More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2853 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011757  Mchl_2657  ribonuclease R  50.8 
 
 		 788 aa  643    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2380  ribonuclease R  50.8 
 
 		 788 aa  643    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.736062 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2337  ribonuclease R  50.81 
 
 		 795 aa  649    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.235553  normal  0.522411 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3536  ribonuclease R  49.24 
 
 		 781 aa  654    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.589347  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0605  VacB/RNase II family exoribonuclease  47.17 
 
 		 783 aa  656    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7411  ribonuclease R  51.56 
 
 		 762 aa  674    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00900108  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0015  ribonuclease R  64.11 
 
 		 751 aa  877    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.587853  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1713  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II/ribonuclease R  50.6 
 
 		 782 aa  660    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.631532  normal  0.56941 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1126  RNAse R  71.48 
 
 		 752 aa  1040    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3416  ribonuclease R  50.65 
 
 		 791 aa  665    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.076864  normal  0.337145 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6672  ribonuclease R  50.73 
 
 		 762 aa  677    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.594925 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3864  ribonuclease R  49.86 
 
 		 776 aa  655    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1294  ribonuclease R  49.87 
 
 		 790 aa  693    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.501938  decreased coverage  0.00167989 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0931  ribonuclease R  50.69 
 
 		 789 aa  684    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1755  ribonuclease R  49.18 
 
 		 792 aa  686    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2418  exoribonuclease R  49.39 
 
 		 783 aa  650    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0155442  normal  0.184337 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0356  ribonuclease R  64.55 
 
 		 778 aa  961    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2853  ribonuclease R  100 
 
 		 754 aa  1507    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2238  ribonuclease R  49.66 
 
 		 790 aa  659    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.37194  normal  0.0587886 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3034  ribonuclease R  48.36 
 
 		 781 aa  651    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0258557  normal  0.241672 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2438  ribonuclease R  50.9 
 
 		 790 aa  657    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.404679  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2830  ribonuclease R  48.86 
 
 		 782 aa  677    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.120928  normal  0.835648 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1386  ribonuclease R  49.93 
 
 		 790 aa  694    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.365928 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2994  RNAse R  69.22 
 
 		 761 aa  983    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.390398 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0050  ribonuclease R  70.88 
 
 		 750 aa  1009    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1353  ribonuclease R  50.63 
 
 		 765 aa  678    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.25106  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2787  ribonuclease R  71.62 
 
 		 752 aa  1042    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3672  ribonuclease R  47.83 
 
 		 787 aa  653    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.330393  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0570  ribonuclease R  47.31 
 
 		 783 aa  656    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.864395  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3572  ribonuclease R  51.95 
 
 		 773 aa  646    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.923698  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4734  ribonuclease R  48.79 
 
 		 792 aa  634  1e-180  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3846  ribonuclease R  49.59 
 
 		 787 aa  625  1e-177  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0372876 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1502  ribonuclease R  47.99 
 
 		 777 aa  614  9.999999999999999e-175  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.68898  normal  0.0835717 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3203  RNAse R  47.46 
 
 		 842 aa  603  1.0000000000000001e-171  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.62845  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1281  ribonuclease R  47.9 
 
 		 754 aa  596  1e-169  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.106141 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1646  ribonuclease R  47.74 
 
 		 781 aa  584  1.0000000000000001e-165  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.353487 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0037  ribonuclease R  48.38 
 
 		 745 aa  580  1e-164  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0844  ribonuclease R  42.58 
 
 		 681 aa  548  1e-155  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.360488  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4048  RNAse R  44.54 
 
 		 769 aa  545  1e-154  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1948  ribonuclease R  45.39 
 
 		 759 aa  539  1e-151  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.45898  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1231  ribonuclease R  44.36 
 
 		 766 aa  516  1.0000000000000001e-145  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.982448  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4646  exoribonuclease R  36.45 
 
 		 812 aa  403  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4765  exoribonuclease R  36.45 
 
 		 812 aa  404  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.57696  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4786  exoribonuclease R  36.45 
 
 		 812 aa  403  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.717168 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4729  exoribonuclease R  36.45 
 
 		 812 aa  403  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4636  exoribonuclease R  36.58 
 
 		 812 aa  404  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5695  exoribonuclease R  37.1 
 
 		 813 aa  399  9.999999999999999e-111  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04046  exoribonuclease R, RNase R  37.1 
 
 		 813 aa  398  1e-109  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.765624  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3814  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  37.1 
 
 		 813 aa  399  1e-109  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4650  exoribonuclease R  37.1 
 
 		 813 aa  398  1e-109  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.526461 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4710  exoribonuclease R  37.1 
 
 		 813 aa  399  1e-109  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4738  exoribonuclease R  37.1 
 
 		 813 aa  398  1e-109  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.604978  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04008  hypothetical protein  37.1 
 
 		 813 aa  398  1e-109  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.863156  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3834  exoribonuclease R  37.1 
 
 		 813 aa  398  1e-109  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000264601 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4422  exoribonuclease R  37.1 
 
 		 813 aa  398  1e-109  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0151  exoribonuclease II (ribonuclease R)  36.51 
 
 		 804 aa  395  1e-108  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0767  exoribonuclease R  36.8 
 
 		 822 aa  392  1e-107  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.630081  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2897  ribonuclease R  37.97 
 
 		 722 aa  392  1e-107  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0788  exoribonuclease R  37.15 
 
 		 819 aa  389  1e-106  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0362  exoribonuclease R  36.5 
 
 		 824 aa  389  1e-106  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00569814 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4217  ribonuclease R  35.35 
 
 		 826 aa  384  1e-105  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.997198  hitchhiker  0.000734426 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3289  ribonuclease R  36.45 
 
 		 824 aa  382  1e-105  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.457006  hitchhiker  0.0018456 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3590  ribonuclease R  36.17 
 
 		 819 aa  380  1e-104  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0101048  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0737  ribonuclease R  35.71 
 
 		 807 aa  381  1e-104  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.034125  hitchhiker  0.00132247 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3646  exoribonuclease R  36.66 
 
 		 844 aa  380  1e-104  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0692  exoribonuclease R  36.66 
 
 		 844 aa  380  1e-104  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0659  ribonuclease R  38.29 
 
 		 842 aa  380  1e-104  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0707  ribonuclease R  35.71 
 
 		 807 aa  381  1e-104  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.419789  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0728  ribonuclease R  35.71 
 
 		 807 aa  381  1e-104  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.14505  hitchhiker  0.000000257568 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3647  ribonuclease R  35.71 
 
 		 807 aa  380  1e-104  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0028274  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3791  exoribonuclease R  36.66 
 
 		 844 aa  380  1e-104  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3417  ribonuclease R  36.03 
 
 		 834 aa  378  1e-103  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.148177  normal  0.629084 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2177  ribonuclease R  35.92 
 
 		 821 aa  379  1e-103  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000855619  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0752  exoribonuclease II  35.23 
 
 		 833 aa  376  1e-103  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000040627  hitchhiker  0.00244525 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002268  ribonuclease R  35.81 
 
 		 834 aa  379  1e-103  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4688  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II/ribonuclease R  34.94 
 
 		 828 aa  379  1e-103  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00492754  normal  0.623158 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2519  ribonuclease R  36.15 
 
 		 895 aa  376  1e-103  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00000714577  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3445  exoribonuclease R  36.41 
 
 		 818 aa  376  1e-103  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.866643  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1522  ribonuclease R  35.5 
 
 		 827 aa  376  1e-103  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.351431  normal  0.0857248 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0749  ribonuclease R  35.61 
 
 		 807 aa  379  1e-103  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000988982  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1228  exoribonuclease RNase R  35.46 
 
 		 871 aa  375  1e-102  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00057752  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1747  ribonuclease R  35.88 
 
 		 896 aa  375  1e-102  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.906345  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1686  ribonuclease R  35.64 
 
 		 818 aa  373  1e-102  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.133651 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1263  ribonuclease R  35.88 
 
 		 812 aa  375  1e-102  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1707  ribonuclease R  34.16 
 
 		 833 aa  373  1e-102  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.497255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1970  ribonuclease R  35.88 
 
 		 896 aa  375  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1798  ribonuclease R  35.88 
 
 		 838 aa  375  1e-102  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0807236  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2768  ribonuclease R  35.49 
 
 		 833 aa  373  1e-102  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0145  ribonuclease R  35.88 
 
 		 838 aa  375  1e-102  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0667377  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1066  ribonuclease R  35.5 
 
 		 827 aa  375  1e-102  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.152985  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3264  RNAse R  34.7 
 
 		 808 aa  375  1e-102  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000483036  decreased coverage  0.00000524837 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0683  RNAse R  34.57 
 
 		 808 aa  374  1e-102  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0668572  hitchhiker  0.000463961 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3602  exoribonuclease R  36.41 
 
 		 818 aa  375  1e-102  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1447  ribonuclease R  35.23 
 
 		 817 aa  373  1e-102  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1816  ribonuclease R  35.88 
 
 		 886 aa  375  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1546  ribonuclease R  35.5 
 
 		 827 aa  375  1e-102  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0569328  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0697  RNAse R  34.7 
 
 		 809 aa  375  1e-102  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00112836  hitchhiker  0.000328486 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1021  ribonuclease R  35.88 
 
 		 838 aa  375  1e-102  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.204339  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1072  ribonuclease R  35.46 
 
 		 864 aa  371  1e-101  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0608  RNAse R  35.93 
 
 		 758 aa  370  1e-101  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.189937 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>