88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2419 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_2419  phage integrase family protein  100 
 
 		 307 aa  639    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.342392 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4095  phage integrase family protein  36.45 
 
 		 335 aa  167  2e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1328  phage integrase  31.89 
 
 		 333 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.478819  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1692  phage integrase  30.07 
 
 		 348 aa  107  4e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.50677 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1375  phage integrase family protein  30.8 
 
 		 336 aa  105  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.182465 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3728  phage integrase family protein  28.16 
 
 		 342 aa  104  2e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.315534  normal  0.558522 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3588  phage integrase  33.33 
 
 		 197 aa  98.2  1e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.385994 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2418  phage integrase family protein  34.67 
 
 		 230 aa  90.9  3e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.349655 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0988  integrase family protein  28.32 
 
 		 370 aa  86.3  5e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.934972 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6147  Integrase  23.44 
 
 		 344 aa  82.8  0.000000000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.236662  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2865  phage integrase  27.96 
 
 		 370 aa  82  0.00000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.520837  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0970  integrase family protein  25.26 
 
 		 367 aa  79  0.00000000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.605472  normal  0.569329 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4150  phage integrase family protein  25.86 
 
 		 326 aa  73.2  0.000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0489444 
 
 
-
 
NC_004310  BR0966  phage integrase family site specific recombinase  24.14 
 
 		 341 aa  72  0.00000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.832131  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1016  phage integrase family protein  25.18 
 
 		 338 aa  71.6  0.00000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.676383 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1931  hypothetical protein  25.25 
 
 		 388 aa  70.1  0.00000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00772625  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0886  phage-related integrase  25.82 
 
 		 349 aa  68.9  0.00000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.280114  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0275  phage integrase  27.12 
 
 		 359 aa  68.9  0.00000000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0362718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3294  phage integrase family protein  25.56 
 
 		 360 aa  68.6  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.550021  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3879  integrase family protein  25.81 
 
 		 349 aa  68.6  0.0000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6744  putative phage integrase  25.68 
 
 		 382 aa  68.2  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.15121  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2301  integrase protein  24.57 
 
 		 329 aa  67  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.054386  hitchhiker  1.04073e-17 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2653  integrase family protein  25.63 
 
 		 421 aa  65.1  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.534879  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1790  phage integrase family protein  24.25 
 
 		 361 aa  65.1  0.000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0999654  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2857  phage integrase  24.64 
 
 		 359 aa  65.5  0.000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4057  site-specific recombinase, phage integrase family  24.53 
 
 		 325 aa  63.9  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.251442  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0325  phage integrase  26.03 
 
 		 389 aa  63.2  0.000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.701127  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3509  integrase family protein  27.6 
 
 		 338 aa  62.4  0.000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.167819  hitchhiker  0.00517521 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3384  phage integrase family protein  29.31 
 
 		 338 aa  62.4  0.00000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000032973  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0812  integrase family protein  25 
 
 		 385 aa  61.6  0.00000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.427445  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1722  hypothetical protein  27.57 
 
 		 339 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.178853  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3623  putative integrase  25.33 
 
 		 373 aa  60.5  0.00000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.238631  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2257  phage integrase family site specific recombinase  24.19 
 
 		 342 aa  60.1  0.00000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000231464  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1951  phage-related integrase  24.92 
 
 		 343 aa  58.9  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.242299  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2929  integrase family protein  23.63 
 
 		 351 aa  58.5  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1177  integrase family protein  24.32 
 
 		 383 aa  57.8  0.0000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.28411  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1474  phage integrase family site specific recombinase  29.22 
 
 		 164 aa  58.2  0.0000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0831  phage integrase family protein  25.28 
 
 		 362 aa  56.2  0.0000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2161  phage integrase family protein  26.09 
 
 		 297 aa  56.2  0.0000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2250  phage integrase family site specific recombinase  22.92 
 
 		 338 aa  54.3  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  6.150880000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0969  integrase family protein  24.2 
 
 		 426 aa  55.1  0.000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.686349  normal  0.45689 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1150  phage integrase family site specific recombinase  22.44 
 
 		 341 aa  55.1  0.000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000198353  hitchhiker  0.0000000000000625111 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3344  phage integrase family protein  25.33 
 
 		 360 aa  53.1  0.000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.563509  normal  0.0469601 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2817  site-specific recombinase, phage integrase family  21.95 
 
 		 359 aa  53.1  0.000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000101654  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0826  phage integrase family protein  24.91 
 
 		 294 aa  52.8  0.000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.132238  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0140  phage integrase family protein  22.26 
 
 		 375 aa  52.8  0.000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.42287  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0395  phage integrase family protein  24.69 
 
 		 397 aa  51.6  0.00002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.887583 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1428  phage integrase family site specific recombinase  30 
 
 		 125 aa  50.8  0.00003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0877  phage integrase family protein  28.48 
 
 		 356 aa  50.1  0.00004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2889  lambda integrase  28.48 
 
 		 356 aa  50.1  0.00005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00939202  normal  0.0727877 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2290  phage-related integrase  24.08 
 
 		 346 aa  49.3  0.00008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.306481  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3585  phage integrase  22.73 
 
 		 411 aa  49.3  0.00008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.597607 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1129  site-specific recombinase, phage integrase family  24.27 
 
 		 339 aa  48.9  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  5.3601e-24 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36120  Phage integrase  22.63 
 
 		 400 aa  48.9  0.00009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3747  integrase  22.99 
 
 		 399 aa  48.5  0.0001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0341835  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7358  integrase family protein  23.35 
 
 		 344 aa  48.9  0.0001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.210613  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0619  phage integrase family protein  24.43 
 
 		 389 aa  48.5  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0800  phage integrase family protein  27.81 
 
 		 356 aa  48.5  0.0002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.501928  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0401  phage integrase family protein  25.4 
 
 		 332 aa  48.5  0.0002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1378  integrase family protein  29.41 
 
 		 416 aa  47.8  0.0002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.545263  hitchhiker  0.00000000645491 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1522  phage integrase family site specific recombinase  25.58 
 
 		 339 aa  47.8  0.0002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6293  integrase family protein  26.42 
 
 		 344 aa  47.4  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1220  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.9 
 
 		 330 aa  46.6  0.0005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1182  putative phage integrase  22.53 
 
 		 400 aa  46.6  0.0006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.383522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4137  phage integrase family protein  22.53 
 
 		 400 aa  46.6  0.0006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.031573  normal  0.207643 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0961  phage integrase family protein  23.02 
 
 		 359 aa  46.2  0.0007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0178489  normal  0.193987 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0669  phage integrase family protein  29.75 
 
 		 343 aa  46.2  0.0008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2959  phage integrase family protein  21.84 
 
 		 444 aa  45.1  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0924112  normal  0.542634 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2745  integrase family protein  22.26 
 
 		 415 aa  45.1  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.99512  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1966  integrase family protein  24.28 
 
 		 353 aa  45.4  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3045  phage integrase  22.26 
 
 		 415 aa  45.1  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.172973 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4758  integrase family protein  23.43 
 
 		 405 aa  44.7  0.002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4036  prophage LambdaBa02, site-specific recombinase, phage integrase family  23.12 
 
 		 376 aa  44.3  0.002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.000000192232  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2601  integrase family protein  21.9 
 
 		 399 aa  45.1  0.002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.533125 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3065  phage integrase family protein  24.89 
 
 		 361 aa  45.1  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.490306 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3540  integrase family protein  21.9 
 
 		 399 aa  44.7  0.002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2622  integrase protein  21.51 
 
 		 400 aa  44.3  0.003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.561112  normal  0.109435 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1741  Phage integrase  26.58 
 
 		 278 aa  44.3  0.003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011733  PCC7424_5613  hypothetical protein  23.18 
 
 		 273 aa  44.3  0.003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4134  prophage lambdaba02, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  21.62 
 
 		 376 aa  43.5  0.004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.62629  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3836  prophage LambdaBa02, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  21.62 
 
 		 376 aa  43.5  0.004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2946  integrase  25.35 
 
 		 312 aa  43.9  0.004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00837646  n/a   
 
 
-
 
NC_011734  PCC7424_5625  integrase family protein  24.5 
 
 		 273 aa  43.1  0.005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0535  site-specific recombinase, phage integrase family  25.23 
 
 		 413 aa  43.1  0.005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1428  integrase family protein  25.17 
 
 		 421 aa  43.1  0.006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2627  phage integrase family protein  21.92 
 
 		 376 aa  43.1  0.006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000511904  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0136  putative integrase for prophage CP-933U  22.96 
 
 		 277 aa  42.4  0.009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.872281  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2846  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  24.4 
 
 		 344 aa  42.4  0.009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0361729 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>