More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2224 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_02354  malic enzyme  55.21 
 
 
759 aa  840    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1207  Malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating) (NADP(+))., Phosphate acetyltransferase  55.35 
 
 
759 aa  843    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.795246  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1700  malic enzyme  46.64 
 
 
752 aa  657    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2073  malic enzyme  46.64 
 
 
752 aa  638    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000040152  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2786  malic enzyme  55.08 
 
 
759 aa  829    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0144029 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0826  malic enzyme  79.29 
 
 
759 aa  1226    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.214275  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2123  malic enzyme  54.44 
 
 
773 aa  808    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.223978  normal  0.897782 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2767  malic enzyme  57.58 
 
 
781 aa  833    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0582903  normal  0.182467 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1095  malic enzyme  54.56 
 
 
766 aa  766    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1969  malic enzyme  54.79 
 
 
756 aa  825    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.725411  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0207  malic enzyme  55.39 
 
 
764 aa  813    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.850785 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3439  malic enzyme  56.65 
 
 
771 aa  833    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.992172  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1112  malic enzyme  55.12 
 
 
769 aa  798    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1017  malic enzyme  59.27 
 
 
774 aa  861    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3524  malic enzyme  54.79 
 
 
756 aa  825    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.753922  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0224  malic enzyme  54.7 
 
 
773 aa  819    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1010  malic enzyme  55.7 
 
 
765 aa  792    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0551739 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4759  malic enzyme  56.05 
 
 
770 aa  822    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1646  malic enzyme  55.54 
 
 
774 aa  790    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.186396  normal  0.429541 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0274  malic enzyme  82.72 
 
 
759 aa  1269    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2477  malic enzyme  56.65 
 
 
769 aa  831    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.622597  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2586  malic enzyme  54.79 
 
 
756 aa  825    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0622  malic enzyme  57.68 
 
 
777 aa  844    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0117628  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0396  malic enzyme  56.65 
 
 
769 aa  831    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.113138  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0984  malic enzyme  59.41 
 
 
774 aa  860    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1367  malic enzyme  52.6 
 
 
779 aa  805    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0666  malic enzyme  56.82 
 
 
759 aa  795    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.121288  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3943  malic enzyme  56 
 
 
758 aa  834    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00128716  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2441  malic enzyme  54.3 
 
 
777 aa  801    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2847  malic enzyme  55.44 
 
 
774 aa  806    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3722  malic enzyme  52.73 
 
 
766 aa  759    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0807  malic enzyme  54.17 
 
 
768 aa  767    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1587  malic enzyme  56.8 
 
 
760 aa  822    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0019  malic enzyme  54.79 
 
 
773 aa  826    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3474  malic enzyme  56.65 
 
 
769 aa  833    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4106  malic enzyme  56.59 
 
 
770 aa  819    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1904  malic enzyme  52.05 
 
 
755 aa  718    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.894987  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3484  malic enzyme  46.58 
 
 
749 aa  645    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3472  malic enzyme  55.35 
 
 
759 aa  851    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.382642  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1593  malic enzyme  83.25 
 
 
759 aa  1271    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3417  malic enzyme  54.58 
 
 
756 aa  828    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.154841  normal  0.983896 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3713  malic enzyme  56.03 
 
 
785 aa  829    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.302892  normal  0.094119 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2662  malic enzyme  54.29 
 
 
782 aa  778    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1637  malic enzyme  48.39 
 
 
752 aa  686    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000270094  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0246  malic enzyme  83.25 
 
 
759 aa  1273    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1029  malic enzyme  54.69 
 
 
764 aa  841    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4071  malic enzyme  54.71 
 
 
776 aa  781    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2289  malic enzyme  52.53 
 
 
757 aa  766    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.999733  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2754  malic enzyme  57.1 
 
 
780 aa  832    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.223736  normal  0.851039 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1189  malic enzyme  56.92 
 
 
768 aa  838    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3110  malic enzyme  54.92 
 
 
756 aa  831    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1558  malic enzyme  59.49 
 
 
770 aa  845    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0734911  normal  0.266658 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2497  malic enzyme  56.55 
 
 
769 aa  789    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0220  malic enzyme  54.71 
 
 
756 aa  826    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.667581  hitchhiker  0.000000000555006 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3876  malic enzyme  57.62 
 
 
769 aa  870    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.201393 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0827  malic enzyme  57.22 
 
 
777 aa  820    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.345965 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3467  malic enzyme  46.33 
 
 
752 aa  639    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2989  malic enzyme  78.23 
 
 
758 aa  1172    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.210734  normal  0.136113 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0093  malic enzyme  55.44 
 
 
769 aa  827    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.351367  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1424  malic enzyme  54.71 
 
 
771 aa  796    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2337  malic enzyme  57.14 
 
 
769 aa  808    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.59426 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1421  malic enzyme  54.86 
 
 
767 aa  800    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.225568 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4858  malic enzyme  54.79 
 
 
772 aa  805    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.633507  normal  0.0500953 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0283  malic enzyme  54.81 
 
 
760 aa  833    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00767286 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0557  malic enzyme  55.76 
 
 
779 aa  819    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.214152 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3355  malic enzyme  55.76 
 
 
772 aa  819    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3533  malic enzyme  54.79 
 
 
756 aa  825    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.78558  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2946  malic enzyme  56.63 
 
 
769 aa  799    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.542462  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3788  malic enzyme  54.79 
 
 
756 aa  825    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2110  malic enzyme  56.57 
 
 
765 aa  830    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0997  malic enzyme  52.47 
 
 
777 aa  800    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.158987  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0878  malic enzyme  54.08 
 
 
773 aa  799    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.716606  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3046  malic enzyme  55.7 
 
 
774 aa  805    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.472837  normal  0.553113 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1573  malic enzyme  77.7 
 
 
759 aa  1219    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1277  malic enzyme  55.35 
 
 
759 aa  833    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2741  malic enzyme  55.48 
 
 
759 aa  843    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0148  malic enzyme  56.57 
 
 
785 aa  828    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.723527  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2788  malic enzyme  54.18 
 
 
756 aa  825    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2958  malic enzyme  55.75 
 
 
759 aa  858    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.692294 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1536  malic enzyme  56.04 
 
 
770 aa  816    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2100  malic enzyme  59.01 
 
 
774 aa  836    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.921998  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2106  malic enzyme  55.47 
 
 
765 aa  815    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.12577  normal  0.161239 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0465  malic enzyme  52.48 
 
 
755 aa  775    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00312155  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3476  malic enzyme  56.65 
 
 
769 aa  833    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3849  malic enzyme  54.79 
 
 
756 aa  825    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.416227  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0246  malic enzyme  56.89 
 
 
776 aa  878    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.838857  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1256  malic enzyme  56.65 
 
 
769 aa  831    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1269  malic enzyme  52.34 
 
 
779 aa  820    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.525931  normal  0.614845 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0237  malic enzyme  54.97 
 
 
756 aa  827    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0532  malic enzyme  56.16 
 
 
766 aa  829    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4462  malic enzyme  54.77 
 
 
766 aa  787    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.668544  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3309  malic enzyme  56.65 
 
 
769 aa  831    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0318  malic enzyme  54.18 
 
 
756 aa  825    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0631  malic enzyme  56.57 
 
 
785 aa  828    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3496  malic enzyme  54.11 
 
 
766 aa  781    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.404926 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3143  malic enzyme  58.24 
 
 
760 aa  829    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.231587  normal  0.133413 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2592  malic enzyme  55.35 
 
 
759 aa  843    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3123  malic enzyme  54.79 
 
 
756 aa  825    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6030  malic enzyme  56.85 
 
 
769 aa  818    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2224  malic enzyme  100 
 
 
759 aa  1546    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>