More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1602 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_1602  TonB-dependent receptor, plug  100 
 
 
652 aa  1320    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.218944 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3532  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  34.84 
 
 
657 aa  298  2e-79  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.339275  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0796  TonB-dependent receptor  33.85 
 
 
649 aa  293  7e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0550386  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3918  TonB-dependent receptor  32.08 
 
 
681 aa  265  2e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06114  hypothetical protein  37.09 
 
 
490 aa  260  5.0000000000000005e-68  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1746  TonB-dependent receptor  29.22 
 
 
668 aa  219  2e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3414  TonB-dependent receptor  30.01 
 
 
687 aa  215  1.9999999999999998e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1906  TonB-dependent receptor  30.04 
 
 
693 aa  202  1.9999999999999998e-50  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1519  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  28.65 
 
 
677 aa  200  7.999999999999999e-50  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0435  heavy metal transport/detoxification protein  27.42 
 
 
668 aa  199  1.0000000000000001e-49  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4268  GntR domain-containing protein  30.1 
 
 
644 aa  198  2.0000000000000003e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0389  TonB-dependent receptor  29.78 
 
 
667 aa  197  5.000000000000001e-49  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1239  TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  27.86 
 
 
646 aa  197  7e-49  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000326  enterobactin receptor VctA  27.02 
 
 
668 aa  194  4e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000334593  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3056  TonB dependent-iron siderophore receptor  29.97 
 
 
644 aa  192  1e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3784  TonB-dependent receptor  29.82 
 
 
644 aa  192  1e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.60396 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0996  enterobactin receptor VctA  26.56 
 
 
659 aa  186  1.0000000000000001e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000420276  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1912  TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  26.89 
 
 
697 aa  180  9e-44  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0648198 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2610  TonB-dependent receptor  28.32 
 
 
665 aa  179  1e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.846582 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1564  TonB-dependent receptor  29.28 
 
 
654 aa  179  1e-43  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.364337  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4401  TonB-dependent receptor  29.06 
 
 
756 aa  178  3e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.78723  normal  0.0995472 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2622  TonB-dependent receptor plug  29.35 
 
 
743 aa  170  8e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00560047  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0296  TonB-dependent receptor  30.34 
 
 
652 aa  167  5.9999999999999996e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1093  TonB dependent receptor domain-containing protein  27.49 
 
 
654 aa  165  3e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1190  TonB dependent receptor domain-containing protein  27.51 
 
 
661 aa  165  3e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0340628  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2159  TonB-dependent receptor  25.39 
 
 
684 aa  163  1e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1017  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  26.47 
 
 
704 aa  152  3e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0112436  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4591  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  26.9 
 
 
743 aa  151  4e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.880102  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4004  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  25.97 
 
 
681 aa  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.371484 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3030  putaive Fe-regulated protein B precursor  25.93 
 
 
693 aa  146  1e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000310305  hitchhiker  0.000241006 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0387  TonB-dependent receptor  28.61 
 
 
683 aa  145  3e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.84983  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1945  TonB-dependent receptor, plug  35.92 
 
 
300 aa  142  9.999999999999999e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.583164  normal  0.445387 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3327  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  25.24 
 
 
688 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0926253  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3235  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  25.44 
 
 
695 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000386167  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0966  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  25 
 
 
696 aa  137  5e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.942987  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3669  heme transport protein  24.12 
 
 
697 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3446  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  25.88 
 
 
717 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.494808  decreased coverage  0.00031135 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1021  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  25.11 
 
 
696 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000037848  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1054  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  25.15 
 
 
696 aa  135  3e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000147815  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3338  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  24.85 
 
 
696 aa  134  6.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000719833  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0952  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  25.22 
 
 
696 aa  133  7.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000391517  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1306  iron-regulated outer membrane protein  23.68 
 
 
692 aa  133  7.999999999999999e-30  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000656516  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0790  TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  25.14 
 
 
690 aa  133  1.0000000000000001e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000110471  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2415  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  23.31 
 
 
779 aa  126  2e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1935  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  25.67 
 
 
722 aa  123  9e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4191  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  24.96 
 
 
734 aa  120  6e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.398881  normal  0.278972 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2296  TonB-dependent receptor  26.5 
 
 
752 aa  120  7e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.339438 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2354  TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  24.04 
 
 
778 aa  120  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.548378  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0162  TonB-dependent iron siderophore receptor  25.26 
 
 
778 aa  119  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0859  TonB-dependent haemoglobin/transferrin/lactoferrin receptor  23.96 
 
 
676 aa  117  7.999999999999999e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.32697  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2132  TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  26.13 
 
 
689 aa  117  8.999999999999998e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.100193  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1973  TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  23.97 
 
 
783 aa  115  3e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.41369  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004277  TonB-dependent heme receptor  25.31 
 
 
730 aa  112  2.0000000000000002e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1110  TonB-dependent receptor domain-containing protein  24.19 
 
 
716 aa  111  5e-23  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000158  TonB-dependent heme and hemoglobin receptor HutA  29.03 
 
 
693 aa  111  5e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00497898  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2503  TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  29.18 
 
 
744 aa  110  9.000000000000001e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.955771  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2169  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  25.6 
 
 
694 aa  108  3e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.108589 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0347  TonB-dependent receptor, plug  24.05 
 
 
670 aa  106  1e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4195  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  23.16 
 
 
849 aa  105  2e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05789  hypothetical protein  29.6 
 
 
712 aa  103  1e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47380  putative heme utilization protein precursor  23.32 
 
 
851 aa  99.8  1e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0440985  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2957  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  27.21 
 
 
739 aa  99  2e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.910627 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0519  heme transport protein HutA  28.08 
 
 
698 aa  99  3e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0650  hemin receptor precursor  22.29 
 
 
676 aa  98.2  4e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.332086 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1599  TonB-dependent receptor, plug  25.77 
 
 
800 aa  98.2  4e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.000000304489  unclonable  0.000000404036 
 
 
 
NC_009997  Sbal195_1420  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  26.98 
 
 
739 aa  98.2  5e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.330075  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1381  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  25.83 
 
 
739 aa  98.2  5e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4089  putative heme utilization protein precursor  22.93 
 
 
851 aa  97.4  6e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1397  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  26.98 
 
 
739 aa  97.1  9e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3802  outer membrane heme/hemoglobin receptor ChuA  22.41 
 
 
660 aa  96.7  1e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.241464 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4857  outer membrane heme/hemoglobin receptor ChuA  22.41 
 
 
660 aa  96.7  1e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.803267 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1308  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  26.28 
 
 
737 aa  96.7  1e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3889  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  22.78 
 
 
676 aa  95.9  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000356309  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1741  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  22.02 
 
 
661 aa  96.3  2e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.0000016514  normal  0.0458944 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3801  TonB-dependent hemin receptor HmuR  22.78 
 
 
676 aa  95.9  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0122148  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2862  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  25.35 
 
 
737 aa  96.3  2e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0664764 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1580  TonB-dependent heme receptor  27.68 
 
 
737 aa  95.5  3e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0672  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  25.92 
 
 
694 aa  94  8e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.41127  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1943  TonB-dependent receptor  26.45 
 
 
374 aa  94  9e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.330013  normal  0.348823 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1603  TonB-dependent receptor, plug  29.52 
 
 
771 aa  90.1  1e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0535477  unclonable  0.000000514373 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001257  TonB-dependent heme receptor HutR  21.58 
 
 
712 aa  89.4  2e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.299412  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3623  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  25.29 
 
 
669 aa  86.7  0.000000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1440  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  26.28 
 
 
685 aa  85.9  0.000000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0111178  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4379  TonB-dependent haemoglobin/transferrin/lactoferrin receptor  26.45 
 
 
861 aa  85.5  0.000000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.237409 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20010  heme uptake outer membrane receptor HasR precursor  23.57 
 
 
891 aa  85.5  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0486368  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0728  hemin receptor, outer membrane protein  26.37 
 
 
314 aa  84.7  0.000000000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.403402  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1720  heme uptake outer membrane receptor HasR precursor  22.95 
 
 
885 aa  84.3  0.000000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.95463  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1858  heme transport protein HugA  22.84 
 
 
683 aa  84  0.000000000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06116  hypothetical protein  35.85 
 
 
169 aa  81.3  0.00000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1284  TonB-dependent outer membrane heme receptor  28.96 
 
 
857 aa  79  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5426  outer membrane hemin receptor  22.11 
 
 
764 aa  78.6  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1105  TonB-dependent haemoglobin/transferrin/lactoferrin receptor:TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  29.36 
 
 
859 aa  77.8  0.0000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1006  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  27 
 
 
759 aa  77.8  0.0000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1043  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  30.67 
 
 
862 aa  75.9  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.261279  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62350  putative haem/haemoglobin uptake outer membrane receptor PhuR precursor  32.89 
 
 
764 aa  75.5  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1539  receptor, putative  23.79 
 
 
639 aa  74.7  0.000000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4218  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  28.95 
 
 
862 aa  74.3  0.000000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1005  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  30 
 
 
862 aa  74.3  0.000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0565  TonB-dependent receptor  24.37 
 
 
613 aa  72  0.00000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.228454 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1513  TonB-dependent receptor  22.42 
 
 
649 aa  71.2  0.00000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000309269  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>