More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2873 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008687  Pden_2873  endonuclease III  100 
 
 
222 aa  458  9.999999999999999e-129  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.407783 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1031  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  72.73 
 
 
214 aa  311  3.9999999999999997e-84  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.474778  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0197  endonuclease III  72.73 
 
 
214 aa  311  4.999999999999999e-84  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2692  endonuclease III  72.25 
 
 
214 aa  310  9e-84  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.841587  normal  0.269141 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1669  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  69.38 
 
 
240 aa  305  5.0000000000000004e-82  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.544383  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2451  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  69.38 
 
 
247 aa  301  5.000000000000001e-81  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.452204  normal  0.144793 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3023  endonuclease III  65.89 
 
 
214 aa  295  4e-79  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.296739  normal  0.295544 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3568  endonuclease III  66.17 
 
 
214 aa  278  6e-74  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0381  endonuclease III  65 
 
 
258 aa  271  8.000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0203  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  65.17 
 
 
218 aa  270  1e-71  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.419558  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1735  endonuclease III  61.65 
 
 
215 aa  267  8e-71  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.61574  normal  0.277364 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0346  endonuclease III  64.5 
 
 
261 aa  267  1e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0360921  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2991  endonuclease III  61.69 
 
 
233 aa  266  1e-70  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2704  endonuclease III  62.69 
 
 
215 aa  265  5e-70  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3311  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  62.38 
 
 
214 aa  265  5e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0339  endonuclease III  63.5 
 
 
256 aa  264  8e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0201  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  63.5 
 
 
274 aa  264  8e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1235  endonuclease III  61.88 
 
 
214 aa  263  1e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.649386 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0439  endonuclease III  63.5 
 
 
254 aa  263  1e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.45571  normal  0.92859 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1314  endonuclease III  61.24 
 
 
230 aa  263  1e-69  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0570319  normal  0.296572 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01603  DNA glycosylase and apyrimidinic (AP) lyase (endonuclease III)  60.39 
 
 
211 aa  263  2e-69  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00133572  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2008  endonuclease III  60.39 
 
 
211 aa  263  2e-69  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00632932  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1842  endonuclease III  60.39 
 
 
211 aa  263  2e-69  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000960215  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01593  hypothetical protein  60.39 
 
 
211 aa  263  2e-69  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0014654  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00782  endonuclease III  63.68 
 
 
236 aa  263  2e-69  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0572206  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3888  endonuclease III/Nth  65.67 
 
 
212 aa  263  2e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.324947 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1155  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  63.18 
 
 
210 aa  262  2e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1822  endonuclease III  60.39 
 
 
211 aa  263  2e-69  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.692656  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1996  endonuclease III  60.39 
 
 
211 aa  263  2e-69  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0209025  normal  0.0823674 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1566  endonuclease III  60.39 
 
 
211 aa  263  2e-69  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.263059  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2122  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  62.38 
 
 
212 aa  263  2e-69  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.134945  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1709  endonuclease III  60.39 
 
 
211 aa  263  2e-69  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00510464  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2745  endonuclease III  62.19 
 
 
222 aa  263  2e-69  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.637576 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4320  endonuclease III  63.11 
 
 
212 aa  263  2e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1121  endonuclease III  63.11 
 
 
212 aa  263  2e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1931  endonuclease III  62.38 
 
 
214 aa  262  3e-69  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.514789  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1183  endonuclease III  62.38 
 
 
214 aa  262  3e-69  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.123601  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1175  endonuclease III  62.38 
 
 
214 aa  262  3e-69  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1336  endonuclease III  62.38 
 
 
214 aa  262  3e-69  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.70217  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2160  endonuclease III  58.94 
 
 
211 aa  262  3e-69  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.615191  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1022  endonuclease III  62.38 
 
 
214 aa  262  3e-69  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.99743  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0305  endonuclease III  62.38 
 
 
214 aa  262  3e-69  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.77155  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0843  endonuclease III  62.38 
 
 
214 aa  262  3e-69  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.667209  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1092  endonuclease III  63.11 
 
 
212 aa  261  4e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1665  endonuclease III  62 
 
 
228 aa  262  4e-69  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.628404  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1046  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  63.05 
 
 
214 aa  261  4.999999999999999e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1610  endonuclease III  62 
 
 
228 aa  261  6.999999999999999e-69  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1563  endonuclease III  59.9 
 
 
211 aa  261  8e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0700228  normal  0.157438 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1133  endonuclease III  62.8 
 
 
335 aa  261  8e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.875992  normal  0.620108 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3289  endonuclease III  62.87 
 
 
240 aa  260  1e-68  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0133312 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2345  endonuclease III  59.9 
 
 
211 aa  260  1e-68  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0106344  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0950  endonuclease III  61.88 
 
 
214 aa  260  1e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.066309  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1889  endonuclease III  59.42 
 
 
211 aa  260  1e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1551  endonuclease III  59.9 
 
 
211 aa  259  2e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.651941  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4149  endonuclease III  64.18 
 
 
212 aa  259  2e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1623  endonuclease III  59.9 
 
 
211 aa  259  2e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.475261  normal  0.347988 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0936  endonuclease III  61.65 
 
 
214 aa  259  2e-68  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0591838 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1721  endonuclease III  59.9 
 
 
211 aa  259  2e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.161227  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0871  endonuclease III  61.65 
 
 
214 aa  259  3e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.348794 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2633  endonuclease III  62.19 
 
 
225 aa  258  4e-68  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.232895  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2097  endonuclease III  61.88 
 
 
214 aa  258  4e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.161318 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0006  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  62.5 
 
 
231 aa  258  6e-68  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.179819  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2350  endonuclease III  61.88 
 
 
214 aa  258  6e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.103385 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0162  endonuclease III  58.11 
 
 
262 aa  258  7e-68  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.562877  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1005  endonuclease III protein  61.65 
 
 
214 aa  257  8e-68  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.248668  normal  0.180711 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0932  endonuclease III  61.88 
 
 
212 aa  257  9e-68  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.577405  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0970  endonuclease III  60.89 
 
 
214 aa  257  9e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.99745  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1815  endonuclease III  59.61 
 
 
211 aa  257  1e-67  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000116865  decreased coverage  0.000297282 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1715  endonuclease III  61.88 
 
 
214 aa  256  1e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.104745  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2327  endonuclease III  61.88 
 
 
214 aa  256  1e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1901  endonuclease III  60.59 
 
 
213 aa  256  3e-67  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.0000183349  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2013  endonuclease III  60.59 
 
 
213 aa  256  3e-67  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000346358  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2247  endonuclease III  60.59 
 
 
213 aa  256  3e-67  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000650328  normal  0.36112 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0205  endonuclease III/Nth  58.72 
 
 
252 aa  254  8e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.911472  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1065  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  58.54 
 
 
211 aa  254  8e-67  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0698164  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2319  endonuclease III  58.54 
 
 
211 aa  254  9e-67  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1398  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  61.17 
 
 
212 aa  254  9e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.320797 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18880  endonuclease III  61.17 
 
 
212 aa  254  9e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00491393  normal  0.0304533 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2246  endonuclease III  60.4 
 
 
214 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.769441 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2021  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  60.7 
 
 
229 aa  254  1.0000000000000001e-66  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5669  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  60.89 
 
 
214 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.40748  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3238  endonuclease III  60.89 
 
 
213 aa  254  1.0000000000000001e-66  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.27706  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4513  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  61.17 
 
 
212 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00739094 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2747  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  60.7 
 
 
212 aa  253  2.0000000000000002e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.81262  normal  0.488762 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2019  endonuclease III  57.49 
 
 
211 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.734703  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3741  endonuclease III  60.7 
 
 
260 aa  253  2.0000000000000002e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2366  endonuclease III  60.4 
 
 
214 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.249238  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1836  endonuclease III  59.61 
 
 
213 aa  253  2.0000000000000002e-66  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.194851  normal  0.186741 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1634  endonuclease III  60.19 
 
 
212 aa  252  3e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3567  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  61.69 
 
 
268 aa  252  3e-66  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1539  endonuclease III  59.7 
 
 
211 aa  251  6e-66  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.154844 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2655  endonuclease III  60.2 
 
 
212 aa  251  7e-66  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002943  endonuclease III  58.13 
 
 
213 aa  251  7e-66  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00243051  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3842  endonuclease III  58.71 
 
 
254 aa  251  9.000000000000001e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.561189  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19210  endonuclease III/Nth  60.2 
 
 
212 aa  250  1e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.24401  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1922  endonuclease III  57.64 
 
 
211 aa  249  2e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0159  endonuclease III  60.7 
 
 
260 aa  249  2e-65  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.939047  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0166  endonuclease III  60.2 
 
 
248 aa  249  3e-65  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0532  endonuclease III  58.05 
 
 
213 aa  249  3e-65  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000213835  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1869  endonuclease III  58.54 
 
 
210 aa  248  4e-65  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>