.12 
 
 
181 aa  197  6e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0996441  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3201  adenine phosphoribosyltransferase  61.54 
 
 
157 aa  194  7e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.706653  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1995  adenine phosphoribosyltransferase  54.6 
 
 
177 aa  191  5e-48  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.14545  normal  0.153368 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1789  adenine phosphoribosyltransferase  52.3 
 
 
177 aa  187  7e-47  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.935669  normal  0.019006 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3060  adenine phosphoribosyltransferase  49.46 
 
 
187 aa  187  8e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3199  adenine phosphoribosyltransferase  49.46 
 
 
187 aa  187  8e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.954761  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2888  adenine phosphoribosyltransferase  49.46 
 
 
187 aa  186  1e-46  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.716655  normal  0.100922 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2575  adenine phosphoribosyltransferase  53.49 
 
 
184 aa  185  3e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000328192  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2616  adenine phosphoribosyltransferase  53.49 
 
 
184 aa  185  3e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000754481  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2691  adenine phosphoribosyltransferase  53.49 
 
 
184 aa  185  3e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000304189  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1768  adenine phosphoribosyltransferase  53.49 
 
 
184 aa  185  3e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000883945  hitchhiker  0.0047086 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6114  adenine phosphoribosyltransferase  52.91 
 
 
188 aa  183  1.0000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.38933  normal  0.400935 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1596  adenine phosphoribosyltransferase  50.59 
 
 
170 aa  183  1.0000000000000001e-45  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000374583  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0571  adenine phosphoribosyltransferase  52.33 
 
 
181 aa  183  1.0000000000000001e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000300234  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2303  adenine phosphoribosyltransferase  52.91 
 
 
184 aa  182  2.0000000000000003e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000264279  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0299  adenine phosphoribosyltransferase  52 
 
 
202 aa  182  2.0000000000000003e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0772  adenine phosphoribosyltransferase  54.17 
 
 
187 aa  182  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0604  adenine phosphoribosyltransferase  54.17 
 
 
197 aa  182  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2170  adenine phosphoribosyltransferase  52.91 
 
 
188 aa  182  3e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2784  adenine phosphoribosyltransferase  52.91 
 
 
188 aa  182  3e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.236272  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0531  adenine phosphoribosyltransferase  52.91 
 
 
188 aa  181  5.0000000000000004e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0784653  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2795  adenine phosphoribosyltransferase  52.91 
 
 
188 aa  181  5.0000000000000004e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.2159 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0588  adenine phosphoribosyltransferase  53.57 
 
 
216 aa  181  7e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.633676  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2619  adenine phosphoribosyltransferase  51.79 
 
 
173 aa  180  9.000000000000001e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0311  adenine phosphoribosyltransferase  49.42 
 
 
190 aa  180  9.000000000000001e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0417  adenine phosphoribosyltransferase  50.86 
 
 
231 aa  180  1e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.572449  normal  0.29511 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0272  adenine phosphoribosyltransferase  51.43 
 
 
202 aa  179  1e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0493  adenine phosphoribosyltransferase  48.92 
 
 
188 aa  180  1e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.410126  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2255  adenine phosphoribosyltransferase  51.74 
 
 
183 aa  180  1e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000237286  normal  0.265408 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2447  adenine phosphoribosyltransferase  51.74 
 
 
183 aa  180  1e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000745159  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2383  adenine phosphoribosyltransferase  55.75 
 
 
176 aa  179  2e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.106176  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2194  adenine phosphoribosyltransferase  55.23 
 
 
172 aa  179  2e-44  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1905  adenine phosphoribosyltransferase  55.23 
 
 
172 aa  179  2e-44  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.637099  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2327  adenine phosphoribosyltransferase  51.74 
 
 
183 aa  179  2e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000891458  hitchhiker  0.00045964 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4239  adenine phosphoribosyltransferase  48.7 
 
 
194 aa  179  2.9999999999999997e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3812  adenine phosphoribosyltransferase  49.72 
 
 
196 aa  178  4e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.526341 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03088  adenine phosphoribosyltransferase  52.33 
 
 
181 aa  178  4.999999999999999e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0333  adenine phosphoribosyltransferase  46.99 
 
 
188 aa  177  7e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2898  adenine phosphoribosyltransferase  48.84 
 
 
178 aa  177  7e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2012  adenine phosphoribosyltransferase  51.74 
 
 
181 aa  177  9e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0363  adenine phosphoribosyltransferase  50.58 
 
 
205 aa  177  9e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2382  adenine phosphoribosyltransferase  51.16 
 
 
185 aa  177  9e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000868696  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2702  adenine phosphoribosyltransferase  51.74 
 
 
188 aa  177  1e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.212838 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0559  adenine phosphoribosyltransferase  51.74 
 
 
183 aa  176  1e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.100039  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0935  adenine phosphoribosyltransferase  54.65 
 
 
175 aa  177  1e-43  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2408  adenine phosphoribosyltransferase  51.16 
 
 
182 aa  177  1e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000607797  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2844  adenine phosphoribosyltransferase  51.74 
 
 
188 aa  177  1e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.185899  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4115  adenine phosphoribosyltransferase  49.42 
 
 
188 aa  175  3e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00420  adenine phosphoribosyltransferase  51.74 
 
 
183 aa  175  4e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00707641  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3141  adenine phosphoribosyltransferase  51.74 
 
 
183 aa  175  4e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000274738  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0401  adenine phosphoribosyltransferase  51.74 
 
 
183 aa  175  4e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0547967  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0506  adenine phosphoribosyltransferase  51.74 
 
 
183 aa  175  4e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00345089  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4787  adenine phosphoribosyltransferase  50.28 
 
 
184 aa  175  4e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0512  adenine phosphoribosyltransferase  51.74 
 
 
183 aa  175  4e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00096873  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00425  hypothetical protein  51.74 
 
 
183 aa  175  4e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00912156  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3147  adenine phosphoribosyltransferase  51.74 
 
 
183 aa  175  4e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0333667  normal  0.241044 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0546  adenine phosphoribosyltransferase  51.74 
 
 
183 aa  175  4e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0813  adenine phosphoribosyltransferase  53.46 
 
 
177 aa  174  6e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002884  adenine phosphoribosyltransferase  50.58 
 
 
181 aa  174  6e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0439897  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1018  adenine phosphoribosyltransferase  50 
 
 
182 aa  174  7e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.14395  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0603  adenine phosphoribosyltransferase  48.26 
 
 
188 aa  174  8e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0244339 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3745  adenine phosphoribosyltransferase  48.04 
 
 
181 aa  174  8e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.370359  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1134  adenine phosphoribosyltransferase  51.16 
 
 
198 aa  174  8e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.397131  unclonable  0.0000000192445 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0816  adenine phosphoribosyltransferase  57.06 
 
 
171 aa  173  9.999999999999999e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1431  adenine phosphoribosyltransferase  52.73 
 
 
178 aa  173  9.999999999999999e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000408759  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2236  adenine phosphoribosyltransferase  50.58 
 
 
197 aa  173  9.999999999999999e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000133357  hitchhiker  0.000161546 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1309  adenine phosphoribosyltransferase  50 
 
 
181 aa  173  9.999999999999999e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.107555  normal  0.0516553 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3040  adenine phosphoribosyltransferase  49.42 
 
 
182 aa  173  1.9999999999999998e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1084  adenine phosphoribosyltransferase  48.26 
 
 
181 aa  172  1.9999999999999998e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.954514  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3492  adenine phosphoribosyltransferase  49.43 
 
 
184 aa  172  1.9999999999999998e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>