More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3405 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008687  Pden_3405  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
290 aa  578  1e-164  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0093  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  66.78 
 
 
289 aa  410  1e-113  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2415  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.99 
 
 
309 aa  383  1e-105  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.20816  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1694  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.64 
 
 
295 aa  381  1e-105  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.184749 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1957  ABC transporter substrate binding inner membrane protein  62.9 
 
 
299 aa  380  1e-104  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.104929  normal  0.206974 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1151  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.72 
 
 
302 aa  371  1e-102  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.125531  normal  0.687942 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3816  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.41 
 
 
293 aa  364  1e-100  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0253995  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4369  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  60.28 
 
 
302 aa  364  1e-99  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.276416  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4350  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.42 
 
 
309 aa  363  1e-99  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0310559  hitchhiker  0.000856592 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0692  sugar ABC transporter, permease protein, putative  62.41 
 
 
349 aa  363  2e-99  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.0072223  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0647  putative sugar ABC transporter, permease protein  62.41 
 
 
349 aa  363  2e-99  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1940  sugar ABC transporter permease  60.55 
 
 
310 aa  361  6e-99  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22990  putative permease of ABC sugar transporter  60.55 
 
 
310 aa  361  7.0000000000000005e-99  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.155335 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3169  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.35 
 
 
292 aa  360  2e-98  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1293  glucose ABC transporter, permease protein, putative  59.66 
 
 
302 aa  358  6e-98  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.68 
 
 
298 aa  358  6e-98  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1114  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  59.66 
 
 
302 aa  357  9.999999999999999e-98  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.549163 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1014  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.68 
 
 
302 aa  357  9.999999999999999e-98  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1016  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.33 
 
 
302 aa  356  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4208  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.33 
 
 
302 aa  356  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1054  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.33 
 
 
302 aa  356  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00469845  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3934  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.6 
 
 
302 aa  352  4e-96  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.227216  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3691  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.64 
 
 
293 aa  343  1e-93  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.778407  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1554  ABC transporter, membrane permease  56.14 
 
 
357 aa  334  1e-90  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.562494  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3084  ABC transporter, membrane permease  56.14 
 
 
312 aa  332  5e-90  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1096  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.16 
 
 
294 aa  332  5e-90  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0124615  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0784  carbohydrate ABC transporter permease  56.14 
 
 
312 aa  332  5e-90  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.142967  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2616  carbohydrate ABC transporter permease  56.14 
 
 
312 aa  332  5e-90  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.1033  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3050  carbohydrate ABC transporter permease  56.14 
 
 
312 aa  332  5e-90  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1996  carbohydrate ABC transporter permease  56.14 
 
 
312 aa  332  5e-90  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2996  carbohydrate ABC transporter permease  56.14 
 
 
312 aa  331  7.000000000000001e-90  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.847023  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4072  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  55.79 
 
 
312 aa  329  4e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0117098  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0841  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.44 
 
 
292 aa  327  1.0000000000000001e-88  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0829  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.44 
 
 
312 aa  326  2.0000000000000001e-88  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.278344  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0490  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.44 
 
 
312 aa  326  3e-88  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.320358  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0969  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.44 
 
 
312 aa  326  3e-88  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0930  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.44 
 
 
292 aa  325  6e-88  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0629  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.79 
 
 
313 aa  324  9e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.373339  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2429  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.74 
 
 
292 aa  324  1e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.163293  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3490  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.95 
 
 
317 aa  323  1e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1379  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.95 
 
 
317 aa  324  1e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3785  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.61 
 
 
317 aa  323  3e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.573592  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1483  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.61 
 
 
317 aa  322  4e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.135276  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3450  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  54.39 
 
 
312 aa  315  7e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000968646  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1029  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.04 
 
 
312 aa  314  8e-85  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0213749  normal  0.0773532 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6962  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.63 
 
 
309 aa  315  8e-85  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1525  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.63 
 
 
319 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.183894  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6304  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.63 
 
 
319 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.510445 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3574  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
288 aa  293  3e-78  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.0059104  normal  0.876214 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2097  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.4 
 
 
301 aa  271  6e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.485351  normal  0.187232 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5886  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.96 
 
 
314 aa  270  2e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2082  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  48.33 
 
 
313 aa  270  2e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.785308  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2336  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.69 
 
 
301 aa  268  5.9999999999999995e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.499107  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4322  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.53 
 
 
304 aa  268  8e-71  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.709279 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1109  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.43 
 
 
298 aa  264  1e-69  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0514652  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5436  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.71 
 
 
318 aa  264  1e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.184378 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2400  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  44.6 
 
 
300 aa  264  2e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.239524  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1727  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.74 
 
 
302 aa  259  3e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0276286  normal  0.845621 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0883  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44 
 
 
305 aa  251  1e-65  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.634323 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1807  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.61 
 
 
295 aa  245  6.999999999999999e-64  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.41 
 
 
302 aa  244  9.999999999999999e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.473055  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9199  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  43.53 
 
 
290 aa  243  1.9999999999999999e-63  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6356  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.28 
 
 
295 aa  235  6e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0207  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.35 
 
 
335 aa  234  1.0000000000000001e-60  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4569  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.85 
 
 
295 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.101772  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1173  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.14 
 
 
330 aa  210  2e-53  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.848651  normal  0.375032 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0802  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.56 
 
 
330 aa  207  2e-52  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.817571  normal  0.701036 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0819  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.08 
 
 
306 aa  206  3e-52  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3154  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.11 
 
 
323 aa  205  7e-52  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1923  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.33 
 
 
307 aa  201  8e-51  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.372981  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3303  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.68 
 
 
323 aa  198  1.0000000000000001e-49  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7938  ABC transporter (permease)  34.93 
 
 
295 aa  196  4.0000000000000005e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.520551  normal  0.356358 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1304  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.13 
 
 
298 aa  173  3.9999999999999995e-42  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.857292  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0883  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.83 
 
 
302 aa  168  8e-41  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.634184 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3263  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.87 
 
 
298 aa  167  2e-40  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.52678 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1863  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.86 
 
 
333 aa  165  1.0000000000000001e-39  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.145825  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26620  carbohydrate ABC transporter membrane protein  33.33 
 
 
300 aa  164  2.0000000000000002e-39  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1823  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.97 
 
 
328 aa  158  1e-37  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20510  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.46 
 
 
290 aa  155  6e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0790749  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3493  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.14 
 
 
298 aa  153  2.9999999999999998e-36  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0463237 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4501  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.5 
 
 
321 aa  152  5.9999999999999996e-36  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.824924  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4750  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.75 
 
 
299 aa  152  8.999999999999999e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.62916  normal  0.701692 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1814  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.27 
 
 
329 aa  149  6e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4663  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.7 
 
 
299 aa  149  8e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.456499 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0627  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.11 
 
 
294 aa  148  1.0000000000000001e-34  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000558297  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2521  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.23 
 
 
348 aa  146  3e-34  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.519073 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0941  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.22 
 
 
313 aa  143  3e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.737632 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3658  glucose transport system permease protein  30.73 
 
 
372 aa  139  7e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2392  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.98 
 
 
318 aa  133  3.9999999999999996e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.488692  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2000  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.98 
 
 
319 aa  126  3e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2819  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.33 
 
 
315 aa  124  1e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0308401  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1755  ABC transporter permease  31.2 
 
 
312 aa  124  2e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.576454  normal  0.392142 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0185  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31 
 
 
315 aa  123  4e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1896  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.89 
 
 
296 aa  123  4e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.0543799999999999e-20 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2545  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.33 
 
 
316 aa  123  4e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.637107  normal  0.115222 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4634  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.42 
 
 
292 aa  122  7e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.219562  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0830  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.04 
 
 
309 aa  122  8e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4882  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.95 
 
 
313 aa  122  8e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.115668  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2292  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.08 
 
 
306 aa  121  9.999999999999999e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8235  ABC transporter, permease protein  29.64 
 
 
306 aa  121  9.999999999999999e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>