More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3465 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008687  Pden_3465  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  100 
 
 
384 aa  798    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6040  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  64.15 
 
 
382 aa  509  1e-143  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0685009  hitchhiker  0.0092314 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3468  putative iron-sulphur Rieske protein  64.21 
 
 
387 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.39757 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2370  Rieske (2Fe-2S) domain protein  64.75 
 
 
387 aa  500  1e-140  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0407  putative Rieske-type ring dioxygenase  31.12 
 
 
387 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.523707  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1952  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.85 
 
 
376 aa  195  9e-49  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1560  Rieske (2Fe-2S) region  31.17 
 
 
434 aa  189  5e-47  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1007  putative Rieske-type ring dioxygenase  32.01 
 
 
387 aa  182  7e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.152396  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4150  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.17 
 
 
384 aa  179  5.999999999999999e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.288761 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4003  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  30.54 
 
 
383 aa  177  2e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0984  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.55 
 
 
394 aa  177  2e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.575491 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13182  dioxygenase  33.33 
 
 
382 aa  172  6.999999999999999e-42  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000395149  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1801  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.96 
 
 
401 aa  167  2e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.195025  normal  0.0204354 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0979  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.39 
 
 
362 aa  160  3e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3791  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.66 
 
 
362 aa  160  4e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.71996  normal  0.360216 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3935  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.69 
 
 
385 aa  159  9e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0946647  normal  0.167315 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4010  Rieske (2Fe-2S) protein  27.96 
 
 
376 aa  154  2e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.514457 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5836  Rieske (2Fe-2S) region  40.29 
 
 
373 aa  152  1e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0538  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.28 
 
 
432 aa  151  2e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0332131  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1672  Rieske (2Fe-2S) protein  38.66 
 
 
393 aa  150  3e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0251995  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7702  putative dioxygenase  29.39 
 
 
380 aa  147  3e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3165  Rieske (2Fe-2S) region  29.55 
 
 
393 aa  146  8.000000000000001e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2194  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  38.42 
 
 
373 aa  145  2e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.143682  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001292  phenylpropionate dioxygenase and related ring-hydroxylating dioxygenases large terminal subunit  26.34 
 
 
395 aa  144  2e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.99509  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0146  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.53 
 
 
358 aa  143  6e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2062  Rieske 2Fe-2S domain protein  37.88 
 
 
374 aa  140  3e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.901443  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1386  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  37.88 
 
 
374 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.373829  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01772  predicted 2Fe-2S cluster-containing protein  37.88 
 
 
374 aa  139  6e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1841  Rieske (2Fe-2S) domain protein  37.88 
 
 
374 aa  139  6e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.213142  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1516  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  37.56 
 
 
374 aa  139  6e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1890  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  37.88 
 
 
374 aa  139  6e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2528  Rieske 2Fe-2S domain protein  37.88 
 
 
374 aa  139  6e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0428403  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1619  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  37.56 
 
 
374 aa  139  6e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01760  hypothetical protein  37.88 
 
 
374 aa  139  6e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1753  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  37.56 
 
 
374 aa  139  6e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000408747 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2028  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  37.88 
 
 
374 aa  139  6e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.121527  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18770  ring-hydroxylating dioxygenase, large terminal subunit  28.61 
 
 
380 aa  139  7.999999999999999e-32  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.760818  normal  0.333095 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3044  Rieske (2Fe-2S) domain protein  29.34 
 
 
369 aa  139  8.999999999999999e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000332714 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0159  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  37.17 
 
 
340 aa  139  1e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4137  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.06 
 
 
430 aa  138  1e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6197  putative ring hydroxylating dioxygenase, alpha-subunit  28.85 
 
 
429 aa  137  2e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0315  Rieske (2Fe-2S) domain protein  32.52 
 
 
430 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.276992  decreased coverage  0.0000264373 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0338  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.52 
 
 
430 aa  137  4e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000696422  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71410  putative ring hydroxylating dioxygenase, alpha-subunit  34.73 
 
 
429 aa  137  4e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.306543  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1831  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  37.37 
 
 
374 aa  136  5e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.279236 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0336  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.52 
 
 
430 aa  136  5e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0008982  normal  0.677602 
 
 
-
 
NC_004310  BR1461  Rieske 2Fe-2S family protein  37.97 
 
 
405 aa  136  7.000000000000001e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.583475  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1416  Rieske 2Fe-2S family protein  37.97 
 
 
405 aa  135  9e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1196  Rieske (2Fe-2S) protein  38.92 
 
 
401 aa  135  9.999999999999999e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6020  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  38.38 
 
 
382 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4029  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  30.99 
 
 
427 aa  134  1.9999999999999998e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4892  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.11 
 
 
430 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00139713  normal  0.55904 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1004  Rieske (2Fe-2S) protein  33.33 
 
 
445 aa  134  3e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1712  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  37.97 
 
 
415 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.559203  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4213  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  36.32 
 
 
444 aa  133  3.9999999999999996e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.144369  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5216  Rieske (2Fe-2S) region  31.4 
 
 
430 aa  133  6e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.168663  normal  0.0108823 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0763  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  26.27 
 
 
360 aa  133  6.999999999999999e-30  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3695  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.22 
 
 
460 aa  132  1.0000000000000001e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.036835  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1680  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  32.23 
 
 
355 aa  132  1.0000000000000001e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.229115  hitchhiker  0.000101719 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5373  Rieske 2Fe-2S family protein  25.65 
 
 
396 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.194173 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3062  iron-sulfur cluster-binding protein, rieske family  29.57 
 
 
416 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.476881  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2271  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  35.94 
 
 
443 aa  131  2.0000000000000002e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.516645  normal  0.774548 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2470  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  36.87 
 
 
430 aa  131  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4776  Rieske [2Fe-2S] region  31.71 
 
 
432 aa  130  3e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.115011 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3723  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  37.31 
 
 
425 aa  130  3e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3962  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.74 
 
 
423 aa  130  3e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.835969 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3710  Rieske (2Fe-2S) region  37.31 
 
 
425 aa  130  4.0000000000000003e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2893  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  37.31 
 
 
403 aa  130  4.0000000000000003e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.045966  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3783  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  37.31 
 
 
425 aa  130  4.0000000000000003e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0573009  normal  0.423928 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4184  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.85 
 
 
423 aa  130  5.0000000000000004e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4290  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  36.65 
 
 
423 aa  129  7.000000000000001e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.502996 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1773  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.21 
 
 
383 aa  129  1.0000000000000001e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0119557  normal  0.0397341 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6764  putative dioxygenase  36.82 
 
 
414 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.963222 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0401  iron-sulfur cluster-binding protein, Rieske family  32.13 
 
 
410 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0142061  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3851  Rieske (2Fe-2S) protein  36.5 
 
 
374 aa  128  2.0000000000000002e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0219002 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2498  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.33 
 
 
385 aa  127  3e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0242656  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0549  Rieske (2Fe-2S) domain protein  34.95 
 
 
414 aa  127  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.369608  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1410  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  38.07 
 
 
423 aa  127  4.0000000000000003e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.190649  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4845  Rieske (2Fe-2S) domain protein  36.14 
 
 
417 aa  126  7e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0260166 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_08656  Rieske 2Fe-2S family protein, putative (AFU_orthologue; AFUA_8G06450)  29.41 
 
 
431 aa  125  1e-27  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0597  Rieske (2Fe-2S) domain protein  34.41 
 
 
414 aa  125  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.0052075  normal  0.773983 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3759  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.98 
 
 
440 aa  125  1e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0223979  normal  0.594897 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0966  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  36.68 
 
 
397 aa  125  1e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0374518  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3306  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.97 
 
 
423 aa  125  1e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.478644  normal  0.259475 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3747  Rieske (2Fe-2S) region  34.98 
 
 
440 aa  125  1e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  decreased coverage  0.00627634  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1874  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.88 
 
 
436 aa  125  1e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2666  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.23 
 
 
424 aa  125  1e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0911716  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3820  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.98 
 
 
440 aa  125  1e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.365881  normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4738  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  25 
 
 
377 aa  124  3e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.590157  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0324  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.89 
 
 
442 aa  124  3e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4406  Rieske (2Fe-2S) region  32.68 
 
 
471 aa  124  3e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4493  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.68 
 
 
471 aa  124  3e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.940392  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4787  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.68 
 
 
471 aa  124  3e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.819616  normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4698  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  25.27 
 
 
377 aa  123  4e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.412068  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3082  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.34 
 
 
373 aa  124  4e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.5055 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3715  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.54 
 
 
455 aa  124  4e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5289  Rieske (2Fe-2S) domain protein  32.86 
 
 
417 aa  123  5e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.54502  normal  0.0949615 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2069  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.12 
 
 
413 aa  122  7e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.76502  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3484  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.99 
 
 
469 aa  122  8e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2506  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.99 
 
 
385 aa  122  8e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.601093  normal  0.991153 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>