More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2833 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007493  RSP_1342  chromosomal replication initiation protein  74.49 
 
 
455 aa  655    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0002  chromosomal replication initiation protein  76.36 
 
 
461 aa  672    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.020385  hitchhiker  0.000000603983 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0001  chromosomal replication initiation protein  66.24 
 
 
470 aa  642    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0703594  normal  0.628106 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0011  chromosomal replication initiation protein  74.49 
 
 
455 aa  655    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2833  chromosomal replication initiation protein  100 
 
 
448 aa  915    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3373  chromosomal replication initiation protein  61.01 
 
 
460 aa  568  1e-161  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0001  chromosomal replication initiation protein  55.6 
 
 
475 aa  536  1e-151  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0003  chromosomal replication initiator protein DnaA  57.76 
 
 
519 aa  527  1e-148  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000118183  unclonable  1.2245600000000001e-24 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0001  chromosomal replication initiation protein  52.36 
 
 
509 aa  483  1e-135  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0001  chromosomal replication initiation protein  51.1 
 
 
482 aa  468  9.999999999999999e-131  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0270  chromosomal replication initiation protein  51.69 
 
 
452 aa  461  1e-129  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.43885  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0809  chromosomal replication initiation protein  51.69 
 
 
464 aa  461  9.999999999999999e-129  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.54082  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  53.45 
 
 
477 aa  454  1.0000000000000001e-126  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0001  chromosomal replication initiation protein  50.55 
 
 
477 aa  449  1e-125  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.839498  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0001  chromosomal replication initiation protein  49.44 
 
 
460 aa  446  1.0000000000000001e-124  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.335135  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0259  chromosomal replication initiator protein DnaA  43.45 
 
 
474 aa  394  1e-108  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.310271  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0001  chromosomal replication initiation protein  44.66 
 
 
473 aa  392  1e-108  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.884369 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3033  chromosomal replication initiator protein DnaA  45.35 
 
 
442 aa  389  1e-107  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.949168  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0001  chromosomal replication initiation protein  43.83 
 
 
475 aa  389  1e-107  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.216398 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0001  chromosomal replication initiation protein  43.66 
 
 
472 aa  388  1e-106  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.583954  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0001  chromosomal replication initiation protein  45.4 
 
 
472 aa  387  1e-106  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  42.74 
 
 
469 aa  385  1e-106  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.000259143  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0001  chromosomal replication initiation protein  43.59 
 
 
472 aa  387  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.206184  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4177  chromosomal replication initiation protein  44.18 
 
 
462 aa  384  1e-105  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000510804  normal  0.0257346 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0001  chromosomal replication initiation protein  43.43 
 
 
494 aa  384  1e-105  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.852723  normal  0.138362 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0001  chromosomal replication initiation protein  42.76 
 
 
446 aa  382  1e-105  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.000000325337  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5130  chromosomal replication initiation protein  42.86 
 
 
467 aa  382  1e-105  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000558594  normal  0.0494414 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4153  chromosomal replication initiation protein  44.18 
 
 
462 aa  384  1e-105  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  7.6269e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0032  chromosomal replication initiation protein  42.15 
 
 
463 aa  384  1e-105  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000217775  normal  0.251102 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  43.78 
 
 
483 aa  383  1e-105  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000328329  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03585  chromosomal replication initiation protein  42.86 
 
 
467 aa  381  1e-104  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0183504  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  42.86 
 
 
467 aa  381  1e-104  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000136922  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0001  chromosomal replication initiation protein  42.09 
 
 
446 aa  379  1e-104  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.000000184902  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4067  chromosomal replication initiation protein  42.86 
 
 
467 aa  381  1e-104  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000102031  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0001  chromosomal replication initiation protein  42.09 
 
 
446 aa  379  1e-104  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000594007  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0001  chromosomal replication initiation protein  42.6 
 
 
446 aa  379  1e-104  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000585905  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4123  chromosomal replication initiation protein  42.95 
 
 
466 aa  381  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00889574  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0001  chromosomal replication initiation protein  42.32 
 
 
446 aa  380  1e-104  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000244098  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0001  chromosomal replication initiation protein  42.32 
 
 
446 aa  380  1e-104  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000163866  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0001  chromosomal replication initiation protein  42.32 
 
 
446 aa  380  1e-104  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000459109  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0002  chromosomal replication initiation protein  41.77 
 
 
498 aa  379  1e-104  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0001  chromosomal replication initiation protein  42.14 
 
 
452 aa  380  1e-104  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.98376e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4172  chromosomal replication initiation protein  42.95 
 
 
466 aa  381  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.049293  normal  0.324603 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5319  chromosomal replication initiation protein  42.6 
 
 
446 aa  379  1e-104  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.679479  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0001  chromosomal replication initiation protein  42.32 
 
 
446 aa  380  1e-104  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00000000425777  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0001  chromosomal replication initiation protein  42.86 
 
 
467 aa  381  1e-104  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000185056  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0001  chromosomal replication initiation protein  42.32 
 
 
446 aa  380  1e-104  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4066  chromosomal replication initiation protein  42.95 
 
 
466 aa  381  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000844177  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0001  chromosomal replication initiation protein  38.27 
 
 
449 aa  379  1e-104  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4230  chromosomal replication initiation protein  42.95 
 
 
466 aa  381  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00725647  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3915  chromosomal replication initiation protein  42.86 
 
 
467 aa  381  1e-104  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.000000126813  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03529  hypothetical protein  42.86 
 
 
467 aa  381  1e-104  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00951486  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0001  chromosomal replication initiation protein  43.19 
 
 
475 aa  379  1e-104  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4223  chromosomal replication initiation protein  42.86 
 
 
467 aa  380  1e-104  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000066194  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  43.35 
 
 
464 aa  381  1e-104  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00240104  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  44.25 
 
 
447 aa  379  1e-104  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4212  chromosomal replication initiation protein  42.86 
 
 
467 aa  381  1e-104  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000201887  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4050  chromosomal replication initiation protein  42.95 
 
 
466 aa  381  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0553543  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0001  chromosomal replication initiation protein  43.25 
 
 
465 aa  375  1e-103  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00156244  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0002  chromosomal replication initiation protein  41.46 
 
 
501 aa  375  1e-103  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  43.24 
 
 
454 aa  378  1e-103  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00039195  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0001  chromosomal replication initiation protein  42.95 
 
 
475 aa  378  1e-103  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0001  chromosomal replication initiation protein  44.08 
 
 
450 aa  377  1e-103  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000634969  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  42.67 
 
 
462 aa  377  1e-103  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.138659  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0001  chromosomal replication initiation protein  42.83 
 
 
465 aa  377  1e-103  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00429077  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0001  chromosomal replication initiation protein  41.87 
 
 
446 aa  373  1e-102  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.562714  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0001  chromosomal replication initiation protein  41.94 
 
 
494 aa  373  1e-102  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  40.35 
 
 
453 aa  372  1e-102  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.000000000208022  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0001  chromosomal replication initiation protein  42.64 
 
 
451 aa  373  1e-102  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.000000000123931  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0001  chromosomal replication initiation protein  42.64 
 
 
451 aa  373  1e-102  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00187127  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0003  chromosomal replication initiation protein  43.04 
 
 
510 aa  369  1e-101  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  unclonable  0.0000000244231  normal  0.247706 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0002  chromosomal replication initiation protein  40.54 
 
 
501 aa  369  1e-101  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.536334 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0001  chromosomal replication initiation protein  40.54 
 
 
501 aa  369  1e-101  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0001  chromosomal replication initiation protein  43.64 
 
 
499 aa  369  1e-101  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00640124  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0001  chromosomal replication initiation protein  43.39 
 
 
451 aa  369  1e-101  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  unclonable  0.000000764641  normal  0.435321 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0000.1  chromosomal replication initiation protein  40.53 
 
 
445 aa  367  1e-100  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.159401  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2507  chromosomal replication initiation protein  41.26 
 
 
472 aa  368  1e-100  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000251721  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0001  chromosomal replication initiation protein  41.5 
 
 
452 aa  367  1e-100  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0001  chromosomal replication initiation protein  41.5 
 
 
452 aa  367  1e-100  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0001  chromosomal replication initiation protein  42.53 
 
 
450 aa  368  1e-100  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000447845  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0001  chromosomal replication initiation protein  41.77 
 
 
459 aa  368  1e-100  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000781636  unclonable  0.00000344978 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0001  chromosomal replication initiation protein  38.39 
 
 
458 aa  367  1e-100  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00000304436  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0001  chromosomal replication initiation protein  40.26 
 
 
450 aa  365  1e-100  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0001  chromosomal replication initiation protein  40.38 
 
 
524 aa  368  1e-100  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0237228  normal  0.131634 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0001  chromosomal replication initiation protein  41.25 
 
 
495 aa  367  1e-100  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0001  chromosomal replication initiation protein  41.19 
 
 
450 aa  366  1e-100  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0001  chromosomal replication initiation protein  42.79 
 
 
455 aa  367  1e-100  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.632445  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0001  chromosomal replication initiation protein  40.28 
 
 
506 aa  367  1e-100  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0129481  hitchhiker  0.0000000143408 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  40.72 
 
 
461 aa  365  1e-99  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.926832  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002009  chromosomal replication initiator protein dnaA  41.18 
 
 
468 aa  365  1e-99  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000552796  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0001  chromosomal replication initiation protein  42.06 
 
 
462 aa  365  1e-99  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000157699  unclonable  0.0000121376 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0001  chromosomal replication initiation protein  37.8 
 
 
460 aa  364  1e-99  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0001  chromosomal replication initiation protein  42.06 
 
 
462 aa  365  1e-99  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000000998931  unclonable  0.00000000000343779 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0001  chromosomal replication initiation protein  42.46 
 
 
462 aa  365  1e-99  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000281438  unclonable  0.0000000118337 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0001  chromosomal replication initiation protein  42.06 
 
 
462 aa  365  1e-99  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000562887  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0001  chromosomal replication initiation protein  42.06 
 
 
462 aa  365  1e-99  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000257358  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00010  chromosomal replication initiation protein  42.08 
 
 
478 aa  363  4e-99  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.499294  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0001  chromosomal replication initiation protein  42.12 
 
 
461 aa  363  4e-99  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000263579  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0001  chromosomal replication initiation protein  42.27 
 
 
461 aa  362  5.0000000000000005e-99  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000102323  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0009  chromosomal replication initiation protein  42.21 
 
 
460 aa  362  6e-99  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000281375  unclonable  0.0000000000600935 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>