99 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2415 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_2415  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 
108 aa  216  6e-56  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.747648  normal  0.205429 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2892  transcriptional regulator, XRE family  34.38 
 
 
166 aa  62  3e-09  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.203012 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2775  putative transcriptional regulator  50 
 
 
123 aa  61.2  4e-09  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1061  XRE family transcriptional regulator  45.16 
 
 
155 aa  60.8  6e-09  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.161431  normal  0.803902 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1388  XRE family transcriptional regulator  57.14 
 
 
119 aa  59.7  1e-08  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.346177 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1232  XRE family transcriptional regulator  49.06 
 
 
126 aa  59.3  2e-08  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.236768  normal  0.265611 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6504  transcriptional regulator, XRE family  55.32 
 
 
152 aa  57.8  5e-08  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6091  transcriptional regulator, XRE family  55.32 
 
 
152 aa  57.4  7e-08  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2935  XRE family transcriptional regulator  38.89 
 
 
128 aa  57  8e-08  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1909  XRE family transcriptional regulator  56.1 
 
 
123 aa  57  8e-08  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3598  XRE family transcriptional regulator  52.94 
 
 
156 aa  57  9e-08  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  hitchhiker  0.00212083  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7073  transcriptional regulator  55.32 
 
 
138 aa  56.6  1e-07  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3242  XRE family transcriptional regulator  61.9 
 
 
149 aa  56.6  1e-07  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0278  XRE family transcriptional regulator  61.9 
 
 
145 aa  56.2  2e-07  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0473  XRE family transcriptional regulator  34.91 
 
 
138 aa  55.5  2e-07  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.54052 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1815  XRE family transcriptional regulator  41.03 
 
 
137 aa  55.1  3e-07  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0843474  normal  0.166838 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0834  XRE family transcriptional regulator  57.14 
 
 
145 aa  55.5  3e-07  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.211274  normal  0.760334 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2505  XRE family transcriptional regulator  54.76 
 
 
128 aa  55.5  3e-07  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0753  XRE family transcriptional regulator  36.99 
 
 
135 aa  54.7  4e-07  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.057083  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0021  XRE family transcriptional regulator  52.38 
 
 
161 aa  54.7  4e-07  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0016  transcriptional regulator, XRE family  43.55 
 
 
138 aa  54.7  4e-07  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000711578 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0019  XRE family transcriptional regulator  32.14 
 
 
139 aa  54.3  5e-07  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0558597 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0447  transcriptional regulator, XRE family  51.06 
 
 
139 aa  54.3  5e-07  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0014  transcriptional regulator, XRE family  52.38 
 
 
139 aa  54.3  6e-07  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.881591  normal  0.120221 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0026  XRE family transcriptional regulator  41.27 
 
 
139 aa  53.9  7e-07  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0329  XRE family transcriptional regulator  54.76 
 
 
171 aa  53.9  7e-07  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.846996  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3622  XRE family transcriptional regulator  44.07 
 
 
147 aa  53.9  8e-07  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3578  XRE family transcriptional regulator  51.06 
 
 
140 aa  53.9  8e-07  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0540  XRE family transcriptional regulator  56.1 
 
 
120 aa  53.1  1e-06  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0675  XRE family transcriptional regulator  56.1 
 
 
120 aa  53.1  1e-06  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00325967 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0595  XRE family transcriptional regulator  48.94 
 
 
139 aa  53.1  1e-06  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.958783  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0051  XRE family transcriptional regulator  46.81 
 
 
138 aa  52.8  1e-06  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1892  XRE family transcriptional regulator  56.1 
 
 
120 aa  53.1  1e-06  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6290  transcriptional regulator, XRE family  54.17 
 
 
121 aa  53.5  1e-06  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3775  XRE family transcriptional regulator  48.94 
 
 
210 aa  52.8  1e-06  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1149  XRE family transcriptional regulator  54.76 
 
 
120 aa  52.8  2e-06  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.016899  hitchhiker  2.34075e-06 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1502  XRE family transcriptional regulator  57.14 
 
 
136 aa  52.4  2e-06  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.662366  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2806  putative transcriptional regulatory protein  54.76 
 
 
131 aa  52.8  2e-06  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3208  transcriptional regulator, XRE family  44.23 
 
 
141 aa  52  2e-06  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0237  XRE family transcriptional regulator  46.81 
 
 
139 aa  52.4  2e-06  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4834  transcriptional regulator, XRE family  47.06 
 
 
135 aa  52.8  2e-06  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.592449  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0443  transcriptional regulator  50 
 
 
140 aa  52  2e-06  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  5.54716e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0230  DNA-binding protein  45.83 
 
 
144 aa  52.4  2e-06  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0592162  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1221  XRE family transcriptional regulator  37.84 
 
 
127 aa  52  3e-06  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.309245  normal  0.121494 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6040  transcriptional regulator, XRE family  56.1 
 
 
134 aa  52  3e-06  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.591688 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2104  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 
174 aa  52  3e-06  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2959  transcriptional regulator, XRE family  52.38 
 
 
141 aa  52  3e-06  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.676432  normal  0.753241 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7198  transcriptional regulator, XRE family  56.1 
 
 
134 aa  51.6  3e-06  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0637638 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4530  XRE family transcriptional regulator  46.81 
 
 
152 aa  51.6  3e-06  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3038  XRE family transcriptional regulator  43.14 
 
 
140 aa  51.2  4e-06  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6073  XRE family transcriptional regulator  48.98 
 
 
148 aa  51.2  4e-06  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0045  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 
139 aa  51.2  4e-06  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  7.42068e-06  hitchhiker  6.14145e-11 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3177  XRE family transcriptional regulator  54.76 
 
 
142 aa  51.2  5e-06  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0647326  normal  0.0138701 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2429  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 
143 aa  50.8  6e-06  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.214939  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3398  XRE family transcriptional regulator  52.5 
 
 
180 aa  50.8  6e-06  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1118  putative transcriptional regulator  46.81 
 
 
213 aa  50.8  6e-06  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0230  transcriptional regulator, XRE family  54.76 
 
 
137 aa  50.8  6e-06  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.737224  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2071  Cro/CI family transcriptional regulator  47.62 
 
 
137 aa  50.4  8e-06  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0247654  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3777  XRE family transcriptional regulator  57.5 
 
 
125 aa  50.4  8e-06  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR2159  Cro/CI family transcriptional regulator  47.62 
 
 
137 aa  50.4  8e-06  Brucella suis 1330  Bacteria  unclonable  3.14405e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3762  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 
135 aa  49.7  1e-05  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.117326  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1248  DNA-binding protein  45.24 
 
 
137 aa  50.1  1e-05  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.821781  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5225  XRE family transcriptional regulator  52.38 
 
 
140 aa  50.1  1e-05  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3522  helix-turn-helix domain-containing protein  31.48 
 
 
135 aa  49.7  1e-05  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0894  transcriptional regulator  53.66 
 
 
215 aa  49.7  1e-05  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6134  XRE family transcriptional regulator  31.96 
 
 
139 aa  50.1  1e-05  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.577442 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8067  transcriptional regulator  50 
 
 
146 aa  50.1  1e-05  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.262846  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3923  XRE family transcriptional regulator  47.62 
 
 
140 aa  50.1  1e-05  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.680179  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1563  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 
135 aa  48.9  2e-05  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2958  transcriptional regulator HTH family  51.16 
 
 
134 aa  49.3  2e-05  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4093  transcriptional regulator, XRE family  40.32 
 
 
121 aa  48.9  2e-05  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9533  transcriptional regulator Cro/CI family  56.1 
 
 
141 aa  48.9  2e-05  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.140693  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2278  XRE family transcriptional regulator  58.54 
 
 
136 aa  49.3  2e-05  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.504941  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3125  XRE family transcriptional regulator  52.38 
 
 
162 aa  48.9  2e-05  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.412901  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0026  XRE family transcriptional regulator  52.5 
 
 
144 aa  48.5  3e-05  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.153059  normal  0.660956 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0591  XRE family transcriptional regulator  42 
 
 
113 aa  48.1  4e-05  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0154  helix-turn-helix domain-containing protein  51.22 
 
 
134 aa  47.8  5e-05  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2160  transcriptional regulator, XRE family  44.68 
 
 
134 aa  47.8  5e-05  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.468793  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1020  XRE family transcriptional regulator  51.22 
 
 
149 aa  47.8  5e-05  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.638142  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1041  helix-turn-helix domain-containing protein  50 
 
 
142 aa  47.8  5e-05  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0368815 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2456  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 
134 aa  47.8  5e-05  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.214066  normal  0.20041 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0971  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 
135 aa  47.8  5e-05  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.508784  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1168  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 
142 aa  47.8  6e-05  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.092853  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0066  XRE family transcriptional regulator  54.76 
 
 
146 aa  47.4  6e-05  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0319384  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4795  transcriptional regulator, XRE family  44.44 
 
 
134 aa  47.4  6e-05  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0939257  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3608  XRE family transcriptional regulator  46 
 
 
130 aa  47  9e-05  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0155  helix-turn-helix domain-containing protein  52.38 
 
 
135 aa  46.6  0.0001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4413  transcriptional regulator, XRE family  38.71 
 
 
121 aa  46.2  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.465238  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3790  XRE family transcriptional regulator  52.5 
 
 
129 aa  44.7  0.0005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  hitchhiker  2.1488e-06 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3505  transcriptional regulator, XRE family  44.68 
 
 
135 aa  43.1  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.497351 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2727  transcriptional regulator, XRE family  43.48 
 
 
133 aa  43.1  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3628  transcriptional regulator, XRE family  42.55 
 
 
135 aa  42.7  0.002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.422451  normal  0.286276 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3305  helix-turn-helix domain-containing protein  42.55 
 
 
135 aa  42.7  0.002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.875341  normal  0.568841 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9872  hypothetical protein  33.96 
 
 
158 aa  41.6  0.003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3914  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 
81 aa  41.6  0.003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5909  transcriptional regulator, XRE family  30.88 
 
 
149 aa  41.6  0.004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.27764  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4238  XRE family transcriptional regulator  32.73 
 
 
154 aa  40.8  0.007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0673449  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5734  XRE family transcriptional regulator  44.68 
 
 
124 aa  40.4  0.008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4492  XRE family transcriptional regulator  45.24 
 
 
135 aa  40  0.01  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>