151 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2448 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_2448  hypothetical protein  100 
 
 
345 aa  661    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00427442  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3126  hypothetical protein  49.11 
 
 
332 aa  251  1e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0272952  normal  0.0855936 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3482  hypothetical protein  48.82 
 
 
332 aa  248  8e-65  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.49104  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0528  type VI secretion protein, VC_A0111 family  35.59 
 
 
359 aa  184  2.0000000000000003e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00260  hypothetical protein  36.17 
 
 
336 aa  169  5e-41  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.439095  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1583  hypothetical protein  36.76 
 
 
367 aa  163  3e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.314099 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0161  hypothetical protein  35.38 
 
 
348 aa  154  2e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.568465  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01080  hypothetical protein  35.38 
 
 
348 aa  150  3e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.426308  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2450  type VI secretion protein, VC_A0111 family  32.22 
 
 
349 aa  150  4e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0218229  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3012  hypothetical protein  32.41 
 
 
357 aa  150  5e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.793023  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3860  type VI secretion protein  33.44 
 
 
366 aa  144  2e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.818358  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1481  hypothetical protein  30.98 
 
 
388 aa  143  4e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0199  type VI secretion protein, VC_A0111 family  33.87 
 
 
388 aa  143  5e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26620  hypothetical protein  37.29 
 
 
337 aa  142  6e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.389364  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2330  hypothetical protein  32.72 
 
 
328 aa  142  8e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0196244  normal  0.0188042 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0263  hypothetical protein  35.51 
 
 
427 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4085  type VI secretion protein  36.42 
 
 
377 aa  140  3.9999999999999997e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000191474 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6688  type VI secretion protein  33.45 
 
 
353 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.355803  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2955  hypothetical protein  31.96 
 
 
488 aa  126  6e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3013  type VI secretion protein  33.33 
 
 
353 aa  124  2e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.695599  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6120  type VI secretion protein  33.12 
 
 
362 aa  123  4e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.677953  normal  0.349005 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2698  hypothetical protein  31.51 
 
 
341 aa  121  1.9999999999999998e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.010713  normal  0.0127027 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1332  hypothetical protein  32.46 
 
 
361 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.010268 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3468  hypothetical protein  32.31 
 
 
357 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1472  type VI secretion protein  31.51 
 
 
341 aa  120  1.9999999999999998e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0947  type VI secretion protein, VC_A0111 family  30.94 
 
 
370 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1360  hypothetical protein  31.51 
 
 
341 aa  121  1.9999999999999998e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.73813  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0135  putative cytoplasmic protein  30.32 
 
 
349 aa  120  3e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3037  type VI secretion protein, VC_A0111 family  32.26 
 
 
385 aa  120  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.663953  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1620  hypothetical protein  30.03 
 
 
349 aa  119  6e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0171  hypothetical protein  30.03 
 
 
349 aa  119  6e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.966591  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0149  hypothetical protein  30.03 
 
 
349 aa  119  6e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.158561  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0292  type VI secretion protein  30.25 
 
 
331 aa  119  7e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0831142  normal  0.923003 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0305  type VI secretion protein, family  30.25 
 
 
331 aa  119  7e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0290  SciB protein  30.3 
 
 
311 aa  119  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.718138 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2365  type VI secretion protein, VC_A0111 family  29.78 
 
 
349 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0981242 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0297  type VI secretion protein, family  29.94 
 
 
331 aa  117  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.267723  normal  0.456236 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3902  type VI secretion protein  33.01 
 
 
358 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.809899 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7015  type VI secretion protein  31.97 
 
 
358 aa  112  9e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2272  hypothetical protein  29.24 
 
 
330 aa  111  2.0000000000000002e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1212  type VI secretion protein, VC_A0111 family  26.95 
 
 
344 aa  110  5e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0974  hypothetical protein  31.4 
 
 
351 aa  110  5e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1691  type VI secretion protein, VC_A0111 family  29.55 
 
 
346 aa  108  1e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.623686  normal  0.90848 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2588  hypothetical protein  32.9 
 
 
352 aa  108  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.695142  normal  0.103475 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2172  hypothetical protein  30.22 
 
 
354 aa  108  2e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.17033  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1535  hypothetical protein  26.97 
 
 
329 aa  107  4e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3038  type VI secretion protein, VC_A0111 family  25.76 
 
 
343 aa  107  4e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4957  hypothetical protein  26.53 
 
 
356 aa  106  6e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0450  type VI secretion protein  31.56 
 
 
366 aa  105  2e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.969906 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2925  type VI secretion protein  31.58 
 
 
366 aa  103  3e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.823082  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2831  hypothetical protein  30.42 
 
 
366 aa  103  4e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3639  hypothetical protein  30.42 
 
 
366 aa  103  4e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1712  hypothetical protein  30.42 
 
 
366 aa  103  4e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3630  hypothetical protein  30.42 
 
 
366 aa  103  4e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.544301  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3655  hypothetical protein  30.42 
 
 
366 aa  103  4e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.155732  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3146  hypothetical protein  30.42 
 
 
366 aa  103  4e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01960  hypothetical protein  29.55 
 
 
363 aa  103  5e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.362822  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2634  hypothetical protein  31.56 
 
 
338 aa  103  5e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0386  hypothetical protein  31.95 
 
 
366 aa  103  5e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0472  hypothetical protein  31.56 
 
 
366 aa  103  5e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.408031  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0055  hypothetical protein  30.42 
 
 
366 aa  103  5e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3096  hypothetical protein  28.49 
 
 
356 aa  103  6e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.912752  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2506  type VI secretion protein  28.4 
 
 
356 aa  103  6e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.166907  normal  0.89718 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2626  hypothetical protein  28.49 
 
 
356 aa  103  6e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0407  type VI secretion protein  31.58 
 
 
366 aa  102  9e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3564  hypothetical protein  31.6 
 
 
366 aa  102  1e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2959  hypothetical protein  30.39 
 
 
366 aa  102  1e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2768  type VI secretion protein  28.31 
 
 
356 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0620169  normal  0.565386 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02050  hypothetical protein  28.69 
 
 
363 aa  100  5e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.481196  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1701  SciB protein  31.29 
 
 
361 aa  99.4  8e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0340  hypothetical protein  31.29 
 
 
361 aa  99.4  8e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0249  hypothetical protein  31.29 
 
 
361 aa  99.4  8e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.645195  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000437  uncharacterized protein ImpH/VasB  24.81 
 
 
332 aa  98.2  2e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.594996  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0914  hypothetical protein  31.29 
 
 
361 aa  98.2  2e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1201  hypothetical protein  31.29 
 
 
361 aa  98.2  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2176  SciB protein  31.29 
 
 
361 aa  98.2  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.715088  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3729  hypothetical protein  26.15 
 
 
338 aa  94  4e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3077  hypothetical protein  31.65 
 
 
369 aa  93.2  5e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.660228  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05859  hypothetical protein  24.44 
 
 
332 aa  93.2  5e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4918  type VI secretion protein, VC_A0111 family  29.55 
 
 
364 aa  92  1e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0191108 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1728  hypothetical protein  32.03 
 
 
354 aa  88.2  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.269335  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3314  hypothetical protein  28.85 
 
 
329 aa  87  4e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2525  type VI secretion protein  26.18 
 
 
335 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1200  hypothetical protein  25.95 
 
 
337 aa  82  0.00000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.315341  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3251  type VI secretion protein, VC_A0111 family  27.15 
 
 
332 aa  79.7  0.00000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0408  hypothetical protein  37.43 
 
 
456 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.797416  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1195  hypothetical protein  37.43 
 
 
492 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1074  type VI secretion protein, VC_A0111 family  26.8 
 
 
332 aa  79  0.0000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1605  hypothetical protein  37.43 
 
 
492 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1788  hypothetical protein  37.43 
 
 
492 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.405643  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2830  hypothetical protein  37.87 
 
 
481 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0458  hypothetical protein  37.43 
 
 
492 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2803  type VI secretion protein, VC_A0111 family  26.46 
 
 
337 aa  75.5  0.000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2819  hypothetical protein  27.47 
 
 
325 aa  74.3  0.000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0027  hypothetical protein  25.79 
 
 
317 aa  74.3  0.000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.273219  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0317  hypothetical protein  24.72 
 
 
343 aa  72.8  0.000000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2123  hypothetical protein  27.71 
 
 
338 aa  72.4  0.00000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.336194  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34000  hypothetical protein  28.38 
 
 
338 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.375961  normal  0.121658 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2891  hypothetical protein  28.38 
 
 
338 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1120  putative type VI secretion protein VasG  25.98 
 
 
309 aa  71.6  0.00000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0273687  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>