More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3293 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3293  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 301 aa  597  1e-169  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.185242  normal  0.285831 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3832  LysR family transcriptional regulator  43.9 
 
 		 290 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.524021 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5946  transcriptional regulator LysR family  40.59 
 
 		 312 aa  214  9.999999999999999e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1371  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 308 aa  214  9.999999999999999e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0148  LysR family transcriptional regulator  40.7 
 
 		 307 aa  209  4e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.148101  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2844  transcriptional regulator, LysR family  39.73 
 
 		 300 aa  194  2e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.223887  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3779  LysR family transcriptional regulator  41.4 
 
 		 292 aa  190  2e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.750193 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2367  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 299 aa  190  2e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.47568  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2895  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 313 aa  187  1e-46  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.521914  normal  0.0431936 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3052  LysR family transcriptional regulator  41.4 
 
 		 292 aa  186  4e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3977  transcriptional regulatory protein  36.18 
 
 		 315 aa  185  8e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.121113 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1860  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 328 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0547107 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0359  transcriptional regulator, LysR family  38.13 
 
 		 313 aa  177  1e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0121795  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0372  transcriptional regulator, LysR family  38.13 
 
 		 313 aa  177  2e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.103497  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0977  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 311 aa  176  3e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.465087  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3974  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 328 aa  176  4e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.140467 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1039  transcriptional regulator, LysR family  38.75 
 
 		 311 aa  174  1.9999999999999998e-42  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0343  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 313 aa  173  3.9999999999999995e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.294854  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3156  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 294 aa  170  3e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0970291 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0386  transcriptional regulator, LysR family  38.11 
 
 		 298 aa  169  5e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.447442 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3189  LysR family transcriptional regulator  37.09 
 
 		 279 aa  168  1e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2478  LysR family transcriptional regulator  35.18 
 
 		 319 aa  166  4e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.585884  normal  0.517095 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3368  transcriptional regulator, LysR family  37.01 
 
 		 298 aa  166  5e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4279  LysR substrate-binding  37.72 
 
 		 334 aa  165  6.9999999999999995e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.373841  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4568  transcriptional regulator, LysR family  37.04 
 
 		 298 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.759587 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0722  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 294 aa  164  2.0000000000000002e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2289  transcriptional regulator, LysR family  37.67 
 
 		 293 aa  163  3e-39  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1441  LysR family transcriptional regulator  38.66 
 
 		 322 aa  162  6e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1335  LysR family transcriptional regulator  36.1 
 
 		 290 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1135  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 299 aa  160  2e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0556811  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1036  transcriptional regulator, LysR family  37.02 
 
 		 294 aa  157  2e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01990  transcriptional regulator transcription regulator protein  36.81 
 
 		 302 aa  156  4e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.473925  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2169  transcriptional regulator, LysR family  36.55 
 
 		 294 aa  155  6e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.394311 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5859  transcriptional regulator, LysR family  35.2 
 
 		 315 aa  155  7e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3295  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 291 aa  154  1e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.743401 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4796  transcriptional regulator, LysR family  37.76 
 
 		 292 aa  154  1e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.511675  normal  0.87125 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1089  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 300 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3834  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.44 
 
 		 295 aa  153  4e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.381515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2448  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 303 aa  153  4e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.848866  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4646  transcriptional regulator, LysR family  37.72 
 
 		 312 aa  151  1e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0479434  normal  0.927807 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0825  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 303 aa  150  2e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7466  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 290 aa  150  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.146793  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0706  LysR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 293 aa  150  2e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.265048  normal  0.765072 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7356  LysR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 305 aa  149  4e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.195647  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1155  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 304 aa  149  7e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0046037  normal  0.529732 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3448  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 291 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.285502  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2886  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 299 aa  147  2.0000000000000003e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0958949  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0822  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 309 aa  147  2.0000000000000003e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.895804 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4058  LysR family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 306 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.103107  normal  0.387119 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3528  transcriptional regulator, LysR family  35.15 
 
 		 298 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0086237 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0798  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 299 aa  147  3e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.748427  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4291  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 297 aa  147  3e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.249542  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3487  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 293 aa  147  3e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.475425  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4075  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 297 aa  147  3e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.605755  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3202  transcriptional regulator, LysR family  35.74 
 
 		 298 aa  146  4.0000000000000006e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2721  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 322 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0997  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 315 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2577  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 315 aa  145  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03181  transcription regulator protein  38.57 
 
 		 328 aa  144  2e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.582864  normal  0.30577 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4731  helix-turn-helix, Fis-type  35.23 
 
 		 288 aa  144  2e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.210244  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2881  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 307 aa  144  2e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.652034  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4767  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 286 aa  144  2e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2725  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 283 aa  143  3e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3839  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 307 aa  143  3e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5492  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 300 aa  142  5e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.28545 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4514  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 292 aa  142  5e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.973008 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4790  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 328 aa  142  5e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3944  transcriptional regulator, LysR family  32.76 
 
 		 296 aa  142  5e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4668  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 306 aa  142  6e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.35051  normal  0.639352 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3700  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 306 aa  142  6e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1748  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 303 aa  142  7e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.056741  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5632  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 290 aa  142  8e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.090076  normal  0.419487 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1517  LysR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 332 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000000321062  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6804  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 307 aa  141  9.999999999999999e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.986757  normal  0.761993 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3810  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 299 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.418833  hitchhiker  0.00695796 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1954  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 291 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0921  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 300 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4697  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 299 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.990453 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1452  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 297 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2194  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 307 aa  140  3e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.569492 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1511  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 307 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.598514 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0881  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 316 aa  139  4.999999999999999e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5018  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 294 aa  139  4.999999999999999e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.448472 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33750  LysR family transcriptional regulator protein  34.83 
 
 		 293 aa  139  6e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3188  LysR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 291 aa  138  8.999999999999999e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.708036  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4610  transcriptional regulator, LysR family  30.8 
 
 		 307 aa  138  1e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.167563  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2863  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 315 aa  138  1e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.753001 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1637  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 298 aa  138  1e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0972264 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5824  transcriptional regulator, LysR family  30.74 
 
 		 317 aa  137  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.343425 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0071  LysR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 295 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000017949 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1403  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 304 aa  137  2e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5666  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 306 aa  137  2e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.381574  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3893  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 301 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.811179  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6201  transcriptional regulator, LysR family  34.95 
 
 		 334 aa  136  4e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4175  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 299 aa  136  4e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.825344  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2989  transcriptional regulator, LysR family  31.82 
 
 		 299 aa  136  5e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0878749 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3334  transcription regulator protein  34.15 
 
 		 298 aa  135  6.0000000000000005e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0071  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 295 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.328388  hitchhiker  0.00942011 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3213  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 294 aa  135  8e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.772963  normal  0.565798 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1027  transcriptional regulator, LysR family  31.74 
 
 		 296 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.781525  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>