66 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2544 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_2544  cytochrome c, class II  100 
 
 
159 aa  322  1e-87  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1427  cytochrome c, class II  38.62 
 
 
153 aa  102  3e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.466816  normal  0.0348813 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2785  cytochrome c-554  39.16 
 
 
153 aa  101  5e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.336484  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0474  cytochrome c'  38.89 
 
 
149 aa  93.6  1e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2126  cytochrome c, class II  38.89 
 
 
149 aa  92.4  2e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2396  cytochrome c, class II  37.01 
 
 
149 aa  88.6  3e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  hitchhiker  0.00865436  normal  0.433653 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1043  cytochrome c, class II  39.86 
 
 
153 aa  85.5  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4700  cytochrome c, class II  35.33 
 
 
151 aa  79.3  2e-14  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.311415  normal  0.313773 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2868  cytochrome c  33.76 
 
 
159 aa  78.2  4e-14  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0462  cytochrome c'  30.32 
 
 
155 aa  70.9  7e-12  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02251  cytochrome c  31.87 
 
 
170 aa  70.5  9e-12  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.536111  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2229  cytochrome c, class II  32.91 
 
 
156 aa  68.2  5e-11  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4496  cytochrome c prime  30.72 
 
 
149 aa  67.8  6e-11  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.609438  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1300  cytochrome c prime  32.24 
 
 
149 aa  65.9  2e-10  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  5.71925e-07  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1123  cytochrome c prime  30.38 
 
 
155 aa  65.9  2e-10  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000239105  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1205  cytochrome c, class II  32.24 
 
 
149 aa  65.5  3e-10  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  3.42907e-07  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1135  cytochrome c, class II  32.24 
 
 
149 aa  65.5  3e-10  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  3.23618e-09  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3090  cytochrome c prime  31.58 
 
 
149 aa  64.7  5e-10  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  6.89857e-09  normal  0.0144373 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1223  cytochrome c, class II  31.58 
 
 
149 aa  64.7  5e-10  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  3.08946e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1267  cytochrome c class II  31.58 
 
 
149 aa  64.7  5e-10  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  3.08815e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2738  cytochrome c, class II  31.58 
 
 
149 aa  64.3  7e-10  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  2.39572e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3420  cytochrome c'  31.58 
 
 
149 aa  63.9  8e-10  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1134  cytochrome c, class II  31.58 
 
 
149 aa  62.8  2e-09  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  2.45313e-08  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1062  cytochrome c class II  33.87 
 
 
153 aa  63.2  2e-09  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.251364  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1296  Cytochrome c556-like protein  29.77 
 
 
154 aa  61.6  4e-09  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.618676  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1989  cytochrome c, class II  32.8 
 
 
155 aa  61.2  5e-09  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.13994  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1236  cytochrome C-556  31.06 
 
 
157 aa  59.3  2e-08  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2910  cytochrome c, class II  30.46 
 
 
149 aa  58.9  2e-08  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.963403  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1440  cytochrome c, class II  31.61 
 
 
150 aa  58.9  3e-08  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.675106  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0112  cytochrome c prime  31.88 
 
 
144 aa  57.8  6e-08  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.277441 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2799  cytochrome c'  28.66 
 
 
159 aa  57.4  8e-08  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.340153  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1614  cytochrome c, class II  28.76 
 
 
149 aa  57.4  8e-08  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.290263  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1106  cytochrome c, class II  30.13 
 
 
152 aa  56.6  1e-07  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00108735  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1171  cytochrome c, class II  29.49 
 
 
153 aa  56.6  1e-07  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1325  cytochrome c, class II  30.13 
 
 
151 aa  56.6  1e-07  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0590  cytochrome c class II  32.58 
 
 
148 aa  55.8  2e-07  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1785  cytochrome c prime  33.06 
 
 
151 aa  56.2  2e-07  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.849922  normal  0.0128632 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0901  cytochrome c, class II  30.4 
 
 
147 aa  56.2  2e-07  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.502133 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3135  cytochrome c prime  25.9 
 
 
172 aa  55.5  3e-07  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1625  cytochrome c, class II  29.41 
 
 
149 aa  55.1  4e-07  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.574438  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0972  cytochrome c prime  33.61 
 
 
146 aa  53.1  1e-06  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1225  cytochrome c prime  28.48 
 
 
155 aa  53.1  1e-06  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.239177 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2744  cytochrome c, class II  31.97 
 
 
149 aa  53.1  1e-06  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1163  cytochrome c, class II  36.78 
 
 
149 aa  53.5  1e-06  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.678207  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3283  cytochrome c, class II  30.2 
 
 
152 aa  53.1  2e-06  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00438456  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0600  cytochrome c, class II  30.87 
 
 
150 aa  52  3e-06  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5606  cytochrome c, class II  28.89 
 
 
149 aa  51.6  4e-06  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.325565 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1340  cytochrome c prime  26.45 
 
 
150 aa  50.8  8e-06  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  hitchhiker  1.94758e-08 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1075  cytochrome c, class II  32.28 
 
 
153 aa  50.8  8e-06  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  8.70281e-06  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1266  cytochrome c prime  29.84 
 
 
153 aa  50.1  1e-05  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00355907 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2695  cytochrome c class II  28.48 
 
 
146 aa  50.1  1e-05  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.618119  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2557  cytochrome c prime  32.85 
 
 
146 aa  50.4  1e-05  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.524451  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5272  cytochrome c, class II  29.61 
 
 
149 aa  49.3  2e-05  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.400589  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0569  cytochrome c, class II  30.23 
 
 
158 aa  49.7  2e-05  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3537  cytochrome c prime  24.32 
 
 
150 aa  49.3  2e-05  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0147332 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0850  cytochrome c prime  36.84 
 
 
146 aa  48.5  4e-05  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.990375 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0474  cytochrome c, class II  26.45 
 
 
150 aa  47.8  6e-05  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.731529  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0451  cytochrome c556-like protein  27.12 
 
 
148 aa  47  0.0001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.870649  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0327  cytochrome c, class II  27.1 
 
 
153 aa  45.8  0.0002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.781322  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49090  Cytochrome C, class II  30.15 
 
 
151 aa  45.8  0.0002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.472535  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0404  cytochrome c prime  26.39 
 
 
136 aa  44.7  0.0005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03580  cytochrome C  27.81 
 
 
166 aa  44.7  0.0005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0385574  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0495  cytochrome c prime  23.87 
 
 
148 aa  43.9  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0286  cytochrome c prime  28.08 
 
 
153 aa  43.5  0.001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0933227  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0291  cytochrome c, class II  28.08 
 
 
153 aa  43.5  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  2.94803e-06 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4420  cytochrome c, class II  28.93 
 
 
154 aa  40.4  0.009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>