More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2349 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_2349  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
260 aa  517  1e-146  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.482868  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1339  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  73.08 
 
 
259 aa  384  1e-105  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0406347 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1985  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  73.08 
 
 
261 aa  375  1e-103  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.274604 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1803  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  70 
 
 
259 aa  368  1e-101  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.560822  normal  0.0105475 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1207  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  68.46 
 
 
259 aa  359  2e-98  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2538  Short-chain dehydrogenase/reductase  70.77 
 
 
259 aa  357  9.999999999999999e-98  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1197  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  70.77 
 
 
264 aa  357  9.999999999999999e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0866404 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2505  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.08 
 
 
262 aa  303  3.0000000000000004e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.80685  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1983  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.85 
 
 
263 aa  298  5e-80  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2383  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.46 
 
 
263 aa  296  2e-79  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.378112  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.26 
 
 
259 aa  296  2e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.861645  normal  0.226141 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1303  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.77 
 
 
259 aa  295  4e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.154867  normal  0.0871554 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2186  dehydrogenase/reductase oxidoreductase protein  60.77 
 
 
263 aa  295  6e-79  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.158551  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3257  putative 3-oxoacyl-acyl carrier protein reductase  58.98 
 
 
259 aa  294  1e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0566153  normal  0.418945 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2208  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.94 
 
 
259 aa  292  4e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.336154  normal  0.942948 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.94 
 
 
259 aa  292  4e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5619  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.77 
 
 
277 aa  290  1e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0753007  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0986  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.94 
 
 
278 aa  290  1e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.38 
 
 
259 aa  285  5e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.400056 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1680  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.98 
 
 
285 aa  283  1.0000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0641216  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.98 
 
 
259 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1210  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  57.2 
 
 
260 aa  278  5e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.475284  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3795  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.98 
 
 
260 aa  278  6e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1017  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  58.98 
 
 
325 aa  276  2e-73  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.85 
 
 
264 aa  275  7e-73  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1388  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  58.98 
 
 
259 aa  268  5e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1882  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  58.98 
 
 
259 aa  268  7e-71  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0800306  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1234  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  58.98 
 
 
259 aa  268  7e-71  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1078  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  58.98 
 
 
259 aa  268  7e-71  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.296983  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0789  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  58.98 
 
 
259 aa  268  7e-71  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0355352  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0361  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  58.98 
 
 
259 aa  268  7e-71  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0730868  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1243  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  58.98 
 
 
259 aa  268  7e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.00809972  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2744  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.04 
 
 
276 aa  267  1e-70  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5391  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.53 
 
 
265 aa  267  2e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.602708  normal  0.800249 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16730  glucose/ribitol dehydrogenase family protein  56.81 
 
 
262 aa  264  1e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.681173  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1256  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.62 
 
 
264 aa  263  2e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1879  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.42 
 
 
260 aa  261  6e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3830  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.25 
 
 
259 aa  260  1e-68  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1226  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.62 
 
 
263 aa  259  2e-68  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3195  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.79 
 
 
264 aa  260  2e-68  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.857266  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1080  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.68 
 
 
276 aa  260  2e-68  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1722  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.47 
 
 
259 aa  258  8e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.736401  normal  0.528714 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0791  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.91 
 
 
238 aa  258  8e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.1335 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1537  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.15 
 
 
259 aa  256  3e-67  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.460679  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1641  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.54 
 
 
260 aa  256  3e-67  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.285403  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2024  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.6 
 
 
258 aa  255  4e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.298877  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.03 
 
 
260 aa  253  2.0000000000000002e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03629  oxidoreductase  52.16 
 
 
258 aa  249  2e-65  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3177  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.28 
 
 
258 aa  249  4e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.567568 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1500  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.64 
 
 
260 aa  248  8e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2540  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  53.28 
 
 
258 aa  248  1e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00698134 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3876  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.94 
 
 
264 aa  247  1e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3053  oxidoreductase  56.42 
 
 
260 aa  246  3e-64  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.42458  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2101  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.61 
 
 
259 aa  241  9e-63  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.511281  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0130  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.66 
 
 
259 aa  241  1e-62  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000437524  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1811  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.61 
 
 
259 aa  233  3e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.930185  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4114  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.27 
 
 
259 aa  222  6e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.245647 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0589  putative short-chain dehydrogenase/reductase  47.86 
 
 
259 aa  216  4e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.398549  normal  0.212573 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2277  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.67 
 
 
259 aa  213  1.9999999999999998e-54  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1891  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.48 
 
 
259 aa  207  2e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6431  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.35 
 
 
247 aa  202  4e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.417621 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3777  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.96 
 
 
262 aa  201  9.999999999999999e-51  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1545  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.91 
 
 
261 aa  198  7.999999999999999e-50  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00435006  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0758  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.46 
 
 
262 aa  185  7e-46  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1580  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 
237 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.44 
 
 
248 aa  183  2.0000000000000003e-45  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0734499  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1077  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.41 
 
 
262 aa  183  2.0000000000000003e-45  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0923  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.58 
 
 
261 aa  181  2e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1646  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.39 
 
 
237 aa  180  2e-44  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0112  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.69 
 
 
263 aa  180  2e-44  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1799  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.98 
 
 
261 aa  179  4.999999999999999e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1090  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.68 
 
 
262 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.538623 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1089  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.76 
 
 
260 aa  177  2e-43  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0013  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.34 
 
 
260 aa  174  9.999999999999999e-43  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1391  NAD/NADP dependent oxidoreductase  41.86 
 
 
261 aa  174  1.9999999999999998e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.38 
 
 
261 aa  172  2.9999999999999996e-42  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.199007  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0839  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.8 
 
 
263 aa  173  2.9999999999999996e-42  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.544381  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0044  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.97 
 
 
259 aa  171  1e-41  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.0333473 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3570  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.61 
 
 
259 aa  171  2e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00199675 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3307  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.38 
 
 
266 aa  169  3e-41  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0047  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.15 
 
 
260 aa  166  4e-40  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1551  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.19 
 
 
261 aa  165  8e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00433657 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0941  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.91 
 
 
262 aa  161  9e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.163833  normal 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4522  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
261 aa  161  1e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1821  short chain dehydrogenase  34.77 
 
 
264 aa  161  1e-38  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.174023  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0462  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.7 
 
 
267 aa  160  3e-38  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5846  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.58 
 
 
262 aa  159  4e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.704953 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0968  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.77 
 
 
261 aa  158  7e-38  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.274647 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.8 
 
 
245 aa  157  1e-37  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.35981 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1462  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.81 
 
 
261 aa  155  8e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7299  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.31 
 
 
260 aa  151  1e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07435  putative short-chain dehydrogenase/reductase  32.81 
 
 
269 aa  150  1e-35  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.492431  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0311  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.6 
 
 
262 aa  149  3e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3844  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.86 
 
 
257 aa  150  3e-35  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0315057  normal  0.582541 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5987  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
260 aa  149  6e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.389039  normal  0.0700115 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1623  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.31 
 
 
261 aa  143  3e-33  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5680  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
261 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.283398  normal  0.300878 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2582  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.26 
 
 
262 aa  140  1.9999999999999998e-32  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0883  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.36 
 
 
264 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2415  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.85 
 
 
255 aa  140  3e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0149136  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>