146 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3203 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0147  conjugation TrbI family protein  88.72 
 
 		 391 aa  658    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3203  conjugation TrbI family protein  100 
 
 		 388 aa  749    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.71331  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3221  conjugation TrbI family protein  75.65 
 
 		 375 aa  511  1e-144  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0332063  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0500  conjugation TrbI-like protein  69.11 
 
 		 399 aa  495  1e-139  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.167407  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0690  conjugation TrbI family protein  71.66 
 
 		 383 aa  494  1e-139  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2315  conjugation TrbI-like protein  69.77 
 
 		 396 aa  494  9.999999999999999e-139  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00715823  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7750  putative conjugal transfer protein trbI  68.32 
 
 		 399 aa  484  1e-135  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.911232  normal  0.149579 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1185  conjugation TrbI family protein  67.02 
 
 		 394 aa  484  1e-135  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3550  conjugation TrbI family protein  67.02 
 
 		 394 aa  484  1e-135  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3836  conjugation TrbI family protein  65.62 
 
 		 411 aa  469  1.0000000000000001e-131  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1475  conjugation TrbI family protein  68.65 
 
 		 373 aa  464  1e-129  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2887  conjugation TrbI family protein  65.12 
 
 		 401 aa  462  1e-129  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.174381 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0740  conjugation TrbI family protein  63.47 
 
 		 401 aa  454  1.0000000000000001e-126  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3095  conjugation TrbI family protein  63.28 
 
 		 421 aa  448  1e-125  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3860  conjugation TrbI-like protein  66.84 
 
 		 388 aa  442  1e-123  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.757301  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2995  conjugation TrbI family protein  64.12 
 
 		 418 aa  444  1e-123  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.674957 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3991  conjugation TrbI family protein  61.3 
 
 		 414 aa  428  1e-119  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0367583  normal  0.111143 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0860  conjugation TrbI-like protein  58.55 
 
 		 402 aa  408  1.0000000000000001e-112  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.194892 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2091  conjugation TrbI-like protein  57.77 
 
 		 402 aa  405  1.0000000000000001e-112  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.561013  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0604  conjugation TrbI family protein  61.7 
 
 		 415 aa  407  1.0000000000000001e-112  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1485  conjugation TrbI family protein  57.5 
 
 		 402 aa  399  9.999999999999999e-111  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3700  conjugation TrbI family protein  57.81 
 
 		 405 aa  389  1e-107  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3892  conjugation TrbI-like protein  54.94 
 
 		 400 aa  382  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.562266  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2833  conjugation TrbI family protein  58.66 
 
 		 400 aa  379  1e-104  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3532  conjugation TrbI-like protein  55.13 
 
 		 411 aa  361  1e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.404539 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2605  conjugation TrbI-like protein  53.14 
 
 		 430 aa  354  2e-96  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0309  conjugation TrbI-like protein  55.29 
 
 		 398 aa  340  2e-92  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7449  putative conjugal transfer protein trbI  55.19 
 
 		 335 aa  340  2.9999999999999998e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.838533  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3373  putative conjugal transfer protein trbI  49.75 
 
 		 400 aa  321  9.999999999999999e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1508  conjugal transfer protein trbI  47.89 
 
 		 392 aa  310  2e-83  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187408  normal  0.430522 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2477  conjugation TrbI-like protein  50.39 
 
 		 393 aa  305  9.000000000000001e-82  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.260778  normal  0.292469 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1004  conjugation TrbI family protein  49.6 
 
 		 386 aa  303  5.000000000000001e-81  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0958  conjugation TrbI family protein  47.23 
 
 		 397 aa  293  2e-78  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30850  TrbI-like protein  42.96 
 
 		 423 aa  286  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000000000167509  unclonable  5.51965e-22 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2902  conjugation TrbI family protein  44.3 
 
 		 420 aa  282  6.000000000000001e-75  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.629829  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1350  conjugation TrbI-like protein  43.83 
 
 		 423 aa  282  8.000000000000001e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000274304  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2690  conjugation TrbI family protein  42.54 
 
 		 422 aa  282  9e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00708765  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1904  conjugation TrbI family protein  43.78 
 
 		 424 aa  281  2e-74  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.1694  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2653  conjugation TrbI family protein  43.8 
 
 		 423 aa  280  2e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.382892  normal  0.720932 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1291  conjugation TrbI family protein  43.95 
 
 		 426 aa  276  4e-73  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3497  conjugation TrbI family protein  42.61 
 
 		 423 aa  276  4e-73  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2013  conjugation TrbI family protein  43 
 
 		 427 aa  275  9e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2035  conjugation TrbI family protein  46.95 
 
 		 399 aa  274  2.0000000000000002e-72  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2575  conjugal transfer TrbI transmembrane protein  43.07 
 
 		 425 aa  271  1e-71  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4203  conjugation TrbI family protein  41.03 
 
 		 439 aa  270  5e-71  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.139872  normal  0.82202 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2276  conjugation TrbI family protein  44.36 
 
 		 384 aa  268  8e-71  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.125244  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2359  conjugation TrbI family protein  42.75 
 
 		 427 aa  267  2e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.412444 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3697  conjugation TrbI family protein  42.71 
 
 		 425 aa  266  5.999999999999999e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299925  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0429  conjugation TrbI family protein  43.18 
 
 		 424 aa  266  5.999999999999999e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.082954  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1148  conjugation TrbI family protein  44.99 
 
 		 412 aa  265  1e-69  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1559  conjugation TrbI-like protein  42.75 
 
 		 422 aa  264  2e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22325  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1325  conjugation TrbI family protein  42.57 
 
 		 427 aa  260  2e-68  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00353837  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1843  conjugation TrbI family protein  38.78 
 
 		 431 aa  248  1e-64  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.851946  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0170  conjugation TrbI family protein  43.04 
 
 		 395 aa  243  3.9999999999999997e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.238278  normal  0.267939 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0735  conjugation TrbI family protein  43.32 
 
 		 379 aa  232  1e-59  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.997406  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2355  conjugation TrbI family protein  37.61 
 
 		 428 aa  197  4.0000000000000005e-49  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5214  conjugation TrbI family protein  50 
 
 		 408 aa  191  2e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1711  conjugation TrbI family protein  45.76 
 
 		 428 aa  189  5.999999999999999e-47  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000031555  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5367  conjugation TrbI family protein  41.5 
 
 		 418 aa  186  6e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.196515  normal  0.456411 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2343  conjugation TrbI family protein  32.43 
 
 		 410 aa  178  2e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4559  conjugal transfer protein TrbI  42.51 
 
 		 433 aa  176  5e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0054  conjugal transfer protein TrbI  39.82 
 
 		 459 aa  173  5e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4267  conjugal transfer protein TrbI  40.67 
 
 		 472 aa  172  1e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.119587  hitchhiker  0.00641799 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6509  conjugal transfer protein TrbI  40.67 
 
 		 473 aa  171  2e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6628  conjugal transfer protein TrbI  40.67 
 
 		 473 aa  171  2e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5386  conjugal transfer protein TrbI  38.68 
 
 		 430 aa  170  4e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0420791 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5492  conjugal transfer protein TrbI  41.63 
 
 		 426 aa  169  6e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9257  conjugal transfer protein TrbI  42.13 
 
 		 437 aa  169  8e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0531878  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8323  conjugal transfer protein TrbI  43.81 
 
 		 437 aa  164  3e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.294198  n/a   
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4698  conjugation TrbI family protein  40.74 
 
 		 431 aa  161  1e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1667  conjugation TrbI family protein  29.79 
 
 		 439 aa  160  3e-38  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2232  conjugal transfer protein TrbI  37.5 
 
 		 466 aa  160  3e-38  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9647  conjugal transfer protein TrbI  41.92 
 
 		 445 aa  153  5e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.000862164  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0075  conjugal transfer protein TrbI  41.86 
 
 		 190 aa  147  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.766506  normal  0.509225 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2511  conjugation TrbI family protein  34.04 
 
 		 490 aa  140  4.999999999999999e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.26137  normal  0.383909 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1186  conjugation TrbI family protein  34.13 
 
 		 465 aa  132  1.0000000000000001e-29  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0895  conjugation TrbI family protein  32.51 
 
 		 467 aa  122  9.999999999999999e-27  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5455  conjugation TrbI-like protein  38.58 
 
 		 422 aa  115  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0206751 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4171  conjugation TrbI-like protein  37.55 
 
 		 406 aa  115  2.0000000000000002e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2826  conjugation TrbI family protein  36.02 
 
 		 446 aa  114  4.0000000000000004e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6398  conjugation TrbI family protein  35.09 
 
 		 403 aa  111  2.0000000000000002e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9812  type IV secretion protein AvhB10  36.17 
 
 		 402 aa  110  4.0000000000000004e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1395  conjugation TrbI family protein  36.13 
 
 		 486 aa  110  5e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0160  hypothetical protein  29.45 
 
 		 363 aa  109  9.000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0259  conjugation TrbI family protein  36.13 
 
 		 469 aa  107  2e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.089272  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3109  resolvase  66.25 
 
 		 377 aa  107  3e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5237  conjugation TrbI-like protein  34.87 
 
 		 483 aa  107  5e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_5007  conjugation TrbI family protein  32.86 
 
 		 447 aa  106  5e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.14472  normal  0.964803 
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5412  conjugation TrbI family protein  32.86 
 
 		 447 aa  106  7e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.525455  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4556  conjugation TrbI family protein  34.96 
 
 		 410 aa  106  9e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.451217  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0178  hypothetical protein  28.31 
 
 		 363 aa  103  4e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1528  conjugation TrbI family protein  30.9 
 
 		 403 aa  101  2e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5193  conjugation TrbI family protein  30.9 
 
 		 403 aa  101  2e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.261515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4252  conjugation TrbI-like protein  30.33 
 
 		 440 aa  99.4  1e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5021  conjugation TrbI family protein  31.79 
 
 		 450 aa  96.7  6e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.553821  n/a   
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6299  conjugation TrbI-like protein  32.26 
 
 		 414 aa  95.9  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.627257  normal  1 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3528  conjugation TrbI family protein  31.25 
 
 		 378 aa  95.5  1e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4756  conjugation TrbI family protein  31.55 
 
 		 444 aa  94  4e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.745717 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0684  conjugation TrbI family protein  30.52 
 
 		 391 aa  94  4e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4239  conjugation TrbI family protein  33.51 
 
 		 432 aa  89.4  9e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.518635  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>