35 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3332 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3332  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  100 
 
 		 292 aa  598  1e-170  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.839381 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1016  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  36.96 
 
 		 385 aa  172  5.999999999999999e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0212  hypothetical protein  35.93 
 
 		 368 aa  169  6e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0317  hypothetical protein  33.81 
 
 		 360 aa  169  7e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000502867 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4709  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  33.09 
 
 		 360 aa  166  5e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.29865  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0275  DNA-binding protein  35.04 
 
 		 386 aa  146  3e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1542  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  32.37 
 
 		 373 aa  141  9.999999999999999e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000135778  unclonable  0.000000000156625 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1441  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  31.37 
 
 		 371 aa  139  3.9999999999999997e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000771176 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0006  plasmid maintenance system antidote protein  33.33 
 
 		 380 aa  137  2e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1543  hypothetical protein  32.25 
 
 		 367 aa  135  6.0000000000000005e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1951  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  30.8 
 
 		 368 aa  122  6e-27  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2492  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  28.88 
 
 		 368 aa  120  3e-26  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1548  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  28.06 
 
 		 363 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03612  Plasmid maintenance system antidote protein  31.71 
 
 		 371 aa  119  7e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1194  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  30.19 
 
 		 369 aa  114  3e-24  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0483  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  26.14 
 
 		 350 aa  112  8.000000000000001e-24  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5647  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  30.53 
 
 		 362 aa  106  4e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3170  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  27.21 
 
 		 376 aa  94.7  1e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.19493  unclonable  0.0000000000000213391 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1808  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  26.57 
 
 		 358 aa  94.4  2e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20190  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  25.81 
 
 		 228 aa  90.9  3e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1079  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  25.19 
 
 		 361 aa  75.9  0.0000000000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2453  helix-turn-helix domain-containing protein  28.12 
 
 		 409 aa  58.2  0.0000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.253954  normal  0.726571 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0033  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  26.83 
 
 		 334 aa  56.6  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.0000000119331  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0814  helix-turn-helix domain-containing protein  34.65 
 
 		 425 aa  56.2  0.0000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.00469966  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4510  hypothetical protein  32.56 
 
 		 289 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.216529 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3421  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  21.79 
 
 		 383 aa  52  0.00001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2829  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  39.68 
 
 		 110 aa  48.1  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0896969  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2764  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  38.33 
 
 		 95 aa  47  0.0004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.374165  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1377  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  34.43 
 
 		 99 aa  46.6  0.0005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0642  hypothetical protein  34.29 
 
 		 96 aa  45.8  0.0009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.000000446232  normal  0.460246 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0386  helix-turn-helix domain-containing protein  31.01 
 
 		 422 aa  45.4  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.375659  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4195  putative transcription regulator with HTH domain protein  38.1 
 
 		 401 aa  44.3  0.002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3243  plasmid maintenance system antidote protein  35.59 
 
 		 102 aa  43.9  0.003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0211861  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4918  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  32.86 
 
 		 99 aa  43.1  0.005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.128758 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0236  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  29.49 
 
 		 124 aa  42.4  0.008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>