More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2965 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009049  Rsph17029_0806  ribonuclease  80.25 
 
 		 890 aa  998    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0942815  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2268  ribonuclease  57.63 
 
 		 926 aa  711    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.78941  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2340  ribonuclease  82.62 
 
 		 1026 aa  733    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.114926  normal  0.216071 
 
 
-
 
NC_004310  BR0912  ribonuclease Rne/Rng domain-containing protein  59.6 
 
 		 922 aa  721    Brucella suis 1330  Bacteria  unclonable  0.00607829  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3278  ribonuclease  61.18 
 
 		 863 aa  726    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.027998  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2131  RNAse E  80.25 
 
 		 936 aa  997    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.162164  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0908  ribonuclease Rne/Rng domain-containing protein  60.03 
 
 		 891 aa  717    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.0000577362  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2318  ribonuclease E  57.28 
 
 		 935 aa  659    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2539  ribonuclease E  69.72 
 
 		 890 aa  899    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.915754  normal  0.197349 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1459  RNAse E  69.51 
 
 		 976 aa  925    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  unclonable  0.00000280055  normal  0.379566 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0716  ribonuclease  80.35 
 
 		 869 aa  994    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.198515  normal  0.695847 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1711  ribonuclease E  61.5 
 
 		 868 aa  728    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0296054  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0388  ribonuclease  55.07 
 
 		 906 aa  674    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2965  ribonuclease  100 
 
 		 869 aa  1721    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0116298  normal  0.140468 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2149  RNAse E  65.95 
 
 		 889 aa  571  1e-161  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0957  ribonuclease  63.72 
 
 		 944 aa  569  1e-161  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.545354  normal  0.0139882 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1296  ribonuclease E  61.61 
 
 		 890 aa  571  1e-161  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.17459  normal  0.956429 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1794  ribonuclease E  63.72 
 
 		 1035 aa  568  1e-160  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.713418  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4668  ribonuclease  65.17 
 
 		 1080 aa  568  1e-160  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.156996  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1393  ribonuclease, Rne/Rng family  63.02 
 
 		 953 aa  565  1.0000000000000001e-159  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  unclonable  0.000000823933  normal  0.119255 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0393  ribonuclease  64.88 
 
 		 1092 aa  563  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1302  ribonuclease, Rne/Rng family  63.02 
 
 		 965 aa  562  1e-158  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00000158665  normal  0.0123334 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6047  ribonuclease, Rne/Rng family  67.59 
 
 		 1045 aa  561  1e-158  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3952  ribonuclease, Rne/Rng family  60.54 
 
 		 1046 aa  556  1e-157  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0825957  normal  0.60191 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3946  ribonuclease, Rne/Rng family  59.62 
 
 		 1065 aa  558  1e-157  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.213913 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1720  ribonuclease E and G  46.87 
 
 		 1059 aa  558  1e-157  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.325079  normal  0.0192553 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3009  ribonuclease  57.09 
 
 		 1060 aa  556  1e-157  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00611074  normal  0.333184 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3659  ribonuclease  60.54 
 
 		 1049 aa  556  1e-157  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2728  ribonuclease, Rne/Rng family  63.92 
 
 		 1053 aa  555  1e-157  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.236076  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4204  ribonuclease E  65.82 
 
 		 1070 aa  554  1e-156  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0729  ribonuclease, Rne/Rng family  60.84 
 
 		 1080 aa  553  1e-156  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.410807 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4649  ribonuclease  65.34 
 
 		 1043 aa  553  1e-156  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.332201 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2854  ribonuclease  63.37 
 
 		 1029 aa  553  1e-156  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.541303  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0931  ribonuclease  61.4 
 
 		 1005 aa  548  1e-154  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.589799 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2442  ribonuclease  62.65 
 
 		 1043 aa  547  1e-154  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.26344  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1822  ribonuclease  61.93 
 
 		 1039 aa  548  1e-154  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3172  ribonuclease  64.62 
 
 		 881 aa  532  1e-150  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0592866  normal  0.271417 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3848  RNAse E  61.2 
 
 		 880 aa  527  1e-148  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2572  ribonuclease  61.14 
 
 		 905 aa  523  1e-147  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.27752  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1776  ribonuclease E  51.81 
 
 		 984 aa  439  1e-121  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.0000943072  decreased coverage  0.00020345 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0555  ribonuclease E  36.52 
 
 		 608 aa  429  1e-118  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0470  ribonuclease  38.32 
 
 		 606 aa  429  1e-118  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1242  ribonuclease  50.74 
 
 		 928 aa  424  1e-117  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2304  ribonuclease  50.87 
 
 		 1071 aa  421  1e-116  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1190  ribonuclease, Rne/Rng family  49.29 
 
 		 938 aa  419  9.999999999999999e-116  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.048961  normal  0.116022 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1516  ribonuclease  51.21 
 
 		 1072 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00855049  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1619  RNAse E  50.37 
 
 		 968 aa  417  9.999999999999999e-116  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000868095  normal  0.696665 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25560  ribonuclease E  50.12 
 
 		 1057 aa  419  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0583784  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1905  ribonuclease, Rne/Rng family  51.45 
 
 		 1091 aa  414  1e-114  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.879394  unclonable  0.000000947805 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3809  ribonuclease  51.45 
 
 		 1090 aa  413  1e-114  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.000518974  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3841  ribonuclease, Rne/Rng family protein  51.12 
 
 		 1128 aa  415  1e-114  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.87898  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2185  ribonuclease E  49.66 
 
 		 1073 aa  414  1e-114  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0610467  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1481  ribonuclease  51.45 
 
 		 1086 aa  414  1e-114  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00984617  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1619  RNAse E  50 
 
 		 1012 aa  413  1e-114  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0118741  normal  0.382079 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1592  ribonuclease E  49.88 
 
 		 1175 aa  413  1e-114  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.690225  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1353  ribonuclease E  51.75 
 
 		 938 aa  412  1e-113  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.000765938  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1040  ribonuclease E protein  50.74 
 
 		 1014 aa  412  1e-113  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.120307  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1378  ribonuclease, Rne/Rng family  49.41 
 
 		 1074 aa  410  1e-113  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.282937  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1638  ribonuclease E and G  50.87 
 
 		 1120 aa  412  1e-113  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.664118 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2275  RNAse E  50.5 
 
 		 1042 aa  410  1e-113  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.896581  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14810  Ribonuclease E  49.52 
 
 		 1139 aa  410  1e-113  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4166  RNAse E  50.87 
 
 		 1082 aa  412  1e-113  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000306864  normal  0.124166 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0970  ribonuclease, Rne/Rng family  50.74 
 
 		 1008 aa  410  1e-113  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.100697 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2678  ribonuclease, Rne/Rng family  51 
 
 		 1091 aa  410  1e-113  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.438529  normal  0.174133 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4788  ribonuclease  52.12 
 
 		 1038 aa  410  1e-113  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.870424  normal  0.38307 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2032  ribonuclease  49.63 
 
 		 1142 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.390229  normal  0.144876 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2005  ribonuclease E  50.87 
 
 		 870 aa  406  1.0000000000000001e-112  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1064  ribonuclease  50.37 
 
 		 977 aa  408  1.0000000000000001e-112  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.973146  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1720  ribonuclease  51.12 
 
 		 1007 aa  409  1.0000000000000001e-112  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1321  ribonuclease E  49.5 
 
 		 904 aa  408  1.0000000000000001e-112  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0034947  normal  0.881501 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3086  ribonuclease  51.12 
 
 		 1076 aa  409  1.0000000000000001e-112  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3660  ribonuclease E  51.12 
 
 		 1041 aa  409  1.0000000000000001e-112  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1062  ribonuclease E  50 
 
 		 1096 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  unclonable  0.00000580995  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0905  ribonuclease, Rne/Rng family  50.74 
 
 		 1011 aa  409  1.0000000000000001e-112  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0755598  normal  0.0613595 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01517  ribonuclease E  49.63 
 
 		 1238 aa  408  1.0000000000000001e-112  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2440  RNAse E  50.5 
 
 		 1037 aa  409  1.0000000000000001e-112  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.19566  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1430  ribonuclease E  49.75 
 
 		 1073 aa  408  1.0000000000000001e-112  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.260181 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0818  ribonuclease  50.25 
 
 		 1092 aa  408  1.0000000000000001e-112  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00158382  normal  0.513461 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2634  ribonuclease  49.87 
 
 		 1201 aa  403  1e-111  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0740113  hitchhiker  0.00367459 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2785  ribonuclease E  50.5 
 
 		 1088 aa  404  1e-111  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1564  RNAse E  49.88 
 
 		 873 aa  404  1e-111  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.270508  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1876  ribonuclease  49.76 
 
 		 1056 aa  405  1e-111  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.166122  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0703  ribonuclease  47.06 
 
 		 752 aa  404  1e-111  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1593  ribonuclease  49.88 
 
 		 1128 aa  404  1e-111  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0247639 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2176  ribonuclease E  49.25 
 
 		 1132 aa  403  1e-111  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2922  ribonuclease, Rne/Rng family  50 
 
 		 1097 aa  405  1e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000705961  normal  0.54344 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2504  ribonuclease  49.63 
 
 		 1084 aa  404  1e-111  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2405  RNAse E  50 
 
 		 1093 aa  405  1e-111  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.133315  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2475  RNAse E  50 
 
 		 1095 aa  403  1e-111  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.350754  normal  0.0309861 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2567  RNAse E  50 
 
 		 1098 aa  405  1e-111  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5282  ribonuclease  50.62 
 
 		 1044 aa  401  9.999999999999999e-111  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0972122  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0656  ribonuclease E  50.5 
 
 		 998 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.59395 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2208  ribonuclease, Rne/Rng family protein  48.88 
 
 		 1065 aa  399  9.999999999999999e-111  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.162702 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1707  ribonuclease E  49.26 
 
 		 1068 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.000337375  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1989  ribonuclease E  50.13 
 
 		 1141 aa  401  9.999999999999999e-111  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.378047  normal  0.0201653 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0991  ribonuclease  49.01 
 
 		 1059 aa  402  9.999999999999999e-111  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.19075  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1490  ribonuclease, Rne/Rng family protein  49.75 
 
 		 1124 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.326409  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0986  ribonuclease  49.01 
 
 		 1068 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.41392  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3290  ribonuclease E  50.62 
 
 		 1025 aa  401  9.999999999999999e-111  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1110  ribonuclease  49.01 
 
 		 1059 aa  402  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.000270139  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>