298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2426 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_2426  Pyrrolo-quinoline quinone  100 
 
 
440 aa  872    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.915417 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2161  Pyrrolo-quinoline quinone  47.88 
 
 
454 aa  404  1e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.905715  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2698  putative quinoprotein  45.54 
 
 
448 aa  386  1e-106  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.578773  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1355  Pyrrolo-quinoline quinone  45.81 
 
 
454 aa  384  1e-105  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.464809  normal  0.026391 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2199  Pyrrolo-quinoline quinone  44.44 
 
 
447 aa  338  9.999999999999999e-92  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.839815  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1165  pyrrolo-quinoline quinone  40.52 
 
 
450 aa  316  4e-85  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0116757  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0990  Pyrrolo-quinoline quinone  38.16 
 
 
441 aa  297  3e-79  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3085  Pyrrolo-quinoline quinone  33.65 
 
 
455 aa  225  1e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00761305  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0944  Pyrrolo-quinoline quinone  30.58 
 
 
448 aa  210  5e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3493  Pyrrolo-quinoline quinone  33.01 
 
 
461 aa  209  1e-52  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.546086 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1202  Pyrrolo-quinoline quinone  32.39 
 
 
458 aa  204  4e-51  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.549176  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2204  Pyrrolo-quinoline quinone  31.9 
 
 
444 aa  199  7e-50  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.329049 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2497  Pyrrolo-quinoline quinone  30.75 
 
 
475 aa  192  9e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0751  Pyrrolo-quinoline quinone  31.69 
 
 
453 aa  179  1e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.7044  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3125  Pyrrolo-quinoline quinone  29.3 
 
 
444 aa  173  5.999999999999999e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.687826 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3105  Pyrrolo-quinoline quinone  29.65 
 
 
453 aa  155  2e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.448021 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1499  hypothetical protein  24.14 
 
 
384 aa  118  1.9999999999999998e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1484  hypothetical protein  23.85 
 
 
384 aa  118  1.9999999999999998e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3006  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  27.14 
 
 
392 aa  115  1.0000000000000001e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.901484  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0732  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  26.44 
 
 
385 aa  112  9e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0010  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  22.78 
 
 
391 aa  110  6e-23  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.469712  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1661  outer membrane assembly lipoprotein YfgL  29.04 
 
 
402 aa  109  1e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.274941 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2734  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  23.61 
 
 
393 aa  105  2e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2857  Pyrrolo-quinoline quinone  26.59 
 
 
387 aa  104  4e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.725617  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1121  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  24.05 
 
 
393 aa  103  5e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1254  Pyrrolo-quinoline quinone  29.08 
 
 
383 aa  103  6e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00763008  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2758  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  24.23 
 
 
392 aa  102  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.267883 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2888  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  23.96 
 
 
392 aa  102  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.597931  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1119  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  25.22 
 
 
411 aa  101  2e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1261  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  23.26 
 
 
393 aa  100  4e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.21096  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3123  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  24.66 
 
 
415 aa  100  4e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.126817  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2714  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  23.96 
 
 
392 aa  100  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.359129  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2671  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  23.96 
 
 
392 aa  100  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2777  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  23.96 
 
 
392 aa  100  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.985011  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1259  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  25.84 
 
 
395 aa  99.8  9e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0514835  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2664  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  23.73 
 
 
392 aa  97.1  5e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.280231 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1293  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  25.28 
 
 
395 aa  96.7  7e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.664438  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1302  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  26.05 
 
 
395 aa  96.7  7e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0677  Pyrrolo-quinoline quinone  26.02 
 
 
431 aa  96.7  8e-19  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.350335  normal  0.177219 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3606  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  23.82 
 
 
393 aa  96.7  8e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.612684 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3011  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  22.66 
 
 
393 aa  96.7  8e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3300  serine/threonine protein kinase  27.78 
 
 
795 aa  96.3  9e-19  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3588  Pyrrolo-quinoline quinone  27.08 
 
 
389 aa  96.3  1e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.909345  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1232  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  26.05 
 
 
395 aa  95.9  1e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1296  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  22.96 
 
 
393 aa  95.1  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0415  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  22.96 
 
 
393 aa  95.1  2e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.873233  hitchhiker  0.00131878 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1231  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  26.05 
 
 
395 aa  95.5  2e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1189  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  22.96 
 
 
393 aa  95.1  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0343666  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02404  protein assembly complex, lipoprotein component  23.45 
 
 
392 aa  94.7  3e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.005806  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1990  Pyrrolo-quinoline quinone  27.65 
 
 
463 aa  94.7  3e-18  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1165  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  23.45 
 
 
392 aa  94.7  3e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.035422  normal  0.0264667 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1435  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  25.21 
 
 
395 aa  94.7  3e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00436536  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2663  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  23.45 
 
 
392 aa  94.7  3e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000327746  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2796  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  23.45 
 
 
392 aa  94.7  3e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000117492  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02366  hypothetical protein  23.45 
 
 
392 aa  94.7  3e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0111233  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2887  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  23.45 
 
 
392 aa  93.2  8e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00225508  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1156  outer membrane assembly lipoprotein YfgL  23.16 
 
 
392 aa  93.2  9e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00537914  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2987  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  25.77 
 
 
395 aa  93.2  9e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.198648  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3736  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  23.16 
 
 
392 aa  92.8  1e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.550553  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1437  PQQ repeat-containing protein  24.09 
 
 
384 aa  92.4  1e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.234341  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01070  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  23.8 
 
 
386 aa  92  2e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004346  YfgL protein  23.38 
 
 
386 aa  92  2e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2891  putative lipoprotein  25.27 
 
 
395 aa  91.3  3e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4249  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  23.89 
 
 
414 aa  91.3  3e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.548158  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0821  Pyrrolo-quinoline quinone  24.25 
 
 
372 aa  91.3  3e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.403647  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0291  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  24.15 
 
 
386 aa  91.3  3e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3145  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  25.49 
 
 
395 aa  91.3  3e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0657183 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1376  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  25.49 
 
 
395 aa  90.9  4e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.877608  normal  0.696352 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3002  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  25.49 
 
 
395 aa  90.9  4e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0839555  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1171  Pyrrolo-quinoline quinone  21.79 
 
 
399 aa  90.9  4e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0406546  normal  0.22444 
 
 
-
 
NC_002978  WD0750  PQQ repeat-containing protein  24.83 
 
 
353 aa  89.7  8e-17  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.137969  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3730  Pyrrolo-quinoline quinone  28.62 
 
 
383 aa  90.1  8e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.109503  normal  0.588424 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2197  outer membrane assembly lipoprotein YfgL  24.23 
 
 
385 aa  89.7  9e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.763782  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3309  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  25.49 
 
 
395 aa  89.4  1e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2649  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  25.21 
 
 
395 aa  89.7  1e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2362  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  24.72 
 
 
395 aa  89  2e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.034876  normal  0.596671 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1308  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  24.09 
 
 
395 aa  86.7  8e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000307899  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3497  Pyrrolo-quinoline quinone  26.69 
 
 
379 aa  86.7  8e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1154  outer membrane assembly lipoprotein YfgL  25.76 
 
 
392 aa  85.9  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.536052 
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3290  serine/threonine protein kinase  27.43 
 
 
963 aa  86.3  0.000000000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.0556916 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1062  outer membrane assembly lipoprotein YfgL  25.48 
 
 
392 aa  85.5  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1712  outer membrane assembly lipoprotein YfgL  25.91 
 
 
411 aa  84.7  0.000000000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.368  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1218  lipoprotein transmembrane  25.68 
 
 
388 aa  84.3  0.000000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.032892  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40260  YfgL-like phosphoquinolipoprotein kinase  26.12 
 
 
384 aa  84  0.000000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0902958  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1786  Pyrrolo-quinoline quinone  25.59 
 
 
381 aa  83.2  0.000000000000009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02978  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  23.16 
 
 
402 aa  82.8  0.00000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.373211  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2538  outer membrane assembly lipoprotein YfgL  25.48 
 
 
381 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0468312  hitchhiker  0.00031384 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1547  outer membrane protein assembly complex subunit YfgL  23.29 
 
 
395 aa  82.4  0.00000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00611389  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1776  serine/threonine protein kinase  27.13 
 
 
411 aa  81.6  0.00000000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.801728  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0899  outer membrane assembly lipoprotein YfgL  25.14 
 
 
380 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000144468 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1597  transcription accessory protein, TEX  24.93 
 
 
386 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.207769  normal  0.115808 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2083  Pyrrolo-quinoline quinone  22.82 
 
 
392 aa  80.5  0.00000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.397286  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2190  outer membrane assembly lipoprotein YfgL  25.4 
 
 
380 aa  80.9  0.00000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0597  pyrrolo-quinoline quinone  24.54 
 
 
380 aa  78.6  0.0000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.601567 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1417  outer membrane assembly lipoprotein YfgL  24.51 
 
 
386 aa  77  0.0000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0124773 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1130  Pyrrolo-quinoline quinone  22.66 
 
 
389 aa  76.6  0.0000000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1314  hypothetical protein  23.61 
 
 
380 aa  75.9  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.605472  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0077  Pyrrolo-quinoline quinone  24.52 
 
 
397 aa  75.9  0.000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.825382  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0522  quino protein  20.71 
 
 
387 aa  75.5  0.000000000002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2153  Pyrrolo-quinoline quinone  28.04 
 
 
365 aa  75.5  0.000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.75992  normal  0.0359383 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>