91 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2307 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_2307  cytochrome c1  100 
 
 		 450 aa  870    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.334325  decreased coverage  0.0079978 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3276  cytochrome c1  65.68 
 
 		 264 aa  328  1.0000000000000001e-88  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2812  cytochrome c1  64.66 
 
 		 263 aa  328  1.0000000000000001e-88  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.241158  normal  0.375315 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2801  cytochrome c1  60.54 
 
 		 286 aa  322  6e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.824407  normal  0.36289 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0061  cytochrome c1  59.77 
 
 		 285 aa  317  2e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.197339  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1394  cytochrome c1 precursor  59.77 
 
 		 285 aa  317  2e-85  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0327  cytochrome c1  60.78 
 
 		 269 aa  287  2.9999999999999996e-76  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.684295 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7535  cytochrome c1  44.09 
 
 		 298 aa  199  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.834957  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3799  cytochrome c1  44.76 
 
 		 297 aa  199  1.0000000000000001e-49  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.76494 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1625  cytochrome c1  44.32 
 
 		 290 aa  196  7e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.2127  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6796  cytochrome c1  43.31 
 
 		 298 aa  195  1e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.866248  normal  0.878245 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2164  cytochrome c1  45.91 
 
 		 281 aa  193  6e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.497281  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3203  cytochrome c1  43.37 
 
 		 284 aa  192  1e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.457448  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1490  putative ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome c1  45.56 
 
 		 318 aa  192  1e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.531378  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1541  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome c1, putative  45.56 
 
 		 295 aa  191  2e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.152528  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0465  cytochrome c1  42.63 
 
 		 302 aa  189  1e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2244  cytochrome c1  42.86 
 
 		 262 aa  186  5e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0400916  normal  0.437532 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0925  cytochrome c1  39.62 
 
 		 690 aa  186  5e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2616  cytochrome c1  40.72 
 
 		 687 aa  184  2.0000000000000003e-45  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.634521  normal  0.325896 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3040  cytochrome c1  44.94 
 
 		 294 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3240  cytochrome c1  39.35 
 
 		 688 aa  183  6e-45  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2776  cytochrome c1  42.91 
 
 		 294 aa  180  4e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.984815  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2301  cytochrome b/c1  43.98 
 
 		 688 aa  179  7e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.840642 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1303  cytochrome c1  43.55 
 
 		 689 aa  177  3e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2544  cytochrome c1  41.5 
 
 		 297 aa  176  5e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2767  cytochrome c1  41.5 
 
 		 297 aa  176  6e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.428022 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0156  cytochrome c1  42.26 
 
 		 285 aa  176  8e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.221677 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1539  cytochrome c1  41.43 
 
 		 289 aa  175  1.9999999999999998e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.432409 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1343  cytochrome c1  39.13 
 
 		 269 aa  169  8e-41  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.035457  normal  0.0260958 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0703  cytochrome c1  38.04 
 
 		 284 aa  168  2e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.403643  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1201  cytochrome c1  40.64 
 
 		 689 aa  167  4e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0510  cytochrome c1  36.78 
 
 		 251 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  decreased coverage  0.00016133  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0676  cytochrome c1  40.65 
 
 		 271 aa  160  3e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.140638  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1394  cytochrome c1  39.69 
 
 		 280 aa  160  3e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.256671 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0362  cytochrome c1  38.13 
 
 		 272 aa  158  2e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0522  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome c1  36.36 
 
 		 252 aa  158  2e-37  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0503999  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0738  cytochrome c1  35.6 
 
 		 269 aa  155  1e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0973071 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0626  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome c1  35.51 
 
 		 256 aa  153  5.9999999999999996e-36  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.415478  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1385  cytochrome c1  37.1 
 
 		 688 aa  147  3e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2472  cytochrome c1  39.43 
 
 		 307 aa  146  6e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.546369  normal  0.0330424 
 
 
-
 
NC_002978  WD1070  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome c1  34.96 
 
 		 252 aa  145  2e-33  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00357  Ubiquinol-cytochrome c reductase (Eurofung)  38.72 
 
 		 316 aa  132  1.0000000000000001e-29  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0356  cytochrome c1  32.33 
 
 		 277 aa  127  4.0000000000000003e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000188446  normal  1 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_86147  cytochrome c1  34.55 
 
 		 288 aa  122  1.9999999999999998e-26  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.216039 
 
 
-
 
NC_006691  CNF00630  electron transporter, transferring electrons within CoQH2-cytochrome c reductase complex, putative  32.92 
 
 		 320 aa  115  1.0000000000000001e-24  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0899568  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0277  cytochrome c1  36.64 
 
 		 253 aa  112  1.0000000000000001e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_26515  predicted protein  33.07 
 
 		 272 aa  111  3e-23  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009370  OSTLU_28125  predicted protein  34.31 
 
 		 251 aa  101  3e-20  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.138363  normal  0.0229296 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2946  cytochrome c1  32.58 
 
 		 243 aa  81.3  0.00000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3199  cytochrome c1  25.91 
 
 		 231 aa  70.9  0.00000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.663491  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0823  cytochrome c1  27.87 
 
 		 255 aa  67.4  0.0000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.862192  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2107  cytochrome c1  25.1 
 
 		 242 aa  67.4  0.0000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0560179  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0993  cytochrome c1  26.18 
 
 		 219 aa  65.1  0.000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.697791  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0572  cytochrome c1  24.57 
 
 		 233 aa  63.9  0.000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00834423  normal  0.355949 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3933  cytochrome c1  25.1 
 
 		 253 aa  62.4  0.00000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.563228 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0610  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome c1  23.89 
 
 		 231 aa  62  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4164  cytochrome c1  23.91 
 
 		 233 aa  62  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0116839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0751  cytochrome c1  24.79 
 
 		 250 aa  60.8  0.00000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0945236  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2217  cytochrome c1  24.89 
 
 		 247 aa  60.1  0.00000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.123472 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0603  cytochrome c1  23.91 
 
 		 232 aa  60.1  0.00000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0224721  hitchhiker  0.00000571786 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0564  cytochrome c1  24.35 
 
 		 231 aa  60.1  0.00000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000336048  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3704  cytochrome c1  24.35 
 
 		 231 aa  59.7  0.0000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00197574  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3305  cytochrome c1  25.11 
 
 		 244 aa  59.3  0.0000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3426  cytochrome c1  23.91 
 
 		 232 aa  59.3  0.0000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0003058  normal  0.104383 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0604  cytochrome c1  23.91 
 
 		 232 aa  59.3  0.0000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000593  normal  0.0809473 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3887  cytochrome c1  23.58 
 
 		 232 aa  58.9  0.0000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.312992  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3761  cytochrome c1  23.58 
 
 		 232 aa  58.9  0.0000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000196164  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2927  putative cytochrome C1 precursor transmembrane protein  27.16 
 
 		 248 aa  58.2  0.0000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0851  cytochrome c1 precursor  24.18 
 
 		 255 aa  57  0.0000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.815731 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0803  cytochrome c1  22.92 
 
 		 233 aa  56.6  0.0000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000755074  hitchhiker  0.00778647 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3534  cytochrome c1  23.45 
 
 		 231 aa  55.8  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000922213  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3694  cytochrome c1  23.27 
 
 		 251 aa  56.2  0.000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2966  cytochrome c1  23.53 
 
 		 257 aa  55.5  0.000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.278076  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5501  cytochrome c1  21.99 
 
 		 251 aa  55.8  0.000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.224998 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3274  cytochrome c1  23.04 
 
 		 232 aa  55.1  0.000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0283583  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3019  ubiquinol-cytochrome c reductase cytochrome c1 subunit  23.81 
 
 		 232 aa  55.1  0.000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00018062  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0811  cytochrome c1  25.85 
 
 		 239 aa  53.9  0.000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000393598  hitchhiker  0.0000113285 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0791  cytochrome c1  23.05 
 
 		 251 aa  53.5  0.000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.174357 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0754  cytochrome c1  23.05 
 
 		 251 aa  52.8  0.00001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1422  ubiquinol cytochrome c1 reductase  25.9 
 
 		 237 aa  52.4  0.00001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00068249  normal  0.213297 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1202  cytochrome c1  24.28 
 
 		 257 aa  52  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0297  cytochrome c1  23.18 
 
 		 240 aa  52.4  0.00002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.434279  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2872  ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome c1  24.79 
 
 		 243 aa  52  0.00002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0293144  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1363  cytochrome c1  28.27 
 
 		 249 aa  52  0.00002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0920969  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1943  ubiquinol cytochrome C oxidoreductase, cytochrome C1 subunit  25.24 
 
 		 253 aa  50.1  0.00007  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.810872  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1878  cytochrome c1  25.52 
 
 		 253 aa  49.7  0.0001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.744991  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1585  cytochrome c1  25.42 
 
 		 237 aa  48.1  0.0003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.881213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0794  cytochrome c1  24.09 
 
 		 239 aa  47.8  0.0004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0108816  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3078  cellulosome anchoring protein, cohesin region  31.62 
 
 		 2313 aa  45.8  0.002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3509  OmpA/MotB domain-containing protein  50.57 
 
 		 742 aa  43.5  0.008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0607  internalin, putative  30.3 
 
 		 1088 aa  43.5  0.009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>