More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1690 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_1690  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  100 
 
 
147 aa  297  3e-80  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0968234  normal  0.880736 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0854  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  55.1 
 
 
151 aa  160  4.0000000000000004e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0962468 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1789  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  51.77 
 
 
147 aa  160  6e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0932  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  57.69 
 
 
157 aa  145  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.193956 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0968  rrf2 family transcriptional regulator  57.69 
 
 
157 aa  145  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.438038  normal  0.0231013 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0101  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  51.13 
 
 
146 aa  144  3e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.464439  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3071  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  49.65 
 
 
145 aa  145  3e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0569291  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0908  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  56.92 
 
 
160 aa  144  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.459375  normal  0.322179 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1628  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  46.48 
 
 
147 aa  143  6e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1513  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  52.48 
 
 
146 aa  142  1e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.334315 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2401  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  50.34 
 
 
152 aa  142  2e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0631  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family protein  46.85 
 
 
147 aa  141  3e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1476  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  54.62 
 
 
165 aa  141  3e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0550713 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3642  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  57.04 
 
 
163 aa  140  5e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0315634 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1447  Rrf2 family protein  48.85 
 
 
143 aa  135  2e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0973586  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1866  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  48.85 
 
 
154 aa  135  2e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1973  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  48.32 
 
 
150 aa  135  2e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2545  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  48.61 
 
 
147 aa  134  4e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2014  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  49.62 
 
 
156 aa  134  6.0000000000000005e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2967  hypothetical protein  46.72 
 
 
153 aa  133  6.0000000000000005e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00272013  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1327  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  52.76 
 
 
168 aa  132  9.999999999999999e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.679067  normal  0.833541 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2600  hypothetical protein  46.1 
 
 
143 aa  132  1.9999999999999998e-30  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3397  hypothetical protein  49.62 
 
 
172 aa  131  3e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3341  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  51.09 
 
 
145 aa  130  7.999999999999999e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4066  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  51.09 
 
 
145 aa  130  7.999999999999999e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3608  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  49.26 
 
 
159 aa  130  9e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3286  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  48.12 
 
 
159 aa  129  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2456  hypothetical protein  44.68 
 
 
143 aa  128  3e-29  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2918  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  47.76 
 
 
159 aa  127  4.0000000000000003e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.996999  normal  0.248939 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0056  Rrf2 family protein  45.71 
 
 
151 aa  127  4.0000000000000003e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0941015  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3492  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  45.77 
 
 
150 aa  127  5.0000000000000004e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0226  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  46.94 
 
 
162 aa  127  5.0000000000000004e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3229  hypothetical protein  51.91 
 
 
144 aa  127  6e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2865  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  50.98 
 
 
157 aa  127  6e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.253756  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0763  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  40.12 
 
 
175 aa  126  8.000000000000001e-29  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.897031  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3163  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  45.86 
 
 
166 aa  126  9.000000000000001e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.878205  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0606  Rrf2 family protein  44.44 
 
 
165 aa  125  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2830  Rrf2 family protein  44.44 
 
 
162 aa  125  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2710  putative transcriptional regulator  44.44 
 
 
162 aa  125  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1790  Rrf2 family protein  44.44 
 
 
164 aa  125  2.0000000000000002e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.034935  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1523  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  37.57 
 
 
181 aa  125  2.0000000000000002e-28  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2768  putative transcriptional regulator  44.44 
 
 
162 aa  125  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.356622  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2406  Rrf2 family protein  44.44 
 
 
162 aa  125  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2510  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  45.86 
 
 
166 aa  124  3e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0766  transcriptional repressor NsrR  43.88 
 
 
141 aa  124  4.0000000000000003e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.61103  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3810  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  44.29 
 
 
150 aa  124  4.0000000000000003e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.209804  normal  0.479131 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4881  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  44.29 
 
 
152 aa  124  4.0000000000000003e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0937  transcriptional regulator, TrmB  45.93 
 
 
175 aa  124  5e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.901092 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0518  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  48.48 
 
 
146 aa  124  5e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0438222 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2883  Rrf2 family protein  43.7 
 
 
162 aa  124  6e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1719  putative transcriptional regulator  43.7 
 
 
162 aa  124  6e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.149273  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1786  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  48.12 
 
 
172 aa  123  7e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4279  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  44.97 
 
 
153 aa  123  1e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0328  iron-responsive transcriptional regulator  40.52 
 
 
154 aa  122  1e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.069835 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3815  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  43.57 
 
 
141 aa  122  2e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2243  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  48.41 
 
 
140 aa  122  2e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1758  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  47.37 
 
 
172 aa  122  2e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.106493 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4709  transcriptional repressor NsrR  43.57 
 
 
141 aa  122  2e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6231  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  47.37 
 
 
171 aa  122  2e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1848  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  47.37 
 
 
171 aa  122  2e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4649  transcriptional repressor NsrR  43.57 
 
 
141 aa  122  2e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.317237 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3603  transcriptional repressor NsrR  43.17 
 
 
141 aa  121  3e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0743  hypothetical protein  43.33 
 
 
150 aa  121  3e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.798727  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5149  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  45.27 
 
 
171 aa  121  3e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.911409  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3702  hypothetical protein  43.85 
 
 
151 aa  121  3e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1872  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  47.37 
 
 
171 aa  121  3e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.628801  hitchhiker  0.000127972 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1425  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  44.81 
 
 
161 aa  121  4e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0574582  hitchhiker  0.00433375 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4724  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  44.16 
 
 
156 aa  121  4e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4785  transcriptional repressor NsrR  43.57 
 
 
141 aa  120  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.124056  normal  0.626622 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4635  transcriptional repressor NsrR  43.57 
 
 
141 aa  120  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4645  transcriptional repressor NsrR  43.57 
 
 
141 aa  120  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3446  transcriptional repressor NsrR  43.17 
 
 
141 aa  120  5e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3286  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  46.32 
 
 
142 aa  120  6e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.914657  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2375  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  43.31 
 
 
166 aa  120  7e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.727332 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04045  predicted DNA-binding transcriptional regulator  42.86 
 
 
141 aa  119  9.999999999999999e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.58974  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04007  hypothetical protein  42.86 
 
 
141 aa  119  9.999999999999999e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.7208  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5694  transcriptional repressor NsrR  43.57 
 
 
141 aa  119  9.999999999999999e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.883582  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4221  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  41.43 
 
 
149 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3835  transcriptional repressor NsrR  42.86 
 
 
141 aa  119  9.999999999999999e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.678572  hitchhiker  0.00000129464 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0787  transcriptional repressor NsrR  43.88 
 
 
141 aa  119  9.999999999999999e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.959014  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4421  transcriptional repressor NsrR  42.86 
 
 
141 aa  119  9.999999999999999e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4737  transcriptional repressor NsrR  42.86 
 
 
141 aa  119  9.999999999999999e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0437  transcriptional repressor NsrR  41.01 
 
 
141 aa  119  9.999999999999999e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.900839  unclonable  0.0000000282304 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1800  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  46.15 
 
 
150 aa  118  1.9999999999999998e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2135  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  55.04 
 
 
153 aa  119  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.329942  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4728  transcriptional repressor NsrR  42.86 
 
 
162 aa  118  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.462578  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4764  transcriptional repressor NsrR  42.86 
 
 
162 aa  118  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0252301  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0043  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  41.43 
 
 
151 aa  118  3e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000767573 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2204  Rrf2 family protein  44.44 
 
 
180 aa  118  3e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0131831  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1064  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  45.31 
 
 
143 aa  118  3e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0039  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  41.43 
 
 
151 aa  118  3e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4336  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  41.43 
 
 
151 aa  118  3e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.312159  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0043  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  41.43 
 
 
151 aa  118  3e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0465453  unclonable  0.0000121376 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0361  transcriptional repressor NsrR  40.71 
 
 
141 aa  118  3e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00329253 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4474  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  39.29 
 
 
151 aa  117  4.9999999999999996e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000199058  hitchhiker  0.00000000296889 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0036  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  42.14 
 
 
151 aa  117  4.9999999999999996e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3647  transcriptional repressor NsrR  41.43 
 
 
141 aa  117  4.9999999999999996e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0041  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  40.71 
 
 
151 aa  117  4.9999999999999996e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0191012  hitchhiker  0.000277794 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0039  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  40.71 
 
 
151 aa  117  4.9999999999999996e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.370774  hitchhiker  0.00270297 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0047  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  40.71 
 
 
151 aa  117  4.9999999999999996e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000883142 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>