More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1597 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_1597  periplasmic solute binding protein  100 
 
 
309 aa  620  1e-176  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0467055 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2472  periplasmic solute binding protein  60.66 
 
 
311 aa  384  1e-105  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4557  periplasmic solute binding protein  48.86 
 
 
304 aa  281  1e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.667309  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3101  periplasmic solute binding protein  50.86 
 
 
309 aa  276  2e-73  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624143  normal  0.191751 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3426  periplasmic solute binding protein  50.17 
 
 
313 aa  277  2e-73  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.525736  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0350  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  45.45 
 
 
315 aa  276  2e-73  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2875  periplasmic solute binding protein  49.34 
 
 
309 aa  276  4e-73  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.279263  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2656  periplasmic solute binding protein  49.83 
 
 
301 aa  276  4e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.149358 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2898  periplasmic solute binding protein  48.96 
 
 
301 aa  276  5e-73  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.910422  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4709  periplasmic solute binding protein  50.68 
 
 
321 aa  275  5e-73  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.150845 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4830  periplasmic solute binding protein  46.58 
 
 
294 aa  275  9e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5737  periplasmic solute binding protein  47 
 
 
302 aa  273  3e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3704  periplasmic solute binding protein  48.44 
 
 
316 aa  270  2e-71  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.474771  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1972  periplasmic solute binding protein  42.16 
 
 
303 aa  270  2.9999999999999997e-71  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0928  periplasmic solute binding protein  46.3 
 
 
305 aa  268  8.999999999999999e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.664518  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2998  periplasmic solute binding protein  50.34 
 
 
311 aa  267  2e-70  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0528665  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0916  periplasmic solute binding protein  50.53 
 
 
307 aa  265  8.999999999999999e-70  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.357489  normal  0.451592 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2368  periplasmic solute binding protein  47.9 
 
 
298 aa  265  1e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000358992  normal  0.572392 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2635  cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  47.9 
 
 
298 aa  262  4.999999999999999e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0828517  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1341  ABC transporter substrate-binding protein  47.88 
 
 
291 aa  260  2e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.328207 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2784  periplasmic solute binding protein  46.32 
 
 
301 aa  244  1.9999999999999999e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.199172  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5591  periplasmic solute binding protein  48.21 
 
 
339 aa  243  3e-63  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.462365  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0703  periplasmic solute binding protein  43.55 
 
 
292 aa  240  2e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.326839  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0845  periplasmic solute binding protein  47.37 
 
 
289 aa  240  2e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0688938 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3500  periplasmic solute binding protein  50.35 
 
 
312 aa  239  4e-62  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.639001  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2227  periplasmic solute binding protein  45.71 
 
 
327 aa  236  3e-61  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.82387 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3532  periplasmic solute binding protein  41.88 
 
 
292 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0653  periplasmic solute binding protein  42.51 
 
 
292 aa  234  2.0000000000000002e-60  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3176  periplasmic solute binding protein  42.52 
 
 
292 aa  233  2.0000000000000002e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1142  periplasmic solute binding protein  42.67 
 
 
307 aa  233  2.0000000000000002e-60  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.987303  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5661  periplasmic solute binding protein  43.29 
 
 
291 aa  232  5e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.203291 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2051  periplasmic solute binding protein  37.22 
 
 
303 aa  232  7.000000000000001e-60  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0478383  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3681  periplasmic solute binding protein  41.23 
 
 
292 aa  230  2e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1062  ABC transporter substrate binding protein  42.27 
 
 
298 aa  226  3e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.861783  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3392  periplasmic solute binding protein  45.85 
 
 
320 aa  226  4e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00563427  normal  0.0658085 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1123  periplasmic solute binding protein  41.81 
 
 
292 aa  224  1e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000244311  unclonable  0.0000000116493 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0220  periplasmic solute binding protein  41.08 
 
 
333 aa  222  6e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.732372  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0180  periplasmic solute binding protein  40.83 
 
 
301 aa  220  1.9999999999999999e-56  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.946938  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0623  periplasmic solute binding protein  40.98 
 
 
299 aa  210  2e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.917925 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0678  periplasmic solute binding protein  40.66 
 
 
299 aa  211  2e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0630556 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1312  periplasmic solute binding protein  42.46 
 
 
306 aa  206  6e-52  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3560  periplasmic solute binding protein  35.76 
 
 
307 aa  191  2e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.24573 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1259  periplasmic solute binding protein  38.19 
 
 
301 aa  182  4.0000000000000006e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7253  periplasmic solute binding protein  37.89 
 
 
346 aa  178  9e-44  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0518447  normal  0.0520295 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1533  manganese ABC transporter, manganese-binding adhesion liprotein  31.25 
 
 
308 aa  178  1e-43  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000021133  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3634  periplasmic solute binding protein  31.12 
 
 
311 aa  175  7e-43  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_18691  ABC transporter substrate-binding protein  34.86 
 
 
287 aa  175  9.999999999999999e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.349553 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0037  ABC transporter substrate-binding protein  32.03 
 
 
321 aa  172  7.999999999999999e-42  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06571  ABC transporter substrate-binding protein  32.03 
 
 
321 aa  171  1e-41  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.140221  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3218  periplasmic solute binding protein  32.54 
 
 
371 aa  170  4e-41  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0863891  normal  0.580114 
 
 
-
 
NC_007105  pE33L54_0036  adhesion lipoprotein  30.23 
 
 
311 aa  169  5e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0129637  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0953  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  30.38 
 
 
313 aa  168  1e-40  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2043  periplasmic solute binding protein  35.74 
 
 
353 aa  166  5e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000010108  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1488  ABC transporter substrate-binding protein  36.11 
 
 
337 aa  164  2.0000000000000002e-39  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.520647  normal  0.191838 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0534  periplasmic solute binding protein  35.93 
 
 
293 aa  163  4.0000000000000004e-39  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3698  periplasmic solute binding protein  32.26 
 
 
300 aa  162  5.0000000000000005e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0030  periplasmic solute binding protein  35.89 
 
 
313 aa  162  8.000000000000001e-39  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1659  metal ABC transporter substrate-binding lipoprotein  33.92 
 
 
296 aa  162  9e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00160044 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0370  periplasmic solute binding protein  38.7 
 
 
309 aa  160  2e-38  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10491  ABC transporter substrate-binding protein  31.12 
 
 
320 aa  160  2e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.232212  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2964  adhesion lipoprotein  29.26 
 
 
311 aa  160  2e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00274739  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2067  manganese ABC transporter substrate-binding lipoprotein  30.21 
 
 
311 aa  160  2e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3189  adhesion lipoprotein  29.26 
 
 
311 aa  160  2e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3553  periplasmic solute binding protein  36.46 
 
 
306 aa  159  5e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.00157548  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2998  periplasmic solute binding protein  34.35 
 
 
328 aa  159  7e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000688581  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2149  periplasmic solute binding protein  31.82 
 
 
300 aa  159  7e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1278  periplasmic solute binding protein  36.3 
 
 
315 aa  159  7e-38  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1010  ABC transporter substrate-binding protein  34.63 
 
 
310 aa  159  8e-38  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.172647  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2176  periplasmic solute binding protein  34.38 
 
 
320 aa  158  1e-37  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2575  Mn transporter MntC  33.45 
 
 
313 aa  158  1e-37  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0904  ABC Mn+2/Fe+2 transporter, periplasmic substrate-binding protein SitA  34.45 
 
 
297 aa  157  2e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.785043  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2914  periplasmic solute binding protein  33.56 
 
 
301 aa  157  2e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2483  periplasmic solute binding protein  32.16 
 
 
317 aa  157  3e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3262  periplasmic solute binding protein  30.23 
 
 
341 aa  156  4e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000710757  normal  0.410992 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0249  periplasmic solute binding protein  34.51 
 
 
299 aa  156  4e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.746971  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1601  periplasmic solute binding protein  33.44 
 
 
325 aa  156  5.0000000000000005e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.298891  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02035  zinc ABC transporter, periplasmic zinc-binding protein  33.22 
 
 
303 aa  155  6e-37  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2563  periplasmic solute binding protein  34.2 
 
 
297 aa  155  7e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.581296  normal  0.97543 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31330  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  30.9 
 
 
305 aa  155  8e-37  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1724  periplasmic solute binding protein  34.49 
 
 
309 aa  154  1e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.147475  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3402  periplasmic solute binding protein  32.76 
 
 
305 aa  155  1e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.832439 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13190  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  32.89 
 
 
320 aa  155  1e-36  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0992578  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1532  periplasmic solute binding protein  34.15 
 
 
346 aa  154  1e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.217537 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0053  periplasmic solute binding protein  30.77 
 
 
313 aa  154  2e-36  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0166309  normal  0.103773 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2553  periplasmic solute binding protein  33.93 
 
 
319 aa  154  2e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0625  periplasmic solute binding protein  33.55 
 
 
321 aa  153  4e-36  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0313744  normal  0.289666 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1207  periplasmic solute binding protein  33.11 
 
 
324 aa  152  5e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.773922  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3070  periplasmic solute binding protein  32.99 
 
 
315 aa  152  8e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.000000101463  hitchhiker  0.00347584 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4030  periplasmic solute binding protein  32.78 
 
 
305 aa  151  1e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0298524  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1794  hypothetical protein  32.57 
 
 
311 aa  150  2e-35  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1919  periplasmic solute binding protein  27.96 
 
 
304 aa  149  5e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00461225  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1999  periplasmic solute binding protein  32.58 
 
 
292 aa  149  8e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.870733  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3728  periplasmic solute binding protein  31.37 
 
 
303 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3452  periplasmic solute binding protein  30.6 
 
 
310 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.593558  normal  0.669669 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2645  periplasmic solute binding protein  31.03 
 
 
317 aa  147  3e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1215  periplasmic solute binding protein  31.99 
 
 
309 aa  147  3e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3624  periplasmic solute binding protein  31.23 
 
 
303 aa  147  3e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0328  chelated iron ABC transporter, periplasmic-binding protein  29.35 
 
 
286 aa  146  4.0000000000000006e-34  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.00000000651268  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1815  periplasmic solute binding protein  28.9 
 
 
322 aa  146  5e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.566125  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1041  periplasmic solute binding protein  31.11 
 
 
303 aa  146  5e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.203742 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>