More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3038 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007494  RSP_3080  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  74.16 
 
 
551 aa  783  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4552  choline/carnitine/betaine transporter  69.46 
 
 
555 aa  715  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0835  choline/carnitine/betaine transporter  65.95 
 
 
574 aa  713  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.475223  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003606  High-affinity choline uptake protein BetT  64.29 
 
 
553 aa  693  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02455  choline/carnitine/betaine transporter  64.85 
 
 
582 aa  699  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2505  choline/carnitine/betaine transporter  65.41 
 
 
541 aa  670  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2125  choline/carnitine/betaine transport  65.61 
 
 
549 aa  680  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3129  choline/carnitine/betaine transporter  65.3 
 
 
554 aa  642  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.32452  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4548  choline/carnitine/betaine transporter  64.31 
 
 
551 aa  662  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3807  choline/carnitine/betaine transporter  74.16 
 
 
551 aa  783  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.00825508  normal  0.301611 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0980  choline/carnitine/betaine transport  64.72 
 
 
548 aa  660  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3929  hypothetical protein  73.98 
 
 
551 aa  763  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.720842  normal  0.613133 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3038  choline/carnitine/betaine transporter  100 
 
 
554 aa  1084  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2045  choline/carnitine/betaine transporter  53.12 
 
 
554 aa  550  1e-155  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0189191  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2648  choline/carnitine/betaine transporter  54.15 
 
 
534 aa  550  1e-155  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2003  choline/carnitine/betaine transport family protein  53.64 
 
 
535 aa  545  1e-154  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4336  choline/carnitine/betaine transporter  53.43 
 
 
529 aa  542  1e-153  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1809  choline/carnitine/betaine transporter  52.95 
 
 
526 aa  536  1e-151  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0049  choline/carnitine/betaine transporter  53.47 
 
 
523 aa  537  1e-151  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.335489  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0237  choline/carnitine/betaine transporter  52.31 
 
 
550 aa  533  1e-150  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.000527978  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0023  choline/carnitine/betaine transporter  53.8 
 
 
539 aa  532  1e-150  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.16107 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0098  transporter, BCCT family  51.67 
 
 
526 aa  533  1e-150  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01883  choline/carnitine/betaine transporter  52.15 
 
 
529 aa  531  1e-149  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0898  BCCT family transporter  51.7 
 
 
540 aa  522  1e-147  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0969  choline/carnitine/betaine transporter  51 
 
 
525 aa  518  1e-146  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.375142  normal  0.0777887 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003545  choline-glycine betaine transporter  51.12 
 
 
526 aa  518  1e-145  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2323  glycine betaine transporter  53.08 
 
 
525 aa  518  1e-145  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.100678  hitchhiker  0.00817837 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06429  hypothetical protein  51.22 
 
 
535 aa  514  1e-144  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0433  transporter, BCCT family  49.91 
 
 
531 aa  500  1e-140  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003138  High-affinity choline uptake protein BetT  55.15 
 
 
450 aa  489  1e-137  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  4.29409e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1888  choline/carnitine/betaine transporter  45.72 
 
 
606 aa  470  1e-131  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.541906  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3305  choline/carnitine/betaine transport  48.43 
 
 
545 aa  459  1e-128  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4819  choline/carnitine/betaine transporter  48.18 
 
 
538 aa  454  1e-126  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0648582  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1282  transporter, BCCT family  45.88 
 
 
534 aa  447  1e-124  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2472  choline/carnitine/betaine transporter  47.56 
 
 
667 aa  437  1e-121  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4866  choline/carnitine/betaine transporter  45.56 
 
 
659 aa  422  1e-117  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0140106 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0066  choline/carnitine/betaine transporter  47.45 
 
 
583 aa  422  1e-117  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.432279  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4403  choline/carnitine/betaine transporter  45.36 
 
 
659 aa  420  1e-116  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01813  Choline-glycine betaine transporter  44.44 
 
 
656 aa  416  1e-115  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000594064  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1003  choline/carnitine/betaine transporter  43.71 
 
 
553 aa  414  1e-114  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.399191 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3957  choline/carnitine/betaine transporter family protein  43.89 
 
 
657 aa  410  1e-113  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0148602  normal  0.612846 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1805  choline/carnitine/betaine transporter  46.69 
 
 
664 aa  407  1e-112  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.376035  hitchhiker  0.00814736 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6064  putative choline transporter  45.85 
 
 
661 aa  406  1e-112  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69850  putative choline transporter  44.86 
 
 
661 aa  407  1e-112  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.545233 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0293  choline/carnitine/betaine transporter  43.75 
 
 
637 aa  406  1e-112  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0308209  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04148  secondary glycine betaine transporter BetU  46.73 
 
 
667 aa  401  1e-110  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04111  hypothetical protein  46.73 
 
 
667 aa  401  1e-110  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4850  BCCT family transporter  46.54 
 
 
667 aa  400  1e-110  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0764  transporter, BCCT family  46.31 
 
 
667 aa  401  1e-110  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.846408  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0600  choline/carnitine/betaine transporter  43.8 
 
 
584 aa  390  1e-107  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  8.57259e-11  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0845  choline/carnitine/betaine transport  40.16 
 
 
551 aa  391  1e-107  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.626779  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1909  choline/carnitine/betaine transport  43.59 
 
 
660 aa  386  1e-106  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.30039  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1109  choline/carnitine/betaine transporter  43.9 
 
 
676 aa  386  1e-106  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.507446  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0421  choline/carnitine/betaine transporter  45.42 
 
 
661 aa  383  1e-105  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.45567  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01010  choline/carnitine/betaine transport  42.88 
 
 
573 aa  384  1e-105  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.883034  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1610  hypothetical protein  40.47 
 
 
646 aa  384  1e-105  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.00096761  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5310  choline/carnitine/betaine transporter  43.06 
 
 
698 aa  381  1e-104  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.910175  normal  0.618905 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2364  choline/carnitine/betaine transporter  41.34 
 
 
685 aa  382  1e-104  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0826  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  43.19 
 
 
550 aa  380  1e-104  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0130314 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1055  choline/carnitine/betaine transporter  46.2 
 
 
520 aa  381  1e-104  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.144567  normal  0.0392371 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0971  choline/carnitine/betaine transporter  42.89 
 
 
676 aa  377  1e-103  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.745252  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4430  choline/carnitine/betaine transporter  45.14 
 
 
691 aa  376  1e-103  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0234  BCCT family transporter  42.89 
 
 
716 aa  377  1e-103  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0328  choline/carnitine/betaine transporter  42.89 
 
 
676 aa  377  1e-103  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.140196  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0407  BCCT family transporter  42.89 
 
 
716 aa  377  1e-103  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1774  BCCT family transporter  42.89 
 
 
676 aa  377  1e-103  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0841224  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1859  BCCT family transporter  42.89 
 
 
676 aa  377  1e-103  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3360  choline/carnitine/betaine transporter  43.16 
 
 
676 aa  379  1e-103  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0225578  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1364  BCCT family transporter  42.89 
 
 
676 aa  377  1e-103  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1175  choline/carnitine/betaine transport  45.07 
 
 
658 aa  374  1e-102  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0833615  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0877  choline/carnitine/betaine transporter  41.54 
 
 
542 aa  372  1e-102  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.359976  hitchhiker  1.08541e-06 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1874  BCCT transporter  42.77 
 
 
676 aa  375  1e-102  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0838618  normal  0.235512 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4045  choline/carnitine/betaine transporter  43.16 
 
 
673 aa  375  1e-102  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.158094  normal  0.57128 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4156  choline/carnitine/betaine transporter  43.16 
 
 
676 aa  369  1e-101  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.87836  normal  0.0109397 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1505  choline/carnitine/betaine transporter  44.36 
 
 
668 aa  369  1e-101  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4210  choline/carnitine/betaine transport  43.16 
 
 
676 aa  369  1e-101  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.157306  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0224  high-affinity choline transport protein  40.47 
 
 
644 aa  370  1e-101  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4042  choline/carnitine/betaine transporter  39.45 
 
 
526 aa  370  1e-101  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1362  choline/carnitine/betaine transport  44.36 
 
 
673 aa  370  1e-101  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000623924  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0154  choline/carnitine/betaine transporter  40.59 
 
 
682 aa  369  1e-101  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3164  choline/carnitine/betaine transporter  44.75 
 
 
660 aa  370  1e-101  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4027  BCCT family transporter  40.73 
 
 
530 aa  369  1e-101  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0160  choline/carnitine/betaine transporter  43.08 
 
 
497 aa  365  1e-100  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1337  choline/carnitine/betaine transport  39.88 
 
 
687 aa  365  1e-99  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2552  choline/carnitine/betaine transporter  44.25 
 
 
658 aa  365  1e-99  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000125111  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3576  choline/carnitine/betaine transporter  40.49 
 
 
567 aa  365  1e-99  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.440158  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2741  choline/carnitine/betaine transporter  44.42 
 
 
661 aa  364  2e-99  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0608  choline/carnitine/betaine transporter  39.66 
 
 
490 aa  365  2e-99  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2719  choline/carnitine/betaine transporter  43.56 
 
 
658 aa  363  3e-99  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1576  choline/carnitine/betaine transporter  43.44 
 
 
658 aa  363  6e-99  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.823699 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1542  choline/carnitine/betaine transporter  43.44 
 
 
658 aa  362  7e-99  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.869304  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2804  choline/carnitine/betaine transporter  43.44 
 
 
658 aa  362  7e-99  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1301  BCCT family betaine/choline/carnitine/glycine transporter  40.48 
 
 
682 aa  362  1e-98  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2619  choline/carnitine/betaine transporter  44.16 
 
 
658 aa  361  2e-98  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  9.08403e-05  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1384  choline/carnitine/betaine transporter  41.96 
 
 
524 aa  360  4e-98  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.095402  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1441  choline/carnitine/betaine transporter  42.57 
 
 
658 aa  360  5e-98  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1546  choline/carnitine/betaine transporter  43.25 
 
 
658 aa  358  2e-97  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0240  choline/carnitine/betaine transporter  41.78 
 
 
662 aa  356  5e-97  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.167365  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0077  choline/carnitine/betaine transporter  44.8 
 
 
546 aa  355  1e-96  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2475  choline/carnitine/betaine transporter  37.74 
 
 
538 aa  348  1e-94  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.172611  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>