More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2922 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_2922  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 221 aa  436  1e-121  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0278565  normal  0.64241 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1199  GntR family transcriptional regulator  76.39 
 
 		 226 aa  331  4e-90  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1661  GntR family transcriptional regulator  76.39 
 
 		 230 aa  331  6e-90  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0576  GntR family transcriptional regulator  66.97 
 
 		 222 aa  297  7e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1925  GntR family transcriptional regulator  66.97 
 
 		 222 aa  296  2e-79  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.554329  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1431  GntR family transcriptional regulator  70.73 
 
 		 222 aa  293  2e-78  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.773512 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1081  transcriptional regulator GntR family  68.02 
 
 		 222 aa  290  1e-77  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3010  GntR family transcriptional regulator  50.25 
 
 		 209 aa  191  7e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.276593 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2775  GntR family transcriptional regulator  51.49 
 
 		 211 aa  189  4e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.642476  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9244  transcriptional regulator GntR family  37.04 
 
 		 226 aa  125  3e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.173978  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2260  GntR family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 232 aa  122  6e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0845736  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0942  GntR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 214 aa  120  1.9999999999999998e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4029  GntR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 215 aa  112  3e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3493  GntR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 215 aa  112  3e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.552869 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1183  GntR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 226 aa  112  4.0000000000000004e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0293  GntR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 230 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.972725  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5088  GntR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 260 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.104666  normal  0.0604229 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4931  GntR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 231 aa  108  9.000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.558054  hitchhiker  0.000443766 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3968  GntR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 206 aa  105  4e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1522  GntR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 267 aa  105  7e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.383522 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4086  transcriptional regulator, GntR family  32.04 
 
 		 231 aa  104  1e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.129918 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4121  putative transcriptional regulator  32.51 
 
 		 222 aa  104  1e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0739685  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4345  GntR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 230 aa  103  2e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.49969 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2707  GntR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 223 aa  103  2e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.755904  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2063  GntR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 222 aa  102  3e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  hitchhiker  0.00486577  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1421  GntR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 217 aa  102  3e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00674258  normal  0.128717 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47820  putative transcriptional regulator  31.53 
 
 		 222 aa  102  3e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000218363  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3671  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 247 aa  102  6e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.483393  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1701  GntR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 223 aa  101  8e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0631333  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4857  transcriptional regulator, GntR family  32.98 
 
 		 225 aa  100  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.205094  normal  0.100646 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1843  GntR family transcriptional regulator  33 
 
 		 257 aa  100  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0747919 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003675  predicted regulator PutR for proline utilization GntR family  30.85 
 
 		 224 aa  98.6  6e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4822  transcriptional regulator, GntR family  34.36 
 
 		 257 aa  97.4  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00147753  normal  0.0149979 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  31.09 
 
 		 226 aa  97.8  1e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2825  GntR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 223 aa  97.8  1e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.687306  normal  0.544458 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4456  GntR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 213 aa  97.4  1e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4142  GntR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 222 aa  97.1  2e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.209682  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2304  GntR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 224 aa  96.3  3e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.39728 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3629  GntR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 246 aa  95.9  4e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1759  GntR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 223 aa  95.5  6e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000431204  normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6599  GntR family transcriptional regulator  34.05 
 
 		 225 aa  94.7  1e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1716  transcriptional regulator, GntR family  32.82 
 
 		 223 aa  93.6  2e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000127588  hitchhiker  0.0000108879 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2633  GntR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 223 aa  93.6  2e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0189782  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2668  GntR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 223 aa  93.6  2e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000195924  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 225 aa  93.6  2e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0233  GntR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 219 aa  94  2e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2747  GntR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 223 aa  93.6  2e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00299596  normal  0.0681091 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1528  GntR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 223 aa  94  2e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7238  transcriptional regulator GntR family  34.78 
 
 		 224 aa  92.8  3e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.178912  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1569  GntR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 230 aa  93.2  3e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  34.92 
 
 		 232 aa  92  6e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 235 aa  92  6e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2852  GntR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 223 aa  92  7e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2365  GntR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 223 aa  92  7e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000273195  normal  0.0972309 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3324  GntR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 229 aa  92  7e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.106017 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1551  transcriptional regulator, GntR family protein  31.38 
 
 		 224 aa  91.7  8e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000349617  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3782  GntR family transcriptional regulator  37.43 
 
 		 233 aa  91.7  9e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0416767  normal  0.193335 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2016  GntR family transcriptional regulator  36.87 
 
 		 230 aa  90.9  1e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0125173 
 
 
-
 
NC_004310  BR1961  GntR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 227 aa  90.5  2e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0634218  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1887  GntR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 219 aa  90.5  2e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000514659  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5100  GntR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 226 aa  90.5  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.2531  normal  0.563225 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4175  transcriptional regulator, GntR family  30.46 
 
 		 216 aa  90.1  2e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.454993  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1521  GntR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 223 aa  90.1  2e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000831441  normal  0.527855 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5881  GntR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 226 aa  90.5  2e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.453374  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 245 aa  90.1  2e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1588  GntR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 223 aa  89.7  3e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0421437  normal  0.157754 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3984  transcriptional regulator, GntR family  31.72 
 
 		 216 aa  90.1  3e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1582  GntR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 223 aa  89.7  3e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00672922  normal  0.129388 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1970  GntR family transcriptional regulator  33.95 
 
 		 225 aa  89.4  4e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.968442  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2354  GntR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 233 aa  89  5e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000394326  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0988  transcriptional regulator, GntR family  36.61 
 
 		 227 aa  89  5e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0050  GntR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 222 aa  89  5e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.731616  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1484  transcriptional regulator, GntR family  35.36 
 
 		 219 aa  88.6  6e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0694  transcriptional regulator, GntR family  24.49 
 
 		 215 aa  89  6e-17  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5984  GntR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 226 aa  88.6  8e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0745493  normal  0.107513 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1382  regulatory protein GntR, HTH  29.69 
 
 		 227 aa  88.2  8e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000764152  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4343  GntR family transcriptional regulator  36.41 
 
 		 218 aa  88.6  8e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6120  GntR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 226 aa  88.6  8e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.105627  normal  0.0219652 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3140  GntR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 241 aa  88.2  9e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000117475 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3784  GntR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 222 aa  87.8  1e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.142846  normal  0.227758 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 231 aa  88.2  1e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 235 aa  88.2  1e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3814  GntR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 229 aa  87.4  1e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3042  GntR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 226 aa  87.8  1e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3197  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 242 aa  87.4  1e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3164  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 242 aa  87  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0161984 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1710  transcription regulator AsnC  28.5 
 
 		 217 aa  87  2e-16  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2945  transcriptional regulator, GntR family  40.56 
 
 		 233 aa  86.7  3e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000364354  hitchhiker  0.000119928 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5099  GntR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 240 aa  86.3  3e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408259  normal  0.367137 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  31.66 
 
 		 230 aa  86.3  4e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3082  GntR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 241 aa  85.5  5e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0349212 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  28.91 
 
 		 226 aa  84.3  0.000000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4283  GntR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 222 aa  84.3  0.000000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0724479  normal  0.899409 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2099  transcriptional regulator, GntR family  34.87 
 
 		 245 aa  84.3  0.000000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.386507  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4341  transcriptional regulator, GntR family  34.03 
 
 		 221 aa  84.3  0.000000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.341994 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6499  GntR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 242 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.348019  normal  0.174024 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4693  GntR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 267 aa  84.7  0.000000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1812  transcriptional regulator, GntR family  37.59 
 
 		 248 aa  84.7  0.000000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.515993  normal  0.0165675 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3523  GntR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 239 aa  84.7  0.000000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0140617  normal  0.356265 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6398  transcriptional regulator, GntR family  40.88 
 
 		 215 aa  84  0.000000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>