More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1863 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1863  integration host factor subunit alpha  100 
 
 		 102 aa  205  2e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00832208  normal  0.529294 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0913  integration host factor subunit alpha  83.84 
 
 		 100 aa  174  3e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1721  integration host factor subunit alpha  82.18 
 
 		 101 aa  171  1.9999999999999998e-42  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.20238 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2611  integration host factor subunit alpha  82.83 
 
 		 100 aa  170  5e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1913  integration host factor subunit alpha  82.83 
 
 		 100 aa  170  5e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.749601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1269  integration host factor subunit alpha  82.83 
 
 		 100 aa  170  5e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.272817 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1783  integration host factor subunit alpha  81.82 
 
 		 100 aa  165  2e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.783563  normal  0.198181 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0830  integration host factor subunit alpha  70.21 
 
 		 112 aa  141  4e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.120813  normal  0.0891496 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1287  integration host factor subunit alpha  68.09 
 
 		 112 aa  139  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.921659  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1198  integration host factor subunit alpha  67.02 
 
 		 112 aa  139  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1147  integration host factor subunit alpha  67.02 
 
 		 111 aa  138  1.9999999999999998e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.205645  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0771  integration host factor subunit alpha  67.02 
 
 		 128 aa  136  8.999999999999999e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.801748  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2518  integration host factor subunit alpha  67.02 
 
 		 107 aa  135  1e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1668  integration host factor, alpha subunit  68.04 
 
 		 105 aa  136  1e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1631  integration host factor subunit alpha  65.96 
 
 		 112 aa  136  1e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0778  integration host factor subunit alpha  67.02 
 
 		 107 aa  135  2e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2924  integration host factor, alpha subunit  70 
 
 		 105 aa  132  9.999999999999999e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0242436  hitchhiker  0.000500218 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4386  integration host factor subunit alpha  65.96 
 
 		 105 aa  132  1.9999999999999998e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1522  integration host factor, alpha subunit  67.02 
 
 		 101 aa  131  3e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00263552  normal  0.735039 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2365  integration host factor subunit alpha  67.02 
 
 		 98 aa  130  6.999999999999999e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3378  integration host factor, alpha subunit  67.78 
 
 		 125 aa  126  9.000000000000001e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.143005 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1417  integration host factor, alpha subunit  63.16 
 
 		 97 aa  126  1.0000000000000001e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.097817  normal  0.411662 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3557  integration host factor subunit alpha  63.83 
 
 		 100 aa  126  1.0000000000000001e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0651  integration host factor, alpha subunit  68.89 
 
 		 112 aa  125  2.0000000000000002e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00749057 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3021  integration host factor subunit alpha  61.46 
 
 		 118 aa  125  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.312717  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1587  integration host factor subunit alpha  57.43 
 
 		 110 aa  124  6e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.526192  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0268  integration host factor, alpha subunit  63.16 
 
 		 104 aa  123  7e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2677  integration host factor subunit alpha  61.96 
 
 		 108 aa  123  7e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00137939  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2651  integration host factor subunit alpha  61.96 
 
 		 123 aa  123  9e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.030982  normal  0.0609514 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2016  histone family protein DNA-binding protein  59.18 
 
 		 108 aa  122  1e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4630  integration host factor subunit alpha  63.33 
 
 		 119 aa  122  1e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00633863  normal  0.0311538 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1408  integration host factor subunit alpha  62.22 
 
 		 106 aa  122  1e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.422535  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2687  integration host factor subunit alpha  61.96 
 
 		 123 aa  123  1e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.48286  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6231  integration host factor, alpha subunit  59.79 
 
 		 104 aa  122  2e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.75949  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7074  integration host factor, alpha subunit  60.64 
 
 		 105 aa  120  5e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.15437  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2055  histone family protein DNA-binding protein  58.16 
 
 		 108 aa  119  9.999999999999999e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.283238 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2330  histone family protein DNA-binding protein  58.16 
 
 		 108 aa  119  9.999999999999999e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.45414 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0639  integration host factor subunit alpha  59.57 
 
 		 103 aa  119  1.9999999999999998e-26  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3967  histone family protein DNA-binding protein  56.12 
 
 		 106 aa  116  9.999999999999999e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.225814  normal  0.0228483 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4986  histone family protein DNA-binding protein  57.73 
 
 		 105 aa  111  3e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.777024  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3294  integration host factor, alpha subunit  60.64 
 
 		 105 aa  110  4.0000000000000004e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.13347 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3032  integration host factor subunit alpha  57.45 
 
 		 100 aa  111  4.0000000000000004e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.814183  normal  0.51505 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0433  integration host factor subunit alpha  56.7 
 
 		 101 aa  110  6e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1456  integration host factor, alpha subunit  54.35 
 
 		 99 aa  109  1.0000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.405955  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0762  integration host factor subunit alpha  56.52 
 
 		 101 aa  108  3e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.306695  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1969  integration host factor subunit alpha  51.09 
 
 		 113 aa  108  4.0000000000000004e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.0019696  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1909  integration host factor subunit alpha  52.87 
 
 		 113 aa  107  8.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1994  integration host factor subunit alpha  52.87 
 
 		 113 aa  107  8.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.110028  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0846  integration host factor subunit alpha  54.44 
 
 		 98 aa  105  2e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000670658  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1583  integration host factor subunit alpha  51.61 
 
 		 101 aa  105  2e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1604  integration host factor subunit alpha  51.06 
 
 		 99 aa  105  2e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0316087  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1146  integration host factor subunit alpha  52.75 
 
 		 99 aa  105  3e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0580836  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1710  integration host factor subunit alpha  50 
 
 		 99 aa  104  3e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.707381  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1792  integration host factor subunit alpha  53.33 
 
 		 99 aa  104  4e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.704445  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2055  integration host factor subunit alpha  49.46 
 
 		 100 aa  104  4e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.549761  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1886  integration host factor, alpha subunit  51.72 
 
 		 99 aa  103  5e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.067674 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1409  integration host factor subunit alpha  56.67 
 
 		 103 aa  103  8e-22  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.0010312  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1472  integration host factor subunit alpha  56.67 
 
 		 103 aa  103  8e-22  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.213571  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1902  integration host factor subunit alpha  50.54 
 
 		 98 aa  103  9e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000352289  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1875  integration host factor subunit alpha  50.54 
 
 		 98 aa  103  9e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00111351  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1909  integration host factor subunit alpha  50.54 
 
 		 98 aa  103  9e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000003309  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2417  integration host factor subunit alpha  50.54 
 
 		 98 aa  103  9e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000508912  hitchhiker  0.0000292071 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1830  integration host factor subunit alpha  50.54 
 
 		 98 aa  103  9e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00321456  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01681  integration host factor subunit alpha  52.22 
 
 		 99 aa  102  1e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00950044  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1930  integration host factor, alpha subunit  52.22 
 
 		 99 aa  102  1e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000106762  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01670  hypothetical protein  52.22 
 
 		 99 aa  102  1e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00452626  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1730  integration host factor subunit alpha  52.81 
 
 		 99 aa  102  1e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.976876  normal  0.494462 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2596  integration host factor subunit alpha  47.92 
 
 		 98 aa  102  1e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.184859  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1478  integration host factor subunit alpha  52.22 
 
 		 99 aa  102  1e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2047  integration host factor subunit alpha  51.11 
 
 		 99 aa  102  1e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0240665  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2006  integration host factor subunit alpha  52.22 
 
 		 99 aa  102  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.608113 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2087  integration host factor subunit alpha  50.54 
 
 		 98 aa  103  1e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1834  integration host factor subunit alpha  52.22 
 
 		 99 aa  102  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.155105  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003703  integration host factor alpha subunit  53.93 
 
 		 98 aa  102  1e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.281505  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1467  integration host factor subunit alpha  52.22 
 
 		 99 aa  102  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1434  integration host factor subunit alpha  52.22 
 
 		 99 aa  102  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0289441 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02112  integration host factor subunit alpha  53.33 
 
 		 98 aa  102  1e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1954  integration host factor subunit alpha  52.22 
 
 		 99 aa  102  1e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.57207  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1865  integration host factor subunit alpha  50 
 
 		 98 aa  103  1e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1982  integration host factor subunit alpha  52.17 
 
 		 100 aa  102  1e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0219997  normal  0.264768 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1931  integration host factor subunit alpha  52.22 
 
 		 99 aa  102  1e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000683366  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1450  integration host factor subunit alpha  52.22 
 
 		 99 aa  102  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1894  integration host factor subunit alpha  51.11 
 
 		 98 aa  102  1e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.585308  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2468  integration host factor subunit alpha  47.92 
 
 		 98 aa  102  1e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0406236  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2430  integration host factor subunit alpha  52.22 
 
 		 99 aa  102  1e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.446554  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1957  integration host factor subunit alpha  51.11 
 
 		 99 aa  102  1e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.126843  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1810  integration host factor subunit alpha  50 
 
 		 98 aa  102  1e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2167  integration host factor subunit alpha  50 
 
 		 98 aa  102  1e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0460926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1919  integration host factor subunit alpha  52.22 
 
 		 99 aa  102  1e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.445655 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28720  integration host factor subunit alpha  52.17 
 
 		 100 aa  102  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000206678  hitchhiker  0.00000000749265 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2510  integration host factor subunit alpha  52.17 
 
 		 100 aa  102  1e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2471  integration host factor subunit alpha  52.17 
 
 		 100 aa  102  2e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1973  integration host factor subunit alpha  52.17 
 
 		 100 aa  102  2e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0364622 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2186  integration host factor subunit alpha  51.11 
 
 		 98 aa  102  2e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.874244  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3475  integration host factor subunit alpha  52.17 
 
 		 100 aa  102  2e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.981005  hitchhiker  0.00278356 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1951  integration host factor subunit alpha  47.92 
 
 		 98 aa  102  2e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0689999  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3219  integration host factor subunit alpha  52.17 
 
 		 100 aa  102  2e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.327028 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2384  integration host factor, alpha subunit  52.17 
 
 		 100 aa  102  3e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0917658  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2168  integration host factor subunit alpha  52.17 
 
 		 100 aa  102  3e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.895191  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1937  integration host factor subunit alpha  52.17 
 
 		 100 aa  102  3e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0682795  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>