44 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2719 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_2719  heparinase II/III family protein  100 
 
 
549 aa  1074    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.451444  normal  0.809272 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0090  heparinase II/III-like  41.5 
 
 
581 aa  378  1e-103  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.379483  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3032  heparinase II/III family protein  41.2 
 
 
572 aa  332  1e-89  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.310136 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4041  heparinase II/III-like  39.02 
 
 
584 aa  328  2.0000000000000001e-88  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2927  heparinase II/III family protein  41.12 
 
 
565 aa  313  6.999999999999999e-84  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.298148  normal  0.0379947 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1101  hypothetical protein  39.16 
 
 
567 aa  281  2e-74  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2764  heparinase II/III family protein  38.8 
 
 
567 aa  279  1e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0023  heparinase II/III family protein  32.36 
 
 
524 aa  176  9.999999999999999e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0039  heparinase II/III family protein  30.22 
 
 
614 aa  176  9.999999999999999e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.644544  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1321  heparinase II/III family protein  29.57 
 
 
629 aa  170  5e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.213971  hitchhiker  0.0000000859361 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2926  heparinase II/III family protein  31.23 
 
 
610 aa  168  2e-40  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0196  heparinase II/III-like  29.44 
 
 
584 aa  158  2e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.9561  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3419  heparinase II/III-like  29.58 
 
 
568 aa  158  3e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.784393  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3190  heparinase II/III family protein  28.62 
 
 
568 aa  156  1e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4241  Heparinase II/III family protein  29.07 
 
 
548 aa  153  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.222931 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3916  Heparinase II/III family protein  29.1 
 
 
548 aa  150  7e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.729618  normal  0.655355 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4294  hypothetical protein  29.13 
 
 
518 aa  149  1.0000000000000001e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.166644  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0024  heparinase II/III-like  28.74 
 
 
592 aa  145  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3127  heparinase II/III-like protein  28.73 
 
 
592 aa  145  3e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2070  heparinase II/III family protein  29.72 
 
 
581 aa  145  3e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0157  heparinase II/III-like  28.09 
 
 
584 aa  144  4e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.901723  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0105  heparinase II/III-like  30.71 
 
 
628 aa  143  9e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0625  Heparinase II/III family protein  30.92 
 
 
597 aa  142  1.9999999999999998e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.27993 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1942  heparinase II/III family protein  30.15 
 
 
575 aa  139  1e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0324  hypothetical protein  28.14 
 
 
571 aa  135  9.999999999999999e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.674427  normal  0.116041 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0718  heparinase II/III-like  27.01 
 
 
628 aa  134  3e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.79901 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0085  heparinase II/III-like  27.63 
 
 
584 aa  131  3e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.265496  normal  0.158685 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0030  Heparinase II/III family protein  27.34 
 
 
584 aa  131  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1815  hypothetical protein  29.46 
 
 
543 aa  129  1.0000000000000001e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.277258  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1748  hypothetical protein  28.44 
 
 
617 aa  129  2.0000000000000002e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.560293  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5221  Heparinase II/III family protein  29.19 
 
 
573 aa  128  3e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.452357  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1088  heparinase II/III family protein  29.48 
 
 
580 aa  125  2e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1423  Heparinase II/III family protein  27.04 
 
 
569 aa  125  2e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.332975 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2567  heparinase II/III family protein  28.95 
 
 
570 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.974647  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2499  Heparinase II/III family protein  28.25 
 
 
570 aa  121  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.307447  normal  0.508108 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2790  Heparinase II/III family protein  28.73 
 
 
570 aa  120  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2964  heparinase II/III family protein  29.87 
 
 
573 aa  120  7e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.534511  normal  0.040363 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0073  heparinase II/III-like family protein  25.27 
 
 
569 aa  117  5e-25  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.000000000168541  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5592  heparinase II/III family protein  28.34 
 
 
582 aa  105  2e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.658626  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4781  heparinase II/III family protein  26.96 
 
 
596 aa  87.4  7e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.997993 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0809  heparinase II/III family protein  26.14 
 
 
547 aa  47.8  0.0005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0392  Heparinase II/III family protein  28.21 
 
 
557 aa  45.8  0.002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.276932  normal  0.686057 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23430  putative heparinase  28.38 
 
 
550 aa  45.1  0.003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000712421  hitchhiker  0.00765921 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00700  hypothetical protein  24.2 
 
 
541 aa  43.9  0.008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>