93 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2593 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_2593  hypothetical protein  100 
 
 		 206 aa  405  1.0000000000000001e-112  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.441598 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0039  hypothetical protein  63.68 
 
 		 210 aa  248  4e-65  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.745199  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1164  hypothetical protein  62.56 
 
 		 210 aa  240  7.999999999999999e-63  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.872281  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3562  hypothetical protein  62.02 
 
 		 212 aa  235  4e-61  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2756  hypothetical protein  63.4 
 
 		 202 aa  234  9e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.014789  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2825  hypothetical protein  61.86 
 
 		 202 aa  230  1e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2911  hypothetical protein  56.78 
 
 		 205 aa  223  1e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.396041  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3780  hypothetical protein  46.23 
 
 		 263 aa  157  1e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0580173  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0032  hypothetical protein  47.57 
 
 		 221 aa  155  4e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.306313 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2069  hypothetical protein  42.71 
 
 		 215 aa  149  3e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.587906 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3627  hypothetical protein  50 
 
 		 227 aa  148  6e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.426525 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1048  hypothetical protein  41.09 
 
 		 247 aa  130  2.0000000000000002e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.911629  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4617  protein of unknown function DUF448  43.35 
 
 		 249 aa  125  3e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.204222  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0056  hypothetical protein  38.73 
 
 		 237 aa  125  3e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.955133  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0441  hypothetical protein  39.8 
 
 		 259 aa  125  6e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0224  hypothetical protein  40.54 
 
 		 246 aa  124  7e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3042  hypothetical protein  39.25 
 
 		 194 aa  124  9e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0232  hypothetical protein  40 
 
 		 264 aa  122  5e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.024742  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2612  hypothetical protein  44.38 
 
 		 257 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.150488  normal  0.180751 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0294  hypothetical protein  38.05 
 
 		 239 aa  117  9e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.211719  decreased coverage  0.00732343 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0599  hypothetical protein  39.3 
 
 		 275 aa  117  9e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.48783  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0023  hypothetical protein  37.93 
 
 		 221 aa  114  8.999999999999998e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.488276  normal  0.0323771 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3929  hypothetical protein  40.72 
 
 		 211 aa  111  7.000000000000001e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.336833  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2076  hypothetical protein  35.29 
 
 		 217 aa  110  1.0000000000000001e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.168905  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0748  hypothetical protein  38.42 
 
 		 200 aa  110  1.0000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.213653  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3728  hypothetical protein  38.83 
 
 		 240 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.373596  normal  0.0153677 
 
 
-
 
NC_004310  BR2164  hypothetical protein  36.73 
 
 		 200 aa  110  2.0000000000000002e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.121209  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2820  protein of unknown function DUF448  40 
 
 		 243 aa  109  3e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.19991  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2296  protein of unknown function DUF448  36.32 
 
 		 234 aa  109  3e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0327098 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0030  hypothetical protein  37.44 
 
 		 221 aa  108  6e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2924  protein of unknown function DUF448  39.25 
 
 		 247 aa  107  1e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.964618  normal  0.0939755 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2698  hypothetical protein  39.25 
 
 		 247 aa  107  2e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.430127  normal  0.265509 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1253  hypothetical protein  32.98 
 
 		 211 aa  105  5e-22  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4068  hypothetical protein  36.59 
 
 		 231 aa  105  5e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0168  hypothetical protein  37.44 
 
 		 231 aa  104  9e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0479  hypothetical protein  37.25 
 
 		 234 aa  103  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.256495 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4388  hypothetical protein  36.41 
 
 		 230 aa  101  8e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.693571 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0611  hypothetical protein  34.72 
 
 		 252 aa  101  9e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0129859  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3440  hypothetical protein  35.92 
 
 		 240 aa  99.4  3e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.21121  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3817  hypothetical protein  37.08 
 
 		 246 aa  99.4  4e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.429858  normal  0.0234215 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2491  hypothetical protein  33.5 
 
 		 244 aa  93.6  2e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00369583  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1301  protein of unknown function DUF448  41.41 
 
 		 197 aa  82  0.000000000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000545277  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2982  protein of unknown function DUF448  39.37 
 
 		 197 aa  80.9  0.00000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.54059e-28 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1900  hypothetical protein  39.37 
 
 		 197 aa  78.6  0.00000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0283041  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0962  hypothetical protein  31.91 
 
 		 200 aa  77  0.0000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.342649  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1668  protein of unknown function DUF448  37.8 
 
 		 203 aa  77  0.0000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1587  ribosomal protein L7Ae family protein  38.46 
 
 		 205 aa  74.3  0.000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00501586  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1585  50S ribosomal protein L7AE  36.84 
 
 		 205 aa  73.2  0.000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0618553  normal  0.174445 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3728  50S ribosomal protein L7AE  30.85 
 
 		 210 aa  69.7  0.00000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.058823  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1554  L7Ae family ribosomal protein  31.75 
 
 		 212 aa  63.9  0.000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000328024  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2467  hypothetical protein  36.62 
 
 		 93 aa  59.3  0.00000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000000893193  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3637  hypothetical protein  35.21 
 
 		 90 aa  56.2  0.0000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000118018  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1331  hypothetical protein  35.21 
 
 		 90 aa  55.5  0.0000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00014271  hitchhiker  0.0000760943 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1353  hypothetical protein  35.21 
 
 		 94 aa  54.7  0.0000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1327  hypothetical protein  35.21 
 
 		 94 aa  54.7  0.0000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.354271  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3862  hypothetical protein  33.8 
 
 		 90 aa  54.3  0.000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000195024  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3853  hypothetical protein  33.8 
 
 		 90 aa  54.3  0.000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000207203  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3952  hypothetical protein  33.8 
 
 		 90 aa  54.3  0.000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000117603  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3666  hypothetical protein  33.8 
 
 		 93 aa  54.3  0.000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000614384  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3556  hypothetical protein  33.8 
 
 		 93 aa  54.3  0.000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000244888  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3574  hypothetical protein  33.8 
 
 		 93 aa  54.3  0.000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000033301  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3913  hypothetical protein  32.88 
 
 		 90 aa  54.3  0.000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0074087  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2045  protein of unknown function DUF448  36.14 
 
 		 96 aa  54.3  0.000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3827  hypothetical protein  33.8 
 
 		 90 aa  54.3  0.000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  6.33695e-63 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1153  protein of unknown function DUF448  34.29 
 
 		 96 aa  53.1  0.000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000421176  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl293  hypothetical protein  38.46 
 
 		 103 aa  52.8  0.000004  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.0458979  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0995  protein of unknown function DUF448  42.47 
 
 		 95 aa  52.4  0.000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000000159922  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0697  hypothetical protein  39.71 
 
 		 100 aa  48.5  0.00006  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000000302892  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0834  hypothetical protein  30.99 
 
 		 94 aa  48.5  0.00007  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3678  protein of unknown function DUF448  37.78 
 
 		 89 aa  47.8  0.0001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000159696  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0993  hypothetical protein  30.14 
 
 		 92 aa  47.8  0.0001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000000000776447  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1664  protein of unknown function DUF448  31.96 
 
 		 95 aa  48.1  0.0001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000838952  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0381  hypothetical protein  31.87 
 
 		 98 aa  47.8  0.0001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2317  protein of unknown function DUF448  26.61 
 
 		 179 aa  47.4  0.0002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000982991  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0379  hypothetical protein  32.97 
 
 		 98 aa  46.2  0.0003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3190  protein of unknown function DUF448  29.55 
 
 		 89 aa  46.6  0.0003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000866759  normal  0.144703 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1433  protein of unknown function DUF448  34.21 
 
 		 93 aa  46.2  0.0003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00060627  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0455  protein of unknown function DUF448  37.29 
 
 		 90 aa  45.8  0.0005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1660  hypothetical protein  31.51 
 
 		 88 aa  45.4  0.0006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1942  hypothetical protein  31.51 
 
 		 88 aa  45.1  0.0007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_31832  predicted protein  37.97 
 
 		 317 aa  44.7  0.001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.485373 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1357  nucleic-acid-binding protein implicated in transcription termination  35.71 
 
 		 91 aa  44.3  0.001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08050  predicted nucleic-acid-binding protein implicated in transcription termination  40 
 
 		 105 aa  44.3  0.001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.241726  normal  0.0903759 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0911  protein of unknown function DUF448  33.77 
 
 		 100 aa  43.5  0.002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07830  predicted nucleic-acid-binding protein implicated in transcription termination  33.33 
 
 		 90 aa  43.9  0.002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2776  hypothetical protein  28.41 
 
 		 91 aa  43.1  0.003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000158399  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0608  protein of unknown function DUF448  27.4 
 
 		 88 aa  42.4  0.004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000000166199  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1811  protein of unknown function DUF448  36.76 
 
 		 95 aa  42.4  0.005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.391163  normal  0.635855 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1647  hypothetical protein  38.33 
 
 		 90 aa  42.4  0.005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00356058  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1207  protein of unknown function DUF448  31.51 
 
 		 98 aa  42  0.006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000602769  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0812  nucleic-acid-binding protein implicated in transcription termination  28.26 
 
 		 98 aa  42  0.007  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00180555  hitchhiker  0.00771974 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1133  hypothetical protein  28.4 
 
 		 104 aa  41.6  0.008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.0000628403  normal  0.789236 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0771  hypothetical protein  24.48 
 
 		 193 aa  41.6  0.009  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>