More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2872 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_2872  ribokinase-like domain-containing protein  100 
 
 		 335 aa  673    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.417432 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1671  PfkB  58.46 
 
 		 331 aa  385  1e-106  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.276087  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3022  PfkB domain protein  63.66 
 
 		 333 aa  384  1e-105  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.523599  normal  0.417909 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2452  PfkB  57.86 
 
 		 330 aa  375  1e-103  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.826037  normal  0.155331 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1030  pfkB family carbohydrate kinase  45.83 
 
 		 330 aa  251  1e-65  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.577037  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1639  ribokinase-like domain-containing protein  45.59 
 
 		 331 aa  249  4e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.487738  normal  0.0146751 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2691  ribokinase-like domain-containing protein  45.54 
 
 		 330 aa  249  5e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.272607  normal  0.270933 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1260  PfkB domain protein  45.45 
 
 		 331 aa  246  3e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0198  ribokinase-like domain-containing protein  45.24 
 
 		 330 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0457  PfkB  41.87 
 
 		 333 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1307  PfkB domain protein  42.59 
 
 		 338 aa  241  9e-63  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.887451  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0178  ribokinase-like domain-containing protein  42.43 
 
 		 331 aa  239  6.999999999999999e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.613115  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0121  ribokinase-like domain-containing protein  43.48 
 
 		 328 aa  237  2e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.02163  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0169  carbohydrate kinase  41.54 
 
 		 330 aa  238  2e-61  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0162  carbohydrate kinase  41.54 
 
 		 330 aa  238  2e-61  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.98466  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4407  PfkB domain protein  42.14 
 
 		 330 aa  236  5.0000000000000005e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4087  PfkB domain protein  41.54 
 
 		 330 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3532  ribokinase-like domain-containing protein  43.93 
 
 		 337 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.321565  normal  0.851243 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0036  pfkB family carbohydrate kinase  41.69 
 
 		 333 aa  233  4.0000000000000004e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.564268  normal  0.540344 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0316  pfkB family carbohydrate kinase  41.25 
 
 		 330 aa  233  4.0000000000000004e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.930013  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4021  PfkB  42.14 
 
 		 330 aa  232  8.000000000000001e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.737193  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0149  PfkB  42.32 
 
 		 407 aa  231  1e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.029935  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0151  PfkB  45.15 
 
 		 331 aa  230  3e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1228  ribokinase-like domain-containing protein  41.95 
 
 		 337 aa  229  7e-59  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3378  ribokinase-like domain-containing protein  42.34 
 
 		 330 aa  228  9e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.463525  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5108  PfkB domain protein  42.73 
 
 		 337 aa  228  2e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.905931 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4645  ribokinase-like domain-containing protein  42.73 
 
 		 337 aa  228  2e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.161745 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5186  PfkB domain protein  44.35 
 
 		 337 aa  227  2e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.430634  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1165  PfkB domain protein  41.09 
 
 		 335 aa  226  3e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.188666 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2989  ribokinase-like domain-containing protein  42.28 
 
 		 338 aa  223  3e-57  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0690  carbohydrate kinase PfkB family  39.44 
 
 		 338 aa  219  3.9999999999999997e-56  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0251  PfkB  40.79 
 
 		 333 aa  219  6e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.214496  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1838  carbohydrate kinase  38.82 
 
 		 335 aa  216  4e-55  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_05061  carbohydrate kinase  37.27 
 
 		 348 aa  216  5.9999999999999996e-55  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0313242  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0010  PfkB  42.6 
 
 		 333 aa  214  9.999999999999999e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  decreased coverage  0.00317456  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_07411  carbohydrate kinase  40.19 
 
 		 342 aa  214  1.9999999999999998e-54  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05631  carbohydrate kinase  38.82 
 
 		 335 aa  214  1.9999999999999998e-54  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.577343 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2565  ribokinase-like domain-containing protein  40.06 
 
 		 333 aa  212  5.999999999999999e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.650274  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5046  ribokinase-like domain-containing protein  41.72 
 
 		 329 aa  210  3e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.151131 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0218  PfkB  42.3 
 
 		 333 aa  209  4e-53  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05621  carbohydrate kinase  34.36 
 
 		 333 aa  209  4e-53  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05321  carbohydrate kinase  34.36 
 
 		 333 aa  209  5e-53  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0559209  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0581  PfkB  41.39 
 
 		 333 aa  209  5e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.189374  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0506  carbohydrate kinase-like  36.22 
 
 		 334 aa  208  1e-52  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_05691  carbohydrate kinase  34.94 
 
 		 338 aa  207  3e-52  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0990225  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0461  PfkB domain protein  39.88 
 
 		 333 aa  206  5e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1668  carbohydrate kinase PfkB family  40.06 
 
 		 337 aa  205  1e-51  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2872  PfkB  39.81 
 
 		 332 aa  204  2e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.626247 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2022  ribokinase-like domain-containing protein  41.49 
 
 		 330 aa  201  1.9999999999999998e-50  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0215  ribokinase-like domain-containing protein  37.57 
 
 		 333 aa  194  1e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.26013  normal  0.0979989 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0562  PfkB domain protein  33.33 
 
 		 328 aa  176  7e-43  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2568  ribokinase-like domain-containing protein  38.53 
 
 		 333 aa  166  4e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0234215 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0819  cell division protein FtsA  31.82 
 
 		 328 aa  162  7e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000392808  normal  0.759534 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1084  PfkB domain protein  29.87 
 
 		 327 aa  157  2e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1113  PfkB domain protein  29.87 
 
 		 327 aa  157  3e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.941643 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1494  PfkB domain protein  30.15 
 
 		 331 aa  150  4e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0243607  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0494  PfkB domain protein  32.93 
 
 		 360 aa  148  1.0000000000000001e-34  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.441156  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3284  ribokinase-like domain-containing protein  31.58 
 
 		 330 aa  140  1.9999999999999998e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000189129  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3284  PfkB  28.39 
 
 		 336 aa  139  7e-32  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.469583  normal  0.0441315 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2764  PfkB  30.24 
 
 		 370 aa  138  1e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.040802  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1845  ribokinase-like domain-containing protein  25.47 
 
 		 341 aa  119  9.999999999999999e-26  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000273033  unclonable  0.000000000472438 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2854  ribokinase-like domain-containing protein  30.49 
 
 		 328 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000011716  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0055  ribokinase-like domain-containing protein  30.65 
 
 		 334 aa  113  4.0000000000000004e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.747338  normal  0.368725 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2200  PfkB  27.58 
 
 		 339 aa  112  1.0000000000000001e-23  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.00000468276  decreased coverage  0.00888496 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1910  carbohydrate kinase  27.91 
 
 		 339 aa  109  6e-23  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  0.0000000000000704659  hitchhiker  0.00127543 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0735  PfkB domain-containing protein  29.67 
 
 		 317 aa  87.4  3e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.263465  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0491  PfkB  30.86 
 
 		 303 aa  87.4  3e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2019  aminoimidazole riboside kinase  29.74 
 
 		 298 aa  84.7  0.000000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0270358  normal  0.162694 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3688  PfkB domain protein  26.79 
 
 		 317 aa  79.7  0.00000000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7068  PfkB  30.42 
 
 		 297 aa  78.6  0.0000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1498  PfkB domain protein  29.85 
 
 		 300 aa  76.3  0.0000000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24440  sugar kinase, ribokinase  32.21 
 
 		 288 aa  74.7  0.000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.480444  normal  0.238886 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3998  ribokinase-like domain-containing protein  29.06 
 
 		 308 aa  74.7  0.000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0662614  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1649  ribokinase-like domain-containing protein  29.66 
 
 		 308 aa  73.2  0.000000000007  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0416676  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1755  PfkB domain protein  28.94 
 
 		 304 aa  71.2  0.00000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3350  hypothetical protein  29.5 
 
 		 315 aa  70.9  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.373497 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0600  aminoimidazole riboside kinase  26.34 
 
 		 323 aa  69.7  0.00000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6402  kinase, PfkB family  32.22 
 
 		 316 aa  68.6  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.223985  normal  0.0576873 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0902  PfkB domain protein  29.43 
 
 		 309 aa  67  0.0000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009369  OSTLU_18364  predicted protein  27.62 
 
 		 273 aa  67  0.0000000004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.132458 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0077  PfkB  27.44 
 
 		 299 aa  66.6  0.0000000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.273667  normal  0.451983 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1142  PfkB  28.01 
 
 		 310 aa  65.1  0.000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0676537  normal  0.093061 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3755  PfkB domain protein  26.78 
 
 		 307 aa  65.1  0.000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0212856  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0351  aminoimidazole riboside kinase  26.17 
 
 		 307 aa  64.7  0.000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.735787  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2905  aminoimidazole riboside kinase  28.19 
 
 		 306 aa  63.5  0.000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00998461  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2615  PfkB domain protein  26.16 
 
 		 305 aa  63.5  0.000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01741  predicted kinase  27.84 
 
 		 315 aa  63.2  0.000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01729  hypothetical protein  27.84 
 
 		 315 aa  63.2  0.000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2001  PfkB domain protein  27.18 
 
 		 321 aa  63.2  0.000000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1860  ribokinase-like domain-containing protein  27.84 
 
 		 315 aa  62.8  0.000000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.335723  decreased coverage  0.00000390561 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1870  PfkB domain protein  27.47 
 
 		 315 aa  62.4  0.00000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0114143  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1996  PfkB family kinase  27.47 
 
 		 315 aa  62.4  0.00000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1435  ribokinase-like domain-containing protein  30.94 
 
 		 293 aa  62  0.00000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000559808 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0395  aminoimidazole riboside kinase  26.61 
 
 		 311 aa  62  0.00000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0581877  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3778  PfkB domain protein  29.02 
 
 		 297 aa  61.6  0.00000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00891877  normal  0.801682 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1419  PfkB family kinase  27.11 
 
 		 315 aa  61.6  0.00000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.997387  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1856  PfkB family kinase  27.11 
 
 		 315 aa  60.1  0.00000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0158072  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0041  ribokinase-like domain-containing protein  26.82 
 
 		 304 aa  60.5  0.00000005  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2647  aminoimidazole riboside kinase  27.62 
 
 		 304 aa  60.1  0.00000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0616  ribokinase-like domain-containing protein  26.28 
 
 		 315 aa  60.1  0.00000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00109848  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>