295 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2472 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004311  BRA0516  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  75.24 
 
 
419 aa  652    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.367443  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3153  extracellular solute-binding protein  73.75 
 
 
417 aa  640    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.000182033  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2706  extracellular solute-binding protein  80.6 
 
 
422 aa  669    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.5087  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2472  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
419 aa  860    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.250047 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0449  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  75.48 
 
 
419 aa  656    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3405  extracellular solute-binding protein  73.99 
 
 
419 aa  639    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3546  extracellular solute-binding protein  76.19 
 
 
419 aa  667    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  unclonable  0.00000421461  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2646  extracellular solute-binding protein family 1  71.15 
 
 
419 aa  618  1e-176  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0628324  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1356  extracellular solute-binding protein  73.86 
 
 
418 aa  617  1e-175  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0142784  normal  0.791743 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2906  extracellular solute-binding protein family 1  72.61 
 
 
419 aa  609  1e-173  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.194008  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1651  extracellular solute-binding protein  61.11 
 
 
427 aa  541  1e-153  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.660801  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4033  extracellular solute-binding protein  62.15 
 
 
429 aa  515  1.0000000000000001e-145  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2657  extracellular solute-binding protein family 1  57.48 
 
 
422 aa  488  1e-137  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.0000100934  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0208  putative extracellular solute-binding protein  54.32 
 
 
458 aa  455  1e-127  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0085185  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0621  extracellular solute-binding protein  28.93 
 
 
427 aa  150  3e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.178997  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0238  extracellular solute-binding protein family 1  28.3 
 
 
423 aa  114  3e-24  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1301  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  26.3 
 
 
441 aa  87.4  4e-16  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8236  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  26.14 
 
 
434 aa  87.4  5e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.953199  normal  0.764848 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31540  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  27.14 
 
 
458 aa  83.2  0.000000000000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.197851  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20520  extracellular solute-binding protein family 1  25.07 
 
 
417 aa  82  0.00000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.561553  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4017  extracellular solute-binding protein  23.58 
 
 
435 aa  80.5  0.00000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3304  extracellular solute-binding protein family 1  30.21 
 
 
431 aa  79  0.0000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1485  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  26.19 
 
 
429 aa  77  0.0000000000006  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5736  ABC transporter, substrate-binding protein  26.46 
 
 
410 aa  76.6  0.0000000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.214535  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4984  extracellular solute-binding protein family 1  26.06 
 
 
428 aa  75.1  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7218  extracellular solute-binding protein  24.85 
 
 
412 aa  74.7  0.000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1094  extracellular solute-binding protein  25.59 
 
 
434 aa  74.3  0.000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.161365  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0556  ABC transporter, solute-binding protein  27.3 
 
 
461 aa  73.2  0.000000000009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.526712  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2696  extracellular solute-binding protein  24.93 
 
 
420 aa  72.8  0.00000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.240659  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1874  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  28.01 
 
 
427 aa  72.4  0.00000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0756635  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3041  extracellular solute-binding protein  24.43 
 
 
429 aa  72.8  0.00000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.887996  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0540  ABC transporter, substrate-binding protein  27.04 
 
 
461 aa  71.2  0.00000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1999  extracellular solute-binding protein family 1  22.89 
 
 
468 aa  71.2  0.00000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3054  extracellular solute-binding protein family 1  25.8 
 
 
429 aa  71.2  0.00000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.0183103 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11540  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  26.67 
 
 
428 aa  71.2  0.00000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0159385 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1355  extracellular solute-binding protein  26.52 
 
 
422 aa  70.5  0.00000000005  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.120515 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2652  extracellular solute-binding protein family 1  28.81 
 
 
424 aa  70.1  0.00000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.142803  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3155  extracellular solute-binding protein family 1  28.03 
 
 
434 aa  70.1  0.00000000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3675  extracellular solute-binding protein family 1  26.57 
 
 
447 aa  70.1  0.00000000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2327  extracellular solute-binding protein family 1  29.41 
 
 
424 aa  69.3  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.169538  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3587  extracellular solute-binding protein family 1  26.88 
 
 
441 aa  68.9  0.0000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.935518  normal  0.988969 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2391  extracellular solute-binding protein family 1  25.91 
 
 
422 aa  68.9  0.0000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.436445  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3600  extracellular solute-binding protein family 1  22.71 
 
 
425 aa  68.6  0.0000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1759  extracellular solute-binding protein family 1  26.35 
 
 
436 aa  68.2  0.0000000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.071409  normal  0.0857732 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13140  extracellular solute-binding protein family 1  23.82 
 
 
424 aa  67.8  0.0000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1808  extracellular solute-binding protein family 1  30.27 
 
 
414 aa  68.2  0.0000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2016  extracellular solute-binding protein  23.99 
 
 
408 aa  68.2  0.0000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00148299  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2008  ABC transporter extracellular solute-binding protein  26.48 
 
 
408 aa  67.4  0.0000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.247518  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0434  extracellular solute-binding protein family 1  26.13 
 
 
444 aa  67  0.0000000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.205913  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6532  extracellular solute-binding protein family 1  25.79 
 
 
427 aa  67  0.0000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0178193 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1113  sugar ABC transporter, sugar-binding protein  22.01 
 
 
419 aa  67  0.0000000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0203061  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2404  extracellular solute-binding protein family 1  26.61 
 
 
424 aa  66.6  0.0000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000132449  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0923  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  31.37 
 
 
450 aa  65.9  0.000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.293658  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1291  extracellular solute-binding protein family 1  24.55 
 
 
470 aa  65.9  0.000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1947  extracellular solute-binding protein  22.14 
 
 
428 aa  65.1  0.000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.709657  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0573  extracellular solute-binding protein  27.27 
 
 
460 aa  65.5  0.000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5608  extracellular solute-binding protein family 1  23.24 
 
 
427 aa  62.8  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.959607  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1218  extracellular solute-binding protein family 1  24.37 
 
 
444 aa  62.8  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4038  extracellular solute-binding protein family 1  27.57 
 
 
405 aa  62.4  0.00000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6933  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  24.28 
 
 
412 aa  62  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0038808  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1126  extracellular solute-binding protein family 1  23.96 
 
 
433 aa  62  0.00000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.162135  hitchhiker  0.000581091 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09490  extracellular solute-binding protein family 1  24.63 
 
 
424 aa  61.6  0.00000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  2.48456e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1060  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  23.33 
 
 
408 aa  62  0.00000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.065415  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2754  extracellular solute-binding protein family 1  25.22 
 
 
443 aa  61.6  0.00000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0940  extracellular solute-binding protein family 1  29.21 
 
 
441 aa  61.2  0.00000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.558741 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0626  extracellular solute-binding protein  22.92 
 
 
408 aa  60.8  0.00000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000892518  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2571  extracellular solute-binding protein  24.85 
 
 
417 aa  60.5  0.00000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1306  extracellular solute-binding protein family 1  27.4 
 
 
445 aa  60.5  0.00000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5331  extracellular solute-binding protein family 1  25 
 
 
424 aa  60.8  0.00000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2345  extracellular solute-binding protein family 1  28.91 
 
 
424 aa  59.7  0.00000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.822896  normal  0.413258 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24620  carbohydrate-binding protein  23.1 
 
 
424 aa  59.7  0.00000009  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2783  extracellular solute-binding protein family 1  23.46 
 
 
431 aa  59.7  0.00000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.185157  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4936  extracellular solute-binding protein family 1  24 
 
 
463 aa  59.7  0.0000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.105521 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27700  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  22.55 
 
 
426 aa  59.3  0.0000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3860  extracellular solute-binding protein family 1  24 
 
 
463 aa  59.7  0.0000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.952749  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7922  extracellular solute-binding protein family 1  27.52 
 
 
445 aa  59.7  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5076  extracellular solute-binding protein family 1  26.84 
 
 
427 aa  58.9  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.340965  normal  0.383073 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3815  extracellular solute-binding protein  23.3 
 
 
440 aa  58.2  0.0000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.725217  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1010  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  25.48 
 
 
380 aa  58.5  0.0000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.283496  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0434  extracellular solute-binding protein  24.22 
 
 
452 aa  58.9  0.0000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.396307 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1243  extracellular solute-binding protein  24.31 
 
 
444 aa  58.2  0.0000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0296  hypothetical protein  26.54 
 
 
439 aa  58.5  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00840  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  23.56 
 
 
451 aa  58.2  0.0000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1091  extracellular solute-binding protein  24.67 
 
 
433 aa  58.2  0.0000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5398  ABC transporter substrate binding protein (sugar)  25.46 
 
 
403 aa  57.8  0.0000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.14652  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1924  extracellular solute-binding protein  26.89 
 
 
415 aa  57.8  0.0000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.121968  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3246  extracellular solute-binding protein family 1  29.26 
 
 
443 aa  57.8  0.0000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3409  extracellular solute-binding protein  25.38 
 
 
451 aa  57.4  0.0000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000000553575  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2466  extracellular solute-binding protein family 1  27.03 
 
 
415 aa  57.4  0.0000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0930087 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3613  extracellular solute-binding protein family 1  24.54 
 
 
429 aa  57.4  0.0000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.249837  normal  0.747368 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6572  extracellular solute-binding protein family 1  26.53 
 
 
410 aa  57.4  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00103217  normal  0.480926 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1792  extracellular solute-binding protein  25.07 
 
 
462 aa  56.6  0.0000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2997  extracellular solute-binding protein family 1  24.67 
 
 
462 aa  56.6  0.0000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.0000000366828  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6265  extracellular solute-binding protein family 1  24.55 
 
 
443 aa  57  0.0000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4751  extracellular solute-binding protein family 1  24.34 
 
 
417 aa  56.6  0.0000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.137656  normal  0.378465 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29010  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  26.42 
 
 
434 aa  56.6  0.0000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3170  extracellular solute-binding protein  26.42 
 
 
414 aa  56.2  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2999  extracellular solute-binding protein  24.62 
 
 
419 aa  55.1  0.000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.662901  hitchhiker  0.0000395876 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2590  extracellular solute-binding protein family 1  23.72 
 
 
464 aa  55.5  0.000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4880  extracellular solute-binding protein  23.83 
 
 
412 aa  54.7  0.000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>