56 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1505 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1505  hypothetical protein  100 
 
 		 142 aa  278  2e-74  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.738458 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1195  hypothetical protein  73.72 
 
 		 149 aa  213  5e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.423858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3540  hypothetical protein  73.72 
 
 		 149 aa  213  5e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3194  hypothetical protein  78.57 
 
 		 149 aa  211  2.9999999999999995e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.14235  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0700  hypothetical protein  75.18 
 
 		 145 aa  198  3e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0590  hypothetical protein  74.26 
 
 		 142 aa  196  1.0000000000000001e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3085  hypothetical protein  73.38 
 
 		 150 aa  192  1e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.835522  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3826  hypothetical protein  71.01 
 
 		 144 aa  192  1e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0750  hypothetical protein  70.07 
 
 		 144 aa  189  8e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.751711  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7740  hypothetical protein  68.31 
 
 		 144 aa  187  5e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.589979 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4006  hypothetical protein  76.47 
 
 		 144 aa  185  2e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.567441 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2819  hypothetical protein  70.29 
 
 		 143 aa  184  3e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2877  hypothetical protein  69.7 
 
 		 143 aa  184  3e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.230975 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3690  hypothetical protein  61.48 
 
 		 139 aa  175  2e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0143  hypothetical protein  59.54 
 
 		 136 aa  159  1e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.802001  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1494  CopG family protein  57.36 
 
 		 144 aa  158  2e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00276069  normal  0.69135 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0967  hypothetical protein  62.77 
 
 		 143 aa  151  2.9999999999999998e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0514  helix-turn-helix protein, CopG  50.38 
 
 		 140 aa  144  5e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.139241  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3902  hypothetical protein  53.44 
 
 		 146 aa  142  1e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3357  hypothetical protein  52.27 
 
 		 145 aa  140  4e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.800437  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3189  hypothetical protein  50.38 
 
 		 173 aa  139  9e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7439  hypothetical protein  54.96 
 
 		 145 aa  138  3e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2326  CopG-like DNA-binding  50 
 
 		 145 aa  135  1e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.17892  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0811  helix-turn-helix protein, CopG  47.33 
 
 		 156 aa  134  5e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1732  hypothetical protein  51.91 
 
 		 141 aa  132  1.9999999999999998e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3850  helix-turn-helix protein, CopG  46.92 
 
 		 142 aa  131  3e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.00136711  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3005  CopG/DNA-binding domain-containing protein  46.97 
 
 		 145 aa  128  2.0000000000000002e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.78909  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3547  CopG-like DNA-binding  49.62 
 
 		 154 aa  123  9e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.715677 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1022  hypothetical protein  51.91 
 
 		 144 aa  121  3e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2617  hypothetical protein  48.51 
 
 		 150 aa  117  3.9999999999999996e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2644  CopG domain protein DNA-binding domain protein  40.44 
 
 		 154 aa  111  4.0000000000000004e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.862924 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30950  hypothetical protein  40.77 
 
 		 154 aa  109  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000217049  unclonable  2.16388e-22 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1894  CopG domain protein DNA-binding domain protein  40.15 
 
 		 154 aa  108  2.0000000000000002e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2912  CopG/DNA-binding domain-containing protein  40.15 
 
 		 148 aa  108  3e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2700  CopG/DNA-binding domain-containing protein  40 
 
 		 154 aa  108  3e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0802362  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3507  CopG domain protein DNA-binding domain protein  39.39 
 
 		 154 aa  107  5e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.709312  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1549  CopG-like DNA-binding  40 
 
 		 154 aa  107  6e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0162848  normal  0.655156 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1340  CopG-like DNA-binding  40 
 
 		 154 aa  107  6e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.126057  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1680  helix-turn-helix protein, CopG  44.27 
 
 		 149 aa  107  8.000000000000001e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.522229  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0439  CopG/DNA-binding domain-containing protein  40 
 
 		 154 aa  106  9.000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2257  hypothetical protein  44.03 
 
 		 138 aa  106  1e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.338715  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3707  CopG/DNA-binding domain-containing protein  40 
 
 		 154 aa  106  1e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0319  hypothetical protein  45.97 
 
 		 127 aa  106  1e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0127184  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2003  CopG/DNA-binding domain-containing protein  39.39 
 
 		 158 aa  105  2e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.31572  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4194  CopG/DNA-binding domain-containing protein  37.12 
 
 		 150 aa  105  2e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35730  hypothetical protein  37.88 
 
 		 154 aa  104  3e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2349  CopG/DNA-binding domain-containing protein  39.39 
 
 		 158 aa  105  3e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.61469 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1281  CopG/DNA-binding domain-containing protein  38.64 
 
 		 154 aa  104  3e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0725  CopG/DNA-binding domain-containing protein  38.64 
 
 		 158 aa  104  4e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.946674  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2585  hypothetical protein  40.15 
 
 		 158 aa  89.4  1e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0687  hypothetical protein  33.08 
 
 		 142 aa  78.6  0.00000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1066  putative regulator protein  32.58 
 
 		 144 aa  78.6  0.00000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.638052  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1834  CopG/DNA-binding domain-containing protein  35.88 
 
 		 139 aa  78.6  0.00000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2026  CopG/DNA-binding domain-containing protein  36.76 
 
 		 136 aa  75.5  0.0000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2345  hypothetical protein  25.36 
 
 		 157 aa  52.8  0.000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1496  hypothetical protein  33.02 
 
 		 461 aa  50.4  0.000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.000950555  normal  0.877787 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>